Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F15 I1 R4
|
781 |
701.7 |
22683696 |
98.1% |
22252705 |
139.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP025268 |
1,432,800 |
C→T |
R249K (AGA→AAA) |
CXP41_RS07635 ← |
IS5‑like element ISKpn26 family transposase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP025268 | 1,432,800 | 0 | C | T | 98.9%
| 1199.8
/ NA
| 664 | R249K (AGA→AAA) | CXP41_RS07635 | IS5‑like element ISKpn26 family transposase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (328/324); minor base A (1/6); total (334/330) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.23e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 664 total aligned reads displayed.
CTTTCACGAAGCCGAACTGTCGCTTGATGATGCGAAATGGGTGCTCCACCCTGGCCCGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGTGGATGCTGTTTCAAGGTTCTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGCAGCAGATTACCCAGCTGATT > NZ_CP025268/1432675‑1432936
|
cTTTCACGAAGCCGAACTGCCGCTTGATGATGCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGa > 2:3193442/1‑140 (MQ=11)
cTTTCACGAAGCCGAACTGCCGCTTGATGATGCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGa > 1:2114682/1‑140 (MQ=11)
cTTTCACGAAGCCGAACTGCCGCTTGATGATGCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCGTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGa > 1:10516356/1‑140 (MQ=11)
tCACGAAGCCGAACTGCCGCTTGATGATGCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGc > 2:10949816/1‑140 (MQ=11)
tCACGAAGCCGAACTGCCGCTTGATGATGCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGGATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTGTTCCCTTGCCGGGACGc > 1:7563440/1‑140 (MQ=11)
aGCCGAACTGCCGCTTGATGATGCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCg < 1:8500070/140‑1 (MQ=11)
aGCCGAACTGCCGCTTGATGATGCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCg > 1:11189396/1‑140 (MQ=11)
gCCGAACTGCCGCTTGATGATGCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGa < 1:1287229/140‑1 (MQ=11)
cGAACTGCCGCTTGATGATGCGAACCGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGCTGGCCGTTTTGTTCGTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATc < 2:6750821/140‑1 (MQ=11)
cGAACTGCCGCTTGATGATGCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATc < 1:3112719/140‑1 (MQ=11)
aCTGCCGCTTGATGATGCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGc < 2:8929951/140‑1 (MQ=11)
aCTGCCGCTTGATGATGCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGc < 1:5080870/140‑1 (MQ=11)
aCTGCCGCTTGATGATGCGAAACGGGTGCTCCACCCAGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTAATCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGATTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGc < 1:8701467/140‑1 (MQ=11)
ccGCTTGATGATGCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGt > 2:6102179/2‑140 (MQ=11)
ccGCTTGATGATGCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGt > 1:3525013/2‑140 (MQ=11)
cGCTTGATGATGCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTc < 2:8186892/140‑1 (MQ=11)
cGCTTGATGATGCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATCTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTc < 2:9342893/140‑1 (MQ=11)
gCTTGATGATGCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTcc > 2:9679078/1‑140 (MQ=11)
tgatgaTGCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCcaca > 2:7156527/1‑140 (MQ=11)
gatgatGCGACACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACAt < 1:2784211/140‑1 (MQ=11)
atgCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCAc > 2:1292335/1‑140 (MQ=11)
atgCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCAc > 1:9892230/1‑140 (MQ=11)
tgCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCAcc < 1:247704/140‑1 (MQ=11)
tgCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTGACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCAcc < 2:1676221/140‑1 (MQ=11)
acgggTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGcc > 1:10062974/3‑140 (MQ=11)
cgggTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCa < 1:290490/139‑1 (MQ=11)
cgggTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCa < 1:9086303/139‑1 (MQ=11)
cgggTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCa < 2:3721381/139‑1 (MQ=11)
gTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTTCGCGGAATCTGATTCAACGTTTTTACCTTGACGGGAAGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATACACCTCGGCCAGct > 1:4177511/1‑140 (MQ=11)
cTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGctcct > 2:2556732/1‑140 (MQ=11)
cTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGGTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGctcct > 1:5634751/1‑140 (MQ=11)
ccACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTcg < 1:9262323/140‑1 (MQ=11)
aCCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTcgcg < 1:4373052/140‑1 (MQ=11)
cccTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCgcgc < 2:346479/140‑1 (MQ=11)
cccTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCgcgc > 2:3979346/1‑140 (MQ=11)
cccTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTGTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCgcgc < 2:5160559/140‑1 (MQ=11)
cTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCtg > 1:8100456/1‑140 (MQ=11)
tGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCtgt > 2:10520313/1‑140 (MQ=11)
tGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCtgt > 2:5626181/1‑140 (MQ=11)
gcacGGATGCGGGCGTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTgg < 2:3014369/137‑1 (MQ=11)
cacGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCACGGTTTTGACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGgc < 1:9684974/138‑1 (MQ=11)
cacGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGgc > 2:10663853/3‑140 (MQ=11)
acGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGgcg < 2:2261444/139‑1 (MQ=255)
acGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGgcg < 1:1956341/139‑1 (MQ=255)
acGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGgcg < 1:10402945/139‑1 (MQ=255)
acGGATGCTGGCTTTCATGTAGTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGAGTCTGCTTCAAGGTTTTGACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGgcg < 1:10658215/139‑1 (MQ=11)
ggATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGgcgct < 2:8344585/140‑2 (MQ=255)
ggATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGgcgct < 1:10153097/140‑2 (MQ=255)
gATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACGTCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGgcgctc > 1:6750465/1‑138 (MQ=11)
gATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGgcgctc > 2:2107138/1‑138 (MQ=11)
gATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGgcgctc > 1:8261046/1‑138 (MQ=11)
gATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGgcgctc > 2:6284156/1‑138 (MQ=11)
gATGCTGCCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGgcgctc > 2:10567236/1‑138 (MQ=11)
aTGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGGCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGctcc > 2:5014973/1‑140 (MQ=11)
aTGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGctcc > 2:8634451/1‑140 (MQ=11)
aTGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGACGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGATTCAAGTTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGctcc > 2:8811922/1‑140 (MQ=11)
cTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTg < 1:5865247/140‑1 (MQ=11)
cTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTg < 2:1546774/140‑1 (MQ=11)
tGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACATTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTgg > 2:6529336/1‑140 (MQ=11)
cTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAg < 2:4069047/140‑1 (MQ=11)
cTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAg < 2:7770845/140‑1 (MQ=11)
tCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCg > 2:5873298/1‑140 (MQ=11)
tCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCg > 2:10173603/1‑140 (MQ=11)
cATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCgg > 1:525373/1‑140 (MQ=11)
ttCGATGTTGATGGCCGTTTTTTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGATGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCgg < 2:9092211/140‑1 (MQ=11)
gATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTg > 1:3826910/1‑140 (MQ=11)
tGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACCTCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTgag > 2:4208863/1‑140 (MQ=11)
tGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTgag > 1:7196447/1‑140 (MQ=11)
tGTTGATGGCCGTTTAGTACTTGCGCGGATCCTGCGTCAAGGTTTGTACCTTGCCGGGACGATCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCACCTCGCGCTGAGGCGCTCCTAGGTAGCCGGCATCGGATgag > 2:11180875/1‑140 (MQ=11)
gTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTgaga > 1:1668317/1‑140 (MQ=11)
ctGGCCGTTTTGTTCGTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACaaa < 2:7928266/139‑1 (MQ=11)
aTGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACaaa > 2:2351261/1‑140 (MQ=11)
aTGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACaaa > 1:7022045/1‑140 (MQ=11)
aTGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACaaa > 1:952553/1‑140 (MQ=11)
gCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTg < 2:4738971/140‑1 (MQ=11)
cGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGct < 1:7402251/140‑1 (MQ=11)
cGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGct > 2:3672103/1‑140 (MQ=11)
cGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGct < 2:10082131/140‑1 (MQ=11)
cGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGct > 2:1194599/1‑140 (MQ=11)
gTTTTGTTCGTGCGCGGATTCTGCTTCAAGTGTTTTCCCTTGCCGGGACGCTCGGCTATCAGCCAGTCCACATGCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGTGACAAATTGctc < 2:8708232/140‑1 (MQ=11)
ttttGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGTTCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACACATTGctcc > 1:6307827/1‑140 (MQ=11)
ttttGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGctcc > 1:4938757/1‑140 (MQ=11)
ttttGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGctcc > 1:1498904/1‑140 (MQ=11)
tttGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGctcct < 2:4501421/140‑1 (MQ=11)
tttGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGACAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGctcct < 1:3422555/140‑1 (MQ=11)
tCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTCCCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACAGCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCa < 2:3940049/140‑1 (MQ=11)
gcgcGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATgaa > 1:1081028/1‑138 (MQ=11)
cggATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATgaagca < 1:10918358/139‑1 (MQ=11)
cggATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATgaagca < 1:1508056/139‑1 (MQ=11)
cggATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATgaagca < 2:10282610/139‑1 (MQ=11)
cggATTCTGCTTCAAGGTTTTGACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATgaagca < 2:2848366/139‑1 (MQ=11)
gATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGa < 2:1074614/140‑1 (MQ=11)
tgcttCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTAcc < 2:739138/137‑1 (MQ=255)
gcttCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTAccc < 2:979421/138‑1 (MQ=255)
ttCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAg < 1:7905267/140‑1 (MQ=12)
ttCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAg < 1:4696429/140‑1 (MQ=12)
aaGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTg > 1:4799088/1‑140 (MQ=12)
aaGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTg > 1:5440358/1‑140 (MQ=12)
aaGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTg > 1:657295/1‑140 (MQ=12)
aGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCCTGAAGCAGATTACCCAGCTGa < 1:4526226/140‑1 (MQ=255)
|
CTTTCACGAAGCCGAACTGTCGCTTGATGATGCGAAATGGGTGCTCCACCCTGGCCCGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGTGGATGCTGTTTCAAGGTTCTTACCTTGCCGGGACGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGCAGCAGATTACCCAGCTGATT > NZ_CP025268/1432675‑1432936
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
