| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NZ_CP009273 | 3,631,242 | Δ66 bp | coding (241‑306/1500 nt) | pitA → | inorganic phosphate transporter PitA |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NZ_CP009273 | 3631242 | 3631307 | 66 | 38 [1] | [1] 38 | pitA | inorganic phosphate transporter PitA |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NZ_CP009273 | = 3631241 | 1 (0.050) | 28 (1.510) | 24/154 | 0.0 | 96.7% | coding (240/1500 nt) | pitA | inorganic phosphate transporter PitA |
| ? | NZ_CP009273 | 3631308 = | 1 (0.050) | coding (307/1500 nt) | pitA | inorganic phosphate transporter PitA | |||||
GGCGGCGGTATTCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGCCATTGTGCATATGCTG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NZ_CP009273/3631169‑3631241‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tgctgGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGATCATCGGGATTG > NZ_CP009273/3631308‑3631395 GGCGGCGGTATTCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGCCATTGTGCATATGCTGGCGGCGATTATCTGGAA < 2:495705/90‑1 CGGCGGTATTCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGCCATTGTGCATATGCTGGCGGCGATTATCTGGA > 2:52629/1‑87 CGGCGGTATTCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGCCATTGTGCATATGCTGGCGGCGATTATCTGGA < 1:52629/87‑1 GGCGGGATTCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGGGGTCTGAGGGTTGCCTATGCCATTTTGCATATGCTGGCGGCGGTTATCTGGAACCT > 1:452797/1‑90 GCGGTATTCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGCCATTGTGCATATGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTG > 2:384745/1‑90 GGTATTCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGCCATTGTGCATATGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGG < 2:405531/90‑1 TCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGCCATTGTGCATATGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCT < 2:229440/90‑1 TTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGCCATTGTGCATATGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACT > 2:544050/1‑90 TTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGCCATTGTGCATATGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACT > 1:404657/1‑90 TTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGCCATTGTGCATATGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTT < 1:544050/90‑1 TGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGCCATTGTGCATATGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTT > 2:79714/1‑90 TGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGCCATTGTGCATATGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTT < 1:564449/90‑1 TGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGCCATTGTGCATATGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTT < 1:367902/90‑1 TTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGCCATTGTGCATATGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACC > 1:449709/1‑90 TGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGCCATTGTGCATATGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCAT < 1:384745/90‑1 GGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGCCATTGTGCATATGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATC > 1:233559/1‑90 GGTCTGAGTGTTGCCTATGCCATTGTGCATATGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGC < 2:452797/90‑1 GTCTGAGTGTTGCCTATGCCATTGTGCATATGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCT > 1:533683/1‑90 GAGTGTTGCCTATGCCATTGTGCATATGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCA < 2:468962/90‑1 TTGCCTATGCCATTGTGCATATGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGC > 1:292149/1‑90 TGCCTATGCCATTGTGCATATGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCT > 2:58608/1‑90 TGCCAATGCCATTGTGCATATGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCT > 1:352584/1‑90 CTATGCCATTGTGCATATGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGAT < 1:453665/90‑1 TTGTGCATATGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGA > 1:478298/1‑90 GTGCATATGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGATC > 1:450707/1‑90 GCATATGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGATCAT > 1:542995/1‑90 CATATGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGATCATC < 2:292149/90‑1 CATATGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGATCATC < 2:449709/90‑1 GCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGATCATCGGGAT < 2:404657/90‑1 GCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGATCATCGGGAT < 2:166751/90‑1 GCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGATCATCGGGAT < 1:162860/90‑1 TGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGATCATCGGGATTG > 2:180281/1‑90 TGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGATCATCGGGATTG > 1:298321/1‑90 TGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGATCATCGGGATTG > 2:105045/1‑90 TGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGATCATCGGGATTG > 1:48083/1‑90 TGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGC > 1:318351/1‑56 TGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGC < 2:318351/56‑1 GGCGGCGGTATTCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGCCATTGTGCATATGCTG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NZ_CP009273/3631169‑3631241‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tgctgGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGATCATCGGGATTG > NZ_CP009273/3631308‑3631395 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |