Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F21 I1 R5
|
781 |
658.8 |
22969755 |
98.0% |
22510359 |
137.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP025268 |
1,576,151 |
T→G |
I238I (ATA→ATC) |
gadB ← |
glutamate decarboxylase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP025268 | 1,576,151 | 0 | T | G | 99.4%
| 385.4
/ NA
| 171 | I238I (ATA→ATC) | gadB | glutamate decarboxylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base G (76/94); minor base C (0/1); total (76/95) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 179 total aligned reads displayed.
CAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCTATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGTCGGCACCACGCCGATGGTGTTTTCGTCACAGGCTTCAATCATGC > NZ_CP025268/1576086‑1576287
|
cAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAgt > 2:4692782/1‑140 (MQ=17)
cAGACGAGATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAgt > 2:10881162/1‑140 (MQ=17)
aGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAgtg < 2:1935022/140‑1 (MQ=17)
aGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAgtg < 2:4927617/140‑1 (MQ=17)
gACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAgtgt > 2:9558157/1‑140 (MQ=17)
cGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAg > 2:6911262/1‑140 (MQ=17)
atatCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGt < 2:4741524/140‑1 (MQ=17)
atatCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCGGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGt < 2:5115869/140‑1 (MQ=17)
tatCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTc > 1:9120597/1‑140 (MQ=17)
atCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTCa > 1:10368213/1‑140 (MQ=17)
gggCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCTCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGTGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTCACGCCg < 2:10254469/140‑1 (MQ=12)
gggCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTCACGCCg < 2:6683408/140‑1 (MQ=17)
gggCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTCACGCCg < 2:1304595/140‑1 (MQ=17)
gggCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTCACGCCg > 1:6575172/1‑140 (MQ=17)
gggCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTCACGCCg < 1:6424155/140‑1 (MQ=17)
gggCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTCACGCCg < 2:3316693/140‑1 (MQ=17)
gggCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTCACGCCg < 2:3978663/140‑1 (MQ=17)
gggCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTCACGCCg > 2:8107182/1‑140 (MQ=17)
gggCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTCACGCCg > 1:11126511/1‑140 (MQ=17)
ggCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTCACGCCGa > 2:11072347/1‑140 (MQ=17)
gCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTCACGCCGaa > 1:410484/1‑140 (MQ=17)
gacgaACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAg > 2:4868407/1‑140 (MQ=17)
gacgaACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAg > 2:7724801/1‑140 (MQ=17)
gacgaACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAg > 2:8822820/1‑140 (MQ=17)
gacgaACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAg > 2:2215030/1‑140 (MQ=17)
acgaACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGt < 1:1083534/140‑1 (MQ=17)
acgaACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGt < 2:6063610/140‑1 (MQ=17)
cgaACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGACCTCATAGTTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGTc > 2:2421167/1‑140 (MQ=17)
cgaACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGTc > 2:2653568/1‑140 (MQ=17)
cgaACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGTc > 1:2259535/1‑140 (MQ=17)
cgaACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGTc > 2:8527260/1‑140 (MQ=17)
cgaACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCAAGAGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAAATCATAGTTACAAGTGTAGGTCACGCCGAAAGTc > 1:3345826/1‑140 (MQ=11)
tGCCAGGAAGCCACCGCTGGCCGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGTCGGcacca < 2:6438808/140‑1 (MQ=17)
tGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGTCGGcacca < 1:2489886/140‑1 (MQ=17)
tGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGTCGGcacca < 2:1802057/140‑1 (MQ=17)
ccAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGTCGGCACCACg < 1:10009505/140‑1 (MQ=17)
ccAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGTCGGCACCACg < 1:10008381/140‑1 (MQ=17)
ggAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGTCGGCACCACGCCg < 2:1547514/140‑1 (MQ=17)
aaGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGTCGGCACCACGCCGAt < 2:10846322/140‑1 (MQ=17)
aGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGTCGGCACCACGCCGATg < 2:327953/140‑1 (MQ=17)
aGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGTCGGCACCACGCCGATg > 2:139167/1‑140 (MQ=17)
ccACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGTCGGCACCACGCCGATGgt > 2:6285251/1‑140 (MQ=17)
ccACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGTCGGCACCACGCCGATGgt > 1:3234172/1‑140 (MQ=17)
ccACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGTCGGCACCACGCCGATGgt < 1:450637/140‑1 (MQ=17)
ccACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGTCGGCACCACGCCGATGgt > 2:5084165/1‑140 (MQ=17)
ccACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGTCGGCACCACGCCGATGgt < 1:1297366/140‑1 (MQ=17)
ccACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGTCGGCACCACGCCGATGgt > 1:5927420/1‑140 (MQ=17)
ccACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGTCGGCACCACGCCGATGgt > 1:10610170/1‑140 (MQ=17)
ccACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGTCGGCACCACGCCGATGgt > 1:6146227/1‑140 (MQ=17)
ccACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGTCGGCACCACGCCGATGgt > 1:6531014/1‑140 (MQ=17)
ccACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGTCGGCACCACGCCGATGgt > 1:10065490/1‑140 (MQ=17)
ccACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGTCGGCACCACGCCGATGgt < 1:8962983/140‑1 (MQ=17)
ccACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGAGGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTCACGCCGAATGTCGGCACCACGCCGATGgt > 1:532556/1‑140 (MQ=12)
aCCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGTCGGCACCACGCCGATGgtgt > 1:4887040/1‑140 (MQ=17)
aCCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGTCGGCACCACGCCGATGgtgt > 1:10846259/1‑140 (MQ=17)
aCCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGTCGGCACCACGCCGATGgtgt < 1:5582181/140‑1 (MQ=17)
aCCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGTCGGCACCACGCCGATGgtgt > 1:5328622/1‑140 (MQ=17)
aCCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGTCGGCACCACGCCGATGgtgt > 2:10983448/1‑140 (MQ=17)
aCCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGTCGGCACCACGCCGATGgtgt > 2:11246403/1‑140 (MQ=17)
aCCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGAGACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGTCGGCACCACGCCGATGgtgt < 2:6527887/140‑1 (MQ=17)
cGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGTCGGCACCACGCCGATGGTGttt < 2:5181114/140‑1 (MQ=17)
gCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGTCGGCACCACGCCGATGGTGtttt < 2:2373953/140‑1 (MQ=17)
tGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGTCGGCACCACGCCGATGGGGTTTTCg > 2:8710789/1‑140 (MQ=17)
cAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGTCGGCACCACGCCGATGGTGTTTTCGTcc > 2:11457333/1‑139 (MQ=17)
cAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGTCGGCACCACGCCGATGGTGTTTTCGTca < 1:8941122/140‑1 (MQ=17)
cAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGTCGGCACCACGCCGATGGTGTTTTCGTca < 1:7173164/140‑1 (MQ=17)
cAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGTCGGCACCACGCCGATGGTGTTTTCGTca < 1:8941097/140‑1 (MQ=17)
cAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGTCGGCACCACGCCGATGGTGTTTTCGTca < 2:456544/140‑1 (MQ=17)
cAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGTCGGCACCACGCCGATGGTGTTTTCGTca < 1:585195/140‑1 (MQ=17)
cAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGTCGGCACCACGCCGATGGTGTTTTCGTca < 1:9538458/140‑1 (MQ=17)
cAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGTCGGCACCACGCCGATGGTGTTTTCGTca < 2:3121619/140‑1 (MQ=17)
cAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGTCGGCACCACGCCGATGGTGTTTTCGTca < 1:9952548/140‑1 (MQ=17)
cAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGTCGGCACCACGCCGATGGTGTTTTCGTca < 1:7071646/140‑1 (MQ=17)
cAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGTCGGCACAACGCCGATGGTGTTTTCGTca > 1:9425103/1‑140 (MQ=17)
cAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGGATCGGCCTGGAATGTCTCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGGTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGTCGGCACCACGCCGATGGTGTTTTCGTca < 2:8844365/140‑1 (MQ=11)
cAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGAGACCGGTATCGGACTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATCGTTACCAGTGTAGGTAACGCCGAAAGTCGGCACCACGCCGATGGTGTTTTCGTca < 2:1580807/140‑1 (MQ=11)
cAGCGTCGAGGTGCATGTCGAGGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGTCGGCACCACGCCGATGGTGTTTTCGTca < 2:11008695/140‑1 (MQ=12)
cgCGTCGTTGTGCATGAGCTTGACGTTCCGGGTATCGGCCTGTAA‑TTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGTCGGCACCACGCCGATGGTGTTTTCGTcaca < 2:8953260/139‑1 (MQ=11)
aGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGTCGGCACCACGCCGATGGTGTTTTCGTcac < 2:2748933/140‑1 (MQ=17)
aGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGTCGGCACCACGCCGATGGTGTTTTCGTcac > 2:7025229/1‑140 (MQ=17)
gCGTCGATGTTCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGTAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGCTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGTCGGCACCACGCCGATGGTGTTTTCGTcaca < 1:6274702/140‑1 (MQ=255)
gCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGTCGGCACCACGCCGATGGTGTTTTCGTcaca < 1:1910545/140‑1 (MQ=17)
gCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGTCGGCACCACGCCGATGGTGTTTTCGTcaca < 2:9932870/140‑1 (MQ=17)
gCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGTCGGCACCACGCCGATGGTGTTTTCGTcaca < 1:8420568/140‑1 (MQ=17)
gCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGTCGGCACCACGCCGATGGTGTTTTCGTcaca < 2:6253246/140‑1 (MQ=17)
gCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGTCGGCACCACGCCGATGGTGTTTTCGTcaca < 2:4295396/140‑1 (MQ=17)
gCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGTCGGCACCACGCCGATGGTGTTTTCGTcaca < 1:761985/140‑1 (MQ=17)
gCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGTCGGCACCACGCCGATGGTGTTTTCGTcaca < 1:7939078/140‑1 (MQ=17)
gCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGGTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGTCGGCACCACGCCGATGGTGTTTTCGTcaca < 2:11289871/140‑1 (MQ=17)
gCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCAGAGTTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGTCGGCACCACGCCGATGGTGTTTTCGTcaca < 2:9606426/140‑1 (MQ=17)
gTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGTCGGCACCACGCCGATGGTGTTTTCGTCACAgg > 1:2053070/1‑140 (MQ=17)
gTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGTCGGCACCACGCCGATGGTGTTTTCGTCACAgg > 2:5481231/1‑140 (MQ=17)
gTCGATGTGCATGGCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGTCGGCAGCACGCCGATGGTGTTTTCGTCACAgg > 1:6067249/1‑140 (MQ=12)
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cATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGTCGGCACCACGCCGATGGTGTTTTCGTCACAGGCTTCAATCa > 1:1863582/1‑140 (MQ=17)
tgtcgatgtcgaTACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGTCGGCACCACGCCGATGGTGTTTTCGTCACAGGCTTCAATCATg < 1:8763879/140‑1 (MQ=17)
gtcgatgtcgatACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGTCGGCACCACGCCGATGGTGTTTTCGTCACAGGCTTCAATCATGc > 1:6761506/1‑140 (MQ=17)
gtcgatgtcgatACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGTCGGCACCACGCCGATGGTGTTTTCGTCACAGGCTTCAATCATGc > 2:8835485/1‑140 (MQ=17)
gtcgatgtcgatACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGTCGGCACCACGCCGATGGTGTTTTCGTCACAGGCTTCAATCATGc > 1:8224527/1‑140 (MQ=17)
|
CAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCTATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGTGGGAACTCATAGTTACCAGTGTAGGTCACGCCGAAAGTCGGCACCACGCCGATGGTGTTTTCGTCACAGGCTTCAATCATGC > NZ_CP025268/1576086‑1576287
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
