Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F21 I1 R2
|
777 |
572.4 |
18918554 |
98.5% |
18634775 |
138.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP025268 |
1,437,092 |
A→G |
A1075A (GCA→GCG) |
stfR → |
prophage tail fiber N‑terminal domain‑containing protein |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP025268 | 1,437,092 | 0 | A | G | 99.0%
| 2695.7
/ NA
| 790 | A1075A (GCA→GCG) | stfR | prophage tail fiber N‑terminal domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (348/434); minor base T (1/7); total (349/441) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.38e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 798 total aligned reads displayed.
ACGGCTAGTGCTAACTCCGGTGCTGGTAGTGCATCAACAAGATTGTCTGTTGTGCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAAACATCGCATTTAACTATATTGTGAGGCTTGCA > NZ_CP025268/1436955‑1437227
|
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gCTAGTGCTAACTCCGGTGCTGGTAGTGCATCAACAAGATTGTCTGTTGTGCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATAc < 2:4111314/140‑1 (MQ=255)
aGTGCTAACTCCGGTGCTGGTAGTGCATCAACAAGATTGTCTGTTGTGCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGt < 1:8822207/140‑1 (MQ=255)
aGTGCTAACTCCGGTGCTGGTAGTGCATCAACAAGATTGTCTGTTGTGCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGt < 2:1097102/140‑1 (MQ=255)
gTGCTAACTCCGGTGCTGGTAGTGCATCAACAAGATTGTCTGTTGTGCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTc > 1:3909713/1‑140 (MQ=255)
tGCTAACTCCGGTGCTGGTAGTGCATCAACAAGATTGTCTGTTGTGCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCg > 1:3622925/1‑140 (MQ=255)
tGCTAACTCCGGTGCTGGTAGTGCATCAACAAGATTGTCTGTTGTGCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCg > 2:7726086/1‑140 (MQ=255)
aCTCCGGTGCTGGTAGTGCATCAACAAGATTGTCTGTTGTGCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTAtt > 1:9367472/1‑140 (MQ=255)
tCCGGTGCTGGTAGTGCATCAACAAGATTGTCTGTTGTGCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTgg < 1:4107413/140‑1 (MQ=255)
tCCGGTGCTGGTAGTGCATCAACAAGATTGTCTGTTGTGCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTgg < 2:661747/140‑1 (MQ=255)
tCCGGTGCTGGTAGTGCATCAACAAGATTGTCTGTTGTGCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTgg < 1:3119095/140‑1 (MQ=255)
cGGTGCTGGTAGTGCATCAACAAGATTGTCTGTTGTGCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTg < 1:5157208/140‑1 (MQ=255)
cGGTGCTGGTAGTGCATCAACAAGATTGTCTGTTGTGCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTg < 1:7463940/140‑1 (MQ=255)
ggTGCTGGTAGTGCATCAACAAGATTGTCTGTTGTGCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGc > 2:1913855/1‑140 (MQ=255)
ggTGCTGGTAGTGCATCAACAAGATTGTCTGTTGTGCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGc > 2:8608912/1‑140 (MQ=255)
ggTGCTGGTAGTGCATCAACAAGATTGTCTGTTGTGCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGc > 2:8808952/1‑140 (MQ=255)
gTGCTGGTAGTGCATCAACAAGATTGTCTGTTGTGCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCt < 2:5037398/140‑1 (MQ=255)
gTGCTGGTAGTGCATCAACAAGATTGTCTGTTGTGCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCGGGCGCACCTACCCACTCACTGTCCGGCACGGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATCCTGTCGGTATTGGTGCt < 2:4834484/140‑1 (MQ=255)
cTGGTAGTGCATCAACAAGATTGTCTGTTGTGCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCAt > 1:7341938/1‑140 (MQ=255)
gTAGTGCATCAACAAGATTGTCTGTTGTGCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACg > 1:5709989/1‑140 (MQ=255)
gTAGTGCATCAACAAGATTGTCTGTTGTGCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACg > 1:7885477/1‑140 (MQ=255)
aTCAACAAGATTGTCTGTTGTGCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCg > 2:6299953/1‑140 (MQ=255)
aacaaGATTGTCTGTTGTGCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTg > 2:3082952/1‑140 (MQ=255)
acaaGATTGTCTGTTGTGCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCTCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGc < 1:714583/140‑1 (MQ=255)
acaaGATTGTCTGTTGTGCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGc > 1:7549112/1‑140 (MQ=255)
aGATTGTCTGTTGTGCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGAt < 1:8093343/140‑1 (MQ=255)
aGATTGTCTGTTGTGCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGAt < 2:8085553/140‑1 (MQ=255)
aTTGTCTGTTGTGCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTg > 1:2163631/1‑140 (MQ=255)
atGTCAGGTGTTCATACTCAACTCTACGCAACAACATCCGCTGGCGCACACACCCACTCACGGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATCCGCACTCCGTTGCGATTgg < 2:7947863/139‑1 (MQ=17)
gTCTGTTGTGCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGtt < 1:9061613/140‑1 (MQ=255)
gTCTGTTGTGCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGtt < 1:4970635/140‑1 (MQ=255)
gTCTGTTGTGCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGtt < 2:9292885/140‑1 (MQ=255)
tgttgtGCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTcac < 1:130543/140‑1 (MQ=255)
tgCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGa > 1:655513/1‑140 (MQ=255)
cATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGaca < 1:1085967/140‑1 (MQ=255)
tAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGacaca < 1:8607679/140‑1 (MQ=255)
tCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACCTGGACACACCa > 2:2848371/1‑140 (MQ=255)
tCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCa < 1:8389475/140‑1 (MQ=255)
cAAAACTCTGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCCCTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACAGGGACACACCAt < 2:3979385/140‑1 (MQ=255)
aaaaCTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATc < 2:4602543/140‑1 (MQ=255)
tGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACg < 1:8177175/97‑1 (MQ=255)
tGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTcac < 2:3426566/119‑1 (MQ=255)
tGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTcac > 1:3426566/1‑119 (MQ=255)
tGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTa > 2:5166376/1‑140 (MQ=255)
tGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTa < 2:3273890/140‑1 (MQ=255)
tGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTa > 2:8998322/1‑140 (MQ=255)
tGCAACATCATCTGCTGGCGCACAAACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGAGCTCATACGCACTCCGTTTCGATTGGTTCACAGGGACAAACCATCACCGTTa > 2:2048608/1‑140 (MQ=17)
gCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTaa > 1:2293990/1‑140 (MQ=255)
cAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAAc < 2:6109502/140‑1 (MQ=255)
aaCATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGACGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACg < 2:7007775/140‑1 (MQ=255)
aCATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACgc < 2:8406451/140‑1 (MQ=255)
aCATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACgc < 2:5744652/140‑1 (MQ=255)
catcatCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACgct > 1:5825086/1‑140 (MQ=255)
tcTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCggg > 2:7379022/1‑140 (MQ=255)
tcTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTgg > 2:1461186/1‑140 (MQ=255)
tgctgGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTa < 2:7511234/140‑1 (MQ=255)
tgctgGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTa < 1:600111/140‑1 (MQ=255)
tgGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGaca > 1:6374229/1‑111 (MQ=255)
tgGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAAcg > 1:2480063/1‑140 (MQ=255)
tgGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAAcg > 2:3607576/1‑140 (MQ=255)
cgcACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCgg > 2:6716605/1‑140 (MQ=255)
cgcACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCgg > 1:3766081/1‑140 (MQ=255)
tACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAaca < 1:1447789/140‑1 (MQ=255)
cccACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGTTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACAcc < 2:72167/140‑1 (MQ=255)
cccACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACAcc < 2:4312905/140‑1 (MQ=255)
actcactGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTc > 1:8289027/1‑140 (MQ=255)
ctcactGTCCGGCACTGCTGCAATCGCAGGTGCACACGCGAATACTGACGGTAATGGAGCTCAAACGCACTCCGTAGCGAATGGTTCACATGGACACACCATCACCGATAACGCAGATGGTAACTCGGAAAACACCGTCa > 2:3023897/1‑140 (MQ=14)
cactGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCaaa > 1:5400283/1‑140 (MQ=255)
actGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAaca > 1:2951522/1‑131 (MQ=38)
gTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAAACa > 1:6763342/1‑140 (MQ=37)
tCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAAACAt < 1:4017283/140‑1 (MQ=37)
tCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAAACAt > 1:9176350/1‑140 (MQ=37)
gCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAAACATCGCa < 1:1910940/140‑1 (MQ=37)
gCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAAACATCGCa < 1:1670266/140‑1 (MQ=37)
gCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAAACATCGCa < 2:3717854/140‑1 (MQ=37)
gCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAAACATCGCa < 2:295886/140‑1 (MQ=37)
gCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAAACATCGCa < 1:3214134/140‑1 (MQ=37)
gCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGAGGAAAACACCGTCAAAAACATCGCa < 2:7674590/140‑1 (MQ=255)
gCACTGCTGAATGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTTTTGGTGCTCATACGCTCTCCGTTGCGATTGTTTCACATGGACACACCATCACCTTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAATACACCGTCATAAACATCGCa < 2:890242/140‑1 (MQ=11)
aCTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAAACATCGCAtt < 1:6199656/140‑1 (MQ=37)
aCTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAAACATCGCAtt < 1:6904859/140‑1 (MQ=37)
aCTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAAACATCGCAtt < 1:4505122/140‑1 (MQ=37)
tgctgcAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAAACATCGCATTTa > 2:5350420/1‑140 (MQ=37)
tgctgcAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAAACATCGCATTTa > 2:5898192/1‑140 (MQ=37)
gctgcAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAAACATCGCATTTaa < 1:1785891/140‑1 (MQ=37)
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ACAAGATTGTCTGTTGTGCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCAC < SRR14920173.719295/151‑1 (MQ=60)
AAGATTGTCTGTTGTGCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACAT < SRR14920173.5744384/151‑1 (MQ=60)
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CAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACG < SRR14920173.3429692/151‑1 (MQ=60)
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CTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAAACATCGCA > SRR14920173.6859129/1‑151 (MQ=40)
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CTGCAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAAACATCGCATTTAACTATATTGTGAG > SRR14920173.5564963/1‑151 (MQ=31)
CAAGCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAAACATCGCATTTAACTATATTGTGAGGCT < SRR14920173.2867745/151‑1 (MQ=31)
GCGCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTACGTTGCGATTGGTTAACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTTCTGGTAACGCGGAAAACACAGTCAAAAACATCGCAGTTAACaaaattgtctggcatgc > SRR14920173.4361064/1‑134 (MQ=23)
GCAGGTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAAACATCGCATTTAACTATATTGTGAGGCTTGCAT < SRR14920173.9459582/151‑1 (MQ=21)
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GTGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAAACATCGCATTTAACTATATTGTGAGGCTTGCATAATG > SRR14920173.6736765/1‑151 (MQ=10)
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TGCACACGCGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAAACATCGCATTTAACTATATTGTGAGGCTTGCATAATGG < SRR14920173.5671943/151‑1 (MQ=7)
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CGCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAAACATCGCATTTAACTATATTGTGAGGCTTGCATAATGGCATTCAGA > SRR14920173.3070508/1‑151 (MQ=0)
CACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAAACATCGCATTTAACTATATTGTGAGGCTTGCATAATGGCATTCAGA > SRR14920173.8791732/1‑151 (MQ=0)
GCATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAAACATCGCATTTAACTATATTGTGAGGCTTGCATAATGGCATTCAGAA < SRR14920173.2295842/151‑1 (MQ=0)
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AGCCAACGTGAACACGGCTAGTGCTAACTCCGGTGCTGGTAGTGCATCAACAAGATTGTCTGTTGTGCATAATCAAAACTATGCAACATCATCTGCTGGCGCACATACCCACTCACTGTCCGGCACTGCTGCAAGCGCAGGTGCACACGCACATACTGTCGGTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAACGCGGAAAACACCGTCAAAAACATCGCATTTAACTATATTGTGAGGCTTGCATAATGGCATTCAGAA > NZ_CP025268/1436942‑1437242
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |