Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F50 I1 R1
|
782 |
316.7 |
10427156 |
97.0% |
10114341 |
138.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP025268 |
2,843,404 |
A→T |
intergenic (‑120/‑140) |
ascG ← / → ascF |
DNA‑binding transcriptional regulator AscG/PTS cellobiose/arbutin/salicin transporter subunit IIBC |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP025268 | 2,843,404 | 0 | A | T | 99.3%
| 1041.7
/ NA
| 283 | intergenic (‑120/‑140) | ascG/ascF | DNA‑binding transcriptional regulator AscG/PTS cellobiose/arbutin/salicin transporter subunit IIBC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (150/131); minor base G (1/1); total (151/132) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 283 total aligned reads displayed.
TCCAGCATCGTCGTCATCATTTTCATCCCTTTACACGCAATCAACGCAGTGTACTGCACCGTTTGCCGATTGTCCTTGCACAATCGGCGGG‑AAAAATATTCAGGTGACCGGTTTCACAAATATAAAAAATGAACAAATCACTCTCTTGCTTATTTAGTGACAACTATTCATGATTTTGTGAAACCGGTTTCTTAATTCCGTTTCAGCATCGGCATTTTTCCGTCACGTCGACTGATAACAACTACATCTACCCTACTGATAACAGGATAAAA > NZ_CP025268/2843268‑2843539
|
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cAGCATCGTCGTCATCGTTTTCATCCCTTTACACGCAATCAACGCAGTGTACTGCACCGTTTGCCGATTGTCCTTGCACAATCGGCGGG‑AAAAATATTCAGGTGACCGGTTTCACAAATATAAAAAATGAACAATTCAct < 1:4231913/140‑1 (MQ=255)
cAGCATCGTCGTCATCATTTTCATCCCTTTACACGCAATCAACGCAGTGTACTGCACCGTTTGCCGATTGTCCTTGCACAATCGGCGGG‑AAAAATATTCAGGTGACCGGTTTCACAAATATAAAAAATGAACAATTCAct < 1:2926237/140‑1 (MQ=255)
gCATCGTCGTCATCATTTTCATCCCTTTACACGCAATCAACGCAGTGTACTGCACCGTTTGCCGATTGTCCTTGCACAATCGGCGGG‑AAAAATATTCAGGTGACCGGTTTCACAAATATAAAAAATGAACAATTCActct < 1:844894/140‑1 (MQ=255)
aTCGTCGTCATCATTTTCATCCCTTTACACGCAATCAACGCAGTGTACTGCACCGTTTGCCGATTGTCCTTGCACAATCGGCGGG‑AAAAATATTCAGGTGACCGGTTTCACAAATATAAAAAATGAACAATTCActctct < 2:4026437/140‑1 (MQ=255)
gtcgtcATCATTTTCATCCCTTTACACGCAATCAACGCAGTGTACTGCACCGTTTGCCGATTGTCCTTGCACAATCGGCGGG‑AAAAATATTCAGGTGACCGGTTTCACAAATATAAAAAATGAACAATTCACTCTCTTGc > 2:4831512/1‑140 (MQ=255)
tcgtcATCATTTTCATCCCTTTACACGCAATCAACGCAGTGTACTGCACCGTTTGCCGATTGTCCTTGCACAATCGGCGGG‑AAAAATATTCAGGTGACCGGTTTCACAAATATAAAAAATGAACAATTCACTCTCTTGCt > 1:3535444/1‑140 (MQ=255)
catTTTCATCCCTTTACACGCCATCAACGCAGTGTACTGCACCGTTTGCCGATTGTCCTTGCACAATCGGCGGGAAAAAATATTCAGGGGACCGGTTCCACAAATATAAAAAATGAACAATTCACTCCCTTGCTGATTTa > 2:3569763/1‑140 (MQ=255)
atTTTCATCCCTTTACACGCAATCAACGCAGTGTACTGCACCGTTTGCCGATTGTCCTTGCACAATCGGCGGG‑AAAAATATTCAGGTGACCGGTTTCACAAATATAAAAAATGAACAATTCACTCTCTTGCTTATTTAGt < 1:251831/140‑1 (MQ=255)
atTTTCATCCCTTTACACGCAATCAACGCAGTGTACTGCACCGTTTGCCGATTGTCCTTGCACAATCGGCGGG‑AAAAATATTCAGGTGACCGGTTTCACAAATATAAAAAATGAACAATTCACTCTCTTGCTTATTTAGt < 2:557580/140‑1 (MQ=255)
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tttCATCCCTTTACACGCAATCAACGCAGTGTACTGCACCGTTTGCCGATTATCCTTGCACAATCGGCGGG‑AAAAATATTCAGGTGACCGGTTGCACAAATATAAAAAATGAACAATTCACTCTCTTGCTTATTTAGTGa > 1:3117265/1‑140 (MQ=255)
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cATCCCTTTACACGCAATCAACGCAGTGTACTGCACCGTTTGCCGATTGTCCTTGCACAATCGGCGGG‑AAAAATATTCAGGTGACCGGTTTCACAAATATAAAAAATGAACAATTCACTCTCTTGCTTATTTAGTGACaa < 1:3418396/140‑1 (MQ=255)
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gCAATCAACGCAGTGTACTGCACCGTTTGCCGATTGTCCTTGCACAATCGGCGGG‑AAAAATATTCAGGTGACCGGTTTCACAAATATAAAAAATGAACAATTCACTCTCTTGCTTATTTAGTGACAACTATTCATGAttt > 1:4939736/1‑140 (MQ=255)
gCAATCAACGCAGTGTACTGCACCGTTTGCCGATTGTCCTTGCACAATCGGCGGG‑AAAAATATTCAGGTGACCGGTTTCACAAATATAAAAAATGAACAATTCACTCTCTTGCTTATTTAGTGACAACTATTCATGAttt < 1:613507/140‑1 (MQ=255)
cAATCAACGCAGTGTACTGCACCGTTTGCCGATTGTCCTTGCACAATCGGCGGG‑AAAAATATTCAGGTGACCGGTTTCACAAATATAAAAAATGAACAATTCACTCTCTTGCTTATTTAGTGACAACTATTCATGAtttt > 2:440926/1‑140 (MQ=255)
aaTCAACGCAGTGTACTGCACCGTTTGCCGTTTGTCCTTGCACAATCGGCGGG‑AAAAATATTCAGGTGACCGGTTTCACAAATATAAAACATGAACAATTCACTCTCTTGCTTATTTAGTGACAACTATTCATGATTTtg > 2:475836/1‑140 (MQ=255)
aaTCAACGCAGTGTACTGCACCGTTTGCCGATTGTCCTTGCACAATCGGCGGG‑GAAAATATTCAGGTGACCGGGTGCACAAATATAAAAAATGAACAATTCACTCTCTTGCTTATTTAGTGACAACTATTCATGATTTtg > 2:419217/1‑140 (MQ=255)
aaTCAACGCAGTGTACTGCACCGTTTGCCGATTGTCCTTGCACAATCGGCGGG‑AAAAATATTCAGGTGACCGGTTTCACAAATATAAAAAATGAACAATTCACTCTCTTGCTTATTTAGTGACAACTATTCATGATTTtg > 1:1848511/1‑140 (MQ=255)
aaTCAACGCAGTGTACTGCACCGTTTGCCGATTGTCCTTGCACAATCGGCGGG‑AAAAATATTCAGGTGACCGGTTTCACAAATATAAAAAATGAACAATTCACTCTCTTGCTTATTTAGTGACAACTATTCATGATTTtg > 1:4229677/1‑140 (MQ=255)
aTCAACGCAGTGTACTGCACCGTTTGCCGATTGTCCTTGCACAATCGGCGGG‑AAAAATGTTCGGGTGACCGGTTTCACAAATATAAAAAATGAACAATCCACCCTCATGCATATGTAGTGACAACTATTCATGATTTtgt > 2:2088597/1‑140 (MQ=255)
aTCAACGCAGTGTACTGCACCGTTTGCCGATTGTCCTTGCACAATCGGCGGG‑AAAAATATTCAGGTGACCGGTTTCACAAATATAAAAAATGAACAATTCACTCTCTTGCTTATTTAGTGACAACTATTCATGATTTtgt > 2:270981/1‑140 (MQ=255)
tCAACGCAGTGTACTGCACCGTTTGCCGATTGTCCTTGCACAATCGGCGGG‑AAAAATATTCAGGTGACCGGTTTCACAAATATAAAAAATGAACAATTCACTCTCTTGCTTATTTAGTGACAACTATTCATGATTTtgtg > 2:2250347/1‑140 (MQ=255)
cGCAGTGTACTGCACCGTTTGCCGATTGTCCTTGCACAATCGGCGGG‑AAAAATATTCAGGTGACCGGTTTCACAAATATAAAAAATGAACAATTCACTCTCTTGCTTATTTAGTTACAACTATTAATGATTTTGTGAAAc > 2:664340/1‑140 (MQ=255)
cGCAGTGTACTGCACCGTTTGCCGATTGTCCTTGCACAATCGGCGGG‑AAAAATATTCAGGTGACCGGTTTCACAAATATAAAAAATGAACAATTCACTCTCTTGCTTATTTAGTGACAACTATTCATGATTTTGTGAAAc > 1:4386867/1‑140 (MQ=255)
aGTGTACTGCACCGTTTGCCGATTGTCCTTGCACAATCGGCGGG‑AAAAATATTCAGGTGACCGGTTTCACAAATATAAAAAATGAACAATTCACTCTCTTGCTTATTTAGTGACAACTATTCATGATTTTGTGAAACCgg < 1:964854/140‑1 (MQ=255)
aGTGTACTGCACCGGTTGCCGATTGTCCTTCCACAATCGGCGGG‑AAAAATATTCAGGTGACCGGTTTCACAAATATAAAAAATGAACAATTCACTCTCTTGCTTATTTAGTGACAACTATTCATGATTTTGTGAAACCgg < 1:2209405/140‑1 (MQ=255)
gtgtACTGCACCGTTTGCCGATTGTCCTTGCACAATCGGCGGG‑AAAAATATTCAGGTGACCGGTTTCACAAATATAAAAAATGAACAATTCACTCTCTTGCTTATTTAGTGACAACTATTCATGATTTTGTGAAACCGGt > 1:4787109/1‑140 (MQ=255)
tgtACTGCACCGTTTGCCGATTGTCCTTGCACAATCGGCGGG‑AAAAATATTCAGGTGACCGGTTTCACAAATATAAAAAATGAACAATTCACTCTCTTGCTTATTTAGTGACAACTATTCATGATTTTGTGAAACCGGtt > 1:3682530/1‑140 (MQ=255)
tGCACCGTTTGCCGATTGTCCTTGCACAATCGGCGGG‑AAAAATATTCAGGTGACCGGTTTCACAAATATAAAAAATGAACAATTCACTCTCTTGCTTATTTAGTGACAACTATTCATGATTTTGTGAAACCGGTTTCTTa > 1:1890339/1‑140 (MQ=255)
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cACCGTTTGCCGATTGTCCTTGCACAATCGGCGGG‑AAAAATATTCAGGTGACCGGTTTCACAAATATAAAAAATGAACAATTCACTCTCTTGCTTATTTAGTGACAACTATTCATGATTTTGTGAAACCGGTTTCTTAAt > 2:233295/1‑140 (MQ=255)
cACCGTTTGCCGATTGTCCTTGCACAATCGGCGGG‑AAAAATATTCAGGTGACCGGTTTCACAAATATAAAAAATGAACAATTCACTCTCTTGCTTATTTAGTGACAACGATTCATGATTTTGTGAAACCTGTTTCTTAAt > 1:5094782/1‑140 (MQ=255)
cACCGTTTGCCGATTGTCCTTGCACAATCGGCGGG‑AAAAATATTCAGGTGACCGGGTTCACAAATATAAAAAATGAACAATTCACTCTCTTGCTTATTTAGTGACAACTATTCATGATTTTGTGAAACCGGTTTCTTAAt > 1:2520956/1‑140 (MQ=255)
cGTTTGCCGATTGTCCTTGCACAATCGGCGGG‑AAAAATATTCAGGTGACCGGTTTCACAAATATAAAAAATGAACAATTCACTCTCTTGCTTATTTAGTGACAACTATTCATGATTTTGTGAAACCGGTTTCTTAATTcc > 1:3167101/1‑140 (MQ=255)
cGTTTGCCGATTGTCCTTGCACAATCGGCGGG‑AAAAATATTCAGGTGACCGGTTTCACAAATATAAAAAATGAACAATTCACTCTCTTGCTTATTTAGTGACAACTATTCATGATTTTGTGAAACCGGTTTCTTAATTcc > 2:4688853/1‑140 (MQ=255)
cGTTTGCCGATTGTCCTTGCACAATCGGCGGG‑AAAAATATTCAGGTGACCGGTTTCACAAATATAAAAAATGAACAATTCACTCTCTTGCTTATTTAGTGACAACTATTCATGATTTTGTGAAACCGGTTTCTTAATTcc > 2:4619623/1‑140 (MQ=255)
cGTTTGCCGATTGTCCTTGCACAATCGGCGGG‑AAAAATATTCAGGTGACCGGTTTCACAAATATAAAAAATGAACAATTCACTCTCTTGCTTATTTAGTGACAACTATTCATGATTTTGTGAAACCGGTTTCTTAATTcc > 2:3502382/1‑140 (MQ=255)
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tttGCCGATTGTCCTTGCACAATCGGCGGG‑AAAAATATTCAGGTGACCGGTTTCACAAATATAAAAAATGAACAATTCACTCTCTTGCTTATTTAGTGACAACTATTCATGATTTTGTGAAACCGGTTTCTTAATTCCGt > 1:1052194/1‑140 (MQ=255)
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aaTCGGCGGG‑AAAAATATTCAGGTGACCGGTTTCACAAATATAAAAAATGAACAATTCACTCTCTTGCTTATTTAGTGACAACTATTCATGATTTTGTGAAACCGGTTTCTTAATTCCGTTTCAGCATCGGCATTTTTcc < 2:3885114/140‑1 (MQ=255)
aTCGGCGGG‑AAAAATATTCAGGTGACCGGTTTCACAAATATAAAAAATGAACAATTCACTCTCTTGCTTATTTAGTGACAACTATTCATGATTTTGTGAAACCGGTTTCTTAATTCCGTTTCAGCATCGGCATTTTTCCg > 2:3404402/1‑140 (MQ=255)
tCGGCGGG‑AAAAATATTCAGGTGACCGGTTTCACAAATATAAAAAATGAACAATTCACTCTCTTGCTTATTTAGTGACAACTATTCATGATTTTGTGAAACCGGTTTCTTAATTCCGTTTCAGCATCGGCATTTTTCCGt > 1:2640775/1‑140 (MQ=255)
tCGGCGGG‑AAAAATATTCAGGTGACCGGTTTCACAAATATAAAAAATGAACAATTCACTCTCTTGCTTATTTAGTGACAACTATTCATGATTTTGTGAAACCGGTTTCTTAATTCCGTTTCAGCATCGGCATTTTTCCGt > 1:1421261/1‑140 (MQ=255)
tCGGCGGG‑AAAAATATTCAGGTGACCGGTTTCACAAATATAAAAAATGAACAATTCACTCTCTTGCTTATTTAGTGACAACTATTCATGATTTTGTGAAACCGGTTTCTTAATTCCGTTTCAGCATCGGCATTTTTCCGt > 2:3769704/1‑140 (MQ=255)
gcggG‑AAAAATATTCAGGTGACCGGTTTCACAAATATAAAAAATGAACAATTCACTCTCTTGCTTATTTAGTGACAACTATTCATGATTTTGTGAAACCGGTTTCTTAATTCCGTTTCAGCATCGGCATTTTTCCGTCAc > 2:3571921/1‑140 (MQ=255)
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cggG‑AAAAATATTCAGGTGACCGGTTTCACAAATATAAAAAATGAACAATTCACTCTCTTGCTTATTTAGTGACAACTATTCATGATTTTGTGAAACCGGTTTCTTAATTACGTTTCAGCATCGGCATTTTTGCGTCACg > 2:4365598/1‑140 (MQ=255)
ggg‑AAAAATATTCAGGTGACCTGCTTCACAAATATAAAAAATGAACAATTCACTCTCTTGCTTATTTAGTGACAACTATTCATGATTTTGTGAAACCGGTTTCTTAATTCCGTTTCAGCATCGGCATTTTTCCGTCACGt < 2:1314919/140‑1 (MQ=255)
aaaaaTATTCAGGTGACCGGTTTCACAAATATAAAAAATGAACAATTCACTCTCTTGCTTATTTAGTGACAACTATTCATGATTTTGTGAAACCGGTTTCTTAATTCCGTTTCAGCATCGGCATTTTTCCGTCACGTCGa < 1:1709219/140‑1 (MQ=255)
aaaaaTATTCAGGTGACCGGTTTCACAAATATAAAAAATGAACAATTCACTCTCTTGCTTATTTAGTGACAACTATTCATGATTTTGTGAAACCGGTTTCTTAATTCCGTTTCAGCATCGGCATTTTTCCGTCACGTCGa > 2:1990000/1‑140 (MQ=255)
aaaaaTATTCAGGTGACCGGTTTCACAAATATAAAAAATGAACAATTCACTCTCTTGCTTATTTAGTGACAACTATTCATGATTTTGTGAAACCGGTTTCTTAATTCCGTTTCAGCATCGGCATTTTTCCGTCACGTCGa < 1:1251678/140‑1 (MQ=255)
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tatTCAGGTGACCGGTTTCACAAATATAAAAAATGAACAATTCACTCTCTTGCTTATTTAGTGACAACTATTCATGATTTTGTGAAACCGGTTTCTTAATTCCGTTTCAGCATCGGCATTTTTCCGTCACGTCGACTGAt < 1:4619623/140‑1 (MQ=255)
tatTCAGGTGACCGATTTCACAAATATAAAAAATGAACAATTCACTCTCTTGCTTATTTAGTGACAACTATTCATGATTTTGTGAAACCGGTTTCTTAATTCCGTTTCAGCATCGGCATTTTTCCGGCACGTCGACTGAt < 1:3454383/140‑1 (MQ=255)
atTCCGGTGACCGGTTTCACAAATATAAAAAATGAACAATTCACTCTCTTGCTTATTTAGTGACAACTATTCATGATTTTGTGAAACCGGTTTCTTAATTCCGTTTCAGCATCGGCATTTTTCCGTCACGTCGACTGATa < 2:5105825/140‑1 (MQ=255)
atTCAGGTGACCGGTTCCACAAATATAAAAAATGAACAATTCACTCTCTTGCTTATTTATTGACAACTATTCATGATTTTGTGTAACCGGTTTCTTAATTCCGTTTCAGCATCGGCATTTTTCCGTCACGTCGACTGATa < 1:2873318/140‑1 (MQ=255)
ggTGACCGGTTTCACAAATATAAAAAATGAACAATTCACTCTCTTGCTTATTTAGTGACAACTATTCATGATTTTGTGAAACCGGTTTCTTAATTCCGTTTCAGCATCGGCATTTTTCCGTCACGTCGACTGATaacaac < 2:2183657/140‑1 (MQ=255)
ggTGACCGGTTTCACAAATATAAAAAATGAACAATTCACTCTCTTGCTTATTTAGTGACAACTATTCATGATTTTGTGAAACCGGTTTCTTAATTCCGTTTCAGCATCGGCATTTTTCCGTCACGTCGACTGATaacaac < 2:1185822/140‑1 (MQ=255)
gTGACCGGTTTCACAAATATAAAAAATGAACAATTCACTCTCTTGCTTATTTAGTGACAACTATTCATGATTTTGTGAAACCGGTTTCTTAATTCCGTTTCAGCATCGGCATTTTTCCGTCACGTCGACTGATAACAACt > 2:884118/1‑140 (MQ=255)
gACCGGTTTCACAAATATAAAAAATGAACAATTCACTCTCTTGCTTATTTAGTGACAACTATTCATGATTTTGTGAAACCGGTTTCTTAATTCCGTTTCAGCATCGGCATTTTTCCGTCACGTCGACTGATAACAACTAc < 2:3680002/140‑1 (MQ=255)
gACCGGTTTCACAAATATAAAAAATGAACAATTCACTCTCTTGCTTATTTAGTGACAACTATTCATGATTTTGTGAAACCGGTTTCTTAATTCCGTTTCAGCATCGGCATTTTTCCGTCACGTCGACTGATAACAACTAc < 2:4464017/140‑1 (MQ=255)
aCCGGTTTGACAAATATAAAAAATGAACAATTCACTCTCTTGCTTATTTAGTGACAACTATTCATGATTTTGTGAAACCGGTTTCTTAATTCCGTCTCAGCATCGGCATTTTTCCGTCACGTCGACTGATAACAACTACa > 2:3114577/1‑140 (MQ=255)
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ATAAAAAATGAACAATTCACTCTCTTGCTTATTTAGTGACAACTATTCATGATGTTGTGAAACCGGTTTCTTAATTCCGTTTCAGCATCGGCATTTTTCCGTCACGTCGACTGATAACAACTACATCTACCCTACTGATAACAGTATAAAA > SRR14920191.510151/1‑151 (MQ=60)
AAAAATGAACAATTCACTCTCTTGCTTATTTAGTGACAACTATTCATGATTTTGTGAAACCGGTTTCTTAATTCCGTTTCAGCATCGGCATTTTTCCGTCACGTCGACTGATAACAACTACATCTACCCTACTGATAACAGGATAAAATCC < SRR14920191.4424359/151‑1 (MQ=60)
GAACAATTCACTCTCTTGCTTATTTAGTGACAACTATTCATGATTTTGTGAAACCGGTTTCTTAATTCCGTTTCAGCATCGGCATTTTTCCGTCACGTCGACTGATAACAACTACATCTACCCTACTGATAACAGGATAAAATCCGATGGT > SRR14920191.361367/1‑151 (MQ=60)
CAATTCACTCTCTTGCTTATTTAGTGACAACTATTCATGATTTTGTGAAACCGGTTTCTTAATTCCGTTTCAGCATCGGCATTTTTCCGTCACGTCGACTGATAACAACTACATCTACCCTACTGATAACAGGATAAAATCCGATGGCCAA > SRR14920191.919322/1‑151 (MQ=60)
CAATTCACTCTCTTGCTTATTTAGTGACAACTATTCATGATTTTGTGAAACCGGGTTCTTAATTCCGTTTCAGCATCGGCATTTTTCCGTCACGTCGACTGATACGAACTACATCTACCCTACTGATAACAGGATAAAATCCGCTGGCCAA > SRR14920191.1493067/1‑151 (MQ=60)
ATTCACTCTCTTGCTTATTTAGTGACAACTATTCATGATTTTGTGAAACCGGTTTCTTAATTCCGTTTCAGCATCGGCATTTTTCCGTCACGTCGACTGATAACAACTACATCTACCCTACTGATAACAGGATAAAATCCGATGGCCAAAA > SRR14920191.2337573/1‑151 (MQ=60)
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CTTCGCCACTTCCAGCATCGTCGTCATCATTTTCATCCCTTTACACGCAATCAACGCAGTGTACTGCACCGTTTGCCGATTGTCCTTGCACAATCGGCGGGAAAAATATTCAGGTGACCGGTTTCACAAATATAAAAAATGAACAAATCACTCTCTTGCTTATTTAGTGACAACTATTCATGATTTTGTGAAACCGGTTTCTTAATTCCGTTTCAGCATCGGCATTTTTCCGTCACGTCGACTGATAACAACTACATCTACCCTACTGATAACAGGATAAAATCCGATGGCCAAAA > NZ_CP025268/2843258‑2843553
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |