| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 656509 | 249 (2.950) | 4 (0.050) | 4/242 | NT | 1.6% | intergenic (‑541/‑48) | dcuC/pagP | anaerobic C4‑dicarboxylate transport/phospholipid:lipid A palmitoyltransferase |
| ? | NC_000913 | = 656512 | 242 (2.960) | intergenic (‑544/‑45) | dcuC/pagP | anaerobic C4‑dicarboxylate transport/phospholipid:lipid A palmitoyltransferase | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TTTTTCTTTTTTGACTATTCCCATCGCAGAAAACGACGCATCATCTTTAATCGATGCGCGGAAATATTTAACTTGAACAAGCGGAAATAAATAGAGCAGCTATTCAGATTATTCTTTATGTTGGGTCTATTAAGGTTATGTTAATTGTAGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/656359‑656509‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tagcAAAGCTACAATTAACATAACCTTAATAGACCCAACATAAAGAATAATCTGAATAGCTGCTCTATTTATTTCCGCTTGTTCAAGTTAAATATTTCCGCGCATCGATTAAAGATGATGCGTCGTTTTCTGCGATGGGAATAGTCAAAA < NC_000913/656512‑656367 TTTTTCTTTTTTGACTATTCCCATCGCAGAAAACGACGCATCATCTTTAATCGATGCGCGGAAATATTTAACTTGAACAAGCGGAAATAAATAGAGCAGCTATTCAGATTATTCTTTATGTTGGGTCTATTAAGGTTATGTTAATTGT < 8:298677/148‑1TTTTTCTTTTTTGACTATTCCCATCGCAGAAAACGACGCATCATCTTTAATCGATGCGCGGAAATATTTAACTTGAACAAGCGGAAATAAATAGAGCAGCTATTCAGATTATTCTTTATGTTGGGTCTATTAAGGTTATGTTAATTGT < 6:284971/148‑1TTTTTCTTTTTTGACTATTCCCATCGCAGAAAACGACGCATCATCTTTAATCGATGCGCGGAAATATTTAACTTGAACAAGCGGAAATAAATAGAGCAGCTATTCAGATTATTCTTTATGTTGGGTCTATTAAGGTTATGTTAATTGT < 1:277359/148‑1 TTCTTTTTTGACTATTCCCATCGCAGTAAACGACGCATCATCTTTAATCGATGCTCGGAAATATTTAACTTGAAGAAGCGGATATAAATAGAGCAGGTATTCAGATTATTCTTTATGTTGGGTCTATTAAGGTTATGTTATTTGTAG < 4:116762/147‑1 TTCTTTTTTGACTATTCCCATCGCAGAAAACGACGCATCATCTTTAATCGATGCGCGGAAATATTTAACTTGAACAAGCGGAAATAAATAGAGCAGCTATTCAGATTATTCTTTATGTTGGGTCTATTAAGGTTATGTTAATTGTAGC > 8:16754/1‑148 TTCTTTTTTGACTATTCCCATCGCAGAAAACGACGCATCATCTTTAATCGATGCGCGGAAATATTTAACTTGAACAAGCGGAAATAAATAGAGCAGCTATTCAGATTATTCTTTATGTTGGGTCTATTAAGGTTATGTTAATTGTAGC > 5:238001/1‑148 AACGACGCATCATCTTTAATCGATGCGCGGAAATATTTAACTTGAACAAGCGGAAATAAATAGAGCAGCTATTCAGATTATTCTTTATGTTGGGTCTATTAAGGTTATGTTAATTGTAGCAAAGCTACAATTAACATAACCTTAA > 5:201831/1‑145 TGCGCGGAAATATTTAACTTGAACAAGCGGAAATAAATAGAGCAGCTATTCAGATTATTCTTTATGTTGGGTCTATTAAGGTTATGTTAATTGTAGCAAAGCTACAATTAACATAACCTTAATAGACCCAACATAAAGAATAATCTGA < 6:201831/148‑1 AATATTTAACTTGAACAAGCGGAAATAAATAGAGCAGCTATTCAGATTATTCTTTATGTTGGGTCTATTAAGGTTATGTTAATTGTAGCAAAGCTACAATTAACATAACCTTAATAGACCCAACATAAAGAATAATC > 3:270389/1‑137 AATATTTAACTTGAACAAGCGGAAATAAATAGAGCAGCTATTCAGATTATTCTTTATGTTGGGTCTATTAAGGTTATGTTAATTGTAGCAAAGCTACAATTAACATAACCTTAATAGACCCAACATAAAGAATAATC < 4:270389/137‑1 AGCAAAGCTACAATTAACATAACCTTAATAGACCCAACATAAAGAATAATCTGAATAGCTGCTCTATTTATTTCCGCTTGTTCAAGTTAAATATTTCCGCGCATCGATTAAAGATGATGCGTCGTTTTCTGCGATGGGAATAGTCAA > 4:131921/1‑147 AGCAAAGCTACAATTAACATAACCTTAATAGACCCAACATAAAGAATAATCTGAATAGCTGCTCTATTTATTTCCGCTTGTTCAAGTTAAATATTTCCGCGCATCGATTAAAGATGATGCGTCGTTTTCTGCGATGGGAATAGTCAA > 2:405635/1‑147 AGCAAAGCTACAATTAACATAACCTTAATAGACCCAACATAAAGAATAATCTGAATAGCTGCTCTATTTATTTCCGCTTGTTCAAGTTAAATATTTCCGCGCATCGATTAAAGATGATGCGTCGTTTTCTGCGATGGGAATAGTCAA > 6:238001/1‑147 AGCAAAGCTACAATTAACATAACCTTAATAGACCCAACATAAAGAATAATCTGAATAGCTGCTCTATTTATTTCCGCTTGTTCAAGTTAAATATTTCCGCGCATCGATTAAAGATGATGCGTCGTTTTCTGCGATGGGAATAGTCAA > 2:231006/1‑147 AGCAAAGCTACAATTAACATAACCTTAATAGACCCAACATAAAGAATAATCTGAATAGCTGCTCTATTTATTTCCGCTTGTTCAAGTTAAATATTTCCGCGCATCGATTAAAGATGATGCGTCGTTTTCTGCGATGGGAATAGTCAA > 7:64857/1‑147 AGCAAAGCTACAATTAACATAACCTTAATAGACCCAACATAAAGAATAATCTGAATAGCTGCTCTATTTATTTCCGCTTGTTCAAGTTAAATATTTCCGCGCATCGATTAAAGATGATGCGTCGTTTTCTGCGATGGGAATAGTCAA > 2:217345/1‑147 AGCAAAGCTACAATTAACATAACCTTAATAGACCCAACATAAAGAATAATCTGAATAGCTGCTCTATTTATTTCCGCTTGTTCAAGTTAAATATTTCCGCGCATCG < 2:80840/106‑1 AGCAAAGCTACAATTAACATAACCTTAATAGACCCAACATAAAGAATAATCTGAATAGCTGCTCTATTTATTTCCGCTTGTTCAAGTTAAATATTTCCGCGCATCG > 1:80840/1‑106 CAAAGCTACAATTAACATAACCTTAATAGACCCAACATAAAGAATAATCTGAATAGCTGCTGTATTTATTTACGCTTGTTCAAGTTTAATATTTCCTCGCATCTATTAAAGATGATGCGTCGTTTTCTGCGATGGGAATAGTCAAAA > 6:170336/1‑147 CAAAGCTACAATTAACATAACCTTAATAGACCCAACATAAAGAATAATCTGAATAGCTGCTCTATTTATTTCCGCTTGTTCAAGTTAAATATTTCCGCGCATCGATTAAAGATGATGCGTCGTTTTCTGCGATGGGAATAGTCAAAA > 4:66210/1‑147 CAAAGCTACAATTAACATAACCTTAATAGACCCAACATAAAGAATAATCTGAATAGCTGCTCTATTTATTTCCGCTTGTTCAAGTTAAATATTTCCGCGCATCGATTAAAGATGATGCGTCGT < 5:228267/123‑1 CAAAGCTACAATTAACATAACCTTAATAGACCCAACATAAAGAATAATCTGAATAGCTGCTCTATTTATTTCCGCTTGTTCAAGTTAAATATTTCCGCGCATCGATTAAAGATGATGCGTCGT > 6:228267/1‑123 TTTTTCTTTTTTGACTATTCCCATCGCAGAAAACGACGCATCATCTTTAATCGATGCGCGGAAATATTTAACTTGAACAAGCGGAAATAAATAGAGCAGCTATTCAGATTATTCTTTATGTTGGGTCTATTAAGGTTATGTTAATTGTAGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/656359‑656509‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tagcAAAGCTACAATTAACATAACCTTAATAGACCCAACATAAAGAATAATCTGAATAGCTGCTCTATTTATTTCCGCTTGTTCAAGTTAAATATTTCCGCGCATCGATTAAAGATGATGCGTCGTTTTCTGCGATGGGAATAGTCAAAA < NC_000913/656512‑656367 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |