Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
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N/A
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BRESEQ :: bam2aln output
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ccttcagcagataggaaccatactgattcacatcgtatttaacccaactcacgtaacattTTAATTGACGAACAGTCAAACC‑C‑TTCTTAGCTTTTACAACCAAGAGGAAATGTTGAGTCGACATCGAGGTGGCAAACAtagcttacaatatctactctttcgctatattaccctgttcaaattttttgttatcgtaattacatttaaataattacttcaatatattactatattgttcagactatatcattatcaaataaaatttaatataaataaatatttatgaaatatatcataaaa < SRR13385771.475591/240‑163 (MQ=29)
cttcagcagataggaaccatactgattcacatcgtatttaacccaactcacgtaacattTTAATTGACGAACAGTCAAACC‑C‑TTCTTAGCTTTTACAACCAAGAGGAAATGTTGAGTCGACATCGAGGTGGCAAACAtagcttacaatatctactctttcgctatattaccctgttcaaattttttgttatcgtaattacatttaaataattacttcaatatattactatattgttcagactatatcattatcaaataaaatttaatataaataaatatttatgaaatatatcataaaat > SRR13385771.1640290/60‑137 (MQ=29)
cttcagcagataggaaccatactgattcacatcgtatttaacccaactcacgtaacattTTAATTGACGAACAGTCAAACC‑C‑TTCTTAGCTTTTACAACCAAGAGGAAATGTTGAGTCGACATCGAGGTGGCAAACAtagcttacaatatctactctttcgctatattaccctgttcaaattttttgttatcgtaattacatttaaataattacttcaatatattactatattgttcagactatatcattatcaaataaaatttaatataaataaatatttatgaaatatatcataaaat > SRR13385771.91806/60‑137 (MQ=29)
tcagcagataggaaccatactgattcacatcgtatttaacccaactcacgtaacattTTAATTGACGAACAGTCAAACC‑C‑TTCTTAGCTTTTACAACCAAGAGGAAATGTTGAGTCGACATCGAGGTGGCAAACAtagcttacaatatctactctttcgctatattaccctgttcaaattttttgttatcgtaattacatttaaataattacttcaatatattactatattgttcagactatatcattatcaaataaaatttaatataaataaatatttatgaaatatatcataaaataa > SRR13385771.1290850/58‑135 (MQ=29)
tcagcagataggaaccatactgattcacatcgtatttaacccaactcacgtaacattTTAATTGACGAACAGTCAAACC‑C‑TTCTTAGCTTTTACAACCAAGAGGAAATGTTGAGTCGACATCGAGGTGGCAAACACAgcttacaatatctactctttcgctatattaccctgttcaaattttttgttatcgtaattacatttaaataattacttcaatatattactatattgttcagactatatcattatcaaataaaatttaatataaataaatatttatgaaatatatcataaaataa > SRR13385771.822400/58‑137 (MQ=32)
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GCAGATAGGAACCATACTGATTCACATCGTATGTAA‑‑CCCAACTCACGTAA‑CATTTTAATTGACGAACAGTCAAACC‑C‑TTCTTAGCTTTTACAACCAAGAGGAAATGTTGAGTCGACATCGAGGTGGCAAACAtagcttacaatatctactctttcgctatattaccctgttcaaattttttgttatcgtaattacatttaaataattacttcaatatattactatattgttcagactatatcattatcaaataaaatttaatataaataaatatttatgaaatatatcataaaataaaaat < SRR13385771.482034/301‑170 (MQ=19)
cagcagataggaaccatactgattcacatcgtatttaacccaactcacgtaacattTTAATTGACGAACAGTCAAACC‑C‑TTCTTAGCTTTTACAACCAAGAGGAAATGTTGAGTCGACATCGAGGTGGCAAACAtagcttacaatatctactctttcgctatattaccctgttcaaattttttgttatcgtaattacatttaaataattacttcaatatattactatattgttcagactatatcattatcaaataaaatttaatataaataaatatttatgaaatatatcataaaataaaa < SRR13385771.1090433/245‑168 (MQ=29)
agataggaaccatactgattcacatcgtatttaacccaactcacgtaacattTTAATTGACGAACAGTCAAACC‑C‑TTCTTAGCTTTTACAACCAAGAGGAAATGTTGAGTCGACATCGAGGTGGCAAACAtagcttacaatatctactctttcgctatattaccctgttcaaattttttgttatcgtaattacatttaaataattacttcaatatattactatattgttcagactatatcattatcaaataaaatttaatataaataaatatttatgaaatatatcataaaataaaaata > SRR13385771.600289/53‑130 (MQ=29)
taggaaccatactgattcacatcgtatttaacccaactcacgtaacattTTAATTGACGAACAGTCAAACC‑C‑TTCTTAGCTTTTACAACCAAGAGGAAATGTTGAGTCGACATCGAGGTGGCAAACAtagcttacaatatctactctttcgctatattaccctgttcaaattttttgttatcgtcattacatttaaataattacttcaatatattactatattgttcagactatatcattatcaaataaaatttaatataaataaatatttatgaaatatatcataaaataaaaataaga > SRR13385771.338580/50‑127 (MQ=29)
taggaaccatactgattcacatcgtatttaacccaactcacgtaacattTTAATTGACGAACAGTCAAACC‑C‑TTCTTAGCTTTTACAACCAAGAGGAAATGTTGAGTCGACATCGAGGTGGCAAACAtagcttacaatatctactctttcgctatattaccctgttcaaattttttgttatcgtaattacatttaaataattacttcaatatattactatattgttcagactatatcattatcaaataaaatttaatataaataaatatttatgaaatatttcataaaataaaaataaga > SRR13385771.1153477/50‑127 (MQ=29)
ggaaccatactgattcacatcgtatttaacccaactcacgtaacattTTAATTGACGAACAGTCAAACC‑C‑TTCTTAGCTTTTACAACCAAGAGGAAATgttgagtcgacatcgaggttgcaaacatagcttacaatatctactctttcgctatattaccctgttcaaattttttgttatcgtaattacatttaaataattacttcaatatattactatattgttcagactatatcattatcaaataaaatttaatataaataaatatttatgaaatatatcataaaataaaaataagaata < SRR13385771.330487/254‑204 (MQ=37)
ggaaccatactgattcacatcgtatttaacccaactcacgtaacattTTAATTGACGAACAGTCAAACC‑C‑TTCTTAGCTTTTACAACCAAGAGGAAATGTTGAGTCGACATCGAGGTGGCAAACAtcgcttacaatatctactctttcgctatattcccctgttcaaattttttgttatcgtaattacatttaaataattacttcaatatattactatattgttcagactatatcat > SRR13385771.1785182/48‑125 (MQ=29)
gaaccatactgattcacatcgtatttaacccaactcacgtaacattTTAATTGACGAACAGTCAAACC‑C‑TTCTTAGCTTTTACAACCAAGAGGAAATGTTGAGTCGACATCGAGGTGGCAAACAtagcttacaatatctactctttcgctatattaccctgttcagattttttgttatcgtaattacatttaaataattacttcaatatattactatattgttcagactatatcattatcaaataaaatttaatataaataaatatttatgaaatatatcataaaataaaaataagaatat < SRR13385771.811770/255‑178 (MQ=29)
aaccatactgattcacatcgtatttcacccaactcacgtaacattTTAATTGACGAACAGTCAAACC‑C‑TTATTAGCTTTTACAACCAAGAGGAAATGTTGAGTCGACATCGAGGTGGCAAACAtagcttacaatatctactctttcgctatattaccctgttcaaattttttgttatcgtaattacatttaaataattacttcaatatattactatattgttaagactatatcattatcaaataaaatttaatataaataaatatttatgaaatatatcataaaataaaaataagaatatt < SRR13385771.259823/256‑179 (MQ=19)
ccatactgattcacatcgtatttaacccaactcacgtaacattTTAATTGACGAACAGTCAAACC‑C‑TTCGTAGCTTTTACAACCAAGAGGAAATGTTGAGTCGACATCGAGGTGGCAAACAtagcttacaatatctactctttcgctatattaccctgttcaaattttttgttatcgtaattacatttaaataagtacttcaatatattactatattgttcagactatatcattatcaaataaaatttaatataaataaatatttatgaaatatatcataaaataaaaataagaatattat < SRR13385771.1302878/258‑181 (MQ=19)
catactgattcacatcgtatttaacccaactcacgtaacattTTAATTGACGAACAGTCAAACC‑C‑TTCTTAGCTTTTACAACCAAGAGGAAATGTTGAGTCGACATCGAGGTGGCAAACAtagcttacaatatctactctttcgctatattaccctgttcaaattttttgttatcgtaattacatttaaataattacttcaatatattactatattgttcagactatatcattatcaaata > SRR13385771.1244050/43‑120 (MQ=29)
actgattcacgtcgtatttaacccaacgcacgtaacattTTAATTGACGAACAGTCAAACC‑C‑TTCTTGGCTTTTACAACCAAGAGGAAATGTTGAGTCGACATCGAGGTGGCAAACAtagctgacaatatctactctttcgctatattaccctgttcaaattttttggtatcgtaattacatttaaataattacttcaagatattactatattgttcagtctatatcattatcaaagaaaattgaatataaataaatatttatgaattatatcataaaataaaaataataatattatttt < SRR13385771.1176757/261‑184 (MQ=40)
actgattcacatcgtatttaacccaactcacgtaacattTTAATTGACGAACAGTCAAACC‑C‑TTCTTAGCTTTTACAACCAAGAGGAAATGTTGAGTCGACATCGAGGTGGCAAACAtagcttacaatatctactctttcgctatattaccctgttcaaattttttgttatcgtaattacatttaaataattacttcaatatattactatattgttcagactatatcattatcaaataaaatttaatataaataaatatttatgaaatatatcataaaataaaaataagaatattatttt < SRR13385771.1755112/261‑184 (MQ=29)
ctgattcacatcgtatttaacccaactcacgtaacattTTAATTGACGAACAGTCAAACC‑C‑TTCTTAGCTTTTACAACCAAGAGGAAATGTTGAGTCGACATCGAGGTGGCAAACAtagcttacaatatctactctttcgctatattaccctgttcaaattttttgttatcgtaattacatttaaataattacttcaatatattactatattgttcagactatatcattatcaaataaaatttaatataaataaatatttatgaaatatatcataaaataaaaataagaatattatttta > SRR13385771.1405422/39‑116 (MQ=29)
gattcacatcgtatttaacccaactcacgtaacattTTAATTGACGAACAGTCAAACC‑C‑TTCTTAGCTTTTACAACCAAGAGGAAATGTTGAGTCGACATCGAGGTGGCAAACAtagcttacaatatctactctttcgctatattaccctgttcaaattttttgttatcgtaattacatttaaataattacttcaatatattactatattgttcagactatatcattatcaaataaaatttaatataaataaatatttatgaaatatatcataaaataaaaataagaatattattttaa < SRR13385771.90316/263‑186 (MQ=29)
attcacatcgtatttaacccaactcacgtaacattTTAATTGACGAACAGTCAAACC‑C‑TTCTTAGCTTTTACAACCAAGAGGAAATGTTGAGTCGACATCGAGGTGGCAAACAtagcttacaatatctactctttcgctatattaccctgttcaaattttttgttatcgtaattacatttaaataattacttcaatatattactatattgttcagactatatcattatcaaataaaatttaatataaataaatatttatgaaatatatcataaaataaaaataagaatattattttaaaa > SRR13385771.411729/36‑113 (MQ=29)
tcacatcgtatttaacccaactcacgtaacattTTAATTGACGAACAGTCAAACC‑C‑TTCTTAGCTTTTACAACCAAGAGGAAATGTTGAGTCGACATCGAGGTGGCAAACAtagcttacaatatctactctt < SRR13385771.498066/99‑22 (MQ=29)
acatcgtatttaacccaactcacgtaacattTTAATTGACGAACAGTCAAACC‑C‑TTCTTAGCTTTTACAACCAAGAGGAAATGTTGAGTCGACATCGAGGTGGCAAACAtagcttacaatatctactctttcgctatattaccctgttcaaattttttgttatcgtaattacatttaaataattacttcaatatattactatattgttcagactatatcattatcaaataaaatttaatataaataaatatttatgaaatatatcataaaataaaaataagaatattattttaaaaaagtt < SRR13385771.1144627/270‑193 (MQ=29)
atcgtatttaacccaactcacgtaacattTTAATTGACGAACAGTCAAACC‑C‑TTCTTAGCTTTTACAACCAAGAGGAAATGTTGAGTCGACATCGAGGTGGCAAACAtagcttacaatatctactctttcgctatattaccctgttcaaattttttgttatcgtaattacatttaaataattacttcaatatattactatattgttcagactatatcattatcaaataaaatttaatataaataaatatttatgaaatatatcataaaataaaaataagaatattattttaaaaaagtttc > SRR13385771.1620144/30‑107 (MQ=29)
atcgtatttaacccaactcacgtaacattTTAATTGACGAACAGTCAAACC‑C‑TTCTTAGCTTTTACAACCAAGAGGAAATGTTGAGTCGACATCGAGGTGGCAAACAtagcttacaatatctactctttcgctatattaccctgttcaaattttttgttatcgtaattacatttaaataattacttcaatatattactatattgttcagactatatcattatcaaataaaatttaatataaataaatatttatgaaatatatcataaaataaaaataagaatattattttaaaaaagtttc < SRR13385771.1822564/272‑195 (MQ=29)
gtatttaacccaactcacgtaacattTTAATTGACGAACAGTCAAACC‑C‑TTCTTAGCTTTTACAACCAAGAGGAAATGTTGAGTCGACATCGAGGTGGCAAACAtagcttacaatatctactctttcgctatattaccctgttcaaattttttgttatcgtaattacatttaaataattacttcaatatattactatattgttcagactatatcattatcaaataaaatttaatataaataaatatttatgaaatatatcataaaataaaaataagaatattattttaaaaaagtttcgg > SRR13385771.272290/27‑104 (MQ=29)
tatttaacccaactcacgtaacattTTAATTGACGAACAGTCAAACC‑C‑TTCTTAGCTTTTACAACCAAGAGGAAATGTTGAGTCGACATCGAGGTGGCAAACAtagcttacaatatctactctttcgctatattaccctgttcaaattttttgttatcgtaattacatttaaataattacttcaatatattactatattgttcagactatatcattatcaaataaaatttaatataaataaatatttatgaaatatatcataaaataaaaataagaatattattttaaaaaagtttcggat > SRR13385771.132684/26‑103 (MQ=29)
atttaacccaactcacgtaacattgTAATTGACGAACAGTCAAACC‑C‑TTCTTAGCTTTTACAACCAAGAGGAAATGTTGAGTCGACATCGAGGTGGCAAACAtagcttacaatatctactctttcgctatattaccctgttcaaattttttgttatcgtaattacatttaaataattacttcaatatattactatattgttcagactatatcattatcaaataaaatttaatataaataaatatttatgaaatatatcataaaataaaaataagaatattattttaaaaaagtttcggatg < SRR13385771.1128970/276‑200 (MQ=27)
atttaacccaactcacgtaacattTTAATTGACGAACAGTCAAACC‑C‑TTCTTAGCTTTTACAACCAAGAGGAAATGTTGAGTCGACATCGAGGTGGCAAACAtagcttacaatatctactctttcgctatattaccctgttcaaattttttgttatcgtaattacatttaaataattacttcaatatattactatattgttcagactatatcattatcaaataaaatttaatataaataaatatttatgaaatatatcataaaataaaaataagaatattattttaaaaaagtttcggatg > SRR13385771.468054/25‑102 (MQ=29)
tttaacccaactcacgtaacattTTAATTGACGAACAGTCAAACC‑C‑TTCTTAGCTTTTACAACCAAGAGGAAATGTTGAGTCGACATCGAGGTGGCAAACAtagcttacaatatctactctttcgctatattaccctgttcaaattttttgttatcgtaattacatttaaataattacttcaatatattactatattgttcagactatatcattatcaaataaaatttaatataaataaatatttatgaaatatatcataaaataaaaataagaatattattttaaa > SRR13385771.949833/24‑101 (MQ=29)
taacccaactcacgtaacattTTAATTGACGAACAGTCAAACC‑C‑TTCTTAGCTATTACAACCAAGAGGAAATGTTGAGTCGACATCGAGGTGGCAAACAtagcttacaatatctactctttcgctatattaccctgttcaaattttttgttatcgtaattacatataaataattacttcaatatattactatattgttcagactatatcattatcaaataaaatttaatataaataaatatttatgaaatatatcataaaataaaaataagaatattattttaaaaaagtttcggatgaa < SRR13385771.831074/279‑202 (MQ=19)
cccaactcacgtaacattTTAATTGACGAACAGTCAAACC‑C‑TTCTTAGCTTTTACAACCAAGAGGAAATGTTGAGTCGACATCGAGGTGGCAAACAtagcttacaatatctactctttcgctatattaccctgttcaaattttttgttatcgtaattacatttaaataattacttcaatatattactatattgttcagactatatcattatcaaataaaatttaatataaataaatatttatgaaatatatcataaaataaaaataagaattttattttaaaaaagtttcggatgaaata > SRR13385771.862651/19‑96 (MQ=29)
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aactcacgtaacattTTAATTGACGAACAGTCAAACC‑C‑TTCTTAGCTTTTACAACCAAGAGGAAATGTTGAGTCGACATCGAGGTGGCAAACAtagcgtacaatatctactctttcgctatattaccctgttcaaagtttttgttatcgtaattacatttaaataattacttcaatagattactatattgttcagactatatcattatcaaataaaatttaata < SRR13385771.1274096/209‑132 (MQ=29)
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gtaacattTTAATTGACGAACAGTCAAACC‑C‑TTCTTAGCTTTTACAACCAAGAGGAAATGTTGAGTCGACATCGAGGTGGCAAACAtagcttacaatatctactctttcgctatattaccctgttcaaattttttgttatcgtaattacat > SRR13385771.748622/9‑86 (MQ=29)
aacattTTAATTGACGAACAGTCAAACC‑C‑TTCTTAGCTTTTACAACCAAGAGGAAATGTTGAGTCGACATCGAGGTGGCAAACAtagcttacaatatctactctttcgctatattaccctgttcaaattttttgttatcgtaattacatttaaataattacttcaatatattactatattgttcagactatatcattatcaaataaaatttaatataaataaatatttatgaaatatatcataaaataaaaataagaatattattttaaaaaagtttcggatgaaatagtattaggtaatt > SRR13385771.1319191/7‑84 (MQ=29)
acattTTAATTGACGAACAGTCAAACC‑C‑TTCTTAGCTTTTACAACCAAGAGGAAATGTTGAGTCGACATCGAGGTGGCAAACAtagcttacaatatctactctttcgctatattaccctgttcaaattttttgttatcgtaattacatttaaataattacttcaatatattactatattgttcagactatatcattatcaaataaaatttaatataaataaatatttatgaaatatatcataaaataaaaataagaatattattttaaaaaagtttcggatgaaatagtattaggtaattt < SRR13385771.1285014/296‑219 (MQ=29)
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attTTAATTGACGAACAGTCAAACC‑C‑TTCTTAGCTTTTACAACCAAGAGGAAATGTTGAGTCGACATCGAGGTGGCAAACAtagcttacaatatctactctttcgctatattaccctgttcaaattttttgttatcgtaattacatttaaataattacttcaatatattactatattgttcagactatatcattatcaaataaaatttaatataaataaatatttatgaaatatatcataaaataaaaataagaatattattttaaaaaagtttcggatgaaatagtattaggtaatttat > SRR13385771.377441/4‑81 (MQ=29)
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TTAATTGACGAACAGTCAAACC‑C‑TTCTTAGCTTTTACAACCAAGAGGAAATGTTGAGTCGACATCGAGGTGGCAAACAtagcttacaatatctactctttcgctatattaccctgttcaaattttttgttatcgtaattacatttaaataattacttcaatatattactatattgttcagactatatcattatcaaataaaatttaatataaataaatatttatgaaatatatcataaaataaaaataagaatattattttaaaaaagtttcggatgaaatagtattaggtaatttatat > SRR13385771.236710/1‑78 (MQ=29)
TTAATTGACGAACAGTCAAACC‑C‑TTCTTAGCTTTTACAACCAAGAGGAAATGTTGAGTCGACATCGAGGTGGCAAACAtagcttacaatatctactctttcgctatattaccctgttcaaattttttgttatcgtaattacatttaaataattacttcaatatattactatattgttcagactatatcattatcaaataaaatttaatataaataaatatttatgaaatatatcataaaataaaaataagaatattattttaaaaaagtttcggatgaaatagtattaggtaatttatat < SRR13385771.1683557/300‑223 (MQ=29)
ATTGACGAACAGTCAAACC‑C‑TTCTTAGCTTTTACAACCAAGAGGAAATGTTGAGTCGACATCGAGGTGGCAAACAtagcttacaatatctactctttcgctatattaccctattcaaattttttgttatcgtaattacatttaaataattacttcaatatattactatattgttcagactatatcattatcaaataaaatttaatataaataaatatttatgaaatatatcataaaataaaaataagaatattattttaaaaaagtttcggatgaaatagtattaggtaatttatatatc > SRR13385771.1258662/1‑75 (MQ=23)
AACAGTCAAA‑C‑C‑TTCTTGGCTTTTACAACCGAGAGGAAATACTAAGTCAACATCAAGGTGGCAAACACAATTCACAGTATCTAATTTTTCGTTATATCACATTGGAAAAAGTATTAACGTATAA > SRR13385771.1478508/1‑124 (MQ=60)
TCTTGGCTTTTACAACCGAGAGGAAATACTAAGTCAACATCAAGGTGGCAAACACAATTCACAGTATCTAATTTTTCGTTATATCACATTGGAAAAAGTATTAACGTATAATTTCCATCTGCTGAGCACTTGCTGCCGTTGAGACCGGCGAATTTTTGAAAGAAGTGTATGCCAATAATAAATTGGAAAGCCCATTAAATAATGCTCTTATGTTGGATAAGCTTTCTTCGGTGGAATAAAAGGCACATGTATCAACCTGACTTTCACTTTTACTTAACCCCAAGCTATGTCTCCATTGGCC > SRR13385771.709853/1‑301 (MQ=60)
|
AATTCGGAATCTGCCACTTGTGAGTTTTATCAAGCCTATGCGGATGTTTGTGACTAGTTGGATATGACTGAATTAATACTTTCAGAAATGGACAAGGAGATATGTGATTCTCTATTATCAAATACCATTTGAACCTTACTGGTCCAGCTAAAAAAGAGCTAGAATTCATCTGTTCTAGCCCATGGAAGAGAACCGATATGATTGGCAGATAGAAACCATACTGATTCGCGTCGTATCTAG‑‑CACAACCCACGTAAGAACCTTAATTGACGAACAGTCAAA‑C‑C‑TTCTTGGCTTTTACAACCGAGAGGAAATACTAAGTCAACATCAAGGTGGCAAACACAATTCACAGTATCTAATTTTTCGTTATATCACATTGGAAAAAGTATTAACGTATAATTTCCATCTGCTGAGCACTTGCTGCCGTTGAGACCGGCGAATTTTTGAAAGAAGTGTATGCCAATAATAAATTGGAAAGCCCATTAAATAATGCTCTTATGTTGGATAAGCTTTCTTCGGTGGAATAAAAGGCACATGTATCAACCTGACTTTCACTTTTACTTAACCCCAAGCTATGTCTCCATTGGCCAGGTACTCAAAAGAAC > BK006936/363643‑364241
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
