Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F50 I1 R2
|
870 |
341.9 |
11209456 |
97.2% |
10895591 |
138.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP025268 |
3,309,690 |
(C)5→6 |
intergenic (‑81/+27) |
nlpI ← / ← pnp |
lipoprotein NlpI/polyribonucleotide nucleotidyltransferase |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP025268 | 3,309,685 | 1 | . | C | 90.6%
| 937.6
/ 94.0
| 309 | intergenic (‑76/+32) | nlpI/pnp | lipoprotein NlpI/polyribonucleotide nucleotidyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (10/19); new base C (118/162); total (128/181) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.53e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 387 total aligned reads displayed.
TATTACTACATCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑C‑CCCCA‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCAA > NZ_CP025268/3309546‑3309817
|
tATTACTGCATCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAg < 1:2721527/140‑1 (MQ=255)
tactgcATCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑c‑cc > 1:2360750/1‑140 (MQ=255)
ctgcATCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑c‑cccc < 1:5545928/137‑1 (MQ=255)
gcATCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑c‑cccccg > 2:74147/2‑138 (MQ=255)
gcATCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑c‑cccccg > 2:5572753/2‑138 (MQ=255)
cctCCTGCACGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCTCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGAGCACGCTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACATGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑c‑cccccgc > 2:4299214/3‑137 (MQ=255)
cATCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑c‑cccccgc > 2:2118569/1‑137 (MQ=255)
cATCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑c‑cccccgc > 2:5492484/1‑137 (MQ=255)
cATCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑c‑cccccgc > 1:4205069/1‑137 (MQ=255)
cATCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑c‑cccccgc > 2:3530140/1‑137 (MQ=255)
cATCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑c‑cccccgc > 1:5493284/1‑137 (MQ=255)
ttcTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAGTGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCGAACAAGGCGTCCTGCCCGGCTAAAAG‑c‑cccccgccg > 1:3126065/3‑135 (MQ=255)
tCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCGAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGGCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑c‑cccccgccg > 2:3430035/1‑135 (MQ=255)
tCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑c‑cccccgccg > 1:4288386/1‑135 (MQ=255)
tCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑c‑cccccgccg > 2:4886774/1‑135 (MQ=255)
tCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑c‑cccccgccg > 1:578830/1‑135 (MQ=255)
tCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑c‑cccccgccg > 2:5188333/1‑135 (MQ=255)
tCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑c‑cccccgccg > 1:2929488/1‑135 (MQ=255)
tCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑c‑cccccgccg > 2:95145/1‑135 (MQ=255)
tCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑c‑cccccgccg > 1:260703/1‑135 (MQ=255)
tCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑c‑cccccgccg > 1:1376001/1‑135 (MQ=255)
cAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCG‑CCGCAGCg > 2:1087553/1‑140 (MQ=255)
cAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCG‑CCGCAGCg > 2:2227089/1‑140 (MQ=255)
cAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCG‑CCGCAGCg > 1:446760/1‑140 (MQ=255)
cAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑C‑CCCCCGCCGCAGCg > 1:1408008/1‑140 (MQ=255)
cAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACAACAGCGCAAAAAAGTCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGGTCCAGGTTGCTCACAAGGCGTCCGGCCCGATTAAAAGCC‑CCCCT‑CCGCAGCg > 2:3602417/1‑140 (MQ=255)
gTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCa < 1:4687566/140‑1 (MQ=255)
gTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTGCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCAGGGTAAAAG‑C‑CCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCa > 2:1487302/1‑140 (MQ=255)
cGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAAc < 1:2553174/140‑1 (MQ=255)
cGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTAc < 2:1656447/140‑1 (MQ=255)
cGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTAc < 2:5594445/140‑1 (MQ=255)
aaCACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGACGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCg < 2:1422945/140‑1 (MQ=255)
aaCACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCG‑CCGCAGCGGAGGTCAAATGGCAACCTTACTCg < 2:2754304/140‑1 (MQ=255)
acacCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGc > 1:4113220/1‑140 (MQ=255)
cacCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGcc < 1:1531341/140‑1 (MQ=255)
cacCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGcc < 1:678060/140‑1 (MQ=255)
gcgcAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGtt > 1:2538093/1‑140 (MQ=255)
gcgcAAAAAAGGCTTCATGTCCCCCTACCGAAGACCACGTTTGAATGAACGTCCTGTTCCCCGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTCAAAGCC‑CCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGtt < 2:5324990/140‑1 (MQ=255)
cgcAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCG‑CCGCAGCg < 1:2836478/108‑1 (MQ=255)
cgcAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCG‑CCGCAGCg > 2:2836478/1‑108 (MQ=255)
cgcAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTc > 1:3307699/1‑140 (MQ=255)
gcAAAAAAGGCTTCATTTCCCAGTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTca > 1:3882395/1‑140 (MQ=255)
aGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCg < 2:2900140/140‑1 (MQ=255)
aGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCg < 2:407055/140‑1 (MQ=255)
ggCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCgg < 2:373496/140‑1 (MQ=255)
aTTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTc > 1:1774169/1‑140 (MQ=255)
tttCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTcc < 1:2020498/140‑1 (MQ=255)
ttCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCg < 1:5037406/140‑1 (MQ=255)
ttCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑C‑CCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCgg < 1:4896942/140‑1 (MQ=255)
ccACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGtg > 1:18607/1‑140 (MQ=255)
ccACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGATCAGCAGCCGGAGCTTCCGGtg > 2:4396267/1‑140 (MQ=255)
cACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTGGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGtgc > 2:3052390/1‑140 (MQ=255)
cccGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTgca > 1:1342780/1‑140 (MQ=255)
ccGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCTAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGGAGCCGGAGCTTCCGGTGCTgcag < 1:3356287/140‑1 (MQ=255)
ccGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTgcag < 1:1115307/140‑1 (MQ=255)
ccGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTgcag < 1:3501029/140‑1 (MQ=255)
ccGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTgcag < 2:1143801/140‑1 (MQ=255)
ccGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTgcag < 1:4039880/140‑1 (MQ=255)
ccGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTgcag < 1:4975197/140‑1 (MQ=255)
gACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGt < 1:1729613/140‑1 (MQ=255)
gACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGt < 2:3931868/140‑1 (MQ=255)
gACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑C‑CCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGt < 2:46059/140‑1 (MQ=255)
aaCCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGCAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGt < 2:5402636/139‑1 (MQ=255)
cACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTCACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAACTGGCCACCTTACTCGCCCTGTGCAGCAGCCGGAGCGTCCGGTGCTGCAGCAGGTTga > 1:1220871/1‑140 (MQ=255)
cACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACGTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTga > 2:4491648/1‑140 (MQ=255)
cGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTgaga < 2:3183767/140‑1 (MQ=255)
cGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTgaga > 1:4827389/1‑140 (MQ=255)
cGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTgaga > 1:4556321/1‑140 (MQ=255)
gaatgaaCGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGTCTGCt > 2:5244462/1‑140 (MQ=255)
gaatgaaCGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCt > 2:1008642/1‑140 (MQ=255)
gaaCGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGt < 1:2211068/140‑1 (MQ=255)
gaaCGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGt < 2:889247/140‑1 (MQ=255)
gaaCGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGt < 1:198897/140‑1 (MQ=255)
gaaCGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGt < 2:1815999/140‑1 (MQ=255)
aCGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTc > 1:3852501/1‑108 (MQ=255)
aCGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTc < 2:3852501/108‑1 (MQ=255)
aCGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCg < 2:4204897/140‑1 (MQ=255)
cGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGc < 1:325517/140‑1 (MQ=255)
ccGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATg < 1:4366859/140‑1 (MQ=255)
ccGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATg < 2:260916/140‑1 (MQ=255)
ggTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCt < 2:4984349/140‑1 (MQ=255)
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ggTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCt > 1:1671628/1‑140 (MQ=255)
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GTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGC > SRR14920167.4122434/1‑151 (MQ=60)
CGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCC < SRR14920167.2558440/151‑1 (MQ=60)
CGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCC < SRR14920167.1122336/151‑1 (MQ=60)
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ACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTT > SRR14920167.2543332/1‑151 (MQ=60)
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ACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTT > SRR14920167.796428/1‑151 (MQ=60)
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AAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAG > SRR14920167.1453852/1‑151 (MQ=60)
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CAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCT < SRR14920167.1493034/151‑1 (MQ=60)
AAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTC > SRR14920167.1777816/1‑151 (MQ=60)
GGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTG > SRR14920167.18694/1‑151 (MQ=60)
GCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGC < SRR14920167.1809322/151‑1 (MQ=60)
GCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGC < SRR14920167.4020278/151‑1 (MQ=60)
CATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCA > SRR14920167.1345505/1‑151 (MQ=60)
CATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCA > SRR14920167.2745419/1‑151 (MQ=60)
ATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAG < SRR14920167.4713581/151‑1 (MQ=60)
TTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGC < SRR14920167.71504/151‑1 (MQ=60)
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TCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAG < SRR14920167.4908343/151‑1 (MQ=60)
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TGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTC < SRR14920167.2602349/151‑1 (MQ=60)
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AATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTT > SRR14920167.4219680/1‑151 (MQ=60)
ATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTT > SRR14920167.5408600/1‑151 (MQ=60)
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TGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGC > SRR14920167.2174074/1‑151 (MQ=60)
GCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCC < SRR14920167.766579/151‑1 (MQ=60)
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GCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCC < SRR14920167.3885287/151‑1 (MQ=60)
GCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCC < SRR14920167.3884942/151‑1 (MQ=60)
CTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCC > SRR14920167.3435106/1‑151 (MQ=60)
CTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCC < SRR14920167.2964239/151‑1 (MQ=60)
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AAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CACCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGAAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCG < SRR14920167.396753/151‑1 (MQ=60)
GGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGAT < SRR14920167.1545703/151‑1 (MQ=60)
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AGGAAGTATTACTACATCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑C‑CCCCACCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCAACTTCCAGAACTTTCACCGGTAC > NZ_CP025268/3309540‑3309839
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |