Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F50 I1 R3
|
779 |
308.9 |
10220750 |
96.7% |
9883465 |
138.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP025268 |
2,173,732 |
T→C |
pseudogene (477/477 nt) |
CXP41_RS11545 ← |
DeoR/GlpR family DNA‑binding transcription regulator |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP025268 | 2,173,732 | 0 | T | C | 99.6%
| 742.9
/ NA
| 222 | pseudogene (477/477 nt) | CXP41_RS11545 | DeoR/GlpR family DNA‑binding transcription regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (119/100); total (120/102) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.59e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 222 total aligned reads displayed.
CTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATATTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTCGAT > NZ_CP025268/2173597‑2173867
|
cTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTaca < 1:826682/140‑1 (MQ=255)
cTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTaca < 1:3705614/140‑1 (MQ=255)
gCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTGTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGtaa < 1:4248825/140‑1 (MQ=255)
gCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGtaa < 1:3939838/140‑1 (MQ=255)
cgttgcgttgTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGtaattaa < 2:4880426/140‑1 (MQ=255)
ttgcgttgTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTaattaatt > 2:1564217/1‑140 (MQ=255)
tgTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAACACTACACCGTAATTAATTTTAccc < 2:241153/140‑1 (MQ=255)
tgTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACCATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATACGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTAccc < 1:3066740/140‑1 (MQ=255)
tCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCcgc < 2:2906041/140‑1 (MQ=255)
tCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCcgc > 1:2135476/1‑140 (MQ=255)
aacaGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGc < 2:3619416/138‑1 (MQ=255)
ccaGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCa > 1:680900/1‑140 (MQ=255)
ccaGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCa > 1:646398/1‑140 (MQ=255)
ccaGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCa > 1:4029912/1‑140 (MQ=255)
gATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATg < 1:4683755/140‑1 (MQ=255)
gATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATg > 2:2619845/1‑140 (MQ=255)
gATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACCATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTCATGCCGGATGCGGTGTAAACCCCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATg < 2:4391278/140‑1 (MQ=255)
ttGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGcc < 1:2681207/140‑1 (MQ=255)
tCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGt > 2:3696249/1‑140 (MQ=255)
tCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGt > 2:2357905/1‑140 (MQ=255)
cTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTAt < 1:2227001/140‑1 (MQ=255)
cTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTAt < 1:2084934/140‑1 (MQ=255)
cTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTAt < 1:3271975/140‑1 (MQ=255)
cTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTAt < 1:1583176/140‑1 (MQ=255)
cTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTAt < 1:3826570/140‑1 (MQ=255)
tGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATc < 2:510938/140‑1 (MQ=255)
gTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATcc > 2:4604194/1‑140 (MQ=255)
gTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATcc < 1:1790483/140‑1 (MQ=255)
gTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATcc < 2:469803/140‑1 (MQ=255)
ttGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATcaa > 2:341297/1‑138 (MQ=255)
cGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACct > 1:3204115/1‑140 (MQ=255)
cGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACct > 2:3353677/1‑140 (MQ=255)
cGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTGCTGCAATGCCAGTTTATCCACct > 2:2117208/1‑140 (MQ=255)
cGTTAATCAAACTACTCTCTGTTGGACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTACACACCTTTTCCCGCATACAGAACAAGACCTCACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACct < 2:790177/140‑1 (MQ=255)
gtcaaTCAAACTATTCGCTCTTGAACCAGGGACAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACATCTTATCCGGCATACACAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACctc < 2:3118288/137‑1 (MQ=255)
ttAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACctct < 1:4026666/140‑1 (MQ=255)
aaTCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGa < 2:2209922/140‑1 (MQ=255)
aTCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGac > 1:1410320/1‑140 (MQ=255)
aTCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGac > 2:257422/1‑140 (MQ=255)
tCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGaca < 1:3012865/140‑1 (MQ=255)
tCAAACTATTCTCTAGTGACCCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACCCCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGaca < 2:3286248/140‑1 (MQ=255)
aTTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGcatc < 1:4197752/140‑1 (MQ=255)
ctcgatctTCAATCAGGACGAATACAAAATGCAGAATTAGGTTTAAACTCCTTATCCTGCATACAGAACTATA‑CACACCGTACTTAATTTTCCCCGCGTCTTCTGCCATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGcatcat < 2:2020958/135‑1 (MQ=255)
tctctcTTGAACCAGGGAGACTCCGGATTGCCGGATGCGGAGCCAACGCCTTAGACGGCGTACAGAAGACTACTACACCGTAATTAATTTTACGCGCGCCTTACCCAATGCCAGTTTATACACCACTGACACAGcatcat > 2:2174774/1‑140 (MQ=255)
ctctctTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCatcatc < 2:1474151/140‑1 (MQ=255)
ctctctTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCatcatc < 2:1370946/140‑1 (MQ=255)
ctctctTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCatcatc < 2:1049993/140‑1 (MQ=255)
ctctTCAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCgg < 2:2669180/140‑1 (MQ=255)
tGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGtaat > 2:1895260/1‑140 (MQ=255)
aaCCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGCTGCGGTTTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGtaataa > 1:1912870/1‑140 (MQ=255)
aaCCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACACTCCTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGtaataa > 2:2862514/1‑140 (MQ=255)
aaCCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGtaataa > 1:4653927/1‑140 (MQ=255)
aaCCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGtaataa > 1:4987309/1‑140 (MQ=255)
aaCCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGtaataa > 2:2400321/1‑140 (MQ=255)
aaCCAGGGAGAAGCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCCTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTCTACACGCGTCTTCTGCAATGCCAGGTTATACACCACTGACACAGCATCAAACGtaataa > 2:4327405/1‑140 (MQ=255)
gggAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGtaataataagg > 1:2946836/1‑138 (MQ=255)
gggAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATg > 1:588201/1‑140 (MQ=255)
gggAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATg > 2:4822365/1‑140 (MQ=255)
gggAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATg > 1:288110/1‑140 (MQ=255)
gggAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATg > 1:4629065/1‑140 (MQ=255)
gggAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATg > 1:34711/1‑140 (MQ=255)
gggAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATg > 1:3589742/1‑140 (MQ=255)
gggAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGCAAACACCTTATCCGGCATATAGAACAATACTACACAGTGATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATg > 2:4540408/1‑140 (MQ=255)
tAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCTTGATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTTACGCAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTc > 1:568944/1‑140 (MQ=255)
atagcGGATGCTGTGTATCCACCTTATCCTGCATACATAAAAATATTACACCGTAATTAATTTTATCCGCTTCTTCTGCTATGCCAGTTGTTCCACCTCTTACACAGCGTCATCGGTAATAATATTGGTAATTTTTTCGa < 2:3015484/136‑1 (MQ=255)
aTGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGa < 2:4468419/140‑1 (MQ=255)
aTGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGa < 1:3742503/140‑1 (MQ=255)
aTGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGa < 2:4791731/140‑1 (MQ=255)
aTGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCGCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGa < 1:225566/140‑1 (MQ=255)
aTGCCCGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGa < 2:3911932/140‑1 (MQ=255)
tGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGAt < 1:1838869/140‑1 (MQ=255)
ccGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTg > 1:1058213/1‑140 (MQ=255)
gATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGgta > 1:4875130/1‑140 (MQ=255)
cGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTAc < 1:4454768/140‑1 (MQ=255)
cGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTAc < 1:1253780/140‑1 (MQ=255)
cGGTGTAAAAACCTTATCCGGCATAAAGAACAATACTACACAGTAATTAAATTTTCCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGAATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTAc < 2:426988/140‑1 (MQ=255)
ggTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTAcc > 1:4775911/1‑140 (MQ=255)
tgtAAACACCTTATCCGGCATACAGAACTATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTg > 2:1747418/1‑140 (MQ=255)
tAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGAt < 1:4926481/140‑1 (MQ=255)
cTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCCATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAACAcc > 1:1104043/1‑140 (MQ=255)
ttattaggCATACAAAACAATAGTACACCGTAATTAATTTTACACGCGTCCATTGCCATGACACTTTATCTACCTCTGACACAACATCACCGGCAACAATACTGACCATTATTTCGACTGGGACTACGTGATTAAAAcca > 2:2831460/7‑139 (MQ=255)
ttATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACcg > 1:3455923/1‑140 (MQ=255)
ttATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACcg > 1:25601/1‑140 (MQ=255)
ttATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACcg > 1:506735/1‑140 (MQ=255)
ttATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATCGCTAGTACCTGATTAAAACcg > 2:4855113/1‑140 (MQ=255)
ttATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGATTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACcg > 2:3820790/1‑140 (MQ=255)
tCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGa < 1:4093295/140‑1 (MQ=255)
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tCCGCCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTCCCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGCAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGa < 2:3236979/140‑1 (MQ=255)
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CCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTC > SRR14920166.1862439/1‑151 (MQ=60)
CCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCGGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGGTTGGTAGGACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTG > SRR14920166.4264230/1‑151 (MQ=60)
CCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTACAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTC > SRR14920166.4398150/1‑151 (MQ=60)
GCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTCGAT > SRR14920166.1188043/1‑151 (MQ=60)
ATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTCGATGA > SRR14920166.3884317/1‑151 (MQ=60)
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CAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTCGATGAATCGAGAA > SRR14920166.4242396/1‑151 (MQ=60)
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AATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTCGATGAATCGAGAAC < SRR14920166.5093455/151‑1 (MQ=60)
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ATACTACACCGTAATTAATTTTGCCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATGTCTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTCGATGAATCGAGAACG > SRR14920166.4238169/1‑151 (MQ=60)
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TTTTCATATTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATATTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTCGATGAATCGAGAACG > NZ_CP025268/2173581‑2173879
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |