Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F50 I1 R1
|
775 |
316.5 |
10245680 |
97.2% |
9958800 |
138.8 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP025268 |
2,792,259 |
A→G |
pseudogene (1841/2252 nt) |
CXP41_RS24390 → |
alpha‑amylase family glycosyl hydrolase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP025268 | 2,792,259 | 0 | A | G | 99.2%
| 397.7
/ NA
| 117 | pseudogene (1841/2252 nt) | CXP41_RS24390 | alpha‑amylase family glycosyl hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (41/75); minor base C (0/1); total (41/76) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 117 total aligned reads displayed.
GATGAACAATTAGCAATGGCATATATAGCCGCTCTGCCGTTCAGCAGGCCTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAACTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCATTATATATAGATAAAGCAGGAATATGGAGCGCATTTGAGGGTGTATCTGCAACTAAAAACGTTCTGGCCTTTAGTCGTGGGGAT > NZ_CP025268/2792122‑2792394
|
gATGAACAATTAGCAATGGCATATATAGCCGCTCTGCCGTTCAGCAGGCCTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCt > 2:1324537/1‑140 (MQ=255)
aaCAATTAGCAATGGCATATATAGCCGCTCTGCCGTTCAGCAGGCCTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTtaat > 1:231997/1‑140 (MQ=255)
aaTTAGCAATGGCATATATAGCCGCTCTGCCGTTCAGCAGGCCTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATaaa < 2:3399270/140‑1 (MQ=255)
aTTCGCAATGGCATATATAGCCGCTCTGCCGTCCAGCAGGCCTTTAGTTTACTGGGATCGCCAAGTATTAAAATCACCGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAg < 2:4136105/140‑1 (MQ=255)
ttACCAATGGCATACATAGCCGCTCTGCCGTTCAGCAGCCCTTTAGTTTACTGGGACGGCCAAGTATGAAAATCAACGACTGAAATTAAAAACGATCACGCGTCCACGCGCGTCCGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAgg < 1:2891635/140‑1 (MQ=255)
cAATGGCATATATAGCCGCTCTGCCGTTCAGCAGGCCTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGc < 1:2124027/140‑1 (MQ=255)
aaTGGCATATATAGCCGCTCTGCCGTTCAGCAGGCCTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGct < 1:2935747/140‑1 (MQ=255)
aaTGGCATATATAGCCGCTCTGCCGTTCAGCAGGCCTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATGAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTTTCGGGGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGct < 1:4737956/140‑1 (MQ=255)
aaTGGCATATATAGCCGCTCTGCCGTTCAGCAGGCCTTTAGTCTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGct < 2:4363313/140‑1 (MQ=255)
gtGGCATATATAGCCGCTCTGCCGTTCAGCAGGCCTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGctc < 1:418189/139‑1 (MQ=255)
aTGGCATATATAGCCGCTCTGCCGTTCAGCAGGCCTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGctc < 1:1668578/140‑1 (MQ=255)
aTGGCATATATAGCCGCTCTGCCGTTCAGCAGGCCTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGctc < 2:1589939/140‑1 (MQ=255)
gCATATATAGCCGCTCTGCCGTTCAGCAGGCCTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTAc < 1:1404976/140‑1 (MQ=255)
taGCCGCTCTGCCGTTCAGCAGGCCTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATcag < 1:2176601/140‑1 (MQ=255)
taGCCGCTCTGCCGTTCAGCAGGCCTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATcag < 2:4458889/140‑1 (MQ=255)
taGCCGCTCTGCCGTTCAGCAGGCCTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATcag < 2:2091103/140‑1 (MQ=255)
taGCCGCTCTGCCGTTCAGCAGGCCTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAAGCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATcag < 1:2408326/140‑1 (MQ=255)
aGCCGCTCTGCCGTTCAGCAGGCCTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATcagc > 2:1822449/1‑140 (MQ=255)
ccGCTCTGCCGTTCAGCAGGCCTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATaaa > 2:1181480/1‑119 (MQ=255)
ccGCTCTGCCGTTCAGCAGGCCTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATaaa < 1:1181480/119‑1 (MQ=255)
ccGCTCTGCCGTTCAGCAGGCCTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGctc > 2:3096699/1‑127 (MQ=255)
ccGCTCTGCCGTTCAGCAGGCCTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGctc < 1:3096699/127‑1 (MQ=255)
ccGCTCTGCCGTTCAGCAGGCCTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATcagcag > 2:2484650/1‑140 (MQ=255)
ccGCTCTGCCGTTCAGCAGGCCTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATcagcag > 2:3100819/1‑140 (MQ=255)
ccGCTCTGCCGTTCAGCAGGCCTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATcagcag > 2:366639/1‑140 (MQ=255)
ccGCTCTGCCGTTCAGCAGGCCTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATcagcag > 2:4335224/1‑140 (MQ=255)
ccGCTCTGCCGTTCAGCAGGCCTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATcagcag > 1:927347/1‑140 (MQ=255)
ccGCTCTGCCGTTCAGCAGGCCTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATcagcag > 1:4817348/1‑140 (MQ=255)
ccGCTCTGCCGTTCAGCAGGCCTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATcagcag < 2:4817348/140‑1 (MQ=255)
ccGCTCTGCCGTTCAGCAGGCCTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATcagcag > 1:3557336/1‑140 (MQ=255)
ccGCTCTGCCGTTCAGCAGGCCTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTACTCTACCTATcagcag > 1:4163504/1‑140 (MQ=255)
cGCTCTGCCGTTCAGCAGGCCTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCagcagc > 2:5058476/1‑140 (MQ=255)
ctctGCCGTTCAGCAGGCCTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCAGCAGctc > 1:3724090/1‑140 (MQ=255)
ctctGCCGTTCAGCAGGCCTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCAGCAGctc > 2:3491972/1‑140 (MQ=255)
ctGCCGTTCAGCAGGCCTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTa > 2:3472888/1‑140 (MQ=255)
ctGCCGTTCAGCAGGCCTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTa > 1:320753/1‑140 (MQ=255)
ctGCCGTTCAGCAGGCCTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTa > 2:2411796/1‑140 (MQ=255)
gCCGTTCAGCAGGCCTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACa < 2:2672603/140‑1 (MQ=255)
agGCCTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCa < 1:4362360/140‑1 (MQ=255)
agGCCTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCa < 1:816025/140‑1 (MQ=255)
agGCCTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCa < 1:4791738/140‑1 (MQ=255)
agGCCTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCa < 1:2691831/140‑1 (MQ=255)
ggCCTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCAc < 2:275783/140‑1 (MQ=255)
ggCCTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCAc < 1:3507211/140‑1 (MQ=255)
ggCCTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCAc < 2:2476067/140‑1 (MQ=255)
ggCCTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCAc < 1:4694712/140‑1 (MQ=255)
ggCCTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCAc < 1:3742297/140‑1 (MQ=255)
ggCCTCTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCAc < 2:4493542/140‑1 (MQ=255)
cTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCa < 1:5058476/140‑1 (MQ=255)
cTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCa < 2:2271149/140‑1 (MQ=255)
cTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCa < 1:4860165/140‑1 (MQ=255)
cTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCa > 2:4179339/1‑140 (MQ=255)
cTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCa < 2:320753/140‑1 (MQ=255)
tttAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCAt < 1:5055970/140‑1 (MQ=255)
tttAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCAt < 2:1470893/140‑1 (MQ=255)
tttACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCATtatat < 1:3472888/140‑1 (MQ=255)
tACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCAc < 1:3314642/129‑1 (MQ=255)
tACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCAc > 2:3314642/1‑129 (MQ=255)
tACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCATtatatat > 1:1687876/1‑140 (MQ=255)
tACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCATtatatat > 1:1451832/1‑140 (MQ=255)
tACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGATTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCATtatatat > 2:4621545/1‑140 (MQ=255)
tACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGATTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCATtatatat > 2:4621094/1‑140 (MQ=255)
aCTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCATtatatata > 2:1959359/1‑140 (MQ=255)
ggATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCATTATATATAGATa > 1:1711391/1‑140 (MQ=255)
tGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCATTATATATAGATAAAg < 2:1395591/140‑1 (MQ=255)
tGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCATTATATATAGATAAAg < 1:2484650/140‑1 (MQ=255)
tGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCATTATATATAGATAAAg > 1:2587939/1‑140 (MQ=255)
tGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCATTATATATAGATAAAg < 1:957224/140‑1 (MQ=255)
tGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCATTATATATAGATAAAg < 1:3100819/140‑1 (MQ=255)
gCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCATTATATATAGATAAAGCa < 1:2942930/140‑1 (MQ=255)
aaGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCATTATATATAGATAAAGCAGGa < 2:452660/140‑1 (MQ=255)
aaaaTCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCATTATATATAGATAAAGCAGGAATATGGa < 1:913617/140‑1 (MQ=255)
aaaaTCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCATTATATATAGATAAAGCAGGAATATGGa < 1:522720/140‑1 (MQ=255)
aaaTCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGCTTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCATGATATATAGATAAAGCAGGAAGATGGAg < 2:3212789/140‑1 (MQ=255)
aaTCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCATTATATATAGATAAAGCAGGAATATGGAgc < 2:4240150/140‑1 (MQ=255)
aaTCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCATTATATATAGATAAAGCAGGAATATGGAgc < 2:3189928/140‑1 (MQ=255)
aaTCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCATTATATATAGATAAAGCAGGAATATGGAgc < 2:1687876/140‑1 (MQ=255)
aaTCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCATTATATATAGATAAAGCAGGAATATGGAgc < 1:2011108/140‑1 (MQ=255)
aTCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCATTATATATAGATAAAGCAGGAATATGGAgcg > 2:1413059/1‑140 (MQ=255)
aaCGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTcc > 2:1564721/1‑101 (MQ=255)
aaCGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTcc > 2:1564677/1‑101 (MQ=255)
aaCGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTcc < 1:1564677/101‑1 (MQ=255)
aaCGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTcc < 1:1564721/101‑1 (MQ=255)
aCTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCATTATATATAGATAAAGCAGGAATATGGAGCGCATTTGa < 1:3545626/140‑1 (MQ=255)
aCTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCATTATATATAGATAAAGCAGGAATATGGAGCGCATTTGa < 1:2068906/140‑1 (MQ=255)
cTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCATTATATATAGATAAAGCAGGAATATGGAGCGCATTTGAg < 1:109240/140‑1 (MQ=255)
tgGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCATTATATATAGATAAAGCAGGAATATGGAGCGCATTTGAGGGTGTATCTGCAACTaaaa < 2:1385856/140‑1 (MQ=255)
gggTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCATTATATATAGATAAAGCAGGAATATGGAGCGCATTTGAGGGTGTATCTGCAACTaaaaa < 1:3779271/140‑1 (MQ=255)
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GGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCATTATATATAGATAAAGCAGGAATATGGAGCGCATTTGAGGGTGTATCTGCAACTAAAAACGTTCTGGCCT < SRR14920169.3788330/151‑1 (MQ=60)
GGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCATTATATATAGATAAAGCAGGAATATGGAGCGCATTTGAGGGTGTATCTGCAACTAAAAACGTTCTGGCCT > SRR14920169.772634/1‑151 (MQ=60)
GGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCATTATATATAGATAAAGCAGGAATATGGAGCGCATTTGAGGGTGTATCTGCAACTAAAAACGTTCTGGCCTT > SRR14920169.526589/1‑151 (MQ=60)
GTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAActgtctcttatacacatctccgagcccacgagaccggagcctatctcgtatgccgtcttctgcttgaaaaaaatttttttttaatgatagggcgcccaccgggatctacccgggt > SRR14920169.4782871/1‑36 (MQ=60)
GTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCATTATATATAGATAAAGCAGGAATATGGAGCGCATTTGAGGGTGTATCTGCAACTAAAAACGTTCTGGCCTTT > SRR14920169.3014909/1‑151 (MQ=60)
ACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCATTATATATAGATAAAGCAGGAATATGGAGCGCATTTGAGGGTGTATCTGCAACTAAAAACGTTCTGGCCTTTAGTC < SRR14920169.3204508/151‑1 (MQ=60)
TGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCATTATATATAGATAAAGCAGGAATATGGAGCGCATTTGAGGGTGTATCTGCAACTAAAAACGTTCTGGCCTTTAGTCGTGGG > SRR14920169.4883404/1‑151 (MQ=60)
TGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCATTATATATAGATAAAGCAGGAATATGGAGCGCATTTGAGGGTGTATCTGCAACTAAAAACGTTCTGGCCTTTAGTCGTGGG > SRR14920169.4883429/1‑151 (MQ=60)
GTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCATTATATATAGATAAAGCAGGAATATGGAGCGCATTTGAGGGTGTATCTGCAACTAAAAACGTTCTGGCCTTTAGTCGTGGGG < SRR14920169.4345712/151‑1 (MQ=60)
GTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCATTATATATAGATAAAGCAGGAATATGGAGCGCATTTGAGGGTGTATCTGCAACTAAAAACGTTCTGGCCTTTAGTCGTGGGG < SRR14920169.1327429/151‑1 (MQ=60)
GTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCATTATATATAGATAAAGCAGGAATATGGAGCGCATTTGAGGGTGTATCTGCAACTAAAAACGTTCTGGCCTTTAGTCGTGGGG < SRR14920169.1327464/151‑1 (MQ=60)
GAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCATTATATATAGATAAAGCAGGAATATGGAGCGCATTTGAGGGTGTATCTGCAACTAAAAACGTTCTGGCCTTTAGTCGTGGGGATTCTGTGA > SRR14920169.1208422/1‑151 (MQ=60)
GGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCATTATATATAGATAAAGCAGGAATATGGAGCGCATTTGAGGGTGTATCTGCAACTAAAAACGTTCTGGCCTTTAGTCGTGGGGATTCTGTGAAC > SRR14920169.3950917/1‑151 (MQ=60)
GCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCATTATATATAGATAAAGCAGGAATATGGAGCGCATTTGAGGGTGTATCTGCAACTAAAAACGTTCTGGCCTTTAGTCGTGGGGATTCTGTGAACA > SRR14920169.1479291/1‑151 (MQ=60)
CGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCATTATATATAGATAAAGCAGGAATATGGAGCGCATTTGAGGGTGTATCTGCAACTAAAAACGTTCTGGCCTTTAGTCGTGGGGATTCTGTGAACAT < SRR14920169.803043/151‑1 (MQ=60)
CGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCATTATATATAGATAAAGCAGGAATATGGAGCGCATTTGAGGGTGTATCTGCAACTAAAAACGTTCTGGCCTTTAGTCGTGGGGATTCTGTGAACAT < SRR14920169.3499994/151‑1 (MQ=60)
GCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCATTATATATAGATAAAGCAGGAATATGGAGCGCATTTGAGGGTGTATCTGCAACTAAAAACGTTCTGGCCTTTAGTCGTGGGGATTCTGTGAACATTAAT > SRR14920169.3088829/1‑151 (MQ=60)
GCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCATTATATATAGATAAAGCAGGAATATGGAGCGCATTTGAGGGTGTATCTGCAACTAAAAACGTTCTGGCCTTTAGTCGTGGGGATTCTGTGAACATTAAT > SRR14920169.3088757/1‑151 (MQ=60)
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ACCATCAACAAGATGAACAATTAGCAATGGCATATATAGCCGCTCTGCCGTTCAGCAGGCCTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAACTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCATTATATATAGATAAAGCAGGAATATGGAGCGCATTTGAGGGTGTATCTGCAACTAAAAACGTTCTGGCCTTTAGTCGTGGGGATTCTGTGAACATTAAT > NZ_CP025268/2792111‑2792409
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
