| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NZ_CP009273 | = 2541282 | 17 (0.820) | 3 (0.150) | 3/168 | 1.9 | 16.8% | coding (1251/1425 nt) | murP | PTS N‑acetylmuramic acid transporter subunit IIBC |
| ? | NZ_CP009273 | 2541287 = | 13 (0.630) | coding (1256/1425 nt) | murP | PTS N‑acetylmuramic acid transporter subunit IIBC | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GCCCCGCATGAAGCCGTTTGTTACCGCCTGTTTAGGCGGCGCGGCGGGCGGTTTGTTTATCGGCCTGATAGCCTGGTGGGGTCTGCCGATGGGCTTAAACAGCGCCTTTGGGCCGTCTGGTCTGGTAGCGCTGCCGCTGATGACTTCCGCACAAGGCATCCTTCCGGCCATGG > NZ_CP009273/2541195‑2541367 | gCCCCGCATGAAGCCGTTTGTTACCGCCTGTTTAGGCGGCGCGGCGGGCGGTTTGTTTATCGGCCTGATAGCCTTGTGGGGTCTGCCGgt > 1:399385‑M1/1‑88 (MQ=255)gCCCCGCATGAAGCCGTTTGTTACCGCCTGTTTAGGCGGCGCGGCGGGCGGTTTGTTTATCGGCCTGATAGCCTGGTGGGGTCTGCCGAt < 1:556736/90‑1 (MQ=255)gCCCCGCATGAAGCCGTTTGTTACCGCCTGTTTAGGCGGCGCGGCGGGCGGTTTGTTTATCGGCCTGATAGCCTGGTGGGGTCTGCCGAt < 2:315590/90‑1 (MQ=255)gCCCCGCATGAAGCCGTTTGTTACCGCCTGTTTAGGCGGCGCGGCGGGCGGTTTGTTTATCGGCCTGATAGCCTGGTGGGGTCTGCCGAt > 2:556736/1‑90 (MQ=255)gCCCCGCATGAAGCCGTTTGTTACCGCCTGTTTAGGCGGCGCGGCGGGCGGTTTGTTTATCGGCCTGATAGCCTGGTGGGGGCTGCCGAt > 1:390435/1‑90 (MQ=255) aaGCCGTTTGTTACCGCCTGTTTAGGCGGCGCGGCGGGCGGTTTGTTTATCGGCCTGATAGCCTGGGGGGGTCTGCCGATGGGCTTAAAc > 1:502652/1‑90 (MQ=255) ccGTTTGTTACCGCCTGTTTAGGCGGCGCGGCGGGCGGTTTGTTTATCGGCCTGATAGCCTGGTGGGGTCTGCCGATGGGCTTAAACAgc < 2:58948/90‑1 (MQ=255) cggcgcggcgGGCGGTTTGTTTATCGGCCTGATAGCCTGGTGGGGTCTGCCGgcttaaacagcgcctttgggccgtctggtctggtagcg > 1:237948‑M1/1‑52 (MQ=255) gcgcggcgGGCGGTTTGTTTATCGGCCTGATAGCCTGGTGGGGTCTGCCGATGGGCTTAAACAGCGCCTTTGGGCCGTCTGGTCTGGTAg > 2:365543/1‑90 (MQ=255) gcggTTTGTTTATCGGCCTGATAGCCTGGTGGGGTCTGCCGATGGGCTTAAACAGCGCCTTTGGGCCGTCTGGTCTGGTAGCGCTGCCGc < 2:74121/90‑1 (MQ=255) ttgtttATCGGCCTGATAGCCTGGTGGGGTCTGCCGATGGGCTTAAACAGCGCCTTTGGGCCGTCTGGTCTGGTAGCGCTGCCGCtgatg < 2:168350/90‑1 (MQ=255) ttgtttATCGGCCTGATAGCCTGGTGGGGTCTGCCGATGGGCTTAAACAGCGCCTTTGGGCCGTCTGGTCTGGTAGCGCTGCCGCtgatg < 2:496778/90‑1 (MQ=255) tttATCGGCCTGATAGCCTGGTGGGGTCTGCCGATGGGCTTAAACAGCGCCTTTGGGCCGTCTGGTCTGGTAGCGCTGCCGCTGATGACt < 1:337199/90‑1 (MQ=255) cGGCCTGATAGCCTGGTGGGGTCTGCCGATGGGCTTAAACAGCGCCTTTg < 1:42840/50‑1 (MQ=255) cGGCCTGATAGCCTGGTGGGGTCTGCCGATGGGCTTAAACAGCGCCTTTg > 2:42840/1‑50 (MQ=255) cTGATAGCCTGGTGGGGTCTGCCGgcttaaacagcgcctttgggccgtctggtctggtagcgctgccgctgatgacttccgcacaaggca < 2:237948‑M1/90‑67 (MQ=255) cTGATAGCCTGGTGGGGTCTGCCGATGGGCTTAAACAGCGCCTTTGGGCCGTCTGGTCTGGTAGCGCTGCCGCTGATGACTTCCGCACaa < 2:390435/90‑1 (MQ=255) gATAGCCTGGTGGGGTCTGCCGATGGGCTTAAACAGCGCCTTTGGGCCGTCTGGTCTGGTAGCGCTGCCGCTGATGACTTCCGCACAAgg > 1:75273/1‑90 (MQ=255) cTGGTGGGGTCTGCCGATGGGCTTAAACAGCGCCTTTGGGCCGTCTGGTCTGGTAGCGCTGCCGCTGATGACTTCCGCACAAGGCATCCt > 1:383517/1‑90 (MQ=255) tGCCGATGGGCTTAAACAGCGCCTTTGGGCCGTCTGGTCTGGTAGCGCTGCCGCTGATGACTTCCGCACAAGGCATCCTTCCGGCCATgg < 2:87962/90‑1 (MQ=255) | GCCCCGCATGAAGCCGTTTGTTACCGCCTGTTTAGGCGGCGCGGCGGGCGGTTTGTTTATCGGCCTGATAGCCTGGTGGGGTCTGCCGATGGGCTTAAACAGCGCCTTTGGGCCGTCTGGTCTGGTAGCGCTGCCGCTGATGACTTCCGCACAAGGCATCCTTCCGGCCATGG > NZ_CP009273/2541195‑2541367 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |