Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
A0 F0 I1 R1
|
6054 |
0.0 |
0 |
0.0% |
0 |
0.0 |
Breseq alignment
N/A
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CAAACTCGTCCCTATCGTAATCTAGAGAATGCTCGAGAATGTCCGGAACACATGTCACTATTTGCTCCTCGGGGCCCAATTTGGGGTTGGATTTGAACTCAAAATCACCAATGGCACGAGAGAGCGCCAAGTTACCGTTGACCCTATCCATTTCTACGAAGCCATCAGCTGCCACAATACGTGATTTTTCGCTTGCTAGAGTGGGCTTGTGATCGTATGATAATGCCTTTGCGTTCCCGTCGGTGGCGAGTACGGTTCTACTGTCACCAGCGTTACCACATACTAACAAGTTCTGGGACTTTGATACTAATATGGATGTAGCCGTACATCCGCTATGGTCTTCTTTCATCACAGGATCTTGTAACAGTTTCACGTCTGTGTTTATGAAAGTATCAATCAAAGCCCTTGGTAAATTTCCTTCATGGAACGATTTCTGCTCTTGCAGGATCTCCACTATTTTATTACCACAGTATTCTGCTACTTTAGCGCCACCATGACCATCGAATATACCGTAAAATGCAATATGGTCCTTATCGGACTTTGTCAAAACATTAGGCTCTAGAATGTGT > BK006939/336656‑337224
|
CAAACTCGTCCCTATCGTAATCTAGAGAATGCTCGAGAATGTCCGGGACACATGTCACTATTTGCTCCTCGGGGCCCAATTTGGGGTTGGATTTGAACTCAAAATCACCAATGGCACGAGAGAGCGCCAAGTTACCGTTGACCCTATCCATTTCTACGAAGCCATCAGCTGCCACAATACGTGATTTTTCGCTTGCTAGAGTGGGCTTGTGATCGTATGATAATGCCTTTGCGTTCCCGTCGGTGGCGAGTACGGTTCTACTGTCACCAGCGTTACCACACACCAACAAGTTCTGGGACTT < SRR13385772.117866/301‑1 (MQ=60)
ATCGTAATCTAGAGAATGCTCGAGAATGTCCGGGACACATGTCACTATTTGCTCCTCGGGGCCCAATTTGGGGTTGGATTTGAACTCAAAATCACCAATGGCACGAGAGAGCGCCAAGTTACCGTTGACCCTATCCATTTCTACGAAGCCATCAGCTGCCACAATACGTGATTTTTCGCTTGCTAGAGTGGGCTTGTGATCGTATGATAATGCCTTTGCGTTCCCGTCGGTGGCGAGTACGGTTCTACTGTCACCAGCGTTACCACACACCAACAAGTTCTGGGACTTTGATACTAATA < SRR13385772.1287623/299‑1 (MQ=60)
CGAGAATGTCCGGGACACATGTCACTATTTGCTCCTCGGGGCCCAATTTGGGGTTGGATTTGAACTCAAAATCACCAATGGCACGAGAGAGCGCCAAGTTACCGTTGACCCTATCCATTTCTACGAAGCCATCAGCTGCCACAATACGTGATTTTTCGCTTGCTAGAGTGGGCTTGTGATCGTATGATAATGCCTTTGCGTTCCCGTCGGTGGCGAGTACGGTTCTACTGTCACCAGCGTTACCACCAACCAACAAGTTCTGGGACTTTGATACTAATCTGGATGTAGCCGTACATCCGCT > SRR13385772.721382/1‑301 (MQ=60)
