| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NZ_CP009273 | = 282361 | 97 (1.820) | 4 (0.090) | 4/146 | 3.5 | 4.7% | coding (1256/1383 nt) | yagG | MFS transporter |
| ? | NZ_CP009273 | = 282393 | 78 (1.670) | coding (1288/1383 nt) | yagG | MFS transporter | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TCAACTATTCCGCCAGCAGCAGCGTGCAGCCGGTTGAGGTGCTCACCACCATCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NZ_CP009273/282265‑282361‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑acgcgggcatCGGTGAGCTTGTAGAGCGACAGCATGATGAACATGCCCGCGTAGAGCACCACCGGCACCACGCAGAACAGAATTTTGATGGTGGTGAG < NZ_CP009273/282393‑282306 TCAACTATTCCGCCAGCAGCAGCGTGCAGCCGGTTGAGGTGCTCACCACCATCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACG > 2:466355/1‑90 CAACTATTCCGCCAGCAGCAGCGTGCAGCCGGTTGAGGTGCTCACCACCATCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGC < 2:851746/90‑1 CAACTATTCCGCCAGCAGCAGCGTGCAGCCGGTTGAGGTGCTCACCACCATCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGC < 2:785708/90‑1 CAACTATTCCGCCAGCAGCAGCGTGCAGCCGGTTGAGGTGCTCACCACCATCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGC < 2:192359/90‑1 AACTATTCCGCCAGCAGCAGCGTGCAGCCGGTTGAGGTGCTCACCACCATCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCG > 1:1606760/1‑90 AACTATTCCGCCAGCAGCAGCGTGCAGCCGGTTGAGGTGCTCACCACCATCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCG > 2:323272/1‑90 ACTATTCCGCCAGCAGCAGCGTGCAGCCGGTTGAGGTGCTCACCACCATCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGG < 2:467155/90‑1 ACTATTCCGCCAGCAGCAGCGTGCAGCCGGTTGAGGTGCTCACCACCATCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGG < 2:321359/90‑1 CTATTCCGCCAGCAGCAGCGTGCAGCCGGTTGAGGTGCTCACCACCATCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGG < 2:1322501/90‑1 TATTCCGCCAGCAGCAGCGTGCAGCCGGTTGAGGTGCTCACCACCATCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGC > 2:1403402/1‑90 ATTCCGCCAGCAGCAGCGTGCAGCCGGTTGAGGTGCTCACCACCATCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCA < 2:984042/90‑1 ATTCCGCCAGCAGCAGCGTGCAGCCGGTTGAGGTGCTCACCACCATCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCA > 1:976561/1‑90 ATTCCGCCAGCAGCAGCGTGCAGCCGGTTGAGGTGCTCACCACCATCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCA < 1:898856/90‑1 ATTCCGCCAGCAGCAGCGTGCAGCCGGTTGAGGTGCTCACCACCATCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCA < 1:821590/90‑1 TTCCGCCAGCAGCAGCGTGCAGCCGGTTGAGGTGCTCACCACCATCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCAT < 2:483645/90‑1 GCGTGCAGCCGGTTGAGGTGCTCACCACCATCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGC > 2:1255176/1‑70 GCGTGCAGCCGGTTGAGGTGCTCACCACCATCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGC < 1:1255176/70‑1 GGTGCTCACCACCATCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATCGGTGAGCTTGTAGAGCGACAGCATGATGA > 2:489894/1‑90 CATCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATCGGTGAGCTTGTAGAGCGACAGCATGATGAACATGCCCGCGT < 1:489894/90‑1 GTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATCGGTGAGCTTGTAGAGCGACAGCATGATGAACATGCCCGCGTAGAGCACCACCGGCACCACGCA > 2:59908/1‑90 TGCTCTACGCGGGCATCGGTGAGCTTGTAGAGCGACAGCATGATGAACATGCCCGCGTAGAGCACCACCGGCACCACGCAGAACAGAATT > 2:1295061/1‑90 CGGGCATCGGTGAGCTTGTAGAGCGACAGCATGATGAACATGCCCGCGTAGAGCACCACCGGCACCACGCAGAACA < 2:174164/76‑1 CGGGCATCGGTGAGCTTGTAGAGCGACAGCATGATGAACATGCCCGCGTAGAGCACCACCGGCACCACGCAGAACA > 1:174164/1‑76 GGGCATCGGTGAGCTTGTAGAGCGACAGCATGATGAACATGCCCGCGTAGAGCACCACCGGCACCACGCAGAACAGAATTTTGATGGTGG < 2:534491/90‑1 GGGCATCGGTGAGCTTGTAGAGCGACAGCATGATGAACATGCCCGCGTAGAGCA > 2:1593349/1‑54 GGGCATCGGTGAGCTTGTAGAGCGACAGCATGATGAACATGCCCGCGTAGAGCA < 1:1593349/54‑1 GGCATCGGTGAGCTTGTAGAGCGACAGCATGATGAACATGCCCGCGTAGAGCACCACCGGCACCACGCAGAACAGAATTTTGATGGTGGT > 2:533252/1‑90 CATCGGTGAGCTTGTAGAGCGACGGCATGATGAACATGCCCGCGTAGAGCACCACCGGCACCACGCAGAACAGAATTTTGATGGTGGTGA < 1:374293/90‑1 CATCGGTGAGCTTGTAGAGCGACAGCATGATGAACATGCCCGCGTAGAGCACCACCGGCACCACGCAGAACAGAATTTTGATGGTGGTGA < 1:824957/90‑1 CATCGGTGAGCTTGTAGAGCGACAGCATGATGAACATGCCCGCGTAGAGCACCACCGGCACCACGCAGAACAGAATTTTGATGGTGGTGA < 1:1343750/90‑1 ATCGGTGAGCTTGTAGAGCGACAGCATGATGAACATGCCCGCGTAGAGCACCACCGGCACCACGCAGAACAGAATTTTGATGGTGGTGAG < 2:1318167/90‑1 ATCGGTGAGCTTGTAGAGCGACAGCATGATGAACATGCCCGCGTAGAGCACCACCGGCACCACGCAGAACAGAATTTTGATGGTGGTGAG > 2:42884/1‑90 ATCGGTGAGCTTGTAGAGCGACAGCATGATGAACATGCCCGCGTAGAGCACCACCGGCACCACGCAGAACAGAATTTTGATGGTGGTGAG > 2:629284/1‑90 ATCGGTGAGCTTGTAGAGCGACAGCATGATGAACATGCCCGCGTAGAGCACCACCGGCACCACGCAGAACAGAATTTTGATGGTGGTGAG > 2:691298/1‑90 ATCGGTGAGCTTGTAGAGCGACAGCATGATGAACATGCCCGCGTAGAGCACCACCGGCACCACGCAGAACAGAATTTTGATGGTGGTGAG > 1:1451245/1‑90 ATCGGTGAGCTTGTAGAGCGACAGCATGATGAACATGCCCGCGTAGAGCACCACCGGCACCACGCAGAACAGAATTTTGATGGTGGTGAG < 1:409019/90‑1 ATCGGTGAGCTTGTAGAGCGACAGCATGATGAACATGCCCGCGTAGAGCACCACCGGCACCACGCAGAACAGAATTTTGATGGTGGTGAG > 2:1376380/1‑90 TCAACTATTCCGCCAGCAGCAGCGTGCAGCCGGTTGAGGTGCTCACCACCATCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NZ_CP009273/282265‑282361‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑acgcgggcatCGGTGAGCTTGTAGAGCGACAGCATGATGAACATGCCCGCGTAGAGCACCACCGGCACCACGCAGAACAGAATTTTGATGGTGGTGAG < NZ_CP009273/282393‑282306 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |