| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NZ_CP009273 | 1,613,500 | Δ4 bp | coding (124‑127/435 nt) | marR → | multiple antibiotic resistance transcriptional regulator MarR |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NZ_CP009273 | 1613500 | 1613503 | 4 | 51 [0] | [0] 53 | marR | multiple antibiotic resistance transcriptional regulator MarR |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NZ_CP009273 | = 1613499 | 0 (0.000) | 51 (1.640) | 31/160 | 0.1 | 100% | coding (123/435 nt) | marR | multiple antibiotic resistance transcriptional regulator MarR |
| ? | NZ_CP009273 | 1613504 = | 0 (0.000) | coding (128/435 nt) | marR | multiple antibiotic resistance transcriptional regulator MarR | |||||
ATTCCATTGGGTCGCTTAATCCATATGGTTAATCAGAAGAAAGATCGCCTGCTTAACGAGTATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCACAGTTTAAGGTGCTCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGTTGAACTGAAAAAGGTATTGTCGGTCGACCTGGGAGCACT > NZ_CP009273/1613410‑1613588 | aTTCCATTGGGTCGCTTAATCCATATGGTTAATCAGAAGAAAGATCGCCTGCTTAACGAGTATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCAt < 2:417587‑M1/91‑2 (MQ=255)aTTCCATTGGGTCGCTTAATCCATATGGTTAATCAGAAGAAAGATCGCCTGCTTAACGAGTATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCAt < 1:398387‑M1/91‑2 (MQ=255) aTTGGGTCGCTTAATCCATATGGTTAATCAGAAGAAAGATCGCCTGCTTAACGAGTATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCAttaagg > 1:1019357‑M1/1‑85 (MQ=255) aTTGGGTCGCTTAATCCATATGGTTAATCAGAAGAAAGATCGCCTGCTTAACGAGTATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCAttaagg < 2:842826‑M1/91‑7 (MQ=255) aTTGGGTCGCTTAATCCATATGGTTAATCAGAAGAAAGATCGCCTGCTTAACGAGTATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCAttaagg < 2:646289‑M1/91‑7 (MQ=255) aTTGGGTCGCTTAATCCATATGGTTAATCAGAAGAAAGATCGCCTGCTTAACGAGTATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCAttaagg < 2:574053‑M1/91‑7 (MQ=255) aTTGGGTCGCTTAATCCATATGGTTAATCAGAAGAAAGATCGCCTGCTTAACGAGTATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCAttaagg < 2:1019357‑M1/91‑7 (MQ=255) gggTCGCTTAATCCATATGGTTAATCAGAAGAAAGATCGCCTGCTTAACGAGTATCTGTCTCCGCTGGATATTACCCCGGCAttaaggtgc < 1:1008707‑M1/91‑10 (MQ=255) gTCGCTTAATCCATATGGTTAATCAGAAGAAAGATCGCCTGCTTAACGAGTATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCAttaaggtgctc < 2:603094‑M1/91‑12 (MQ=255) gCTTAATCCATATGGTTAATCAGAAGAAAGATCGCCTGCTTAACGAGTATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCAttaaggtgctctgc > 1:646970‑M1/1‑77 (MQ=255) gTTAATCAGAAGAAAGATCGCCTGCTTAACGAGTATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCAttaaggtgctctgctctatccgctgcgc > 1:695293‑M1/1‑63 (MQ=255) ttAATCAGAAGAAAGATCGCCTGCTTAACGAGTATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCAttaaggtgctctgctctatccgctgcgcg > 1:708303‑M1/1‑62 (MQ=255) tAATCAGAAGAAAGATCGCCTGCTTAACGAGTATCTGTCTCCGCTTGATATTACCGCGGCAttaaggtgctctgctctatccgctgcgcgg < 2:820316‑M1/91‑31 (MQ=255) aTCAGAAGAAAGATCGCCTGCTTAACGAGTATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCAttaaggtgctctgctctatccgctgcgcggcg < 2:328517‑M1/91‑33 (MQ=255) agaagaAAGATCGCCTGCTTAACGAGTATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCAttaaggtgctctgctctatccgctgcgcggcgtgt < 2:695293‑M1/91‑36 (MQ=255) agaaagaTCGCCTGCTTAACGAGTATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCAttaaggtgctctgctctatccgctgcgcggcg > 1:555093‑M1/1‑53 (MQ=255) agaaagaTCGCCTGCTTAACGAGTATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCAttaaggtgctctgctctatccgctgcgcggcg < 2:555093‑M1/85‑33 (MQ=255) agaaagaTCGCCTGCTTAACGAGTATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCAttaaggtgctctgctctatccgctgcgcgg > 1:448802‑M1/1‑53 (MQ=255) agaaagaTCGCCTGCTTAACGAGTATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCAttaaggtgctctgctctatccgctgcgcgg < 2:448802‑M1/83‑31 (MQ=255) agaTCGCCTGCTTAACGAGTATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCAttaaggtgctctgctctatccgctgcgcggcgtgtattactc < 2:231892‑M1/91‑43 (MQ=255) cGCCTGCTTAACGAGTATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCAttaaggtgctctgctctatccgctgcgcggcgtgtattactccggt > 2:772613‑M1/1‑45 (MQ=255) cGCCTGCTTAACGAGTATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCAttaaggtgctctgctctatccgctgcgcggcgtgtattactccggt > 1:615324‑M1/1‑45 (MQ=255) cGCCTGCTTAACGAGTATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCAttaaggtgctctgctctatccgctgcgcgg < 1:707350‑M1/75‑31 (MQ=255) cGCCTGCTTAACGAGTATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCAttaaggtgctctgctctatccgctgcgcgg > 2:707350‑M1/1‑45 (MQ=255) ccTGCTTAACGAGTATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCAtaaggtgctctgctctatccgctgcgcgg < 2:56864‑M1/72‑30 (MQ=255) ccTGCTTAACGAGTATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCAtaaggtgctctgctctatccgctgcgcgg > 1:56864‑M1/1‑43 (MQ=255) gCTTAACGAGTATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCAttaaggtgctctgctctatccgctgcgcggcgtgtattactccggttgaac > 1:174046‑M1/1‑40 (MQ=255) gTATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCAttaaggtgctctgctctatccgctgcgcggcgtgtattactccggttgaactgaaaaagg > 1:386205‑M1/1‑31 (MQ=255) gTATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCAttaaggtgctctgctctatccgctgcgcggcgtgtattactccggttgaactgaaaaagg > 1:749058‑M1/1‑31 (MQ=255) tATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCAttaaggtgctctgctctatccgctgcgc > 2:1036406‑M1/1‑30 (MQ=255) tATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCAttaaggtgctctgctctatccgctgcgc < 1:1036406‑M1/58‑29 (MQ=255) tATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCAttaaggtgctc > 1:443602‑M1/1‑30 (MQ=255) tATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCAttaaggtgctc < 2:443602‑M1/41‑12 (MQ=255) tATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCAttaaggtgctc > 1:789816‑M1/1‑30 (MQ=255) tATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCAttaaggtgctc < 2:789816‑M1/41‑12 (MQ=255) aTCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCAttaaggtgctctgctctatccgctgcgcggcgtgtattactccggttgaactgaaaaaggta > 1:491819‑M1/1‑29 (MQ=255) gTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCAttaaggtgctctgctctatccgctgcgcggcgtgtattactccggttgaactgaaaaaggtattgt > 1:1045590‑M1/1‑25 (MQ=255) ccGCTGGATATTACCGCGGCAttaaggtgctctgctctatccgctgcgcggcgtgtattactccggttgaactgaaaaaggtattgtcggt > 1:613790‑M1/1‑21 (MQ=255) cGCTGGATATTACCGCGGCAttaaggtgctctgctctatccgctgcgcggcgtgtattactccggttgaactgaaaaaggtattgtcggtc < 2:213157‑M1/91‑72 (MQ=255) cGCTGGATATTACCGCGGCAttaaggtgctctgctctatccgctgcgcggcgtgtattactccggttgaactgaaaaaggtattgtcggtc < 1:30851‑M1/91‑72 (MQ=255) gCTGGATATTACCGCGGCAttaaggtgctctgctctatccgctgcgcggcgtgtattactccggttgaactgaaaaaggtattgtcggtcg > 1:684215‑M1/1‑19 (MQ=255) tGGATATTACCGCGGCAttaaggtgctctgctctatccgctgcgcggcgtgtattactccggttgaactgaaaaaggtattgtcggtcgac < 2:615324‑M1/91‑75 (MQ=255) atTACCGCGGCAttaaggtgctctgctctatccgctgcgcggcgtgtattactccggttgaactgaaaaaggtattgtcggtcgacctggg < 2:684215‑M1/91‑80 (MQ=255) ttACCGCGGCAttaaggtgctctgctctatccgctgcgcggcgtgtattactccggttgaactgaaaaaggtattgtcggtcgacctggga > 2:657479‑M1/1‑11 (MQ=255) ttACCGCGGCAttaaggtgctctgctctatccgctgcgcggcgtgtattactccggttgaactgaaaaaggtattgtcggtcgacctggga > 2:916826‑M1/1‑11 (MQ=255) cgcgGCAttaaggtgctctgctctatccgctgcgcggcgtgtattactccggttgaactgaaaaaggtattgtcggtcgacctgggagcac < 1:403540‑M1/91‑85 (MQ=255) cgGCAttaaggtgctctgctctatccgctgcgcggcgtgtattactccggttgaactgaaaaaggtattgtcggtcgacctgggagcactg < 2:661857‑M1/91‑87 (MQ=255) cgGCAttaaggtgctctgctctatccgctgcgcggcgtgtattactccggttgaactgaaaaaggtattgtcggtcgacctgggagcactg < 1:916826‑M1/91‑87 (MQ=255) ggCAttaaggtgctctgctctatccgctgcgcggcgtgtattactccggttgaactgaaaaaggtattgtcggtc > 2:933092‑M1/1‑4 (MQ=255) ggCAttaaggtgctctgctctatccgctgcgcggcgtgtattactccggttgaactgaaaaaggtattgtcggtc < 1:933092‑M1/75‑72 (MQ=255) cAttaaggtgctctgctctatccgctgcgcggcgtgtattactccggttgaactgaaaaaggtattgtcggtcgacctgggagcactgacc < 1:690175‑M1/91‑90 (MQ=255) | ATTCCATTGGGTCGCTTAATCCATATGGTTAATCAGAAGAAAGATCGCCTGCTTAACGAGTATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCACAGTTTAAGGTGCTCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGTTGAACTGAAAAAGGTATTGTCGGTCGACCTGGGAGCACT > NZ_CP009273/1613410‑1613588 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |