New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NZ_CP009273 | = 282361 | 97 (1.820) | 4 (0.090) | 4/146 | 3.5 | 4.7% | coding (1256/1383 nt) | yagG | MFS transporter |
? | NZ_CP009273 | = 282393 | 78 (1.670) | coding (1288/1383 nt) | yagG | MFS transporter | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
CTCACCACCATCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCGCGGCGCAGGGCGAGGCCGTTCCCGACGCCGCGACAGCCGCAT > NZ_CP009273/282306‑282480 | cTCACCACCATCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGAt > 2:1318167/1‑90 (MQ=255) cTCACCACCATCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGAt < 2:1376380/90‑1 (MQ=255) cTCACCACCATCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGAt < 2:629284/90‑1 (MQ=255) cTCACCACCATCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGAt < 2:691298/90‑1 (MQ=255) cTCACCACCATCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGAt > 1:409019/1‑90 (MQ=255) cTCACCACCATCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGAt < 1:1451245/90‑1 (MQ=255) cTCACCACCATCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGAt < 2:42884/90‑1 (MQ=255) tCACCACCATCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATg > 1:1343750/1‑90 (MQ=255) tCACCACCATCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATg > 1:824957/1‑90 (MQ=255) tCACCACCATCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCCGTCGCTCTACAAGCTCACCGATg > 1:374293/1‑90 (MQ=255) accaccATCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGcc < 2:533252/90‑1 (MQ=255) ccaccaTCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGccc > 2:534491/1‑90 (MQ=255) aTCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTg > 1:327271/1‑90 (MQ=255) aTCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTg > 2:1496276/1‑90 (MQ=255) aTCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTg > 1:1485044/1‑90 (MQ=255) aTCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTg > 2:652353/1‑90 (MQ=255) aTCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTg > 2:55123/1‑90 (MQ=255) aaaTTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAgg < 2:803612/90‑1 (MQ=255) aaTTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTagagca < 2:1295061/90‑3 (MQ=255) aaTTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGc > 2:76656/1‑90 (MQ=255) ctgttctgCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTgg < 1:304949/82‑1 (MQ=255) ctgttctgCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTgg > 2:304949/1‑82 (MQ=255) ctgttctgCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATc > 2:920198/1‑90 (MQ=255) ctgttctgCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATc > 1:1411511/1‑90 (MQ=255) tgttctgCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCcg < 1:174164/76‑1 (MQ=255) tgttctgCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCcg > 2:174164/1‑76 (MQ=255) gttctgCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAg > 2:290963/1‑90 (MQ=255) gttctgCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAg > 2:1554895/1‑90 (MQ=255) gCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGa < 1:1122638/76‑1 (MQ=255) gCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGa > 2:1122638/1‑76 (MQ=255) gCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGc > 2:930733/1‑90 (MQ=255) gCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGAGTGGAGGCCATCAGCCGGc > 2:1385690/1‑90 (MQ=255) gCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATACCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGc > 1:1319781/1‑90 (MQ=255) gCGTGGTGCCAGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGc > 2:905151/1‑90 (MQ=255) ggtgCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCt < 2:937873/90‑1 (MQ=255) ggtgCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCt < 1:992194/90‑1 (MQ=255) ggtgCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCt < 1:55123/90‑1 (MQ=255) ggtgCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCt < 2:420971/90‑1 (MQ=255) ggtgCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCt < 1:1402855/90‑1 (MQ=255) gtgCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTg > 2:1575586/1‑90 (MQ=255) gtgCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTg > 2:213100/1‑90 (MQ=255) gtgCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTg > 1:194335/1‑90 (MQ=255) cGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTa < 2:895188/90‑1 (MQ=255) ggtggtGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTaa > 1:1055693/1‑90 (MQ=255) tgCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGccc > 1:1593349/1‑54 (MQ=255) tgCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGccc < 2:1593349/54‑1 (MQ=255) tgCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCt > 2:524072/1‑79 (MQ=255) tgCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCt < 1:524072/79‑1 (MQ=255) tgCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCAcc > 1:758790/1‑90 (MQ=255) tgCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCAcc > 2:821803/1‑90 (MQ=255) ctACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACcgcgc < 2:408182/90‑1 (MQ=255) tACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACcgcgcg < 1:1496276/90‑1 (MQ=255) aCGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGc < 2:597072/81‑1 (MQ=255) aCGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGc > 1:597072/1‑81 (MQ=255) aCGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCgcgg > 2:968565/1‑90 (MQ=255) aCGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCgcgg > 2:1449799/1‑90 (MQ=255) aCGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCgcgg > 2:1162948/1‑90 (MQ=255) aCGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCAACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCgcgg > 2:723057/1‑90 (MQ=255) cgGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCGCGgcgc < 1:1600161/90‑1 (MQ=255) cgGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCGCGgcgc < 1:826758/90‑1 (MQ=255) aTGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCGCGGCGCAGGGc > 2:257109/1‑90 (MQ=255) gTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCGCGGCGCAGGGCGa < 2:925379/90‑1 (MQ=255) catcatGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCGCGGCGCAGGGCGAGGc < 1:1454099/90‑1 (MQ=255) tcatGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCGCGgcgc < 1:389167/78‑1 (MQ=255) tcatGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCGCGgcgc > 2:389167/1‑78 (MQ=255) tcatGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCGCGGCGCAGGGCGAGGCCg > 1:684019/1‑90 (MQ=255) tcatGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCGCGGCGCAGGGCGAGGCCg < 1:950871/90‑1 (MQ=255) tcatGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCGCGGCGCAGGGCGAGGCCg > 1:1059698/1‑90 (MQ=255) gCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATc > 2:1339539/1‑43 (MQ=255) gCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATc < 1:1339539/43‑1 (MQ=255) gCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCGCGGCGCAGGGCGAGGCCGTTcc > 1:777480/1‑90 (MQ=255) cTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCGCGGCGCAGGGCGAGGCCg > 1:1482027/1‑85 (MQ=255) cTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCGCGGCGCAGGGCGAGGCCg < 2:1482027/85‑1 (MQ=255) cTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCGCGGCGCAGGGCGAGGCCGTTccc > 2:437558/1‑90 (MQ=255) cTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCGCGGCGCAGGGCGAGGCCGTTccc > 1:1107834/1‑90 (MQ=255) gTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACcgcgc > 1:306408/1‑66 (MQ=255) gTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACcgcgc < 2:306408/66‑1 (MQ=255) gTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCGCGGCGCAGGGCGAGGCCGTTCCCGa > 2:1580108/1‑90 (MQ=255) gTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCGCGGCGCAGGGCGAGGCCGTTCCCGa > 2:979349/1‑90 (MQ=255) gTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCGCGGCGCAGGGCGAGGCCGTTCCCGa > 2:1566108/1‑90 (MQ=255) gTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCGCGGCGCAGGGCGAGGCCGTTCCCGa > 1:719733/1‑90 (MQ=255) gTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCGCGGCGCAGGGAGAGGCCGTTcctgc > 1:1013801/1‑87 (MQ=255) cGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCGCGGCGCAGGGCGAGGCCGTTCCCGAcg > 1:1063865/1‑90 (MQ=255) ctACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCAc > 2:303282/1‑55 (MQ=255) ctACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCAc < 1:303282/55‑1 (MQ=255) aaGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCGCGGCGCAGGGCGAGGCCGTTCCCGACGCCGCGACa < 2:296792/90‑1 (MQ=255) aaGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCGCGGCGCAGGGCGAGGCCGTTCCCGACGCCGCGACa < 2:47628/90‑1 (MQ=255) gCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCGCGGCGCAGGGCGAGGCCGTTCCCGACGCCGCGACAGc > 2:1534388/1‑90 (MQ=255) tCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCGCGGCGCAGGGCGAGGCCGTTCCCGACGCCGCGACAGCCg > 1:28956/1‑90 (MQ=255) cACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCGCGGCGCAGGGCGAGGCCGTTCCCGACGCCGCGACAGCCGc > 2:2128/1‑90 (MQ=255) aCCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCGCGGCGCAGGGCGAGGCCGTTCCCGACGCCGCGACAGCCGCa > 1:1495907/1‑90 (MQ=255) aCCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCGCGGCGCAGGGCGAGGCCGTTCCCGACGCCGCGACAGCCGCa < 1:1162948/90‑1 (MQ=255) aCCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCGCGGCGCAGGGCGAGGCCGTTCCCGACGCCGCGACAGCCGCa > 2:93919/1‑90 (MQ=255) ccGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCGCGGCGCAGGGCGAGGCCGTTCCCGACGCCGCGACAGCCGCAt < 2:534849/90‑1 (MQ=255) ccGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCGCGGCGCAGGGCGAGGCCGTTCCCGACGCCGCGACAGCCGCAt < 1:920198/90‑1 (MQ=255) | CTCACCACCATCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCGCGGCGCAGGGCGAGGCCGTTCCCGACGCCGCGACAGCCGCAT > NZ_CP009273/282306‑282480 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |