Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F21 I1 R1
|
782 |
581.3 |
19111616 |
98.4% |
18805830 |
139.1 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP025268 |
3,851,714 |
+C |
pseudogene (345/1502 nt) |
uhpB ← |
signal transduction histidine‑protein kinase/phosphatase UhpB |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP025268 | 3,851,710 | 1 | . | C | 99.3%
| 1427.8
/ 1.4
| 412 | pseudogene (349/1502 nt) | uhpB | signal transduction histidine‑protein kinase/phosphatase UhpB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/1); new base C (211/198); total (213/199) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 527 total aligned reads displayed.
GGCGAGATAGTGCCAGAACACCAGACATATCGGGGCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCG‑CCCCTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGATCATCAATAACGGAAAATGGGTTAAACCGACCGCCTGCGTTAGCCAGT > NZ_CP025268/3851571‑3851844
|
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ggCGAGATAGTGCCAGAACACCAGACATATCGGGGCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAAcgccg < 2:6688505/140‑1 (MQ=255)
ggCGAGATAGTGCCAGAACACCAGACATATCGGGGCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAAcgccg < 1:3927791/140‑1 (MQ=255)
ggCGAGATAGTGCCAGAACACCAGACATATCGGGGCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAAcgccg > 2:7575355/1‑140 (MQ=255)
ggCGAGATAGTGCCAGAACACCAGACATATCGGGGCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAAcgccg < 2:809432/140‑1 (MQ=255)
ggCGAGATAGTGCCAGAACACCAGACATATCGGGGCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAAcgccg < 1:360478/140‑1 (MQ=255)
ggCGAGAGAGTGCCAGAACACCAGACATATCGGGGCCAGCGTCAGGCCGCCAGCTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAAcgccg < 1:7875767/140‑1 (MQ=255)
cGAGATCGTGCCAGAACACCAGACATATCGGGGCCAGCGTCCGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCTACAACGCCGCCGCCGTTAACgccg‑cc < 2:2769454/140‑1 (MQ=255)
cGAGATAGTGCCAGAACACCTGACATATCGGGGCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACgccg‑cc < 1:2483132/140‑1 (MQ=255)
cGAGATAGTGCCAGAACACCAGACATATCGGGGCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACgccg‑cc < 2:2528552/140‑1 (MQ=255)
cGAGATAGTGCCAGAACACCAGACATATCGGGGCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACgccg‑cc > 2:4793518/1‑140 (MQ=255)
cGAGATAGTGCCAGAACACCAGACATATCGGGGCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACgccg‑cc < 2:6194384/140‑1 (MQ=255)
gagaTAGTGCCAGAACACCAGACATATCGGGGCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCG‑ccc < 2:1972256/140‑1 (MQ=255)
gagaTAGTGCCAGAACACCAGACATATCGGGGCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCG‑ccc < 2:7333799/140‑1 (MQ=255)
gaTAGTGCCAGAACACCAGACATATCGGGGCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCG‑ccccc < 1:1120871/140‑2 (MQ=255)
tAGTGCCAGCACCCCAGACAGAGCGGGGCCAGCGTCCGGCCGCCAGTTAACGTCCCCACCAGCGCATGCCCCGACTCTGTGACGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGCCTGCAACAACGCCGCCGCCGTGAACGCCG‑ccccctg < 2:6947561/140‑4 (MQ=255)
tAGTGCCAGAACACCAGACATATCGGGGCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTGTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCG‑ccccctg < 1:505470/140‑4 (MQ=255)
aGTGCCAGAACACCAGACATATCGGGGCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCG‑ccccctgt > 1:1710263/1‑136 (MQ=255)
tGCCAGAACACCAGACATATCGGGGCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCCCCTGTaa > 1:2165766/1‑140 (MQ=255)
tGCCAGAACACCAGACATATCGGGGCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCCCCTGTaa > 1:4367080/1‑140 (MQ=255)
tGCCAGAACACCAGACATATCGGGGCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCCCCTGTaa > 1:4569088/1‑140 (MQ=255)
cAGAACACCAGACATATCGGGGCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCCCCTGTAACAg < 2:2223371/140‑1 (MQ=255)
cAGAACACCAGACATAGCGGGGCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCCCCTGTAACAg < 2:7076637/140‑1 (MQ=255)
taaCACCAGACATATCGGGGCCTGCGTCTGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCTCCGTTAACGCCGCCCCCTGTAACAGCa < 1:6858785/139‑1 (MQ=255)
gAACACCAGACATATCGGGGCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCCCCTGTAACAGCa > 1:6318049/1‑140 (MQ=255)
aaCACCAGACATATCGGGGCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCCCCTGTAACAGCaa > 2:8223946/1‑140 (MQ=255)
aaCACCAGACATATCGGGGACAGCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCCCCTGTAACAGCaa > 1:564586/1‑140 (MQ=255)
acacCAGACATATCGGGGCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCCCCTGTAACAGCAAg > 1:1971688/1‑140 (MQ=255)
acCAGACATATCGGGGCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCCCCTGTAACAGCAAGGt > 2:2267165/1‑140 (MQ=255)
ccAGACATATCGGGGCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCCCCTGTAACAGCAAGGTg > 1:9483503/1‑140 (MQ=255)
cAGACATATCGGGGCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCCCCTGTAACAGCAAGGTgc > 1:6140392/1‑140 (MQ=255)
cAGACATATCGGGGCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCCCCTGTAACAGCAAGGTgc > 1:3430834/1‑140 (MQ=255)
cAGACATATCGGGGCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCCCCTGTAACAGCAAGGTgc > 1:1083357/1‑140 (MQ=255)
cAGACATATCGGGGCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCCCCTGTAACAGCAAGGTgc < 1:854650/140‑1 (MQ=255)
aGACATATCGGGGCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCCCCTGTAACAGCAAGGTgcg < 1:5350938/140‑1 (MQ=255)
gACATATCGGGGCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCCCCTGTAACAGCAAGGTgcgc < 1:9113795/140‑1 (MQ=255)
tatCGGGGCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCCCCTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGt < 1:2380075/140‑1 (MQ=255)
atCGGGGCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACTCCGCCCCCTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTc > 2:943245/1‑140 (MQ=255)
atCGGGGCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCCCCTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTc > 1:2817850/1‑140 (MQ=255)
agcGGGGCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTATAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTATGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCCCCTGTCACAGCAAGGTGCGCCAGTc > 2:6573978/3‑140 (MQ=255)
tCGGGGCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCCCCTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCa < 2:6101921/140‑1 (MQ=255)
gcGGGGCCAGCGTCAGGCCGCCCGTACCCCACCGCACCAGCCCCTCCCCCGACTCAGCGCCGTGCCACAGCCAGGGCCGCGCCTGCAACACCGCCGCCGCCGTTCACGCCGCCCCCTGGCACAGCCAGGTGCGCCAGTCa < 2:8839692/139‑1 (MQ=255)
ggggCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCCCCTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACg > 2:7456259/1‑140 (MQ=255)
ggggCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCCCCTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACg > 1:2642063/1‑140 (MQ=255)
ggggCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCCCCTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACg > 1:5855338/1‑140 (MQ=255)
ggCCTGCGTCAGGCCGCCAGATCAAGACAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCCCCTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCt < 1:6398684/140‑1 (MQ=255)
ggCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCCCCTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCt > 2:6331875/1‑140 (MQ=255)
ggCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCCCCTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCt < 2:950686/140‑1 (MQ=255)
gCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCCAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGGTAACGCCGCCCCCTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTg > 2:4372343/1‑140 (MQ=255)
aGCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCCCCTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATg > 1:7706733/1‑140 (MQ=255)
gCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCCCCTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATgg > 2:3870866/1‑140 (MQ=255)
cAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGACTTGCCAAAGCCAGGTCAGAGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACTCCGCCCCCTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGAt < 2:8788132/140‑1 (MQ=255)
ccAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCCCCTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCga > 1:8730320/1‑140 (MQ=255)
cAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCCCCTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCgag < 2:1402715/140‑1 (MQ=255)
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tCAGCAACAGCGCATTCCACGAATCTTAGCATTCCCAAACCCACGGCAGCGACTGAAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCCCCTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCt < 1:7545796/140‑1 (MQ=255)
aGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCCCCTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTAc > 1:4284854/1‑140 (MQ=255)
cAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCCCCTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACgg > 1:8998567/1‑140 (MQ=255)
gcgcATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGATAACGCCGCCCCCTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGt < 2:9009972/140‑1 (MQ=255)
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cgcATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCCCCTGTAACAGCAAgg < 2:4009018/89‑1 (MQ=255)
ttCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCCCCTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGt < 1:2940804/140‑1 (MQ=255)
ttCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCCCCTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGt < 2:4102450/140‑1 (MQ=255)
ttCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCCCCTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGt < 2:9126934/140‑1 (MQ=255)
aCGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCCCCTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGt > 1:5164805/1‑140 (MQ=255)
cGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCCCCTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTa > 1:1546756/1‑140 (MQ=255)
cGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCCCCTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTa < 2:3193573/140‑1 (MQ=255)
tttGCCGTGCCACAGCCAGGGCAGCGTCTGCAACACCGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCCCCTGAAACATCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGTGCAGTAACGTCAGTAAACTAc < 2:3638102/140‑1 (MQ=255)
tttGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCCCCTGTAACCGCCAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGAGAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTAc < 2:4911548/140‑1 (MQ=255)
tttGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCCCCTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTAc < 1:6580723/140‑1 (MQ=255)
tttGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCCCCTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTAc < 2:4569088/140‑1 (MQ=255)
tttGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCCCCTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTAc > 2:123776/1‑140 (MQ=255)
tttGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCCCCTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTAc > 1:1436554/1‑140 (MQ=255)
tGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCCCCTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCg > 2:5445624/1‑140 (MQ=255)
tGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCCCCTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCg > 1:8916457/1‑140 (MQ=255)
gCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCCCCTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGa < 2:4320499/140‑1 (MQ=255)
cGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCCCCTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGatc < 2:7740351/140‑1 (MQ=255)
cGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCCCCTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGatc < 1:7124174/140‑1 (MQ=255)
tGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCCCCTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGatcat > 2:2938700/1‑140 (MQ=255)
tGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCCCCTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGatcag > 2:465824/1‑139 (MQ=255)
caGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCCCCTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGATCATCAATa < 2:5689790/139‑1 (MQ=255)
ccAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCCCCTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGATCATCAATAACg < 2:3787303/140‑1 (MQ=255)
aGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCCCCTGTAACAGCACGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGATCATCAATAACGGa < 1:7336286/140‑1 (MQ=255)
gggCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCCCCTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGATCATCAATAACGGaa > 2:5171706/1‑140 (MQ=255)
ggCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCCCCTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGATCATCAATAACGGaaa > 1:5960397/1‑140 (MQ=255)
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CCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCCC‑CTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGATCATCAATAACGGAAAA < SRR14920174.240240/151‑1 (MQ=60)
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AAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCCC‑CTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGATCATCAATAACGGAAAATG > SRR14920174.4772086/1‑151 (MQ=60)
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AGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCCC‑CTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGATCATCAATAACGGAAAATGGG > SRR14920174.4472766/1‑151 (MQ=60)
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GCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCCC‑CTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGATCATCAATAACGGAAAATGGGT > SRR14920174.3277515/1‑151 (MQ=60)
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GGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCCC‑CTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGATCATCAATAACGGAAAATGGGTTAAAC > SRR14920174.3832126/1‑151 (MQ=60)
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GACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCCC‑CTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGATCATCAATAACGGAAAATGGGTTAAACCGACCG > SRR14920174.2245043/1‑151 (MQ=60)
GCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCCC‑CTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGATCATCAATAACGGAAAATGGGTTAAACCGACCGCCTG > SRR14920174.8254284/1‑151 (MQ=60)
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CGTTAACGCCGCCCC‑CTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGATCATCAATAACGGAAAATGGGTTAAACCGACCGCCTGCGTTAGCCAGTAACTC < SRR14920174.417162/151‑1 (MQ=60)
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gcCCC‑CTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGATCATCAATAACGGAAAATGGGTTAAACCGACCGCCTGCGTTAGCCAGTAAATCAGCAGCCACT > SRR14920174.1997421/3‑151 (MQ=60)
gcCCC‑CTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGATCATCAATAACGGAAAATGGGTTAAACCGACCGCCTGCGTTAGCCAGTAAATCAGCAGCCACT > SRR14920174.6309999/3‑151 (MQ=60)
gcCCC‑CTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGATCATCAATAACGGAAAATGGGTTAAACCGACCGCCTGCGTTAGCCAGTAAATCAGCAGCCACT > SRR14920174.8719263/3‑151 (MQ=60)
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C‑CCC‑CTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCATTAACGTCAGTAAACTACCGATCATCAATAACGGAAAATGGGTTAAACCGACCGCCTGCGTTAGCCAGTAAATCAGCAGCCACTC < SRR14920174.87291/151‑1 (MQ=60)
C‑CCC‑CTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGATCATCAATACCGGAAAATGGGTTAAACCGACCGCCTGCGTTAGCCAGTAAATCAGCAGCCACTC < SRR14920174.6151813/151‑1 (MQ=60)
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GTTATTGGCGAGATAGTGCCAGAACACCAGACATATCGGGGCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCG‑CCC‑CTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGATCATCAATAACGGAAAATGGGTTAAACCGACCGCCTGCGTTAGCCAGTAAATCAGCAGCCACTCCGCG > NZ_CP025268/3851565‑3851864
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |