Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F15 I1 R3
|
782 |
676.6 |
23254289 |
97.6% |
22696186 |
138.5 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP025268 |
2,457,300 |
T→C |
pseudogene (1737/2646 nt) |
yfcU ← |
fimbrial usher protein YfcU |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP025268 | 2,457,300 | 0 | T | C | 99.7%
| 3100.9
/ NA
| 892 | pseudogene (1737/2646 nt) | yfcU | fimbrial usher protein YfcU |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (436/452); minor base A (1/2); total (438/454) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 892 total aligned reads displayed.
GTGCCGATGTTCAACTGATAGTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATTTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCATGATGTTGTAGTTTGTCTGCTCCTCACGATCCCAGT > NZ_CP025268/2457163‑2457436
|
gTGCCGATGTTCAACTGATAGTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTa > 1:10221486/1‑140 (MQ=255)
gCCGATGTTCAACTGATAGTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACa < 2:10566615/140‑1 (MQ=255)
ccGATGTTCAACTGATAGTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACAt > 1:10331992/1‑140 (MQ=255)
cGATGTTCAACTGATAGTGAGTCGCGTCNTCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTCCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGACCGAGATCTACATg < 1:6292533/140‑1 (MQ=255)
cGATGTTCAACTGATAGTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATg < 1:11045932/140‑1 (MQ=255)
aTGTTCAACTGATAGTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGGACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGcc > 2:6530650/1‑140 (MQ=255)
gTTCAACTGATAGTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCt > 1:9664192/1‑140 (MQ=255)
ttCAACTGATAGTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCtt > 1:9000752/1‑140 (MQ=255)
cTGATAGTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCg < 1:6038964/140‑1 (MQ=255)
tGATAGTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGc < 2:1999115/140‑1 (MQ=255)
gATAGTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGcc < 1:456029/140‑1 (MQ=255)
aTAGTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGccc > 2:6101294/1‑140 (MQ=255)
aTAGTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGccc > 2:3604773/1‑140 (MQ=255)
aTAGTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGGACTGTTGTCGCCCCACGTCATCCTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGccc < 1:2974458/140‑1 (MQ=255)
aGTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTCACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCgg > 2:3086894/1‑140 (MQ=255)
aGTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCgg < 1:7103452/140‑1 (MQ=255)
gTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTc > 1:1573571/1‑140 (MQ=255)
tCGCGTCATCGACACGGCTAAACTAACCGACCTGGCTGCTGTCCGGCCCACTGCCATAGTGGCCGTGATTGCTAACGGTACTGTTGGCTCCCCTCGGCAGACTGAGCGAAAGCTACAGGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCa > 2:4636058/1‑140 (MQ=255)
tCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCa > 1:1438431/1‑140 (MQ=255)
tCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCa > 1:2109093/1‑140 (MQ=255)
tCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCa > 1:8714250/1‑140 (MQ=255)
cgTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACa > 2:8017683/1‑114 (MQ=255)
cgTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATAc > 2:7830173/1‑140 (MQ=255)
cgTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGACCTTATCCGCCCGGTTGTCATAc > 2:10173414/1‑140 (MQ=255)
caccGACACGGCTACACACACCCCCCGCGCTGCCCTCCGTCCCCCACCCCGAGTTGCCGGTACCGCGCACGGGACTGTTGTCGCCCCACGGCAGACTGAGCGACATCTACAGGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCg < 2:8230392/137‑1 (MQ=255)
tCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTa > 2:2351163/1‑140 (MQ=255)
gACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGc > 1:10483056/1‑140 (MQ=255)
ggCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAg > 2:7140843/1‑140 (MQ=255)
ggCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGGTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAg > 1:2710367/1‑140 (MQ=255)
cTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGcc < 1:9327355/140‑1 (MQ=255)
cTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGcc < 1:776273/140‑1 (MQ=255)
aCCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAggg > 1:5230397/1‑140 (MQ=255)
ccGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGa < 1:9210452/140‑1 (MQ=255)
ccGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGa < 1:3480212/140‑1 (MQ=255)
ccTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACg < 1:4441830/140‑1 (MQ=255)
cTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGc < 1:3249912/140‑1 (MQ=255)
tGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCt < 1:1065397/140‑1 (MQ=255)
tGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCt < 1:2021098/140‑1 (MQ=255)
ctgctgTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCat < 1:4164249/140‑1 (MQ=255)
ctgctgTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCat < 1:3715930/140‑1 (MQ=255)
gtccgtccCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTAc > 2:10933562/1‑140 (MQ=255)
cgtccCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGaa < 2:4750102/140‑1 (MQ=255)
cgtccCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGaa > 1:8600900/1‑140 (MQ=255)
cgtccCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGaa > 1:8453403/1‑140 (MQ=255)
cgtccCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGaa > 1:7037738/1‑140 (MQ=255)
gtccCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAAt > 1:6831513/1‑140 (MQ=255)
cACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAAtgctg > 1:9983564/1‑140 (MQ=255)
cTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTTGTGTTGTCGCCACAGGGCATTCTGAGAGAATTATAGATGCACTTATCCTCCATGTTGTCTTACTCGTTGCGGTTGTCAGTCATGTAAACGCTCTTATTACGTATGCTGcc < 2:6968685/140‑1 (MQ=255)
cTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGcc < 1:10026920/140‑1 (MQ=255)
cTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGcc < 2:2587000/140‑1 (MQ=255)
cTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGcc < 1:165954/140‑1 (MQ=255)
gCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCa < 1:2503107/140‑1 (MQ=255)
cATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCata < 1:8091412/140‑1 (MQ=255)
cATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCata < 1:6375979/140‑1 (MQ=255)
cATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCata < 1:11262742/140‑1 (MQ=255)
tAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATAtt < 2:6805746/140‑1 (MQ=255)
gTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGa < 1:1859754/140‑1 (MQ=255)
tGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGaaa < 2:9438191/140‑1 (MQ=255)
gCCGTTATAGCTCACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAAt < 2:6337706/140‑1 (MQ=255)
ccGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATa < 1:5776851/140‑1 (MQ=255)
cGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAg > 1:5458295/1‑140 (MQ=255)
cGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAg < 1:5004125/140‑1 (MQ=255)
ttATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTg > 2:1461759/1‑140 (MQ=255)
ataGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTggg < 2:7578068/140‑1 (MQ=255)
ataGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTggg < 2:96223/140‑1 (MQ=255)
ataGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTggg < 1:7879163/140‑1 (MQ=255)
aaCGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCa < 2:899293/140‑1 (MQ=255)
aaCGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCa > 2:11344226/1‑140 (MQ=255)
aaCGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCa < 1:4777987/140‑1 (MQ=255)
cGGTTCTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGATATCTACATGCCGTTATCCGCCCGGTTGTCATCCTCGTAGCGGTTGCCAGTCAGGGATACGCGGATTTTACGAATGCTGCCCTTATAGAAATAGTGCGTGAGCatg < 2:3192690/140‑1 (MQ=255)
cGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTCGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATCTTGAAATAGTGGGAGAGCatg > 2:10690752/1‑140 (MQ=255)
cGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTa > 2:8679311/1‑104 (MQ=255)
cGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCatg > 1:4059011/1‑140 (MQ=255)
aCTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGATATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCATGAtgt < 2:5866581/140‑1 (MQ=255)
tgttgtCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAACTAGAGGGAGAGCATGAagttg > 2:4996044/1‑140 (MQ=255)
gtagtCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAAGCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGGCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCATGAtgttgt < 2:8469727/137‑1 (MQ=255)
tgtCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCATGATGTTGTAg < 2:5562762/140‑1 (MQ=255)
tCGCCCCACGGCATAATGAGCGAAAACTACATGACCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCTGGGAAACGCGCTGATAACGCATGCTGACCATATTGAAATAGAGGGAGAGCATGATGGTGTAGtt > 2:9270132/1‑140 (MQ=255)
cGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCATGATGTTGTAGttt > 1:1249734/1‑140 (MQ=255)
gCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCATGATGTTGTAGTTTg > 1:11467398/1‑140 (MQ=255)
gCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCATGATGTTGTAGTTTg > 2:337336/1‑140 (MQ=255)
gCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCATGATGTTGTAGTTTg > 1:7247003/1‑140 (MQ=255)
gCCCCACGGCATACAGAGCGAAATCTACATGCACTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGACAGTCAGGGAAACGCTCAAATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGAATGATGTTGTAGTTTg > 2:5336774/1‑140 (MQ=255)
ccccACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCATGATGTTGTAGTTTGt < 1:656194/140‑1 (MQ=255)
cACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCATGATGTTGTAGTTTGTCTg < 1:9531501/140‑1 (MQ=255)
aCGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCATGATGTTGTAGTTTGTCTGc > 1:10090767/1‑140 (MQ=255)
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aCGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCATGATGTTGTAGTTTGTCTGc > 2:2690674/1‑140 (MQ=255)
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GTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCATGATGTTGTAGTTTGTCTGC > SRR14920200.1766032/1‑151 (MQ=60)
GTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCATGATGTTGTAGTTTGTCTGC > SRR14920200.10161209/1‑151 (MQ=60)
GTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCATGATGTTGTAGTTTGTCTGC > SRR14920200.6109717/1‑151 (MQ=60)
GTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCAGATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCATGATGTTGTAGTTTGTCTGC > SRR14920200.10019060/1‑151 (MQ=60)
GTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCATGATGTTGTAGTTTGTCTGCTCC < SRR14920200.994341/151‑1 (MQ=60)
CGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGTAATAGTGGGAGAGCATGATGTTGTAGTTTGTCTGCTCCTC < SRR14920200.3062448/151‑1 (MQ=60)
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CCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCATGATGTTGTAGTTTGTCTGCTCCTCAC < SRR14920200.1531435/151‑1 (MQ=60)
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ATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCATGATGTTGTAGTTTGTCTGCTCCTCACGATCCCAGT < SRR14920200.3783675/151‑1 (MQ=60)
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CTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCATGATGTTGTAGTTTGTCTGCTCCTCACGATCCCAGTAGG < SRR14920200.8205556/151‑1 (MQ=60)
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TGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCATGATGTTGTAGTTTGTCTGCTCCTCACGATCCCAGTAGGT < SRR14920200.9900271/151‑1 (MQ=60)
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AGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCATGATGTTGTAGTTTGTCTGCTCCTCACGATCCCAGTAGGTAT < SRR14920200.8799990/151‑1 (MQ=60)
AGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCATGATGTTGTAGTTTGTCTGCTCCTCACGATCCCAGTAGGTAT < SRR14920200.7030911/151‑1 (MQ=60)
GAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCATGATGTTGTAGTTTGTCTGCTCCTCACGATCCCAGTAGGTATGGC < SRR14920200.414755/151‑1 (MQ=60)
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ATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCATGATGTTGTAGTTTGTCTGCTCCTCACGATCCCAGTAGGTATGGCGGG < SRR14920200.10224138/151‑1 (MQ=60)
TCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCATGATGGTGTAGTTTGTCTGCTCCTCACGATCCCAGTAGGTATGGCGGGT > SRR14920200.3721136/1‑151 (MQ=60)
CTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCATGATGTTGTAGTTTGTCTGCTCCTCACGATCCCAGTAGGTATGGCGGGTA > SRR14920200.2421932/1‑151 (MQ=60)
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GTGTTTGTCACTGGTGCCGATGTTCAACTGATAGTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATTTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCATGATGTTGTAGTTTGTCTGCTCCTCACGATCCCAGTAGGTATGGCGGGTA > NZ_CP025268/2457150‑2457450
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |