Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
6081 |
0.0 |
0 |
0.0% |
0 |
0.0 |
Breseq alignment
N/A
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
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|
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TTTTGCTTAATCTCCTTCAATCTACGTTAAAACAGTGAAAATACCATATCAATTAAGATATACATTGTCAACAATATGGATGTATCTCTGAGTTCATTTCGACGAATAATTCTACCTCTCTTGGTGGAAAGCCTTCCCTCCCCCTGGCGGAACCCATCATCCCGTCGAACAACTAAACCGTCAGCGTTGCCGCACCGACGAACGTCTCTCTAGAGGTCGTCTCTCCGTCTGAACATACGCACTGTTGGTACGATGCAGCGGCGGTCTGACTGCATTTTTGACAGCGATATTTTTTTGTATC > SRR13385771.1555212/1‑301 (MQ=60)
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ATACCATATCAATTAAGATATACATTGTCCACCATATGGATGTATCTCTGAGTTCATTTCGACGACTAATTCTACCTCTCTTGGTGGAAAGCCTTCCCTCCCCCTGGCGGAACCCATCATCCCGTCGAACAACTAAACCGACAGCGTTGCCGCACCGACGAACGTCTCTCTAGAGGTCGTCTCTCCGTCTGAACATACGCACTGTTGGTACGATGCAGCGGCGGTCTGACTGCATTTTTGACAGCGATATTTTTTTGTATCAAGACTTCTACCAATGTCAGGATTTATTTTTCATGATGT > SRR13385771.1421687/1‑300 (MQ=60)
AAGATATACATTGTCAACAATATGGATGTATCTCTGAGTTCATTTCGACGAATAATTCTACCTCTCTTGGTGGAAAGCCTTCCCTCCCCCTGGCGGAACCCATCATCCCGTCGAACAACTAAACCGTCAGCGTTGCCGCACCGACGAACGTCTCTCTAGAGGTCGTCTCTCCGTCTGAACATACGCACTGTTGGTACGATGCAGCGGCGGTCTGACTGCATTTTTGACAGCGATATTTTTTTGTATCAAGACTTCTACCAATGTCAGGATTTA‑TTT > SRR13385771.201045/1‑276 (MQ=60)
AGATATACATTGTCAACAATATGGATGTATCTCTGAGTTCATTTCGACGAATAATTCTACCTCTCTTGGTGGAAAGCCTTCCCTCCCCCTGGCGGAACCCATCATCCCGTCGAACAACTAAACCGTCAGCGTTGCCGCACCGACGAACGTCTCTCTAGAGGTCGTCTCTCCGTCTGAACATACGCACTGTTGGTACGATGCAGCGGCGGTCTGACTGCATTTTTGACAGCGATATTTTTTTGTATCAAGACTTCTACCAATGTCAGGATTTATTTTTCATGATGTATGGGTGTCTAGGATG > SRR13385771.168179/1‑301 (MQ=60)
ATACATTGTCAACAATATGGATGTATCTCTGAGTTCATTTCGACGAATAATTCTACCTCTCTTGGTGGAAAGCCTTCCCTCCCCCTGGCGGAACCCATCATCCCGTCGAACAACTAAACCGTCAGCGTTGCCGCACCGACGAACGTCTCTCTAGAGGTCGTCTCTCCGTCTGAACATACGCACTGTTGGTACGATGCAGCGGCGGTCTGACTGCATTTTTGACAGCGATATTTTTTTGTATCAATACTTCTACCAATGTCAGGATTTATTTTTCATGATGTATGGGTGTCTCGGATGTTCG > SRR13385771.1430900/1‑301 (MQ=60)
CTCTGAGTTCATTTCGACGAATAATTCTACCTCTCTTGGTGGAAAGCCTTCCCTCCCCCTGGCGGAACCCATCATCCCGTCGAACAACTAAACCGTCAGCGTTGCCGCACCGACGAACGTCTCTCTAGAGGTCGTCTCTCCGTCTGAACATACGCACTGTTGGTACGATGCAGCGGCGGTCTGACTGCATTTTTGACAGCGATATTTTTTTGTATCAAGACTTCTACCAATGTCAGGATTTATTTTTCATGATGTATGGGTGTCTCGGATGTTCGGATGTCACTGTCTTTTATTTTGAAGT > SRR13385771.1666900/1‑301 (MQ=60)
GTTCATTTCGACGAATAATTCTACCTCTCTTGGTGGAAAGCCTTCCCTCCCCCTGGCGGAACCCATCATCCCGTCGAACAACTAAACCGTCAGCGTTGCCGCACCGACGAACGTCTCTCTAGAGGTCGTCTCTCCGTCTGAACATACGCACTGTTGGTACGATGCAGCGGCGGTCTGACTGCATTTTTGACAGCGATATTTTTTTGTATCAAGACTTCTACCAATGTCAGGATTTATTTTTCATGATGTATGGGTGTCTCGGATGTTCGGATGTCACTGTCTTTTATTTTGAAGTTTGTG > SRR13385771.1196557/1‑300 (MQ=60)
ATTTCGACGAATAATTCTACCTCTCTTGGTGGAAAGCCGTCCCTCCCCCTGGTGGAACCCATCAGCCCGTCGAACAACTAAACCGTCAGCGTTGCCGCACCGACGAACGTCTCTCTAGAGGTCGTCTCTCCGTCTGAACATACGCACTGTTGGTACGATGCAGCGGCGGTCTGACTGCATTTTTGACAGCGATATTTTTTTGTATCAAGACTTCTACCAATGTCAGGATTTATTTTTCATGATGTATGGGTGTCTCGGATGTTCGGATGTCACTGTCTTTTATTTTGAAGTTTGTGACAAA < SRR13385771.1709295/301‑1 (MQ=60)
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TCTTGGTGGAAAGCCTTCCCTCCCCCTGGCGGAACCCATCATCCCGTCGAACAACTAAACCGTCAGCGTTGCCGCACCGACGAACGTCTCTCTAGAGGTCGTCTCTCCGTCTGAACATACGCACTGTTGGTACGATGCAGCGGCGGTCTGACTGCATTTTTGACAGCGATATTTTTTTGTATCAAGACTTCTACCAATGTCAGGATTTATTTTTCATGATGTATGGGTGTCTCGGATGTTCGGAT > SRR13385771.1523378/1‑245 (MQ=60)
CTTGGTGTAAAGCCTTCCCTCCCCCTGGCGGAACCCATCATCCCGTCGAACAACTAAACCGTCAGCGGTGCCGCACCGACGAACGTCTCTCGAGAGGTCGTCTCTCCGTCTGAACATACTCACTGTTGGTACGATGCAGCGGCGGTCTTACTGCATTTTTGACATCGATATTTTTTTGTATCAAGACTTCTACCAATGTCATGATTTATTTTTCATGATGTATGGGTGTCTCGGATGTTCGGATGTCACTGTCTTTTATTTTGAAGTTTGGGACAAAGAATGCTATGGAAAATA‑‑ATA‑‑TG < SRR13385771.1626980/299‑1 (MQ=60)
GGTGGAAAGCCTTCCCTCCCCCTGGCGGAACCCATCATCCCGTCGAACAACTAAACCGTCAGCGTTGCCGCACCGACGAACGTCTCTCTAGAGGTCGTCTCTCCGTCTGAACATACGCACTGTTGGTACGATGCAGCGGCGGTCTGACTGCATTTTTGACAGCGATATTTTTTTGTATCAAGACTTCTACCAATGTCAGGATTTATTTTTCATGATGTATGGGTGTCTCGGATGTTCGGATGTCACTGTCTTTTATTTTGAAGTTTGTGACAAAGAATGCTATGGAAAATA‑‑ATA‑‑TGTgta < SRR13385771.775054/300‑4 (MQ=60)
AGCCTTCCCTCCCCCTGGCGGAACCCATCATCCCGTCGAACAACTAAACCGTCAGCGTTGCCGCACCGACGAACGTCTCTCTAGAGTTCGTCTCTCCGTCTGAACATACGCACTGTTGGTACGATGCAGCGGCGGTCTGACTGCATTTTTGACAGCGATATTTTTTT > SRR13385771.1640083/1‑167 (MQ=60)
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GGACCGACGAACGTCTCTCTAGAGGTCGTCTCTCCGTCTGAACATACGCACTGTTGGTACGATGCAGCGGCGGTCTGACTGCATTTTTGACAGCGATATTTTTTTGTATCAAGACTTCTACCAATGTCAGGATTTATTTTTCATGATGTATGGGTGTCTCGGATGTTCGGATGTCACTGTCTTTTATTTTGAAGTTTGTGACAAAGAATGCTATGGAAAATA‑‑ATATGTGTAGCAACATAACCAAGTAATTATCATTGCATTAAATTTTGGCAGTACTATTTAAAATGCCATGTTTTATGTT < SRR13385771.1183758/301‑1 (MQ=60)
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GACGAACGTCTCTCTAGAGGTCGTCTCTCCGTCTGAACATACGCACTGTTGGTACGATGCAGCGGCGGTCTGACTGCATTTTTGACAGCGATATTTTTTTGTATCAAGACTTCTACCAATGTCAGGATTTATTTTTCATGATGTATGGGTGTCTCGGATGTTCGGATGTCACTGTCTTTTATTTTGAAGTTTGTGACAAAGTATGCTATGGAAAATA‑‑ATATGTGTAGCAACATAACCAATTAATTATCATTGCATTAAATTTTGGCAGTACTATTTAAAATGCCATGTTTTATGTTGTTAC > SRR13385771.1172204/1‑301 (MQ=60)
GAACGTCTCTCTAGAGGTCGTCTCTCCGTCTGAACATACGCACTGTTGGTACGATGCAGCGGCGGTCTGACTGCATTTTTGACAGCGATATTTTTTTGTATCAAGACTTCTACCAATGTCAGGATTTATTTTTCATGATGTATGGGTGTCTCGGATGTTCGGATGTCACTGTCTTTTATTTTGAAGTTTGTGACAAAGAATGCTATGGAAAATA‑‑ATATGTGTAGCAACATAACCAATTAATTATCATTGCA < SRR13385771.946568/251‑1 (MQ=60)
CGTCTCTCTAGAGGTCGTCTCTCCGTCTGAACATACGCACTGTTGGTACGATGCAGCGGCGGTCTGACTGCATTTTTGACAGCGATATTTTTTTGTATCAAGACTTCTACCAATGTCAGGATTTATTTTTCATGATGTATGGGTGTCTCGGATGTTCGGATGTCACTGTCTTTTATTTTGAAGTTTGTGACAAAGAATGCTATGGAAAATA‑‑ATATGTGTAGCAACATAACCAATTAATTATCATTGCATTAAATTTTGGCAGTACTATTTAAAATGCCATGATTTATGTTGTTACAGTAgt > SRR13385771.855843/1‑299 (MQ=60)
TCTCTAGAGGTCGTTTCTCCGTCTGAACATACGGACTGTTGGTACGATGCAGCGGCGGTCTGACTGCATTTTTGACAGCGATATTTTTTTGTATCAAGACTTCTACCAATGTAAGGATTTATTTTTCATGATGTATGGGTGTCTCGGATGTTCGGATGTCACTGTCTTTTATTTTGAAGTTTGTGACAAAGAATGCTATGGAAAATA‑‑ATATGTGTAGCAACATAACCAATTAATTATCATTGCATTAAATTTTGGCAGTACTATTTAAAATGCCATGTTTTATGTTGTTACAGTAgttta < SRR13385771.1609668/300‑6 (MQ=60)
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ATACGCACTGTTGGTACGATGCAGCGGCGGTCTGACTGCATTTTTGACAGCGATATTTTTTTGTATCAAGACTTCTACCAATGTCAGGATTTATTTTTCATGATGTATGGGTGTCTCGGATGTTCGGATGTCACTGTCTTTTATTTTGAAGTTTGTGACAAAGAATGCTATGGAAAATA‑‑ATATGTGTAGCAACATAACCAATAAATTAGCATTGCATTAAATTTTGGCAGTACTATTTAAAATGCCATGTTTTATGTTGTTACAGTAGTTTATTGACATTCTTCTGGTGTTGCCCGCTTCG < SRR13385771.279629/301‑1 (MQ=60)
TGTTGGTACGATGCAGCGGCGGTCTGACTGCATTTTTGACAGCGATATTTTTTTGTATCAAGACTTCTACCAATGTCAGGATTTATTTTTCATGATGTATGGGTGTCTCGGATGTTCGGATGTCACTGTCTTTTATTTTGAAGTTTGTGACAAAGAATGCTATGGAAAATA‑‑ATATGTGTAGCAACATAACCAATTAATTATCATTGCATTAAATTTTGGCAGTACTATTTACAATGCCATGTTTTATGTTGTTACAGTAGTTTATTGACATTCTTCTGGTGTTGCCCGCTTCGCTTTCTT > SRR13385771.649508/1‑300 (MQ=60)
ggtaaaatgaagaggaagtctgactGCATTTTTGACAGCGATATTTTTTTGTATCAAGACTTCTACCAATGTCAGGATTTATTTTTCATGATGTATGGGTGTCTCGGATGTTCGGATGTCACTGTCTTTTATTTTGAAGTGTGTGACAAAGAATGCTATGGAAAATA‑‑ATATGTGTAGCAACATAACCAATTAATTATCATTGCATTAAATTTTGGCAGTACTATTTAAAATGCCATGTTCTATGTTGGTACAGTAGTTTATTGACATCCTTCTGGTGTTGCCCGCTTCGCTTTCTTAAAAC > SRR13385771.1340125/26‑301 (MQ=60)
GGTACGATGCAGCGGCGGTCTGACTGCATTTTTGACAGCGATATTTTTTTGTATCAAGACTGCTACCAATGTCAGGATTTATTTTTCATGATGTATGGGTGGCTCGGATGTTCGGATGTCACTGTCTTTTATTTTGAAGTTTGTGACAAAGAATGCTATGGAAAATA‑‑ATATGTGTAGCAACATAACCAATTAATTATCATTGCATTAAATTTTGGCAGTACTATTTAAAATGCCATGTTTTATGTTGTTACAGTAGTTTATTGACATTCTTCTGGTGTTGCCCGCTTCGCTTTCTTAAAAC < SRR13385771.892479/301‑1 (MQ=60)
CAGCGGCGGTCTGACTGCATGTTTGACAGCGATATTTTTTTGTATCAAGACTTCTACCAATGTCAGGATTTATTTTTCATGATGTATGGGTGTCTCGGATGTTCGGATGTCACTGTCTTT < SRR13385771.1835845/120‑1 (MQ=60)
CATTTTTGACAGCGATATTTTTTTGTATCAAGACTTCTACCAATGTCAGGATTTATTTTTCATGATGTATGGGTGTCTCGGATGTTCGGATGTCACTGTCTTTTATTTTGAAGTTTGTGACAAAGAATGCTATGGAAAATA‑‑ATATGTGTAGCAACATAACCAATTAATTATCATTGCATTAAATTTTGGCAGTACTATTTAAAATGCCATGTTTTATGTTGTTACAGTAGTTTATTGACATTCTTCTGGTGTTGCCCGCTTCGCTTTCTTAAAACGGTTAAATATTGAAAAAGTTTCACA > SRR13385771.881365/1‑300 (MQ=60)
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GATATTTTTTTTTATCAAGACTTCTACCAATGTCAGGATTTATTTTTCATGATGTATGGGTGTCTCGGATGTTCGGATGTCACTGTCTTTTATTTTGAAGTTTGTGACAAAGAATGCTATGGAAAATA‑‑ATATGTGTAGCAACATAACCAATTAATTATCATTGCATTAAATTTTGGCAGTACTATTTAAAATGCCATGTTTTATGTTGTTACAGTAGTTTATTGACATTCTTCTGGTGTTGCCCGCTTCGCTTTCTTAAAACGGTTAAATATTGAAAAAGTTTCACAAGACACGAAATCAA < SRR13385771.1518510/301‑1 (MQ=60)
GATATTTTTTTGTATCAAGACTTCTACCAATGTCAGGATTTATTTTTCATGATGTATGGGTGTCTCGGATGTTCGGATGTCACTGTCTTTTATTTTGAAGTTTGTGACAAAGAATGCTATGGAAAATA‑‑ATATGTGTAGCAACATAACCAATTAATTATCATTGCATTAAATTTTGGCAGTACTATTTAAAATGCCATGTTTTATGTTGTTACAGTAGTTTATTGACATTCTTCTGGTGTTGCCCGCTTCGCTTTCTTAAAACGGTTAAATATTGAAAAAGTTTCACAAGACACGAAATCA > SRR13385771.1340719/1‑300 (MQ=60)
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GATTGTTTTTTTGCTTAATCTCCTTCAATTTACGTTAAAACAGTGAAAATACCACATCAATTAAGATATACATTGTCAACAATATGGATGTATCTCTGAGTTCATTTCGACGAATAATTTTACCTCTCTTGGTGGAAAGCCTTCCCTCCCCCTGGCGGAACCCATCATCCCGTCGAACAACTAAACCGTCAGCGTTGCCGCACCGACGGACGTCTCTCTAGAGGTCGTCTCTCCGTCTGAACATACGCACTGTTGGTACGATGCAGCGGCAGTCTGGCCGCATTTTTGACAGCGATCTTTTTTTGTATCAAGACTTCTTCCAATGTCAGGATTTA‑TTTTCATGATGTATGGGTGTATCGGATGTTCGGATGTCACTGTCTTTTATTTTGAAGTTTGTGACAGAGAATGCTATGGAAAATA‑‑ATA‑‑TGTAGCAACATAGCCAACTAATTGCCATTGCATTAAATTTTGGCAGTACTATTTAAAATGCCATGTTTTATGTTGTTACAGTAAGTTATTGACATTCTTCTGGTGTTGCCCGCTTCGCTTTCTTAAAACGGTTAAATATTGAAAAAGTTTCACAAGACACGAAATCAA > BK006934/382759‑383349
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
