Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A0 F0 I1 R1
|
155 |
25.8 |
2285122 |
88.0% |
2010907 |
104.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
AM260480 |
1,518,085 |
C→T |
A85T (GCC→ACC) |
h16_B1356 ← |
conserved hypothetical membrane spanning protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | AM260480 | 1,518,085 | 0 | C | T | 100.0%
| 73.3
/ NA
| 20 | A85T (GCC→ACC) | h16_B1356 | conserved hypothetical membrane spanning protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (8/12); total (8/12) |
GCGGGGGCCGCCGCGGCGGCCATGCTGGCAAGCCCGAGCAGGGCCGCGCACAGGTAACGGTTGGCGGGTTTCATGCCCGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGCCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCACGGCCGAGACGATCACCGCCACGCCGACGGGAATGCCCACCGTCATCACACCCGCGCCGAGCGGTGTGCCGAGCGTGGCCGGCGAGAACGCCA > AM260480/1517959‑1518207
|
gCGGGGGCCGCCGCGGCGGCCATGCTGGCAAGCCCGAGCAGGGCCGCGCACAGGTAACGGTTGGCGGGTTTCATGCCCGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTac < 1:1017901/134‑1 (MQ=255)
ggCCGCCGCGGCGGCCATGCTGGCAAGCCCGAGCAGGGCCGCGCACAGGTAACGGTTGGCGGGTTTCATGCCCGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTa < 1:261/134‑1 (MQ=255)
ccgccgCGGCGGCCATGCTGGCAAGCCCGAGCAGGGCCGCGCACAGGTAACGGTTGGCGGGTTTCATGCCCGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTac > 1:891999/1‑127 (MQ=255)
ccgccgCGGCGGCCATGCTGGCAAGCCCGAGCAGGGCCGCGCACAGGTAACGGTTGGCGGGTTTCATGCCCGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTac < 2:891999/127‑1 (MQ=255)
ggCCGCGCACAGGTAACGGTTGGCGGGTTTCATGCCCGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCACGGCCGAGACGATCACCGc > 2:648320/1‑134 (MQ=255)
cgcACAGGTAACGGTTGGCGGGTTTCATGCCCGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCACGGCCGAGACGATCACCGCCACGc > 1:281438/1‑134 (MQ=255)
caGGTAACGGTTGGCGGGTTTCATGCCCGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATccc < 2:285760/95‑1 (MQ=255)
caGGTAACGGTTGGCGGGTTTCATGCCCGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATccc > 1:285760/1‑95 (MQ=255)
gggTTTCATGCCCGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGtcc < 1:135768/64‑1 (MQ=255)
gggTTTCATGCCCGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGtcc > 2:135768/1‑64 (MQ=255)
gggTTTCATGCCCGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTcagc < 2:870304/87‑1 (MQ=255)
gggTTTCATGCCCGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTcagc > 1:870304/1‑87 (MQ=255)
ccGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCACGGCCGAGACGATCACCGCCACGCCGACGGGAATGCCCACCGTCATCACACCcg < 1:648320/134‑1 (MQ=255)
cACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCACGGCCGAGACGATCACCGCCACGCCGACGGGAATGCCCACCGTCATCACACCCGCGcc < 2:281438/134‑1 (MQ=255)
gATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCACGGCCGAGACGATCACCGCCACGCCGACGGGAATGCCCACCGTCATCACACCCGCGCCGAGCGGTGTGCCGAGCGTGGCCGGc > 2:1083321/1‑131 (MQ=255)
tCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCAc > 2:623676/1‑47 (MQ=255)
tCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCAc < 1:623676/47‑1 (MQ=255)
tCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCACGGCCgaga > 1:705065/1‑55 (MQ=255)
tCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCACGGCCgaga < 2:705065/55‑1 (MQ=255)
tGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCACGGc < 1:908093/37‑1 (MQ=255)
tGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCACGGCCGAGACGATCACCGCCACGCCGACGGGAATGccc < 1:519829/71‑1 (MQ=255)
tGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCACGGCCGAGACGATCACCGCCACGCCGACGGGAATGCCCACCGTCATCACACCCGCGCCGAGCGGTGTGCCGAGCGTGGACGGCGAGAACGCca < 1:796860/126‑1 (MQ=255)
|
GCGGGGGCCGCCGCGGCGGCCATGCTGGCAAGCCCGAGCAGGGCCGCGCACAGGTAACGGTTGGCGGGTTTCATGCCCGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGCCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCACGGCCGAGACGATCACCGCCACGCCGACGGGAATGCCCACCGTCATCACACCCGCGCCGAGCGGTGTGCCGAGCGTGGCCGGCGAGAACGCCA > AM260480/1517959‑1518207
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GCCCTGGATGGCGGGGGCCGCCGCGGCGGCCATGCTGGCAAGCCCGAGCAGGGCCGCGCACAGGTAACGGTTGGCGGGTTTCATGCCCGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGCCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCACGGCCGAGACGATCACCGCCACGCCGACGGGAATGCCCACCGTCATCACACCCGCGCCGAGCGGTGTGCCGAGCGTGGCCGGCGAGAACGCCAGCAGCAGGATAAAGC > AM260480/1517949‑1518222
|
cggagatgtgtataagagacaggtgctgttcacgctcggcattacccgctGGGCCGCGCACAGGTAACGGTTGGCGGGTTTCATGCCCGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGT < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1111:15316:46682/98‑1 (MQ=60)
ggcttgccagcatGGCCGCCGCGGCGGCCATGCTGGCAAGCCCGAGCAGGGCCGCGCACAGGTAACGGTTGGCGGGTTTCATGCCCGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGT > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2202:2873:38269/14‑146 (MQ=60)
acggcatacgagattagcgagtgtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacagCAGGTAACGGTTGGCGGGTTTCATGCCCGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCC < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1109:5717:27692/94‑1 (MQ=60)
GGCGGGGGCCGCCGCGGCGGCCATGCTGGCAAGCCCGAGCAGGGCCGCGCACAGGTAACGGTTGGCGGGTTTCATGCCCGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTC < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2211:10649:73655/150‑1 (MQ=60)
GGGCCGCCGCGGCGGCCATGCTGGCAAGCCCGAGCAGGGCCGCGCACAGGTAACGGTTGGCGGGTTTCATGCCCGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAG < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1101:10670:3945/150‑1 (MQ=60)
ttttttcaagcagaagacggcatacgagattagcgagtgtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacaGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCACGGCCGAGACGATCAC < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2105:12582:24887/78‑1 (MQ=60)
tttgttttttttttttcaagcagaagacggcatacgagattagcgagtgtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacaGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCACGGCCGAGACGATCACCGC < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2204:12105:39854/68‑1 (MQ=60)
GCCCGAGCAGGGCCGCGCACAGGTAACGGTTGGCGGGTTTCATGCCCGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCACGGCCGAGACGATCACCGCCACGCC > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1116:2438:93643/1‑150 (MQ=60)
GAGCAGGGCCGCGCACAGGTAACGGTTGGCGGGTTTCATGCCCGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCtgtctcttatacacatctccgagcccacgagacactcgct > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1107:4507:65825/1‑109 (MQ=60)
GAGCAGGGCCGCGCACAGGTAACGGTTGGCGGGTTTCATGCCCGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCACGGCCtgtctcttatacacatctccgagc > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1201:11634:22238/1‑126 (MQ=60)
CAGGTAACGGTTGGCGGGTTTCATGCCCGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCACGGCCGAGACGctgtctcttatacacatctccgagcccacg > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2201:3259:100712/1‑117 (MQ=60)
AGGTAACGGTTGGCGGGTTTCATGCCCGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTctgtctcttatacacatctccgagcccacgagacactcgctaatctcgtatgccgtcttctgc > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2214:13958:89940/1‑87 (MQ=60)
acgagattagcgagtgtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacaGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCACGGCCGAGACGATCACCGCCACGCCGACGGGAATGCCCACCGTCATCACACCC < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1215:13712:32373/102‑1 (MQ=60)
CCCGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCACGGCCGAGACGATCACCGCCACGCCGACGGGAATGCCCACCGTCATCACACCCGCGCCGAGCGGTGTGC < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2104:9183:77443/150‑1 (MQ=60)
CGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCACGGCCGAGACGATCACCGCCACGCCtgtctcttatacacatctccgagcccacgagacactcgctaatctcgtatgccgtcttctgctt > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2109:7568:14653/1‑86 (MQ=60)
GATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCACGGCCGAGACGATCACCGCCACGCCGACGGGAATGCCCACCGTCATCACACCCGCGCCGAGCGGTGTGCCGAGCGTGGCCGGCGAGAACGCCAGCAGCAGG > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2111:6669:67167/1‑149 (MQ=60)
GGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCACGGCCGAGACGATCACCGCCACGCCGACGGGAATGCCCACCGTCATCACACCCGCGCCGAGCGGTGTGCCGAGCGTGGACGGCGAGAACGCCAGCAGCAGGATAAAGC < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2115:20579:7423/150‑1 (MQ=60)
|
GCCCTGGATGGCGGGGGCCGCCGCGGCGGCCATGCTGGCAAGCCCGAGCAGGGCCGCGCACAGGTAACGGTTGGCGGGTTTCATGCCCGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGCCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCACGGCCGAGACGATCACCGCCACGCCGACGGGAATGCCCACCGTCATCACACCCGCGCCGAGCGGTGTGCCGAGCGTGGCCGGCGAGAACGCCAGCAGCAGGATAAAGC > AM260480/1517949‑1518222
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