ATGTCCGGGACACATGTCACTATTTGCTCCTCGGGGCCCACTTTGGGGTTGGATTTGAACTCAAAATCACCAATGGCACGAGAGAGCGCCAAGTTACCGTTGACCCTATCCATTTCTACGAAGCCATCAGCTGCCACAATACGTGATTTTTCGCTTGCTAGAGTGGGCTTGTGATCGTATGATAATGCCTTTGCGTTCCCGTCGGTGGCGAGTACGGTTCTACTGTCACCAGCGTTACCACACACCAACAAGTTCTGGGACTTTGATACTAATATGGATGTAGCCGTACATCCGCTATGGT < SRR13385772.1015383/301‑1 (MQ=60)
acacgaagccaAATTTGGGGTTGGATTTGAACTCAAAATCACCAAAGGCACGAGAGAGCGCCAAGTTACCGTTGACCCTATCCATTTCTACGAAGCCATCAGCTGCCACAATACGTGAATTTTCGCTTGCTAGAGTGGGATTGTAAACGTATGATAATGCCGTAGCGTTCCCGTCGGTGGCGAGTACGGTTCTACTGTCACCAGCGTTACCACACACCAACAAGATCTGGAACTTTGATACTAATATGGATGTAGCCGTACATCCGATATGGTCTTCTTTCATCACAGGATCTTGTAAC < SRR13385772.647028/288‑1 (MQ=60)
GGGTTGGATTTGAACTCAAAATCACCAATGGCACGAGAGAGCGCCAAGTTACCGTTGACCCTATCCATTTCTACGAAGCCATCAGCTGCCACAATACGTGATTTTTCGCTTGCTAGAGTGGGCTTGTGATCGTATGATAATGCCTTTGCGTTCCCGTCGGTGGCGAGTACGGTTCTACTGTCACCAGCGTTACCACACACCAACAAGTTCTGGGACTTTGATACTAATATGGATGTAGCCGTACATCCGCTATGGTCTTCTTTCATCACAGGATCTTGTAACAGTTTCACGTCTGTGTTTA < SRR13385772.1248794/301‑1 (MQ=60)
ATTTGAACTCAAAATCACCAATGGCACGAGAGAGCGCCGAGTTACCGTTGACCCTATCCATTTCTACGAAGCCATCAGCTGCCACAATACGTGATTGTTCGCTTGCTAGAGTGGGCTTGTGATCGTATGATAATGCCTTTGCGTTCCCGTCGGTGGCGAGTACGGTTCTACTGTCACCAGCGTTACCACACACCAACAAGTTCTGGGACTTTGAAACTAATATGGATGTAGCCGTACATCCGCTATGGTCTTCTTTCATCACAGGATCTTGTAACAGTTTCACGTCTGTGTTTATGAAAGT < SRR13385772.77642/301‑1 (MQ=60)
CTCAAAATCACCAATGGCACGAGAGAGCGCCAAGTTACCGTTGACCCTATCCATTTCTACGAAGCCATCAGCTGCCACAATACGTGATTTTTCGCTTGCTAGAGTGGGCTTGTGATCGTATGATAATGCCTTTGCGTTCCCGTCGGTGGCGAGTACGATTCTACTGTCACCAGCGTTACCACACACCAACAAGTTCTGGGACTTTGATACTAATATGGATGTAGCCGTACATCCGCTATGGTCTTCTTTCATCACAGGATCTTGTAACAGTTTCACGTCTGTGTTTATGAAAGTATCAATC > SRR13385772.247552/1‑301 (MQ=60)
CAAAATCACCAATGGCACGAGAGATCTCCAAGTTACCGTTGACCCTAGCCATTTCTACGAAGCCATCAGCTGCCACAATACGTGATTTTTCGCTTGCTAGAGTGGGCTTGTGATCGTATGATAATGCCTTTGCGTTCCCGTCGGTGGCGAGTACGGTTCTACTGTCACCAGCGTTACCACACACCAACAAGTTCTGGGACTTTGATACTAATATGGATGTAGCCGTACATCCGCTATGGTCTTCTTTCATCACAGGATCTTGTAACAGTTTCACGTCTGTGTTTATGAAAGTATCAATCAA < SRR13385772.550964/301‑1 (MQ=60)
