Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
MC JC | NZ_CP009273 | 3,631,242 | Δ66 bp | coding (241‑306/1500 nt) | pitA → | inorganic phosphate transporter PitA |
Missing coverage evidence... | ||||||||||
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seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
* | * | ÷ | NZ_CP009273 | 3631242 | 3631307 | 66 | 38 [1] | [1] 38 | pitA | inorganic phosphate transporter PitA |
New junction evidence | |||||||||||
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seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NZ_CP009273 | = 3631241 | 1 (0.050) | 28 (1.510) | 24/154 | 0.0 | 96.7% | coding (240/1500 nt) | pitA | inorganic phosphate transporter PitA |
? | NZ_CP009273 | 3631308 = | 1 (0.050) | coding (307/1500 nt) | pitA | inorganic phosphate transporter PitA |
TATGCTGCCGACGGATCTGCTGCTTAATATGGGATCGTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGATCATCGGGATTG > NZ_CP009273/3631235‑3631395 | ggcggcggtattcaactttttgggtgttttgctgggtggtctgagtgttgcctatgccattgtgcatatgctgGCGGCGATTATCTGGaa < 2:495705‑M2/17‑1 (MQ=255) cggcggtattcaactttttgggtgttttgctgggtggtctgagtgttgcctatgccattgtgcatatgctgGCGGCGATTATCTGGa > 2:52629‑M2/72‑87 (MQ=255) cggcggtattcaactttttgggtgttttgctgggtggtctgagtgttgcctatgccattgtgcatatgctgGCGGCGATTATCTGGa < 1:52629‑M2/16‑1 (MQ=255) ggcgggattcaactttttgggtgttttgctggggggtctgagggttgcctatgccattttgcatatgctgGCGGCGGTTATCTGGAACCt > 1:452797‑M2/71‑90 (MQ=255) gcggtattcaactttttgggtgttttgctgggtggtctgagtgttgcctatgccattgtgcatatgctgGCGGCGATTATCTGGAACCTg > 2:384745‑M2/70‑90 (MQ=255) ggtattcaactttttgggtgttttgctgggtggtctgagtgttgcctatgccattgtgcatatgctgGCGGCGATTATCTGGAACCTggg < 2:405531‑M2/23‑1 (MQ=255) tcaactttttgggtgttttgctgggtggtctgagtgttgcctatgccattgtgcatatgctgGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCt < 2:229440‑M2/28‑1 (MQ=255) ttttgggtgttttgctgggtggtctgagtgttgcctatgccattgtgcatatgctgGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACt > 2:544050‑M2/57‑90 (MQ=255) ttttgggtgttttgctgggtggtctgagtgttgcctatgccattgtgcatatgctgGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACt > 1:404657‑M2/57‑90 (MQ=255) tttgggtgttttgctgggtggtctgagtgttgcctatgccattgtgcatatgctgGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACtt < 1:544050‑M2/35‑1 (MQ=255) tgttttgctgggtggtctgagtgttgcctatgccattgtgcatatgctgGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGttt > 2:79714‑M2/50‑90 (MQ=255) tgttttgctgggtggtctgagtgttgcctatgccattgtgcatatgctgGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGttt < 1:367902‑M2/41‑1 (MQ=255) tgttttgctgggtggtctgagtgttgcctatgccattgtgcatatgctgGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGttt < 1:564449‑M2/41‑1 (MQ=255) tttgctgggtggtctgagtgttgcctatgccattgtgcatatgctgGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTAcc > 1:449709‑M2/47‑90 (MQ=255) tgggtggtctgagtgttgcctatgccattgtgcatatgctgGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCAt < 1:384745‑M2/49‑1 (MQ=255) gggtggtctgagtgttgcctatgccattgtgcatatgctgGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATc > 1:233559‑M2/41‑90 (MQ=255) ggtctgagtgttgcctatgccattgtgcatatgctgGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGc < 2:452797‑M2/54‑1 (MQ=255) gtctgagtgttgcctatgccattgtgcatatgctgGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGct > 1:533683‑M2/36‑90 (MQ=255) gagtgttgcctatgccattgtgcatatgctgGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCa < 2:468962‑M2/59‑1 (MQ=255) ttgcctatgccattgtgcatatgctgGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGc > 1:292149‑M2/27‑90 (MQ=255) tgcctatgccattgtgcatatgctgGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCt > 2:58608‑M2/26‑90 (MQ=255) tgccaatgccattgtgcatatgctgGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCt > 1:352584‑M2/26‑90 (MQ=255) tGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCt > 1:55417/1‑90 (MQ=255) ctatgccattgtgcatatgctgGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGAt < 1:453665‑M2/68‑1 (MQ=255) ttgtgcatatgctgGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGa > 1:478298‑M2/15‑90 (MQ=255) gtgcatatgctgGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGatc > 1:450707‑M2/13‑90 (MQ=255) gcatatgctgGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGatcat > 1:542995‑M2/11‑90 (MQ=255) catatgctgGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGatcatc < 2:292149‑M2/81‑1 (MQ=255) catatgctgGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGatcatc < 2:449709‑M2/81‑1 (MQ=255) gctgGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGATCATCGGGAt < 2:404657‑M2/86‑1 (MQ=255) gctgGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGATCATCGGGAt < 2:166751‑M2/86‑1 (MQ=255) gctgGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGATCATCGGGAt < 1:162860‑M2/86‑1 (MQ=255) tgGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGc < 2:318351‑M2/54‑1 (MQ=255) tgGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGc > 1:318351‑M2/3‑56 (MQ=255) tgGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGATCATCGGGATTg > 2:180281‑M2/3‑90 (MQ=255) tgGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGATCATCGGGATTg > 1:298321‑M2/3‑90 (MQ=255) tgGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGATCATCGGGATTg > 2:105045‑M2/3‑90 (MQ=255) tgGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGATCATCGGGATTg > 1:48083‑M2/3‑90 (MQ=255) | TATGCTGCCGACGGATCTGCTGCTTAATATGGGATCGTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGATCATCGGGATTG > NZ_CP009273/3631235‑3631395 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |