Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
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Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
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A1 F1 I1 R1
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Breseq alignment
N/A
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 356 total aligned reads displayed.
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ataattaaaatataaactaatatagataatatattaataaagtattatttttattaaatatattatattattatcaatagatacaccatgggttgattcattatggtccttgcgtactaataatgagatttaatttgataatatttccttcagcagataggaaccatactgattcacatcgtatttaacccaactcacgtaacattTTAATTGACGAACAGTCAA‑ACCC‑TTCTTAGCTTTTACAACCAAGAGGAAATGTTGAGTCGACATCGAGGTGGCAAACAtagcttacaatatctac > SRR13385771.1433018/207‑284 (MQ=29)
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aattaaaatataaactaatatagataatatattaataaagtattatttttattaaatatattatattattatcaatagatacaccatgggttgattcattatggtccttgcgtactaataatgagatttaatttgataatatttccttcagcagataggaaccatactgattcacatcgtatttaacccaactcacgtaacattTTAATTGACGAACAGTCAA‑ACCC‑TTCTTAGCTTTTACAACCAAGAGGAAATGTTGAGTCGACATCGAGGTGGCAAACAtagcttacaatatatactc > SRR13385771.1227434/205‑282 (MQ=29)
ataaactaatatagataatatattaataaagtattatttttattaaatatattatattattatcaatagatacaccatgggttgattcattatggtccttgcgtactaataatgagatttaatttgataatatttccttcagcagataggaaccatactgattcacatcgtatttaacccaactcacgtaacattTTAATTGACGAACAGTCAA‑ACCC‑TTCTTAGCTTTTACAACCAAGAGGAAATGTTGAGTCGACATCGAGGTGGCAAACAtagcttacaatatctactctttcgctat > SRR13385771.299094/196‑273 (MQ=29)
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aataatatattaataaagtattatttttattaaatatattatattattatcaatagatacaccatgggttgattcattatggtccttgcgtactaataatgagatttaatttgataatatttccttcagcagataggaaccatactgattcacatcgtatttaacccaactcacgtaacattTTAATTGACGAACAGTCAA‑ACCC‑TTCTTAGCTTTTACAACCAAGAGGAAATGTTGAGTCGACATCGAGGTGGCAAACAtagcttacaatatctactctttcgctatattaccctgttca < SRR13385771.1546097/119‑42 (MQ=29)
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ATTCTCTATTATCAAATACCATTTGAACCTTACTGGTCCAGCTAAAAAAGAGCTAGAATTCATCTGTTCTAGCCCATGGAAGAGAACCGATATGATTGGCCGATAGAAACCATACTGCTTCGCGTCGTATCTAGCACAACCCACGTAAGAACCTTAATTGACGAACAGACAA‑A‑CC‑TTCTTGGCTTTTACAACCGAGAGGAAATACTAAGTCAACATCAAGGCTGCAAACACAATTCACAGTATCTAATTTTTCGTTATATCACCTTGGACAAAGTATTAACGTATAATTTCCATCTGCTGC > SRR13385771.297261/1‑301 (MQ=60)
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aatatattatattattatcaatagatacaccatgggttgattcattatggtccttgcgtactaataatgagatttaatttgataatatttccttcagcagataggaaccatactgattcacatcgtatttaacccaactcacgtaacattTTAATTGACGAACAGTCAA‑ACCC‑TTCTTAGCTTTTACAACCAAGAGGAAATGTTGAGTCGACATCGAGGTGGCAAACAtagcttacaatatctactctttcgctatattaccctgttcaaattttttgttatcgtaattacatttaaataa < SRR13385771.383701/151‑74 (MQ=29)
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agataggaaccatactgattcacatcgtatttaacccaactcacgtaacattTTAATTGACGAACAGTCAA‑ACCC‑TTCTTAGCTTTTACAACCAAGAGGAAATGTTGAGTCGACATCGAGGTGGCAAACAtagcttacaatatctactctttcgctatattaccctgttcaaattttttgttatcgtaattacatttaaataattacttcaatatattactatattgttcagactatatcattatcaaataaaatttaatataaataaatatttatgaaatatatcataaaataaaaata > SRR13385771.600289/53‑130 (MQ=29)
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tgattcacatcgtatttaacccaactcacgtaacattTTAATTGACGAACAGTCAA‑ACCC‑TTCTTAGCTTTTACAACCAAGAGGAAATGTTGAGTCGACATCGAGGTGGCAAACAtagcttacaatatctactctttcgctatattaccctgttcaaattttttgttatcgtaattacatttaaataattacttcaatatattactatattgttcagactatatcattatcaaataaaatttaatataaataaatatttatgaaatatatcataaaataaaaataagaatattattttaa > SRR13385771.982630/38‑115 (MQ=29)
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atcgtatttaacccaactcacgtaacattTTAATTGACGAACAGTCAA‑ACCC‑TTCTTAGCTTTTACAACCAAGAGGAAATGTTGAGTCGACATCGAGGTGGCAAACAtagcttacaatatctactctttcgctatattaccctgttcaaattttttgttatcgtaattacatttaaataattacttcaatatattactatattgttcagactatatcattatcaaataaaatttaatataaataaatatttatgaaatatatcataaaataaaaataagaatattattttaaaaaagtttc < SRR13385771.1822564/272‑195 (MQ=29)
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gtatttaacccaactcacgtaacattTTAATTGACGAACAGTCAA‑ACCC‑TTCTTAGCTTTTACAACCAAGAGGAAATGTTGAGTCGACATCGAGGTGGCAAACAtagcttacaatatctactctttcgctatattaccctgttcaaattttttgttatcgtaattacatttaaataattacttcaatatattactatattgttcagactatatcattatcaaataaaatttaatataaataaatatttatgaaatatatcataaaataaaaataagaatattattttaaaaaagtttcgg > SRR13385771.284973/27‑104 (MQ=29)
atttaacccaactcacgtaacattTTAATTGACGAACAGTCAA‑ACCC‑TTCTTAGCTTTTACAACCAAGAGGAAATGTTGAGTCGACATCGAGGTGGCAAACAtagcttacaatatctactctttcgctatattaccctgttcaaattttttgttatcgtaattacatttaaataattacttcaatatattactatattgttcagactatatcattatcaaataaaatttaatataaataaatatttatgaaatatatcataaaataaaaataagaatattattttaaaaaagtttcggat < SRR13385771.580092/276‑199 (MQ=29)
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attTTAATTGACGAACAGTCAA‑ACCC‑TTCTTAGCTTTTACAACCAAGAGGAAATGTTGAGTCGACATCGAGGTGGCAAACAtagcttacaatatctactctttcgctatattaccctgttcaaattttttgttatcgtaattacatttaaataattacttcaatatattactatattgttcagactatatcattatcaaataaaatttaatataaataaatatttatgaaatatatcataaaataaaaataagaatattattttaaaaaagtttcggatgaaatagtattaggtaatttat < SRR13385771.40883/298‑221 (MQ=29)
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TCTTGGCTTTTACAACCGAGAGGAAATACTAAGTCAACATCAAGGTGGCAAACACAATTCACAGTATCTAATTTTTCGTTATATCACATTGGAAAAAGTATTAACGTATAATTTCCATCTGCTGAGCACTTGCTGCCGTTGAGACCGGCGAATTTTTGAAAGAAGTGTATGCCAATAATAAATTGGAAAGCCCATTAAATAATGCTCTTATGTTGGATAAGCTTTCTTCGGTGGAATAAAAGGCACATGTATCAACCTGACTTTCACTTTTACTTAACCCCAAGCTATGTCTCCATTGGCC > SRR13385771.709853/1‑301 (MQ=60)
CGAGAGGAAATACTAAGTCAACATCAAGGTGGCAAACACAATTCACAGTATCTAATTTTTCGTTATATCACATTGGAAAAAGTATTAACGTATAATTTCCATCTGCTGAGCACTTGATGCCGTTGAGACCGGCGAATTTTTGAAAGAAGTGTATGCCAATAATAAGTTGGAAAGCCAATTCAATAATGCTCTTATGTTGGATAAGCTTTCTTCGGTGGAATAAAAGGCACATGTATCAACCTGACTTTCACTTTTAATTAACCCCAAGCTATGTCTACATTGGCCAGGTACTCAAAAGAAC < SRR13385771.462644/301‑1 (MQ=60)
AAATACTAAGTCAACATCAAGGTGGCAAACACAATTCACAGTATCTAATTTTTCGTTATATCACATTGGAAAAAGTATTAACGTATAATTTCCATCTGCTGAGCACTTGCTGCCGTTGAGACCGGCGAATTTTTGAAAGAAGTGTATGCCAATAATAAATTGGAAAGCCCATTAAATAATGCTCTTATGTTGGATAAGCTTTCTTCGGTGGAATAAAAGGCACATGTATCAACCTGACTTTCACTTTTACTTAACCCCAAGCTATGTCTCCATTGGCCAGGTACTCAAAAGAACAACCGGG > SRR13385771.1829072/1‑301 (MQ=60)
|
CAAGCCTATGCGGATGTTTGTGACTAGTTGGATATGACTGAATTAATACTTTCAGAAATGGACAAGGAGATATGTGATTCTCTATTATCAAATACCATTTGAACCTTACTGGTCCAGCTAAAAAAGAGCTAGAATTCATCTGTTCTAGCCCATGGAAGAGAACCGATATGATTGGCAGATAGAAACCATACTGATTCGCGTCGTATCTAGCACAACCCACGTAAGAACCTTAATTGACGAACAGTCAA‑A‑CC‑TTCTTGGCTTTTACAACCGAGAGGAAATACTAAGTCAACATCAAGGTGGCAAACACAATTCACAGTATCTAATTTTTCGTTATATCACATTGGAAAAAGTATTAACGTATAATTTCCATCTGCTGAGCACTTGCTGCCGTTGAGACCGGCGAATTTTTGAAAGAAGTGTATGCCAATAATAAATTGGAAAGCCCATTAAATAATGCTCTTATGTTGGATAAGCTTTCTTCGGTGGAATAAAAGGCACATGTATCAACCTGACTTTCACTTTTACTTAACCCCAAGCTATGTCTCCATTGGCCAGGTACTCAAAAGAACAACCGGG > BK006936/363673‑364248
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
