Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
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Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
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A1 F1 I1 R1
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Breseq alignment
N/A
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 357 total aligned reads displayed.
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ctactatgataatatataattaaaatataaactaatatagataatatattaataaagtattatttttattaaatatattatattattatcaatagatacaccatgggttgattcattatggtccttgcgtactaataatgagatttaatttgataatatttccttcagcagataggaaccatactgattcacatcgtatttaacccaactcacgtaacattTTAATTGACGAACAGTCAA‑ACC‑C‑TTCTTAGCTTTTACAACCAAGAGGAAATGTTGAGTCGACATCGAGGTGGCAAACAT > SRR13385771.1213687/222‑300 (MQ=28)
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aattaaaatataaactaatatagataatatattaataaagtattatttttattaaatatattatattattatcaatagatacaccatgggttgattcattatggtccttgcgtactaataatgagatttaatttgataatatttccttcagcagataggaaccatactgattcacatcgtatttaacccaactcacgtaacattTTAATTGACGAACAGTCAA‑ACC‑C‑TTCTTAGCTTTTACAACCAAGAGGAAATGTTGAGTCGACATCGAGGTGGCAAACAtagcttacaatatatactc > SRR13385771.1227434/205‑282 (MQ=29)
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aataatatattaataaagtattatttttattaaatatattatattattatcaatagatacaccatgggttgattcattatggtccttgcgtactaataatgagatttaatttgataatatttccttcagcagataggaaccatactgattcacatcgtatttaacccaactcacgtaacattTTAATTGACGAACAGTCAA‑ACC‑C‑TTCTTAGCTTTTACAACCAAGAGGAAATGTTGAGTCGACATCGAGGTGGCAAACAtagcttacaatatctactctttcgctatattaccctgttca < SRR13385771.1546097/119‑42 (MQ=29)
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atattaataaagtattatttttattaaatatattatattattatcaatagatacaccatgggttgattcattatgttccttgcgtactaataatgagatttaatttgataatatttccttaagcagataggaaccatactgattcacatcgtatttaaaccaactcacgtaacattTTAATTGACGAACAGTCAA‑ACC‑C‑TGCTTAGCTTTTACAACCAAGAGGAAATGTTGAGTCGACATCGAGGTGGCAAACAtagcttacaatatctactcttgcgctatattaccctgttcaaatttt < SRR13385771.1481/125‑48 (MQ=19)
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ctgattcacatcgtatttaacccaactcacgtaacattTTAATTGACGAACAGTCAA‑ACC‑C‑TTCTTAGCTTTTACAACCAAGAGGAAATGTTGAGTCGACATCGAGGTGGCAAACAtagcttacaatatctactctttcgctatattaccctgttcaaattttttgttatcgtaattacatttaaataattacttcaatatattactatattgttcagactatatcattatcaaataaaatttaatataaataaatatttatgaaatatatcataaaataaaaataagaatattatttta > SRR13385771.1562692/39‑116 (MQ=29)
tgattcacatcgtatttaacccaactcacgtaacattTTAATTGACGAACAGTCAA‑ACC‑C‑TTCTTAGCTTTTACAACCAAGAGGAAATGTTGAGTCGACATCGAGGTGGCAAACAtagcttacaatatctactctttcgctatattaccctgttcaaattttttgttatcgtaattacatttaaataattacttcaatatattactatattgttcagactatatcattatcaaataaaatttaatataaataaatatttatgaaatatatcataaaataaaaataagaatattattttaa > SRR13385771.982630/38‑115 (MQ=29)
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tcacatcgtatttaacccaactcacgtaacattTTAATTGACGAACAGTCAA‑ACC‑C‑TTCTTAGCTTTTACAACCAAGAGGAAATGTTGAGTCGACATCGAGGTGGCAAACAtagcttacaatatctactctttcgctatattaccctgttcaaattttttgttatcgtaattacatttaaataattacttcaatatattactatattgttcagactatatcattatcaaataaaatttaatataaataaatatttatgaaatatatcataaaataaaaataagaatattattttaaaaaa > SRR13385771.965749/34‑111 (MQ=29)
tcacatcgtatttaacccaactcacgtaacattTTAATTGACGAACAGTCAA‑ACC‑C‑TTCTTAGCTTTTACAACCAAGAGGAAATGTTGAGTCGACATCGAGGTGGCAAACAtagcttacaatatctactctttcgctatattaccctgttcaaattttttgttatcgtaattacatttaaataattacttcaatatattactatattgttcagactatatcattatcaaataaaatttaatataaataaatatttatgaaatatatcataaaataaaaataagaatattattttaaaaaa < SRR13385771.910101/267‑190 (MQ=29)
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atcgtatttaacccaactcacgtaacattTTAATTGACGAACAGTCAA‑ACC‑C‑TTCTTAGCTTTTACAACCAAGAGGAAATGTTGAGTCGACATCGAGGTGGCAAACAtagcttacaatatctactctttcgctatattaccctgttcaaattttttgttatcgtaattacatttaaataattacttcaatatattactatattgttcagactatatcattatcaaataaaatttaatataaataaatatttatgaaatatatcataaaataaaaataagaatattattttaaaaaagtttc > SRR13385771.1620144/30‑107 (MQ=29)
cgtatttaacccaactcacgtaacattTTAATTGACGAACAGTCAA‑ACC‑C‑TTCTTAGCTTTTACAACCAAGAGGAAATGTTGAGTCGACATCGAGGTGGCAAACAtagcttacaatatctactctttcgctatattaccctgttcaaattttttgttatcgtaattacatttaaataattacttcaatatattactatattgttcagactatatcattatcaaataaaatttaatataaataaatatttatgaaatatatcataaaataaaaataagaatattattttaaaaaagtttcgg > SRR13385771.1157574/28‑105 (MQ=29)
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TTAATTGACGAACAGTCAA‑ACC‑C‑TTCTTAGCTTTTACAACCAAGAGGAAATGTTGAGTCGACATCGAGGTGGCAAACAtagcttacaatatctactctttcgctatattaccctgttcaaattttttgttatcgtaattacatttaaataattacttcaatatattactatattgttcagactatatcattatcaaataaaatttaatataaataaatatttatgaaatatatcataaaataaaaataagaatattattttaaaaaagtttcggatgaaatagtattaggtaatttatat > SRR13385771.236710/1‑78 (MQ=29)
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TCTTGGCTTTTACAACCGAGAGGAAATACTAAGTCAACATCAAGGTGGCAAACACAATTCACAGTATCTAATTTTTCGTTATATCACATTGGAAAAAGTATTAACGTATAATTTCCATCTGCTGAGCACTTGCTGCCGTTGAGACCGGCGAATTTTTGAAAGAAGTGTATGCCAATAATAAATTGGAAAGCCCATTAAATAATGCTCTTATGTTGGATAAGCTTTCTTCGGTGGAATAAAAGGCACATGTATCAACCTGACTTTCACTTTTACTTAACCCCAAGCTATGTCTCCATTGGCC > SRR13385771.709853/1‑301 (MQ=60)
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|
CAAGCCTATGCGGATGTTTGTGACTAGTTGGATATGACTGAATTAATACTTTCAGAAATGGACAAGGAGATATGTGATTCTCTATTATCAAATACCATTTGAACCTTACTGGTCCAGCTAAAAAAGAGCTAGAATTCATCTGTTCTAGCCCATGGAAGAGAACCGATATGATTGGCAGATAGAAACCATACTGATTCGCGTCGTATCTAGCACAACCCACGTAAGAACCTTAATTGACGAACAGTCAA‑A‑C‑C‑TTCTTGGCTTTTACAACCGAGAGGAAATACTAAGTCAACATCAAGGTGGCAAACACAATTCACAGTATCTAATTTTTCGTTATATCACATTGGAAAAAGTATTAACGTATAATTTCCATCTGCTGAGCACTTGCTGCCGTTGAGACCGGCGAATTTTTGAAAGAAGTGTATGCCAATAATAAATTGGAAAGCCCATTAAATAATGCTCTTATGTTGGATAAGCTTTCTTCGGTGGAATAAAAGGCACATGTATCAACCTGACTTTCACTTTTACTTAACCCCAAGCTATGTCTCCATTGGCCAGGTACTCAAAAGAACAACCGGGTTTATG > BK006936/363673‑364254
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
