Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F21 I1 R3
|
778 |
586.6 |
19747158 |
98.0% |
19352214 |
137.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP025268 |
4,270,410 |
(T)8→7 |
intergenic (+181/+322) |
tyrB → / ← CXP41_RS22090 |
aromatic amino acid transaminase/protein YjbS |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP025268 | 4,270,403 | 0 | T | . | 86.0%
| 589.8
/ 106.3
| 179 | intergenic (+174/+329) | tyrB/CXP41_RS22090 | aromatic amino acid transaminase/protein YjbS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (4/21); new base . (40/113); total (44/135) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.28e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.70e-01 |
Only 100 of 184 total aligned reads displayed.
TTAAACTGTCGTCGCTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCTTTGCCTTATTGCCTGTGACTTTCTGAGA > NZ_CP025268/4270270‑4270538
|
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gtcgtcGCTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTggg > 2:8980818/1‑136 (MQ=255)
cgtcgCTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTg > 2:7638643/1‑136 (MQ=255)
gtcgCTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGta < 1:4101503/140‑1 (MQ=255)
tttCACTCTTTCATTAGCGATGATTGATGTTCAGCCATCGTACTACGTGAGAGATAATAAACGTTGGGAGGTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCCCGTATCTGGACTTCCTGAGCCTG‑TTTTTTTGGGTGGCGTaataat < 2:9163533/140‑1 (MQ=255)
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ctctTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTg < 2:1083105/140‑1 (MQ=255)
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ctttctttATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGca < 2:1351727/140‑1 (MQ=255)
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tctttATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGca < 2:8868200/137‑1 (MQ=255)
tctttATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGca > 2:5412080/1‑137 (MQ=255)
tctttATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACAt < 2:1198862/140‑1 (MQ=255)
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tataGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTg < 2:495867/116‑1 (MQ=255)
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gatgatTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTg < 2:853300/112‑1 (MQ=255)
gatgatTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTg > 1:853300/1‑112 (MQ=255)
gatgatTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTg > 2:3934007/1‑127 (MQ=255)
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gatgatTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCat > 1:1891610/1‑140 (MQ=255)
gatTTTTTTGATGCCATCGTTCTACTTGATAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTTTTAAGCTTATACAAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGATTAATAATTTCTGCACATCTAACAattat > 2:2710996/1‑140 (MQ=255)
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ttttGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAAt < 1:1903567/140‑1 (MQ=255)
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gCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTg > 1:9021496/1‑112 (MQ=255)
gCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTg > 1:8905462/1‑112 (MQ=255)
gCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTtaataa < 1:1125964/140‑1 (MQ=255)
ccATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTtaataat < 1:4273687/140‑1 (MQ=255)
aTCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTtaataataa < 2:1829133/140‑1 (MQ=255)
tCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTCTTAAATTTAATAATAAg < 1:4333249/140‑1 (MQ=255)
tCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAg < 1:4333250/140‑1 (MQ=255)
ttCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTAt < 1:2491679/140‑1 (MQ=255)
ttCTACGTGAGAGATAATAAACCTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTAt < 2:7891161/140‑1 (MQ=255)
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cTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCt > 2:429046/1‑110 (MQ=255)
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cGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGtaat > 2:1601589/1‑92 (MQ=255)
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ataataAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTg < 1:3438565/92‑1 (MQ=255)
aataaACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGca < 2:1403430/92‑1 (MQ=255)
aataaACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACAt > 1:4647507/1‑95 (MQ=255)
aataaACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACAt < 2:4647507/95‑1 (MQ=255)
aCGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTg < 2:8457450/85‑1 (MQ=255)
aCGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTg > 1:3372905/1‑85 (MQ=255)
aCGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTg < 2:3372905/85‑1 (MQ=255)
tgttAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGtttttttg < 1:7100228/62‑2 (MQ=255)
tgttAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGtttttttg > 2:7100228/1‑61 (MQ=255)
ttAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTg > 2:2525838/1‑79 (MQ=255)
gTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTg > 1:7183181/1‑65 (MQ=255)
gTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTg < 2:7183181/65‑1 (MQ=255)
gTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGca < 1:6217517/67‑1 (MQ=255)
gTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGca < 1:6217373/67‑1 (MQ=255)
gTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGca > 2:6217517/1‑67 (MQ=255)
gTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGca > 2:6217373/1‑67 (MQ=255)
gTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAat < 2:4109353/140‑1 (MQ=255)
gCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCt < 1:6383329/140‑1 (MQ=255)
cccAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTggg > 1:2462436/1‑37 (MQ=255)
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ACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATctgtctcttatacacatctccgagcccacgagac > SRR14920172.4683997/1‑117 (MQ=60)
AGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCctgtctcttatacacatctccgagcccacgagacgcgtagtaat > SRR14920172.8525012/1‑107 (MQ=60)
AGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCctgtctcttatacacatctccgagcccacgagacgcgtagtaat > SRR14920172.3399503/1‑107 (MQ=60)
GATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCtgtctcttatacacatctncgagcccacgagacgcgtagtaatctcg > SRR14920172.6323743/1‑104 (MQ=60)
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GTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCctgtctcttatacacatctccgagcccacgagacgcgtagtaatctcgtatgccgtcttctgct > SRR14920172.7240163/1‑87 (MQ=60)
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GCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCTTTGCCTTATTG < SRR14920172.6433699/151‑1 (MQ=60)
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TCTGGAATTCCTTATCCTG‑TATTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCTTTGCCTTATTGCCTGTGACTTTCTG < SRR14920172.6466808/151‑1 (MQ=60)
aagtccgtatcctgtaTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCTTTGCCTTATTGCCTGTGACTTTCTGAGATT < SRR14920172.8502152/135‑1 (MQ=60)
TCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCTTTGCCTTATTGCCTGTGACTTTCTGAGATTCAATTATAG < SRR14920172.909548/151‑1 (MQ=60)
TCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCTTTGCCTTATTGCCTGTGACTTTCTGAGATTCAATTATAG < SRR14920172.5088783/151‑1 (MQ=60)
TTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTActgtctcttatacacatctccgagcccacgagacgcgtagtaatctcgtatgccgtcttctgcttgaaaaggggggggggggggggggggggggggggggggggggg > SRR14920172.2313496/1‑44 (MQ=60)
TTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTActgtctcttatacacatctccgagcccacgagacgcgtagtaatctcgtatgccgtcgtctgcttgaaaaggggggggggggggggggggggggggggggggggggg > SRR14920172.2313488/1‑44 (MQ=60)
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TGCAGTGAAATTAAACTGTCGTCGCTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCTTTGCCTTATTGCCTGTGACTTTCTGAGATTCAATTATAGTATCGT > NZ_CP025268/4270260‑4270555
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
