Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F21 I1 R2
|
777 |
572.4 |
18918554 |
98.5% |
18634775 |
138.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP025268 |
3,269,697 |
G→A |
G200S (GGT→AGT) |
yhaC → |
YhaC family protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP025268 | 3,269,697 | 0 | G | A | 100.0%
| 259.3
/ NA
| 67 | G200S (GGT→AGT) | yhaC | YhaC family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (29/38); total (29/38) |
CTCTCTGGACTTACGTAATGTCGATTTAGATTATTATGATTTCACAGATAAACATATGGCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTGGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAGTTGTTTAAATGAGCCTGGAGACAT > NZ_CP025268/3269561‑3269830
|
ctctctGGACTTACGTAATGTCGATTTAGATTATTATGATTTCACAGATAAACATATGGCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGtt < 2:8365504/140‑1 (MQ=255)
tctGGACTTACGTAATGTCGATTTAGATTATTATGATTTCACAGATAAACATATGGCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTATTTCaa > 2:2172350/1‑140 (MQ=255)
tctGGACTTACGTAATGTCGATTTAGATTATTATGATTTCACAGATAAACATATGGCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCaa > 1:3140276/1‑140 (MQ=255)
tGGACTTACGTAATGTCGATTTAGATTATTATGATTTCACAGATAAACATATGGCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAaca < 2:3140276/140‑1 (MQ=255)
aCGTAATGTCGATTTAGATTATTATGATTTCACAGATAAACATATGGCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACg > 1:5793656/1‑140 (MQ=255)
cGTAATGTCGATTTAGATTATTATGATTTCACAGATAAACATATGGCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAAAAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGc > 2:1886398/1‑140 (MQ=255)
tAATGTCGATTTAGATTATTATGATTTCACAGATAAACATATGGCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCca > 1:7806335/1‑140 (MQ=255)
aTGTCGATTTAGATTATTATGATTTCACAGATAAACATATGGCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCcaca < 2:5392639/140‑1 (MQ=255)
aTTTAGATTATTATGATTTCACAGATAAACATATGGCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTcc < 2:5258463/140‑1 (MQ=255)
ttatGATTTCACAGATAAACATATGGCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGattatt > 1:3807266/1‑140 (MQ=255)
tatGATTTCACAGATAAACATATGGCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTAttt > 1:294933/1‑140 (MQ=255)
aTTTCACAGATAAACATATGGCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTa < 2:5793656/140‑1 (MQ=255)
ttCACAGATAAACATATGGCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAAATTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTaaa < 2:695405/140‑1 (MQ=255)
tAAACATATGGCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGc < 1:4331159/140‑1 (MQ=255)
ggCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTtaa > 2:3102884/1‑140 (MQ=255)
ggCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTtaa > 2:7829461/1‑140 (MQ=255)
gCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTtaat < 2:3918061/140‑1 (MQ=255)
tACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCa < 1:4309193/140‑1 (MQ=255)
tACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCa < 2:3807266/140‑1 (MQ=255)
tATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTa < 1:5770125/140‑1 (MQ=255)
ttttAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGc < 1:6617696/140‑1 (MQ=255)
tttAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCg < 1:7264508/140‑1 (MQ=255)
aaTCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGatat > 1:1844321/1‑140 (MQ=255)
aaTCCTTTTAAAATGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGatat > 1:1846068/1‑140 (MQ=255)
ccTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTa < 1:6573065/140‑1 (MQ=255)
tAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTg < 1:2172350/140‑1 (MQ=255)
tGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTgaagaa < 1:7573560/140‑1 (MQ=255)
aaTTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGaaaa > 2:5568377/1‑140 (MQ=255)
aaaTTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGt < 1:5568377/140‑1 (MQ=255)
aaaTTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGt < 1:2274962/140‑1 (MQ=255)
aTTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGtt < 1:8731915/42‑1 (MQ=255)
aTTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGtt > 2:8731915/1‑42 (MQ=255)
aTTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGc < 2:453230/110‑1 (MQ=255)
aTTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGc > 1:453230/1‑110 (MQ=255)
aCTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGa > 1:3799782/1‑140 (MQ=255)
aCTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGa > 1:2404810/1‑140 (MQ=255)
ccAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAAAGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTATCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAgttgt > 1:7892180/1‑140 (MQ=255)
cAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAgttgtt < 1:1029864/140‑1 (MQ=255)
cATGTTTCAGGTTAAATTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAAACTCCTGGGATAATTTACTAAAAATAACTCCTGTTAAAATAAGCATTAGCGATATGTATACTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAGTTGTTaaa > 1:5281919/1‑140 (MQ=255)
aTGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAGTTGTTTaaa < 2:2774519/140‑1 (MQ=255)
aTGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAGTTGTTTaaa < 1:2786719/140‑1 (MQ=255)
aTGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAGTTGTTTaaa < 2:3211849/140‑1 (MQ=255)
gTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAGTTGTTTAAATg < 2:7806335/140‑1 (MQ=255)
gTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAGTTGTTTAAATg < 2:1844321/140‑1 (MQ=255)
gTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAGTTGTTTAAATg < 2:1846068/140‑1 (MQ=255)
ttCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCcaca < 1:3330472/38‑1 (MQ=255)
ttCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCcaca > 2:3330472/1‑38 (MQ=255)
ttCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTtaat > 1:5561009/1‑79 (MQ=255)
ttCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTtaat < 2:5561009/79‑1 (MQ=255)
tCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAGTTGTTTAAATGAGc < 1:2199280/140‑1 (MQ=255)
cAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAGTTGTTTAAATGAGcc > 1:1771011/1‑140 (MQ=255)
aGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAGTTGTTTAAATGAGCCt < 2:5376256/140‑1 (MQ=255)
gTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACt < 2:5324243/53‑1 (MQ=255)
gTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACt < 2:5324250/53‑1 (MQ=255)
gTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACt > 1:5324250/1‑53 (MQ=255)
gTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACt > 1:5324243/1‑53 (MQ=255)
gTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCAt > 2:5637381/1‑80 (MQ=255)
gTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCAt < 1:5637381/80‑1 (MQ=255)
gTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAGTTGTTTAAATGAGCCTgg > 2:2169895/1‑140 (MQ=255)
ttAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAGTTGTTTAAATGAGCCTGga > 2:4109093/1‑140 (MQ=255)
ttAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAGTTGTTTAAATGAGCCTGga < 2:6846565/140‑1 (MQ=255)
aaTTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAGTTGTTTAAATGAGCCTGgaga < 2:1771011/140‑1 (MQ=255)
aTTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTg < 1:874819/63‑1 (MQ=255)
aTTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTg > 2:874819/1‑63 (MQ=255)
aTTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAGTTGTTTAAATGAGCCTGGAGAc > 1:7526091/1‑140 (MQ=255)
aTTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAGTTGTTTAAATGAGCCTGGAGAc > 1:477707/1‑140 (MQ=255)
tttGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAGTTGTTTAAATGAGCCTGGAGACAt < 1:2169895/140‑1 (MQ=255)
|
CTCTCTGGACTTACGTAATGTCGATTTAGATTATTATGATTTCACAGATAAACATATGGCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTGGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAGTTGTTTAAATGAGCCTGGAGACAT > NZ_CP025268/3269561‑3269830
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
ATCGTTGATCTATCCTCTCTGGACTTACGTAATGTCGATTTAGATTATTATGATTTCACAGATAAACATATGGCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTGGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAGTTGTTTAAATGAGCCTGGAGACATTACCGAAGAAC > NZ_CP025268/3269547‑3269841
|
ATCGTTGATCTATCCTCTCTGGACTTACGTAATGTCGATTTAGATTATTATGATTTCACAGATAAACATATGGCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTA > SRR14920173.3940872/1‑151 (MQ=60)
GATCTATCCTCTCTGGACTTACGTAATGTCGATTTAGATTATTATGATTTCACAGATAAACATATGGCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAA > SRR14920173.3158640/1‑151 (MQ=60)
ccccccccccccccccattttcaagcagaagacggcatacgagatgtagctccgtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacagGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAAC < SRR14920173.8783933/64‑1 (MQ=60)
TCTCTGGACTTACGTAATGTCGATTTAGATTATTATGATTTCACAGATAAACATATGGCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACG > SRR14920173.5827363/1‑151 (MQ=60)
CTGGACTTACGTAATGTCGATTTAGATTATTATGATTTCACAGATAAACATATGGCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCA > SRR14920173.7852708/1‑151 (MQ=60)
cccccccccccccccccccccttaacacgcagcagacggcatacgcgatgtagctccgtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacagTGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGA < SRR14920173.3350018/60‑1 (MQ=60)
GATTTAGATTATTATGATTTCACAGATAAACATATGGCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATT > SRR14920173.3829505/1‑151 (MQ=60)
ATTTAGATTATTATGATTTCACAGATAAACATATGGCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTT > SRR14920173.296679/1‑151 (MQ=60)
TAAACATATGGCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATA < SRR14920173.4356387/151‑1 (MQ=60)
caagcagaagacggcatacgagatgtagctccgtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacagGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGC < SRR14920173.879754/85‑1 (MQ=60)
ATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATAATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATAT > SRR14920173.1854962/1‑151 (MQ=60)
ATACTATTTTAAATCCTTTTAAAATGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATAT > SRR14920173.1856717/1‑151 (MQ=60)
TACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATG < SRR14920173.4334303/151‑1 (MQ=60)
acgcgatgtagctccgtatcgtgggctcggagatttttataagagacagACATGTTTCTGGTTAATTTTGTTTGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGT < SRR14920173.5670200/102‑1 (MQ=60)
TATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTAT < SRR14920173.5803679/151‑1 (MQ=60)
TTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTC < SRR14920173.6656600/151‑1 (MQ=60)
TTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCT < SRR14920173.7307507/151‑1 (MQ=60)
CCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAA < SRR14920173.6611680/151‑1 (MQ=60)
tacgagatgtagctccgtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacagATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAA < SRR14920173.4669143/101‑1 (MQ=60)
TAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATC < SRR14920173.2184975/151‑1 (MQ=60)
TGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTT < SRR14920173.7618499/151‑1 (MQ=60)
GAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCctgtctcttatacacatct > SRR14920173.455840/1‑132 (MQ=60)
CAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGA > SRR14920173.2418845/1‑151 (MQ=60)
CAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGA > SRR14920173.3821990/1‑151 (MQ=60)
AAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAGT < SRR14920173.5600793/151‑1 (MQ=60)
AAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAGT < SRR14920173.2288229/151‑1 (MQ=60)
TTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAAAGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTATCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAGTTGT > SRR14920173.7939043/1‑151 (MQ=60)
ACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAAATTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAAACTCCTGGGATAATTTACTAAAAATAACTCCTGTTAAAATAAGCATTAGCGATATGTATACTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAGTTGTTAAA > SRR14920173.5312560/1‑151 (MQ=60)
TGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGctgtctcttatacacatctccgagcccacgagacggagctacatctcgta > SRR14920173.5593386/1‑101 (MQ=60)
CCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAGTTGTTTAAATGAGCC > SRR14920173.1781256/1‑151 (MQ=60)
CAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAGTTGTTTAAATGAGCCT < SRR14920173.1035749/151‑1 (MQ=60)
ACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTctcttatacacatctccgagcccacgagacggagctacatctcgtatgccgtcttctgcttgaaaattgggg > SRR14920173.5355156/1‑79 (MQ=60)
ACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTctcttatacacatctccgagcccacgagacggagctacatctcgtatgccgtcttctgcttgaaaagggggg > SRR14920173.5355163/1‑79 (MQ=60)
ATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAGTTGTTTAAATGAGCCTGGAG < SRR14920173.2803060/151‑1 (MQ=60)
GTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAGTTGTTTAAATGAGCCTGGAGAC > SRR14920173.7570721/1‑151 (MQ=60)
GTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAGTTGTTTAAATGAGCCTGGAGAC > SRR14920173.480465/1‑151 (MQ=60)
TCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAGTTGTTTAAATGAGCCTGGAGACATT < SRR14920173.2212073/151‑1 (MQ=60)
GGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGActgtctcttatacacatctccgagcccacgagacggagctacatcgcgtatgccgtcttctgct > SRR14920173.7479372/1‑87 (MQ=60)
AATTTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTctgtctcttatacacatctccgagcccacgagacggagctacatctcgtatgccgtcttctgcttgaaaagtgggggggggggggggggggggggggggggggg > SRR14920173.7629224/1‑47 (MQ=60)
TTTGTTAGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAGTTGTTTAAATGAGCCTGGAGACATTACCGAAGAAC < SRR14920173.2182500/151‑1 (MQ=60)
|
ATCGTTGATCTATCCTCTCTGGACTTACGTAATGTCGATTTAGATTATTATGATTTCACAGATAAACATATGGCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTGGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAGTTGTTTAAATGAGCCTGGAGACATTACCGAAGAAC > NZ_CP025268/3269547‑3269841
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
