| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | AC_000091 | 1,413,639 | Δ23,060 bp | [ydaO]–ynaE | 30 genes [ydaO], intR, ydaQ, ydaC, lar, recT, recE, racC, ydaE, kil, sieB, ydaF, ydaG, racR, ydaS, ydaT, ydaU, ydaV, ydaW, rzpR, rzoR, trkG, ynaK, ydaY, ynaA, insH, stfR, tfaR, pinR, ynaE |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | AC_000091 | 1413639 | 1436698 | 23060 | 143 [0] | [0] 140 | [ydaO]–ynaE | [ydaO],intR,ydaQ,ydaC,lar,recT,recE,racC,ydaE,kil,sieB,ydaF,ydaG,racR,ydaS,ydaT,ydaU,ydaV,ydaW,rzpR,rzoR,trkG,ynaK,ydaY,ynaA,insH,stfR,tfaR,pinR,ynaE |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AC_000091 | = 1413638 | 0 (0.000) | 98 (1.040) | 71/126 | 0.1 | 100% | coding (25/936 nt) | ydaO | predicted C32 tRNA thiolase |
| ? | AC_000091 | 1436699 = | 0 (0.000) | intergenic (‑728/+200) | ynaE/uspF | predicted DNA‑binding transcriptional regulator/stress‑induced protein, ATP‑binding protein | |||||
Only 100 of 143 total aligned reads displayed.
TTCTTCAATCATATTGAAGTCAGCAATGGCTTCGCCCACGTTACGACGCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTTGTAATTTGTTGATTTTCTTGCATTATTTCAGTTCTCTGGTACTAAATGGGGCAAATTGGGGGCAAACTTTGCAACTACGATAACCGCG > AC_000091/1413549‑1413727 | ttcttcAATCATATTGAAGTCAGCAATGGCTTCGCCCACGTTACGACGCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTT > 2:3250944‑M1/1‑90 (MQ=255)ttcttcAATCATATTGAAGTCAGCAATGGCTTCGCCCACGTTACGACGCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTT < 2:1666181‑M1/90‑1 (MQ=255) tcttcAATCATATTGAAGTCAGCAATGGCTTCGCCCACGTTACGACGCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTa < 1:571540‑M1/90‑2 (MQ=255) tcttcAATCATATTGAAGTCAGCAATGGCTTCGCCCACGTTACGACGCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTa < 1:1539663‑M1/90‑2 (MQ=255) cttcAATCATATTGAAGTCAGCAATGGCTTCGCCCACGTTACGACGCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTac < 2:3271102‑M1/90‑3 (MQ=255) ttcAATCATATTGAAGTCAGCAATGGCTTCGCCCACGTTACGACGCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTact < 1:3033289‑M1/90‑4 (MQ=255) aaTCATATTGAAGTCAGCAATGGCTTCGCCCACGTTACGACGCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTactaat > 1:2065506‑M1/1‑84 (MQ=255) aTCATATTGAAGTCAGCAATGGCTTCGCCCACGTTACGACGCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTactaatt > 1:281865‑M1/1‑83 (MQ=255) tCATCTTGAAGTCAGCAATGGCTTCGCCCACGTTACGACGCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTactaattt < 2:1886241‑M1/90‑9 (MQ=255) cATATTGAAGTCAGCAATGGCTTCGCCCACGTTACGACGCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTactaatttc < 2:2465395‑M1/90‑10 (MQ=255) atatTGAAGTCAGCAATGGCTTCGCCCGCGTTACGACGCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTactaatttct < 1:1147468‑M1/90‑11 (MQ=255) atatTGAAGTCAGCAATGGCTTCGCCCACGTTACGACGCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTactaatttct > 1:1079796‑M1/1‑80 (MQ=255) tatTGAAGTCAGCAATGGCTTCGCCCACGTTACGACGCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTactaatttctt < 1:1005677‑M1/90‑12 (MQ=255) atTGAAGTCAGCAATGGCTTCGCCCACGTTACGACGCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTactaatttcttg > 2:21051‑M1/1‑78 (MQ=255) atTGAAGTCAGCAATGGCTTCGCCCACGTTACGACGCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTactaatttcttg < 1:579438‑M1/90‑13 (MQ=255) tGAAGTCAGCAATGGCTTCGCCCACGTTACGACGCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTactaatttcttgat < 2:1127555‑M1/90‑15 (MQ=255) tGAAGTCAGCAATGGCTTCGCCCACGTTACGACGCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTactaatttcttgat > 2:524640‑M1/1‑76 (MQ=255) tGAAGTCAGCAATGGCTTCGCCCACGTTACGACGCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTactaatttcttgat > 1:3213287‑M1/1‑76 (MQ=255) gAAGTCAGCAATGGCTTCGCCCACGTTACGACGCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTactaatttcttgatt > 2:174150‑M1/1‑75 (MQ=255) gAAGTCAGCAATGGCTTCGCCCACGTTACGACGCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTactaatttcttgatt < 2:453277‑M1/90‑16 (MQ=255) aGTCAGCAATGGCTTCGCCCACGTTACGACGCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTGTTGTTCTTTCTTactaatttcttgatttt > 2:1845118‑M1/1‑73 (MQ=255) aGTCAGCAATGGCTTCGCCCACGTTACGACGCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTactaatttcttgatttt < 1:8595‑M1/90‑18 (MQ=255) gTCAGCAATGGCTTCGCCCACGTTACGACGCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTactaatttcttgattttg > 1:673071‑M1/1‑72 (MQ=255) gTCAGCAATGGCTTCGCCCACGTTACGACGCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTactaatttcttgattttg < 1:1141519‑M1/90‑19 (MQ=255) tCAGCAATGGCTTCGCCCACGTTACGACGCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTactaatttcttgattttgc > 2:1623270‑M1/1‑71 (MQ=255) tCAGCAATGGCTTCGCCCACGTTACGACGCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTactaatttcttgattttgc < 2:465164‑M1/90‑20 (MQ=255) aGCAATGGCTTCGCCCACGTTACGACGCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTactaatttcttgattttgcga > 2:1727747‑M1/1‑69 (MQ=255) cAATGGCTTCGCCCACGTTACGACGCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTactaatttcttgattttgcgaca < 1:410282‑M1/90‑24 (MQ=255) cAATGGCTTCGCCCACGTTACGACGCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTactaatttctagattttgcgaca > 1:375444‑M1/1‑67 (MQ=255) aaTGGCTTCGCCCACGTTACGACGCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTactaatttcttgattttgcgacat > 1:782589‑M1/1‑66 (MQ=255) aaTGGCTTCGCCCACGTTACGACGCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTactaatttcttgattttgcgacat < 1:780779‑M1/90‑25 (MQ=255) tGGCTTCGCCCACGTTACGACGCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTactaatttcttgattttgcgacattt < 2:575189‑M1/90‑27 (MQ=255) tGGCTTCGCCCACGTTACGACGCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTactaatttcttgattttgcgacattt < 2:2317512‑M1/90‑27 (MQ=255) ggCTTCGCCCACGTTACGACGCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTactaatttcttgattttgcgacattta > 1:2837569‑M1/1‑63 (MQ=255) gCTTCGCCCACGTTACGACGCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTactaatttcttgattttgcgacatttaa < 1:1637034‑M1/90‑29 (MQ=255) cTTCGCCCACGTTACGACGCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTactaatttcttgattttgcgacatttaaa > 1:3129143‑M1/1‑61 (MQ=255) cTTCGCCCACGTTACGACGCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTactaatttcttgattttgcgacatttaaa < 1:278555‑M1/90‑30 (MQ=255) cTTCGCCCACGTTACGACGCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTactaatttcttgattttgcgacatttaaa < 1:2364010‑M1/90‑30 (MQ=255) ttCGCCCACGTTACGACGCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTactaatttcttgattttgcgacatttaaaa > 2:698359‑M1/1‑60 (MQ=255) tCGCCCACGTTACGACGCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTactaatttcttgattttgcgacatttaaaag < 2:1588901‑M1/90‑32 (MQ=255) gCCCACGTTACGACGCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTactaatttcttgattttgcgacatttaaaagcg > 1:3326972‑M1/1‑57 (MQ=255) cccACGTTACGACGCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTactaatttcttgattttgcgacatttaaaagcga > 2:917561‑M1/1‑56 (MQ=255) ccACGTTACGACGCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTactaatttcttgattttgcgacatttaaaagcgac > 2:1148332‑M1/1‑55 (MQ=255) cACGTTACGACGCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTactaatttcttgattttgtgacatttaaaagcgact > 1:807968‑M1/1‑54 (MQ=255) cACGTTACGACGCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTactaatttcttgattttgcgacatttaaaagcgact < 2:2520408‑M1/90‑37 (MQ=255) cGTTACGACGCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTactaatttcttgattttgcgacatttaaaagcgactca > 1:1325174‑M1/1‑52 (MQ=255) gTTACGACGCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTactaatttcttgattttgcgacatttaaaagcgactcaa > 2:3032993‑M1/1‑51 (MQ=255) gTTACGACGCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTactaatttcttgattttgcgacatttaaaagcgactcaa < 1:2852537‑M1/90‑40 (MQ=255) gTTACGACGCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTactaatttcttgattttgcgacatttaaaagcgactcaa > 2:1922256‑M1/1‑51 (MQ=255) acgacgCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTactaatttcttgattttgcgacatttaaaagcgactcaattc < 2:372584‑M1/90‑43 (MQ=255) cgacgCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTactaatttcttgattttgcgacatttaaaagcgactcaattcg < 2:3068653‑M1/90‑44 (MQ=255) gacgCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTactaatttcttgattttgcgacatttaaaagcgactcaattcgt > 2:740062‑M1/1‑46 (MQ=255) gacgCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTactaatttcttgattttgcgacatttaaaagcgactcaattcgt < 1:3018972‑M1/90‑45 (MQ=255) gCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTactaatttcttgattttgcgacatttaaaagcgactcaattcgttat > 2:2414149‑M1/1‑43 (MQ=255) gCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTactaatttcttgattttgcgacatttaaaagcgactcaattcgttat > 1:1809195‑M1/1‑43 (MQ=255) gCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTactaatttcttgattttgcgacatttaaaagcgactcaattcgttat < 1:273798‑M1/90‑48 (MQ=255) cAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTactaatttcttgattttgcgacatttaaaagcgactcaattcgttata < 1:536543‑M1/90‑49 (MQ=255) aGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTactaatttcttgattttgcgacatttaaaagcgactcaattcgttatat > 1:2579417‑M1/1‑41 (MQ=255) aGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTactaatttcttgattttgcgacatttaaaagcgactcaattcgttatat > 2:2118396‑M1/1‑41 (MQ=255) aGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTactaatttcttgattttgcgacatttaaaagcgactcaattcgttatat > 2:2758620‑M1/1‑41 (MQ=255) cGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTactaatttcttgattttgcgacatttaaaagcgactcaattcgttatatggc > 2:3033412‑M1/1‑38 (MQ=255) gTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTactaatttcttgattttgcgacatttaaaagcgactcaattcgttatatggca < 2:2080220‑M1/90‑54 (MQ=255) gTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTactaatttcttgattttgcgacatttaaaagcgactcaattcgttatatggca < 2:2797114‑M1/90‑54 (MQ=255) gTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTactaatttcttgattttgcgacatttaaaagcgactcaattcgttatatggca < 1:3180147‑M1/90‑54 (MQ=255) tttttGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTactaatttcttgattttgcgacatttaaaagcgactcaattcgttatatggcat < 1:1711506‑M1/90‑55 (MQ=255) ttttGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTactaatttcttgattttgcgacatttaaaagcgactcaattcgttatatggcatc < 2:72158‑M1/90‑56 (MQ=255) ttttGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTactaatttcttgattttgcgacatttaaaagcgactcaattcgttatatggcatc < 2:968613‑M1/90‑56 (MQ=255) ttttGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTactaatttcttgattttgcgacatttaaaagcgactcaattcgttatatggcatc < 1:250819‑M1/90‑56 (MQ=255) ttttGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTactaatttcttgattttgcgacatttaaaagcgactcaattcgttatatggcatc > 1:678929‑M1/1‑35 (MQ=255) tttGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTactaatttcttgattttgcgacatttaaaagcgactcaattcgttatatggcatca > 1:2863252‑M1/1‑34 (MQ=255) ttGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTactaatttcttgattttgcgacatttaaaagcgactcaattcgttatatggcatcag < 2:1799699‑M1/90‑58 (MQ=255) tGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTactaatttcttgattttgcgacatttaaaagcgactcaattcgttatatggcatcagaagagtat < 1:1937654‑M1/90‑66 (MQ=255) tGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTactaatttcttgattttgcgacatttaaaagcgactcaattcgttatatggcatcagaagagtat < 2:3107389‑M1/90‑66 (MQ=255) gTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTactaatttcttgattttgcgacatttaaaagcgactcaattcgttatatggcatcagaagagtatg < 1:533845‑M1/90‑67 (MQ=255) gTTCAGGTGGTATTGTTCTTTCTTactaatttcttgattttgcgacatttaaaagcgactcaattcgttatatggcatcagaagagtatg < 1:1387249‑M1/90‑67 (MQ=255) tCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTactaatttcttgattttgcgacatttaaaagcgactcaattcgttatatggcatcagaagagtatgcg > 2:1762042‑M1/1‑22 (MQ=255) cAGGTTGTATTGTTCTTTCTTactaatttcttgattttgcgacatttaaaagcgactcaattcgttatatggcatcagaagagtatgcgt > 2:153974‑M1/1‑21 (MQ=255) aGGTTGTATTGTTCTTTCTTactaatttcttgattttgcgacatttaaaagcgactcaattcgttatatggcatcagaagagtatgcgtc < 1:3473517‑M1/90‑71 (MQ=255) 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tGTTCTTTCTTactaatttcttgattttgcgacatttaaaagcgactcaattcgttatatggcatcagaagagtatgcgtcatgccggaa > 2:3311037‑M1/1‑11 (MQ=255) ttctttctTactaatttcttgattttgcgacatttaaaagcgactcaattcgttatatggcatcagaagagtatgcgtcatgccggaacg > 1:1012770‑M1/1‑9 (MQ=255) tctttcttactaatttcttgattttgcgacatttaaaagcgactcaattcgttatatggcatcagaagagtatgcgtcatgccggaacgc > 1:2679049‑M1/1‑8 (MQ=255) ctttcttactaatttcttgattttgcgacatttaaaagcgactcaattcgttatatggcatcagaagagtatgcgtcatgccggaacgcc > 2:456011‑M1/1‑7 (MQ=255) tttcttactaatttcttgattttgcgacatttaaaagctactcaattcgttatatggcatcagaagagtatgcgtcatgccggaacgccc < 2:2792085‑M1/90‑85 (MQ=255) ttcttactaatttcttgattttgcgacatttaaaagcgactcaattcgttatatggcatcagaagagtatgcgtcatgccggaacgccca > 1:91123‑M1/1‑5 (MQ=255) ttcttactaatttcttgattttgcgacatttaaaagcgactcaattcgttatatggcatcagaagagtatgcgtcatgccggaacgccca > 1:156331‑M1/1‑5 (MQ=255) tcttactaatttcttgattttgcgacatttaaaagcgactcaattcgttatatggcatcagaagagtatgcgtcatgccggaacgcccag < 1:1146541‑M1/90‑87 (MQ=255) cttactaatttcttgattttgcgacatttaaaagcgactcaattcgttatatggcatcagaagagtatgcgtcatgccggaacgcccagc > 1:2105921‑M1/1‑3 (MQ=255) cttactaatttcttgattttgcgacatttaaaagcgactcaattcgttatatggcatcagaagagtatgcgtcatgccggaacgcccagc > 1:1666579‑M1/1‑3 (MQ=255) cttactaatttcttgattttgcgacatttaaaagcgactcaattcgttatatggcatcagaagagtatgcgtcatgccggaacgcccagc > 1:1032936‑M1/1‑3 (MQ=255) ttactaatttcttgattttgcgacatttaaaagcgactcaattcgttatatggcatcagaagagtatgcgtcatgccggaacgcccagca < 2:539056‑M1/90‑89 (MQ=255) ttactaatttcttgattttgcgacatttaaaagcgactcaattcgttatatggcatcagaagagtatgcgtcatgccggaacgcccagca > 1:528151‑M1/1‑2 (MQ=255) tactaatttcttgattttgcgacatttaaaagcgactcaattcgttatatggcatcagaagagtatgcgtcatgccggaacgcccagcat > 2:1150609‑M1/1‑1 (MQ=255) | TTCTTCAATCATATTGAAGTCAGCAATGGCTTCGCCCACGTTACGACGCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTTGTAATTTGTTGATTTTCTTGCATTATTTCAGTTCTCTGGTACTAAATGGGGCAAATTGGGGGCAAACTTTGCAACTACGATAACCGCG > AC_000091/1413549‑1413727 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |