Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
MC JC | NZ_CP009273 | 3,631,242 | Δ66 bp | coding (241‑306/1500 nt) | pitA → | inorganic phosphate transporter PitA |
Missing coverage evidence... | ||||||||||
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seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
* | * | ÷ | NZ_CP009273 | 3631242 | 3631307 | 66 | 38 [1] | [1] 38 | pitA | inorganic phosphate transporter PitA |
New junction evidence | |||||||||||
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seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NZ_CP009273 | = 3631241 | 1 (0.050) | 28 (1.510) | 24/154 | 0.0 | 96.7% | coding (240/1500 nt) | pitA | inorganic phosphate transporter PitA |
? | NZ_CP009273 | 3631308 = | 1 (0.050) | coding (307/1500 nt) | pitA | inorganic phosphate transporter PitA |
CGCCGTGGTTATGGCGGCGGTATTCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGCCATTGTGCATATGCTGCCGACGGATCTGCTGCTTAATATGGGATCGTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGG > NZ_CP009273/3631157‑3631329 | cGCCGTGGTTATGGCGGCGGGATTTAACTTTTTTGGGGTTTTTCTGGGGGGGCTGAGGGTTGCCTATGCCCTTGTGCATATGCTGGCggc > 1:404946/1‑88 (MQ=255) ggcggcGGTATTCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGCCATTGTGCATATGCTGgcggcgattatctggaa < 2:495705‑M1/90‑18 (MQ=255) cggcggTATTCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGCCATTGTGCATATGCTGgcggcgattatctgga > 2:52629‑M1/1‑71 (MQ=255) cggcggTATTCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGCCATTGTGCATATGCTGgcggcgattatctgga < 1:52629‑M1/87‑17 (MQ=255) ggcggGATTCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGGGGTCTGAGGGTTGCCTATGCCATTTTGCATATGCTGgcggcggttatctggaacct > 1:452797‑M1/1‑70 (MQ=255) gcggTATTCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGCCATTGTGCATATGCTGgcggcgattatctggaacctg > 2:384745‑M1/1‑69 (MQ=255) ggTATTCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGCCATTGTGCATATGCTGgcggcgattatctggaacctggg < 2:405531‑M1/90‑24 (MQ=255) tCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGCCATTGTGCATATGCTGgcggcgattatctggaacctgggtacct < 2:229440‑M1/90‑29 (MQ=255) ttttGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGCCATTGTGCATATGCTGgcggcgattatctggaacctgggtacctggtact > 2:544050‑M1/1‑56 (MQ=255) ttttGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGCCATTGTGCATATGCTGgcggcgattatctggaacctgggtacctggtact > 1:404657‑M1/1‑56 (MQ=255) tttGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGCCATTGTGCATATGCTGgcggcgattatctggaacctgggtacctggtactt < 1:544050‑M1/90‑36 (MQ=255) tgtTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGCCATTGTGCATATGCTGgcggcgattatctggaacctgggtacctggtactttggttt > 2:79714‑M1/1‑49 (MQ=255) tgtTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGCCATTGTGCATATGCTGgcggcgattatctggaacctgggtacctggtactttggttt < 1:564449‑M1/90‑42 (MQ=255) tgtTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGCCATTGTGCATATGCTGgcggcgattatctggaacctgggtacctggtactttggttt < 1:367902‑M1/90‑42 (MQ=255) tttGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGCCATTGTGCATATGCTGgcggcgattatctggaacctgggtacctggtactttggtttacc > 1:449709‑M1/1‑46 (MQ=255) tGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGCCATTGTGCATATGCTGgcggcgattatctggaacctgggtacctggtactttggtttacctgcat < 1:384745‑M1/90‑50 (MQ=255) gggTGGTCTGAGTGTTGCCTATGCCATTGTGCATATGCTGgcggcgattatctggaacctgggtacctggtactttggtttacctgcatc > 1:233559‑M1/1‑40 (MQ=255) ggtCTGAGTGTTGCCTATGCCATTGTGCATATGCTGgcggcgattatctggaacctgggtacctggtactttggtttacctgcatccagc < 2:452797‑M1/90‑55 (MQ=255) gtCTGAGTGTTGCCTATGCCATTGTGCATATGCTGgcggcgattatctggaacctgggtacctggtactttggtttacctgcatccagct > 1:533683‑M1/1‑35 (MQ=255) gAGTGTTGCCTATGCCATTGTGCATATGCTGgcggcgattatctggaacctgggtacctggtactttggtttacctgcatccagctctca < 2:468962‑M1/90‑60 (MQ=255) ttGCCTATGCCATTGTGCATATGCTGgcggcgattatctggaacctgggtacctggtactttggtttacctgcatccagctctcatacgc > 1:292149‑M1/1‑26 (MQ=255) tGCCTATGCCATTGTGCATATGCTGgcggcgattatctggaacctgggtacctggtactttggtttacctgcatccagctctcatacgct > 2:58608‑M1/1‑25 (MQ=255) tGCCAATGCCATTGTGCATATGCTGgcggcgattatctggaacctgggtacctggtactttggtttacctgcatccagctctcatacgct > 1:352584‑M1/1‑25 (MQ=255) cTATGCCATTGTGCATATGCTGgcggcgattatctggaacctgggtacctggtactttggtttacctgcatccagctctcatacgctgat < 1:453665‑M1/90‑69 (MQ=255) ttGTGCATATGCTGgcggcgattatctggaacctgggtacctggtactttggtttacctgcatccagctctcatacgctgattggcgcga > 1:478298‑M1/1‑14 (MQ=255) gtgCATATGCTGgcggcgattatctggaacctgggtacctggtactttggtttacctgcatccagctctcatacgctgattggcgcgatc > 1:450707‑M1/1‑12 (MQ=255) gCATATGCTGgcggcgattatctggaacctgggtacctggtactttggtttacctgcatccagctctcatacgctgattggcgcgatcat > 1:542995‑M1/1‑10 (MQ=255) cATATGCTGgcggcgattatctggaacctgggtacctggtactttggtttacctgcatccagctctcatacgctgattggcgcgatcatc < 2:292149‑M1/90‑82 (MQ=255) cATATGCTGgcggcgattatctggaacctgggtacctggtactttggtttacctgcatccagctctcatacgctgattggcgcgatcatc < 2:449709‑M1/90‑82 (MQ=255) gCTGgcggcgattatctggaacctgggtacctggtactttggtttacctgcatccagctctcatacgctgattggcgcgatcatcgggat < 2:404657‑M1/90‑87 (MQ=255) gCTGgcggcgattatctggaacctgggtacctggtactttggtttacctgcatccagctctcatacgctgattggcgcgatcatcgggat < 2:166751‑M1/90‑87 (MQ=255) gCTGgcggcgattatctggaacctgggtacctggtactttggtttacctgcatccagctctcatacgctgattggcgcgatcatcgggat < 1:162860‑M1/90‑87 (MQ=255) tGgcggcgattatctggaacctgggtacctggtactttggtttacctgcatccagctctcatacgctgattggcgcgatcatcgggattg > 2:180281‑M1/1‑2 (MQ=255) tGgcggcgattatctggaacctgggtacctggtactttggtttacctgcatccagctctcatacgctgattggcgcgatcatcgggattg > 1:298321‑M1/1‑2 (MQ=255) tGgcggcgattatctggaacctgggtacctggtactttggtttacctgcatccagctctcatacgctgattggcgcgatcatcgggattg > 2:105045‑M1/1‑2 (MQ=255) tGgcggcgattatctggaacctgggtacctggtactttggtttacctgcatccagctctcatacgctgattggcgcgatcatcgggattg > 1:48083‑M1/1‑2 (MQ=255) tGgcggcgattatctggaacctgggtacctggtactttggtttacctgcatccagc > 1:318351‑M1/1‑2 (MQ=255) tGgcggcgattatctggaacctgggtacctggtactttggtttacctgcatccagc < 2:318351‑M1/56‑55 (MQ=255) | CGCCGTGGTTATGGCGGCGGTATTCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGCCATTGTGCATATGCTGCCGACGGATCTGCTGCTTAATATGGGATCGTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGG > NZ_CP009273/3631157‑3631329 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |