Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F50 I1 R1
|
782 |
316.7 |
10427156 |
97.0% |
10114341 |
138.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP025268 |
1,549,203 |
T→C |
pseudogene (1331/1331 nt) |
CXP41_RS08190 ← |
leucine‑rich repeat domain‑containing protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP025268 | 1,549,203 | 0 | T | C | 100.0%
| 431.2
/ NA
| 127 | pseudogene (1331/1331 nt) | CXP41_RS08190 | leucine‑rich repeat domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (61/66); total (61/66) |
Only 100 of 127 total aligned reads displayed.
ACCTTCAAACGGGGTTAATCTTTGAACGTATGTCATGTTTCAACCCTTCAGATCGTGAATCTAAAGGGTTACATATTAACTATATTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCATTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGTTATTACAGTAAGTATTGTTTATTTCATCTAAGGTCATGTTTTTAACT > NZ_CP025268/1549073‑1549332
|
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gggTTAATCTTTGAACGTATGTCATGTTTCAACCCTTCAGATCGTGAATCTAAAGGGTTACATATTAACTATATTATCAACAAGACCACACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCACTAAAAAGGCCATGAACTgga < 2:3872889/140‑1 (MQ=255)
ggTTAATCTTTGAACGTATGTCATGTTTCAACCCTTCAGATCGTGAATCTAAAGGGTTACATATTAACTATATTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCACTAACAAGGCCATGAACTggag > 2:4173073/1‑140 (MQ=255)
aaTCTTTTATCGTATGTCATGTTTCAACCCTTCAGATCGTGAATCTAACGTGTTACATATTAACTATATTATCAACATGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCACTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGaaa < 2:4920764/140‑1 (MQ=255)
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cTTTGAACGTATGTAATGTTTCAACCCTTCAGATCGTGAATCTAAAGGGTTACATATTAACTATATTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGCTTTATTCACTAACAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACg < 2:361885/140‑1 (MQ=255)
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tGAACGTATGTCATGTTTCAACCCTTCAGATCGTGAATCTAAAGGGTTACATATTAACTATATTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCACTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATc > 1:5205121/1‑140 (MQ=255)
tATGTCATGTTTCAACCCTTCAGATCGTGAATCTAAAGGGTTACATATTAACTATATTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCACTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCa < 2:4808517/140‑1 (MQ=255)
aTGTCATGTTTCAACCCTTCAGATCGTGAATCTAAAGGGTTACATATTAACTATATTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCACTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAg > 2:4804352/1‑140 (MQ=255)
tGTCATGTTTCAACCCTTCAGATCGTGAATCTAAAGGGTTACATATTAACTATATTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCACTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGa < 1:4257300/140‑1 (MQ=255)
tGTCATGTTTCAACCCTTCAGATCGTGAATCTAAAGGGTTACATATTAACTATATTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCACTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGa < 2:4359923/140‑1 (MQ=255)
aTGTTTCAACCCTTCAGATCGTGAATCTAAAGGGTTACATATTAACTATATTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCACTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGt < 1:4398907/140‑1 (MQ=255)
tttCAACCCTTCAGATCGTGAATCTAAAGGGTTACATATTAACTATATTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCACTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTa > 2:1177246/1‑140 (MQ=255)
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ccTTCAGATCGTGAATCTAAAGGGTTACATATTAACTATATTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCACTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTc < 1:2483193/140‑1 (MQ=255)
ccTTCAGATCGTGAATCTAAAGGGTTACATATTAACTATATTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCACTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTc < 1:3993822/140‑1 (MQ=255)
cTTCAGATCGTGAATCTAAAGGGTTACATATTAACTATATTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCACTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTcc > 2:397232/1‑140 (MQ=255)
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ttCAGATCGTGAATCTAAAGGGTTACATATTAACTATATTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCACTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCct > 1:1671784/1‑140 (MQ=255)
ttCAGATCGTGAATCTAAAGGGTTACATATTAACTATATTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCACTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCct < 1:4173073/140‑1 (MQ=255)
ttCAGATCGTGAATCTAAAGGGTTACATATTAACTATATTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCACTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCct < 1:1484869/140‑1 (MQ=255)
tCAGATCGTGAATCTAAAGGGTTACATATTAACTATATTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCACTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCctc > 2:3531082/1‑140 (MQ=255)
tCAGATCGTGAATCTAAAGGGTTACATATTAACTATATTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCACTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCctc > 1:454061/1‑140 (MQ=255)
tCAGATCGTGAATCTAAAGGGTTACATATTAACTATATTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCACTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCctc > 2:2320328/1‑140 (MQ=255)
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cAGATCGTGAATCTAAAGGGTTACATATTAACTATATTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCACTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCctct < 1:1203726/140‑1 (MQ=255)
tCGTGAATCTAAAGGGTTACATATTAACTATATTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCACTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTa < 2:3795258/140‑1 (MQ=255)
gTGAATCTAAAGGGTTACATATTAACTATATTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCACTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTAtt > 1:4227503/1‑140 (MQ=255)
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gAATCTAAAGGGTTACATATTAACTATATTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCACTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGc < 2:3549162/140‑1 (MQ=255)
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ttACATATTAACTATATTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCACTAAAAAGGCCATGTACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGCCTGATTGtaata < 1:3810705/140‑1 (MQ=255)
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aCATATTAACTATATTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCACTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTaataat < 2:2981897/140‑1 (MQ=255)
aCATATTAACTATATTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCACTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTaataat < 2:4481455/140‑1 (MQ=255)
aCATATTAACTATATTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCACTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTaataat > 1:2453670/1‑140 (MQ=255)
aCATATTAACTATATTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCACTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTaataat > 1:2453931/1‑140 (MQ=255)
aCATATTAACTATATTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCACTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTaataat > 1:2455502/1‑140 (MQ=255)
aaCTATATTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCACTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGttatt < 1:1980472/140‑1 (MQ=255)
aCTATATTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCACTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGttatta > 2:2800223/1‑140 (MQ=255)
aCTATATTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCACTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGttatta > 1:2043878/1‑140 (MQ=255)
cTATATTATCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCACTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGTTATTAc < 2:1821787/140‑1 (MQ=255)
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tattatCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCACTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGTTATTACagt > 1:3379514/1‑140 (MQ=255)
tattatCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCACTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGTTATTACagt < 1:3516074/140‑1 (MQ=255)
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tatCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCACTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGTTATTACagtaag > 2:3022946/1‑140 (MQ=255)
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tCAACAAGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCACTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGTTATTACagtaagta < 1:5021917/140‑1 (MQ=255)
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aaGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCACTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGTTATTACAGTAAGTATTGtt > 2:2150183/1‑140 (MQ=255)
aaGACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCACTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGTTATTACAGTAAGTATTGtt > 1:625077/1‑140 (MQ=255)
gACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCACTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGTAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGTTATTACAGTAAGTATTGTTTa > 2:2014429/1‑140 (MQ=255)
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gACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCACTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGttat > 1:3596661/1‑122 (MQ=255)
gACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCACTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGttat < 2:3596661/122‑1 (MQ=255)
gACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCACTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGttat < 2:3596699/122‑1 (MQ=255)
gACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCACTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGTTATTACAGTAAGTATTGTTTa > 1:1675370/1‑140 (MQ=255)
gACCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCACTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGTTATTACAGTAAGTATAGTTTa > 2:4578415/1‑140 (MQ=255)
aCCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCACTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGTTATTACAGTAAGTATTGTTTAt < 2:2437021/140‑1 (MQ=255)
aCCAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCACTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGTTATTACAGTAAGTATTGTTTAt > 1:2539046/1‑140 (MQ=255)
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cAGACACTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCACTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGAt < 1:4504935/64‑1 (MQ=255)
cacTTATAGAATTAGTGATGATTTATTCACTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGTTATTACAGTAAGTATTGTTTATTTCATc > 2:5058132/1‑140 (MQ=255)
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ataGAATTAGTGATGATTTATTCACTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGTTATTACagt > 2:2465148/1‑116 (MQ=255)
ataGAATTAGTGATGATTTATTCACTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGTTATTACagt < 1:2466728/116‑1 (MQ=255)
ataGAATTAGTGATGATTTATTCACTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGTTATTACagt > 2:2466728/1‑116 (MQ=255)
aGAATTAGTGATGATTTATTCACTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGACAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTACTCTCTTATTGCCTCATTGTAATAATCGTTATTACAGTAAGTATTGTTTATTTCATCTAAGGTc < 2:3690253/140‑1 (MQ=255)
ttAGTGATGATTTATTCACTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGTTATTACAGTAAGTATTGTTTAt > 1:1105106/1‑123 (MQ=255)
ttAGTGATGATTTATTCACTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGTTATTACAGTAAGTATTGTTTAt < 2:1105106/123‑1 (MQ=255)
ttAGTGATGATTTATTCACTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGTTATTACAGTAAGTATTGTTTATTTCATCTAAGGTCATGt > 2:574422/1‑140 (MQ=255)
aGTGATGATTTATTCACTAAAGAGGCCATGAACTGGAGGAACACGATCTGTCCAGAAGGTGTATCGATTCCTCTCTGATTGCCTGATTGTAATAATCGTGATTACAGCAAGCATTGTTTATTTGAGCTAAGGACATGttt > 2:4308049/1‑140 (MQ=255)
aGTGATGATTTATTCACTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACTATCTGTCCAGCAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGTTATTACAGTAAGTATTGTTTAtt > 1:2692081/1‑122 (MQ=255)
aGTGATGATTTATTCACTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGGAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGTTATTACAGTAAGTATTGTTTAtt < 2:2692081/122‑1 (MQ=255)
aGTGATGATTTATTCACTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGTTATTACAGTAAGTATTGTTTATTTCATCTAAGGTCATGttt > 1:2270278/1‑140 (MQ=255)
aGTGATGATTTATTCACTAAAAAGGCCATGAACTGGAGGAAAACGATCTGTCCAGAAGGTCTATCGGTTCCTCTCTTATTGCCTGATTGTAATAATCGTTATTACAGTAAGTATTGTTTATTTCATCTAAGGTCATGttt > 2:188384/1‑140 (MQ=255)
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BRESEQ :: bam2aln output
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