CCAATGGCACGAGAGAGCGCCAAGTTACCGTTGACCCTATCCATTTCTACGAAGCCATCAGCTGCCACAATACGTGATTTTTCGCTTGCTAGAGTGGGCTTGTGATCGTATGATAATGCCTTTGCGTTCCCGTCGGTGGCGAGTCCGGTTCTACTGTCACCAGCGTTACCACACACCAACAAGTTCTGGGACTTTGATATTAATATGGAGGTAGCGGAACACCGGCTATGGTCTTCTTTCTTAACAGGATCTGGTACCAGTTTCACGTCGGGGTTTTGGAAAGAATACATCAAAGCCCTTG > SRR13385772.182920/1‑301 (MQ=60)
ACCGTTGACCCTATCCATTTCTACGAAGCCATCAGCTGCCACAATACGTGATTTTTCGCTTGCTAGAGTGGGCTTGTGATCGTATGATAATGCCTTTGCGTTCCCGTCGGTGGCGAGTACGGTTCTACTGTCACCAGCGTTACCACACACCAACAAGTTCTGGGACTTTGATACTAATATGGATGTAGCCGTACATCCGCTATGGTCTTCTTTCATCACAGGATCTTGTAACAGTTTCACGTCTGTGTTTATGAAAGTATCAATCAAAGCCCTTGGTAAATTTCCTTCATGGAACGATTTT > SRR13385772.210226/1‑301 (MQ=60)
CCTATCCATTTCTACGAAGCCATCAGCTGCCACAATACGTGATTTTTCGCTTGCTAGAGTGGGCTTGTGATCGTATGATAATGCCTTTGCGTTCCCGTCGGTGGCGAGTACGGTTCTACTGTCACCAGCGTTACCACACACCAACAAGTTCTGGGACTTTGATACTAATATGGATGTAGCCGTACATCCGCTATGGTCTTC > SRR13385772.909600/1‑201 (MQ=60)
TCTACGAAGCCATCAGCTGCCACAATACGTGATTTTTCGCTTGCTAGAGTGGGCTTGTGATCGTATGATAATGCCTTTGCGTTCCCGTCGGTGGCGAGTACGGTTCTACTGTCACCAGCGTTACCACACACCAACAAGTTCTGGGACTTTGATACTAATATGGATGTAGCCGTACATCCGCTATGGTCTTCTTTCATCACAGGATCTTGTAACAGTTTCACGTCTGTGTTTATGAAAGTATCAATCAAAGCCCTTGGTAAATTTCCTTCATGGAACGATTTCTGCTCTTGCAGGATCTCC < SRR13385772.433368/300‑1 (MQ=60)
GAGCCATCAGCTGCCACAATACGTGATTTTTCGCTTGCGAGAGTGGGCTTGTGATCGTATGATAATGCCTTTGCGTTCCCGTCGGTGGCGAGTACGGTTCTACTGTCACCAGCGTTACCACACACCAACAAGTTCTGGGACTTTGATACTAATATGGATGTAGCCGTACATCCGCTATGGTCTTCTTTCATCACAGGAGCGTGTAACAGTTTCACGTCTGTGTTTATGAAAGTATCAATCAAAGCCCTTGGTAAATTTCCTTCATGGAACGATTTCTGCTCTTGCAGGATCTCCACTATTT < SRR13385772.174268/301‑1 (MQ=60)
AAGCCATCAGCTGCCACAATACGTGATTTTTCGCTTGCTAGAGTGGGCTTGTGATCGTATGATAATGCCTTTGCGTTCCCGTCGGTGGCGAGTACGGTTCTACTGTCACCAGCGTTACCACACACCAACAAGTTCTGGGACTTTGATACTAATATGGATGTAGCCGTACATCCGCTATGGTCTTCTTTCATCACAGGATCTTGTAACAGTTTCACGTCTGTGTTTATGAAAGTATCAATCAAAGCCCTTGGTAAATTTCC < SRR13385772.481922/260‑1 (MQ=60)
GCTGCCACAATACGTGATTTTTCGCTTGCTAGAGTGGGCTTGTGATCGTATGATAATGCCTTTGCGTTCCCGTCGGTGGCGAGTACGGTTCTACTGTCACCAGCGTTACCACACACCAACAAGTTCTGGGACTTTGATACTAATATGGATGTAGCCGTACATCCGCTATGGTCTTCTTTCATCACAGGATCTTGTAACAGTTTCACGTCTGTGTTTATGAAAGTATCAATCAAAGCCCTTGGTAAATTTCCTTCATGGAACGATTTCTGCTCTTGCAGGATCTCCACTATTTTATTACCAC < SRR13385772.1189488/301‑1 (MQ=60)
TGCCACAATACGTGATTTTTCGCTTGCTAGAGTGGGCTTGTGATCGTATGATAATGCCTTTGCGTTCCCGTCGGTGGCGAGTACGGTTCTACTGTCACCAGCGTTACCACACACCAACACGTTCTGGGACTTTGATACTAATATGGATGTAGCCGTACATCCGCTATGGTCTTCTTTCATCACCGGATCTTGTAACAGTTTCACGTCTGTGTTTATGAAAGTATCCATCAAAGCCCTTGGTAAATTTCCTTCATGGAACGATTTCTGCTCTTGCAGGATCTCCACTCTTTTATTACCACAC > SRR13385772.1241203/1‑301 (MQ=60)
CCACAATACGTGATTTTTCGCTTGCTAGAGTGGGCTTGTGATCGTATGATAATGCCTTTGCGTTCCCGTCGGTGGCGAGTACGGTTCTACTGTCACCAGCGTTACCACACACCAACAAGTTCTGGGACTTTGATACTAATATGGATGTAGCCGTACATCCGCTATGGTCTTCTTTCATCACAGGATCTTGTAACAGTTTCACGTCTGTGTTTATGAAAGTATCAATCAAAGCCCTTGGTAAATTTCCTTCATGGAACGATTTCTGCTCTTGCAGGAACTCCACTATTTTATTACCACAGT > SRR13385772.1133445/1‑300 (MQ=60)
ACGTGATTTTTCGCTTGCTAGAGTGGGCTTGTGATCGTATGATAATGCCTTTGCGTTCCCGTCGGTGGCGAGTACGGTTCTACTGTCACCAGCGTTACCACACACCAACAAGTTCTGGGACTTTGATACTAATATGGATGTAGCCGTACATCCGCTATGGTCTTCTTTCATCACAGGATCTTGTAACAGTTTCACGTCTGTGTTTATGAAAGTATCAATCAAAGCCCTTGGTAAATTTCCTTCATGGAACGATTTCTGCTCTTGCAGGATCTCCACTATTTTA > SRR13385772.972842/1‑283 (MQ=60)
TTTTCGCTTGCTAGAGTGGGCTTGTGATCGTATGATAATGCCTTTGCGTTCCCGTCGGTGGCGAGTACGGTTCTACTGTCACCAGCGTTACCACACACCAACAAGTTCTGGGACTTTGATACTAATATGGATGTAGCCGTACATCCGCTATGGTCTTCTTTCATCACAGGATCTTGTAACAGTTTCACGTCTGTGTTTATGAAAGTATCAATCAAAGCCCTTGGTAAATTTCCTTCATGGAACGATTTCTGCTCTTGCAGGATCTCCACTATTTTATTAACACAGTATTATGCTACTTT > SRR13385772.710825/1‑299 (MQ=60)
CTTGTGATCGTATGATAATGCCTTTGCGTTCCCGTCGGTGGCGAGTACGGTTCTACTGTCACCAGCGTTACCACACACCAACAAGTTCTGGGACTTTGATACTAATATGGATGTAGCCGTACATCCGCTATGGTCTTCTTTCATCACAGGATCTTGTAACAGTTTCACGTCTGTGTTTATGAAAGTATCAATCAAAGCCCTTGGTAAATTTCCTTCATGGAACGATTTCTGCTCTTGCAGGATCTCCACTATTTTATTACCACAGTATTCTGCTACTTTAGCGCCACCATGACCATCGAA > SRR13385772.434747/1‑300 (MQ=60)
GTGATCGTATGATAATGCCTTTGCGTTCCCGTCGGTGGCGAGTACGGTTCTACTGTCACCAGCGTTACCACACACCAACAAGTTCTGGGACTTTGATACTAATATGGATGTAGCCGTACATCCGCTATGGTCTTCTTTCATCACAGGATCTTGTAACAGTTTCACGTCTGTGTTTATGAAAGTATCAATCAAAGCCCTTGGTAAATTTCCTTCATGGAACGATTTCTGCTCTTGCAGGATCTCCACTATTTTATTACCACAGTATTCTGCTACTTTAGCGCCACCATGACCATCGAATATA < SRR13385772.1287592/301‑1 (MQ=60)
ATGATAATGCCTTTGCGTTCCCGTCGGTGGCGAGTACGGTTCTACTGTCACCAGCGTTAACACACACCAACAAGTTCTGGGACTTTGATACTAATATGGATGTAGCCGTACATCCGCTATGGTCTTCTTTCATCACAGGATCTTGTAACAGTTTCACGTCTGTGTTTATGAAAGTATCAATCAAAGCCCTTGGTAAATTTCCTTCATGGAACGATTTCTGCTCTTGCAGGATCTCCACTATTTTATTACCACAGTATTCTGCTACTTTAGCGCCACCATGACCATCGAATATACCGTAAA < SRR13385772.698266/300‑1 (MQ=60)
ATAATGCCTTTGCGTTCCCGTCGGTGGCGAGTACGGTTCTACTGTCACCAGCGTTACCACACACCAACAAGTTCTGGGACTTTGATACTAATATGGATGTAGCCGTACATCCGCTATGGTCTTCTTTCATCACAGGATCTTGTAACAGTTTCACGTCTGTGTTTATGAAAGTATCAATCAAAGCCCTTGGTAAATTTCCTTCATGGAACGATTTCTGCTCTTGCAGGATCTCCACTATTTTATTACCACAGTATTCTGC < SRR13385772.249264/259‑1 (MQ=60)
AATGCCTTTGCGTTCCCGTCGGTGGCGAGTACGGTTCTACTGTCACCAGCGTTCCCCCACACCAACAAGTTCTGGGACTTTGATACTAATATGGATGTAGCCGTACATCCGATATGGTCTTCTTTCATCCCAGGCTATTGTCACAGTTTCCCGTCCGTGTTTCTGAAAGTACCAATCAACGCCCTTGGTAACTTTCCTTCATGGAACGCTTTCTGCTCTTGCAGGATCTCCACTATTTTATTCCCCCAGTATTCTGCTACTTTAACGCCACCATGACCAaccactataacgtcacatgccc > SRR13385772.1121416/1‑279 (MQ=60)
CTTTGCGTTCCCGTCGGTGGCGAGTACGGTTCTACTGTCACCAGCGTTACCACACACCAACAAGTTCTGGGACTTTGATACTAATATGGATGTAGCCGTACATCCGCTATGGTCTTCTTTCATCACAGGATCTTGTAACAGTTTCACGTCTGTGTTTATGAAAGTATCAATCAAAGCCCTTGGTAAATTTCCTTCATGGAACGATTTCTGCTCTTGCAGGATCTCCACTATTTTATTACCACAGTATTCTGCTACTTTAGCGCCACCATGACCATCGAATATACCGTA < SRR13385772.466204/288‑1 (MQ=60)
CCCGTCGGTGGCGAGTACGGTTCTACTGTCACCAGCGTTACCACACACCAACAAGTTCTGGGCCTTTGATACTAATATGGATGTAGCCGTACACCCGCTATGGTCTTCTTTCATCACAGGCTCTTGTAACAGTTTCACGTCTGTGTTTATGAACGTAACAATCAAAGCCATTGGTAAATTTCCTTCATGGAAAGATTTCTGCTCTTGCAGGATCTCAACTATTTTATTACCACAGTCTTCTGCTACTTTAGCGCCACCATGACCATCGAATATACCGTACACTGCAATATGGTCCTTATCG > SRR13385772.720072/1‑301 (MQ=60)
GGCGAGTACGGTTCTACTGTCACCAGCGTTACCACACACCAACAAGTTCTGGGACTTTGATACTAATATGGATGTAGCCGTACATCCGCTATGGTCTTCTTTCATCACAGGATCTTGTAACAGTTTCACGTCTGTGTTT < SRR13385772.909823/139‑1 (MQ=60)
GAGTACGGTTCTACTGTCACCAGCGTTACCACACACCAACAAGTTCTGGGACTTTGATACTAATATGGATGTAGCCGTACATCCGCTATGGTCTTCTTTCATCACAGGATCTTGTAACAGTTTCACGTCTGTGTTTATGAAAGTATCAATCAAAGCCCTTGGTAA < SRR13385772.919217/165‑1 (MQ=60)
GAGTACGGTTCTACTGTCACCAGCGTTACCACACACCAACAAGTTCTGGGACTTTGATACTAATATGGATGTAGCCGTACATCCGCTATGGTCTTCTTTCATCACAGGATCTTGTAACAGTTTCACGTCTGTGTTCATGAAAGTATCAATCAAAGCCCTTGGTAAATTTCCTTCATGGAACGATTTCTGCTCTTGCAGGATCTCCACTATTTTATTACCACAGTATTCTGCTACTTTAGCGCCACCATGACCATCGAATATACCGTAAAATGCAATATGGTCCTTATCGGACTTTGTCAA > SRR13385772.577778/1‑300 (MQ=60)
ATCGTTACCACACACCAACAAGTTCTGGGACTTTGATACTAATATGGATGTAGCCGTACATCCGCTATGGTCTTCTTTCATCACAGGATCTTGTAACAGTTTCACGTCTGTGTTTATGAAAGTATCAATCAAAGCCCTTGGTAAATTTCCTTCATGGAACGATTTCTGCTCTTGCAGGATCTCCACTATTTTATTACCACAGTATTCTGCTACTTTAGCGCCACCATGACCATCGAATATACCGTAAAATGCAATATGGTCCTTATCGGACTTTGTCAAAACATTAGGCTCTAGAATGTGT > SRR13385772.937827/1‑301 (MQ=60)
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CAAACTCGTCCCTATCGTAATCTAGAGAATGCTCGAGAATGTCCGGAACACATGTCACTATTTGCTCCTCGGGGCCCAATTTGGGGTTGGATTTGAACTCAAAATCACCAATGGCACGAGAGAGCGCCAAGTTACCGTTGACCCTATCCATTTCTACGAAGCCATCAGCTGCCACAATACGTGATTTTTCGCTTGCTAGAGTGGGCTTGTGATCGTATGATAATGCCTTTGCGTTCCCGTCGGTGGCGAGTACGGTTCTACTGTCACCAGCGTTACCACATACTAACAAGTTCTGGGACTTTGATACTAATATGGATGTAGCCGTACATCCGCTATGGTCTTCTTTCATCACAGGATCTTGTAACAGTTTCACGTCTGTGTTTATGAAAGTATCAATCAAAGCCCTTGGTAAATTTCCTTCATGGAACGATTTCTGCTCTTGCAGGATCTCCACTATTTTATTACCACAGTATTCTGCTACTTTAGCGCCACCATGACCATCGAATATACCGTAAAATGCAATATGGTCCTTATCGGACTTTGTCAAAACATTAGGCTCTAGAATGTGT > BK006939/336656‑337224
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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |