| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NZ_CP009273 | = 2541282 | 17 (0.820) | 3 (0.150) | 3/168 | 1.9 | 16.8% | coding (1251/1425 nt) | murP | PTS N‑acetylmuramic acid transporter subunit IIBC |
| ? | NZ_CP009273 | 2541287 = | 13 (0.630) | coding (1256/1425 nt) | murP | PTS N‑acetylmuramic acid transporter subunit IIBC | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CGCATGAAGCCGTTTGTTACCGCCTGTTTAGGCGGCGCGGCGGGCGGTTTGTTTATCGGCCTGATAGCCTGGTGGGGTCTGCCGATGGGCTTAAACAGCGCCTTTGGGCCGTCTGGTCTGGTAGCGCTGCCGCTGATGACTTCCGCACAAGGCATCCTTCCGGCCATGG > NZ_CP009273/2541199‑2541367 | gccccgcatgaagccgtttgttaccgcctgtttaggcggcgcggcgggcggtttgtttatcggcctgatagccttgtggggtctgccggt > 1:399385‑M2/89‑89 (MQ=255) aaGCCGTTTGTTACCGCCTGTTTAGGCGGCGCGGCGGGCGGTTTGTTTATCGGCCTGATAGCCTGGGGGGGTCTGCCGATGGGCTTAAAc > 1:502652/1‑90 (MQ=255) ccGTTTGTTACCGCCTGTTTAGGCGGCGCGGCGGGCGGTTTGTTTATCGGCCTGATAGCCTGGTGGGGTCTGCCGATGGGCTTAAACAgc < 2:58948/90‑1 (MQ=255) gcgcggcgGGCGGTTTGTTTATCGGCCTGATAGCCTGGTGGGGTCTGCCGATGGGCTTAAACAGCGCCTTTGGGCCGTCTGGTCTGGTAg > 2:365543/1‑90 (MQ=255) cggcgcggcgggcggtttgtttatcggcctgatagcctggtggggtctgccgGCTTAAACAGCGCCTTTGGGCCGTCTGGTCTGGTAgcg > 1:237948‑M2/53‑90 (MQ=255) gcggTTTGTTTATCGGCCTGATAGCCTGGTGGGGTCTGCCGATGGGCTTAAACAGCGCCTTTGGGCCGTCTGGTCTGGTAGCGCTGCCGc < 2:74121/90‑1 (MQ=255) ttgtttATCGGCCTGATAGCCTGGTGGGGTCTGCCGATGGGCTTAAACAGCGCCTTTGGGCCGTCTGGTCTGGTAGCGCTGCCGCtgatg < 2:168350/90‑1 (MQ=255) ttgtttATCGGCCTGATAGCCTGGTGGGGTCTGCCGATGGGCTTAAACAGCGCCTTTGGGCCGTCTGGTCTGGTAGCGCTGCCGCtgatg < 2:496778/90‑1 (MQ=255) tttATCGGCCTGATAGCCTGGTGGGGTCTGCCGATGGGCTTAAACAGCGCCTTTGGGCCGTCTGGTCTGGTAGCGCTGCCGCTGATGACt < 1:337199/90‑1 (MQ=255) cGGCCTGATAGCCTGGTGGGGTCTGCCGATGGGCTTAAACAGCGCCTTTg < 1:42840/50‑1 (MQ=255) cGGCCTGATAGCCTGGTGGGGTCTGCCGATGGGCTTAAACAGCGCCTTTg > 2:42840/1‑50 (MQ=255) cTGATAGCCTGGTGGGGTCTGCCGATGGGCTTAAACAGCGCCTTTGGGCCGTCTGGTCTGGTAGCGCTGCCGCTGATGACTTCCGCACaa < 2:390435/90‑1 (MQ=255) gATAGCCTGGTGGGGTCTGCCGATGGGCTTAAACAGCGCCTTTGGGCCGTCTGGTCTGGTAGCGCTGCCGCTGATGACTTCCGCACAAgg > 1:75273/1‑90 (MQ=255) ctgatagcctggtggggtctgccgGCTTAAACAGCGCCTTTGGGCCGTCTGGTCTGGTAGCGCTGCCGCTGATGACTTCCGCACAAGGCa < 2:237948‑M2/66‑1 (MQ=255) cTGGTGGGGTCTGCCGATGGGCTTAAACAGCGCCTTTGGGCCGTCTGGTCTGGTAGCGCTGCCGCTGATGACTTCCGCACAAGGCATCCt > 1:383517/1‑90 (MQ=255) tGCCGATGGGCTTAAACAGCGCCTTTGGGCCGTCTGGTCTGGTAGCGCTGCCGCTGATGACTTCCGCACAAGGCATCCTTCCGGCCATgg < 2:87962/90‑1 (MQ=255) | CGCATGAAGCCGTTTGTTACCGCCTGTTTAGGCGGCGCGGCGGGCGGTTTGTTTATCGGCCTGATAGCCTGGTGGGGTCTGCCGATGGGCTTAAACAGCGCCTTTGGGCCGTCTGGTCTGGTAGCGCTGCCGCTGATGACTTCCGCACAAGGCATCCTTCCGGCCATGG > NZ_CP009273/2541199‑2541367 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |