| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NZ_CP009273 | 1613558 = | 18 (1.020) | 16 (0.920) | 15/166 | 0.2 | 49.4% | coding (182/435 nt) | marR | multiple antibiotic resistance transcriptional regulator MarR |
| ? | NZ_CP009273 | = 1613717 | 15 (0.860) | coding (341/435 nt) | marR | multiple antibiotic resistance transcriptional regulator MarR | |||||
TATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCACAGTTTAAGGTGCTCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGTTGAACTGAAAAAGGTATTGTCGGTCGACCTGGGAGCACTGACCCGTATGCTGGATCGCCTGGTCTGTAAAGGCTGGGTGGAAAGGTTGCCG > NZ_CP009273/1613470‑1613640 | tATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCACAGTTTAAGGTGCTCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGTTGAACTGaaa > 1:99240/1‑90 (MQ=255)aaaggttgccgaacccgaatgacaagcgcggcgtactggtaaaacttaccaccggcggcgcggcaatatgtgaacaatgccatcaattaa < 1:160863‑M1/2‑1 (MQ=255) aTCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCACAGTTTAAGGTGCTCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGTTGAACTGaaaa > 1:424111/1‑90 (MQ=255) gATATTACCGCGGCACAGTTTAAGGTGCTCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGTTGAACTGAAAAAGGTATTgtcggtc < 2:99240/90‑1 (MQ=255) gATATTACCGCGGCACAGTTTAAGGTGCTCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGTTGAACTGAAAAAGGTATTgtcggtc < 1:122896/90‑1 (MQ=255) gATATTACCGCGGCACAGTTTAAGGTGCTCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGTTGAACTGAAAAAGGTATTgtcggtc > 2:87330/1‑90 (MQ=255) gATATTACCGCGGCACAGTTTAAGGTGCTCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGTTGAACTGAAAAAGGTATTgtcggtc < 1:87330/90‑1 (MQ=255) cgaatgacaagcgcggcgtactggtaaaacttaccaccggcggcgcggcaatatgtgaacaatgccatcaattAAAAGGTATTgtcggtc > 2:273452‑M1/74‑90 (MQ=255) atTACCGCGGCACAGTTTAAGGTGCTCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGTTGAACTGAAAAAGGTATTGTCGGTCGAc < 2:278324/90‑1 (MQ=255) cgcgGCACAGTTTAAGGTGCTCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGTTGAACTGAAAAAGGTATTGTCGGTCGACCTggg < 1:336049/90‑1 (MQ=255) gccacaGTTTAAGGTGCTCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGTTGAACTGAAAAAGGTATTGTCGGTCGACCTGGGAGc > 2:228074/3‑90 (MQ=255) gcgtactggtaaaacttaccaccggcggcgcggcaatatgtgaacaatgccatcaattAAAAGGTATTGTCGGTCGACCTGGGAGCACTg > 2:65102‑M1/59‑90 (MQ=255) caGTTTAAGGTGCTCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGTTGAACTGAAAAAGGTATTGTCGGTCGACCTGGGAGCACTg < 2:240864/90‑1 (MQ=255) aGGTGCTCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGTTGAACTGAAAAAGGTATTGTCGGTCGACCTGGGAGCACTGACCCGTa > 2:296755/1‑90 (MQ=255) ctctgctctATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGTTGAACTGAAAAAGGTATTGTCGGTCGACCTGGGAGCACTGACCCGTATGCTg > 1:233475/1‑90 (MQ=255) ctctgctctATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGTTGAACTGAAAAAGGTATTGTCGGTCGACCTGGGAGCACTGACCCGTATGCTg > 1:322050/1‑90 (MQ=255) acttaccaccggcggcgcggcaatatgtgaacaatgccatcaattAAAAGGCATTGTCGGTCGACCTGGGAGCACTGACCCGTATGCTgg < 1:398422‑M1/45‑1 (MQ=255) ctgctctATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGTTGAACTGAAAAAGGTATTGTCGGTCGACCTGGGAGCACTGACCCGTATGCTGGa < 2:233475/90‑1 (MQ=255) ttaccaccggcggcgcggcaatatgtgaacaatgccatcaattAAAAGGTATTGTCGGTCGACCTGGGAGCAc > 1:321155‑M1/44‑73 (MQ=255) ttaccaccggcggcgcggcaatatgtgaacaatgccatcaattAAAAGGTATTGTCGGTCGACCTGGGAGCAc < 2:321155‑M1/30‑1 (MQ=255) accaccggcggcgcggcaatatgtgaacaatgccatcaattaaa < 1:453133‑M1/3‑1 (MQ=255) gggcgcgggaatatgtgaacaatgccatcaattAAAAGGTATTGTCGGTCGACCTGGGAGCACTGACCCGTATGCTGGATCGCCTGGTCt > 2:424111‑M1/34‑90 (MQ=255) gggggaatatgtgaacaaggccgacaattAAAAGGTATTGTCGGTCGACCTGGGAGCACTGACCCGTATGCTGGATCGCCTGGTCTGTaa > 2:64619‑M1/30‑90 (MQ=255) gcgTGTATTACTCCGGTTGAACTGAAAAAGGTATTGTCGGTCGACCTGGGAGCACTGACCCGTATGCTGGATCGCCTGGTCTGTAAAGGc < 2:20730/90‑1 (MQ=255) tgtATTACTCCGGTTGAACTGAAAAAGGTATTGTCGGTCGACCTGGGAGCACTGACCCGTATGCTGGATCGCCTGGTCTGTAAAGGCTgg < 1:228074/90‑1 (MQ=255) tgtgaacaatgccatcaattAAAAGGTATTGTCGGTCGACCTGGGAGCACTGACCCGTATGCTGGATCGCCTGGTCTGTAAAGGCTGGGt > 2:160863‑M1/21‑90 (MQ=255) aTTACTCCGGTTGAACTGAAAAAGGTATTGTCGGTCGACCTGGGAGCACTGACCCGTATGCTGGATCGCCTGGTCTGTAAAGGCTGGGTg < 2:343976/90‑1 (MQ=255) aacaatgccatcaattAAAAGGTATTGTCGGTCGACCTGGGAGCACTGACCCGTATGCTGGATCGCCTGGTCTGTAAAGGCTGGGTGGaa < 2:46307‑M1/74‑1 (MQ=255) ccGGTTGAACTGAAAAAGGTATTGTCGGTCGACCTGGGAGCACTGACCCGTATGCTGGATCGCCTGGTCTGTAAAGGCTGGGTGGAAAgg > 2:490710/1‑90 (MQ=255) aatgccatcaattAAAAGGTATTGTCGGTCGACCTGGGAGCACTGACCCg < 2:295598‑M1/37‑1 (MQ=255) aatgccatcaattAAAAGGTATTGTCGGTCGACCTGGGAGCACTGACCCg > 1:295598‑M1/14‑50 (MQ=255) atgccatcaattAAAAGGTATTGTCGGTCGACCTGGGAGCACTGACCCGTATGCTGGATCGCCTGGTCTGTAAAGGCTGGGTGGAAAGGt < 1:431504‑M1/78‑1 (MQ=255) atcaattAAAAGGTATTGTCGGTCGACCTGGGGGCACTGACCCGTATGCTGGATCGCCTGGTCTGTAAAGGCTGGGTGGAAATGTTGCCg < 2:508225‑M1/83‑1 (MQ=255) atcaattAAAAGGTATTGTCGGTCGACCTGGGAGCACTGACCCGTATGCTGGATCGCCTGGTCTGTAAAGGCTGGGTGGAAAGGTTGCCg < 1:370360‑M1/83‑1 (MQ=255) AAAAGGTATTGTCGGTCGACCTGGGAGCACTGACCCGTATGCTGGATCGCCTGGTCTGTAAAGGCTGGGTGGaa < 2:267355‑M1/74‑1 (MQ=255) AAAAGGTATTGTCGGTCGACCTGGGAGCACTGACCCGTATGCTGGATCGCCTGGTCTGTAAAGGCTGGGTGGaa > 1:267355‑M1/1‑74 (MQ=255) | TATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCACAGTTTAAGGTGCTCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGTTGAACTGAAAAAGGTATTGTCGGTCGACCTGGGAGCACTGACCCGTATGCTGGATCGCCTGGTCTGTAAAGGCTGGGTGGAAAGGTTGCCG > NZ_CP009273/1613470‑1613640 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |