| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 656509 | 249 (2.950) | 4 (0.050) | 4/242 | NT | 1.6% | intergenic (‑541/‑48) | dcuC/pagP | anaerobic C4‑dicarboxylate transport/phospholipid:lipid A palmitoyltransferase |
| ? | NC_000913 | = 656512 | 242 (2.960) | intergenic (‑544/‑45) | dcuC/pagP | anaerobic C4‑dicarboxylate transport/phospholipid:lipid A palmitoyltransferase | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 268 total aligned reads displayed.
TTTTGACTATTCCCATCGCAGAAAACGACGCATCATCTTTAATCGATGCGCGGAAATATTTAACTTGAACAAGCGGAAATAAATAGAGCAGCTATTCAGATTATTCTTTATGTTGGGTCTATTAAGGTTATGTTAATTGTAGCTTTGCTATGCTAGTAGTAGATTTTTGATAAATGTTTTATGGTCACAAATGAACGTGAGTAAATATGTCGCTATCTTTTCCTTTGTTTTTATTCAGTTAATCAGCGTTGGTAAAGTTTTTGCTAACGCAGATGAGTGGATGACAACGTTT > NC_000913/656367‑656658 | ttttGACTATTCCCATCGCAGAAAACGACGCATCATCTTTAATAGATGCGAGGAAATATTAAACTTGAACAAGCGTAAATAAATACAGCAGCTATTCAGATTATTCTTTATGTTGGGTCTATTAAGGTTATGTTAATTGTAGCTTTg > 6:170336‑M2/1‑146 (MQ=255) ttGACTATTCCCATCGCAGAAAACGACGCATCATCTTTAATCGATGCGCGGAAATATTTAACTTGAACAAGCGGAAATAAATAGAGCAGCTATTCAGATTATTCTTTATGTTGGGTCTATTAAGGTTATGTTAATTGTAGCTTTgct > 2:231006‑M2/1‑144 (MQ=255) ttGACTATTCCCATCGCAGAAAACGACGCATCATCTTTAATCGATGCGCGGAAATATTTAACTTGAACAAGCGGAAATAAATAGAGCAGCTATTCAGATTATTCTTTATGTTGGGTCTATTAAGGTTATGTTAATTGTAGCTTTgct > 7:64857‑M2/1‑144 (MQ=255) tGACTATTCCCATCGCAGAAAACGACGCATCATCTTTAATCGATGCGCGGAAATATTTAACTTGAACAAGCGGAAATAAATAGAGCAGCTATTCAGATTATTCTTTATGTTGGGTCTATTAAGGTTATGTTAATTGTAGCTTtgctat > 4:203117/1‑148 (MQ=255) cTATTCCCATCGCAGAAAACGACGCATCATCTTTAATCGATGCGCGGAAATATTTAACTTGAACAAGCGGAAATAAATAGAGCAGCTATTCAGATTATTCTTTATGTTGGGTCTATTAAGGTTATGTTAATTGTAGCTTtgctatgct < 1:376484/148‑1 (MQ=255) tATTCCCATCGCAGAAAACGACGCATCATCTTTAATCGATGCGCGGAAATATTTAACTTGAACAAGCGGAAATAAATAGAGCAGCTATTCAGATTATTCTTTATGTTGGGTCTATTAAGGTTATGTTAATTGTAGCTTtgctatgc > 5:193129/1‑146 (MQ=255) aTTCCCATCGCAGAAAACGCCGCATCATCTTTAATCGATGCGCGGAAATAATTAACTTGAACAAGCGGAAATAAATAGAGCAGCTATTCAGATTATTCTTTATGTTGTGTCTATTAAGGTTATGTTAATTGTAGCTTTGCTATGCtag > 7:316257/1‑148 (MQ=255) cATCGCAGAAAACGACGCATCATCTTTAATCGATGCGCGGAAATATTTAACTTGAACAAGCGGAAATAAATAGAGCAGCTATTCAGATTATTCTTTATGTTGGGTCTATTAAGGTTATGTTAATTGTAGCTTTGCTATGCtagtag > 1:262663/1‑146 (MQ=255) cATCGCAGAAAACGACGCATCATCTTTAATCGATGCGCGGAAATATTTAACTTGAACAAGCGGAAATAAATAGAGCAGCTATTCAGATTATTCTTTATGTTGGGTCTATTAAGGTTATGTTAATTGTAGCTTTCCTATGAtagtag > 6:194616/1‑146 (MQ=255) aTCGCAGAAAACGACGCATCATCTTTAATCGATGCGCGGAAATATTTAACTTGAACACGCGGAAATAAATAGAGCAGCTATTCAGATTATTCTTTAGGTTGGGTCTATTAAGGTTATGTTAATTGTAGCTTTGATATGCtagtag > 1:308732/1‑145 (MQ=255) cGCAGAAAACGACGCATCATCTTTAATCGATGCGCGGAAATATTTAACTTGAACAAGCGGAAATAAATAGAGCAGCTATTCAGATTATTCTTTATGTTGGGTCTATTAAGGTTATGTTAATTGTAGCTTtgctatgct < 6:312940/138‑1 (MQ=255) cGCAGAAAACGACGCATCATCTTTAATCGATGCGCGGAAATATTTAACTTGAACAAGCGGAAATAAATAGAGCAGCTATTCAGATTATTCTTTATGTTGGGTCTATTAAGGTTATGTTAATTGTAGCTTTGCTATGCTAGTAGTAGAt > 6:115330/1‑148 (MQ=255) acgacgCATCATCTTTAATCGATGCGCGGAAATATTTAACTTGAACAAGCGGAAATAAATAGAGCAGCTATTCAGATTATTCTTTATGTTGGGTCTATTAAGGTTATGTTAATTGTAGCTTTg < 5:228267‑M2/123‑2 (MQ=255) acgacgCATCATCTTTAATCGATGCGCGGAAATATTTAACTTGAACAAGCGGAAATAAATAGAGCAGCTATTCAGATTATTCTTTATGTTGGGTCTATTAAGGTTATGTTAATTGTAGCTTTGCTATGCTAGTAGTAGATTTTTGAt > 5:382656/1‑147 (MQ=255) acgCATCATCTTTAATCGATGCGCGGAAATATTTAACTTGAACAAGCGGAAATAAATAGAGCAGCTATTCAGATTATTCTTTATGTTGGGTCTATTAAGGTTATGTTAATTGTAGCTTTGCTATGCTAGTAGTAGATTTTTGATAAAt < 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taatatttAATAGATGCGCTGAAATATTTAACTTGAACAAGCGTAAATAAATAGAGCAGCTATTCAGATTATTCTTTATGTTGGGTCTATTAAGGTTATGTTAATTGTAGCTTTGCTATGCTAGTAGTAGATTTTTGATAAATGtttt < 2:216495/143‑1 (MQ=255) catcTTTAATCGATGCGCGGAAATATTTAACTTGAACAAGCGGAAATAAATAGAGCAGCTATTCAGATTATTCTTTATGTTGGGTCTATTAAGGTTATGTTAATTGTAGCTTTGCTATGCTAGTAGTAGATTTTTGa > 7:257951/1‑137 (MQ=255) catcTTTAATCGATGCGCGGAAATATTTAACTTGAACAAGCGGAAATAAATAGAGCAGCTATTCAGATTATTCTTTATGTTGGGTCTATTAAGGTTATGTTAATTGTAGCTTTGCTATGCTAGTAGTAGATTTTTGATAAATGTTTTa > 2:138857/1‑148 (MQ=255) catcTTTAATCGATGCGCGGAAATATTTAACTTGAACAAGCGGAAATAAATAGAGCAGCTATTCAGATTATTCTTTATGTTGGGTCTATTAAGGTTATGTTAATTGTACCTTTGCTATGCTAGTAGTAGATTTTTTATAAATGTTTTa > 2:318672/1‑148 (MQ=255) ttAATCGATGCGCGGAAATATTTAACTTGAACAAGCGGAAATAAATAGAGCAGCTATTCAGATTATTCTTTATGTTGGGTCTATTAAGGTTATGTTAATTGTAGCTTTGCTATGCTAGTAGTAGATTTTTGATAAATGTTTTATGGt > 2:401579/1‑147 (MQ=255) tAATCGATGCGCGGAAATATTTAACTTGAACAAGCGGAAATAAATAGAGCAGCTATTCAGATTATTCTTTATGTTGGGTCTATTAAGGTTATGTTAATTGTAGCTTTGCTATGCTAGTAGTAGATTTTTGATAAATGTTTTATGGTc > 5:129402/1‑147 (MQ=255) cGATGCGCGGAAATATTTAACTTGAACAAGCGGAAATAAATAGAGCAGCTATTCAGATTATTCTTTATGTTGGGTCTATTAAGGTTATGTTAATTGTAGCTTTgct < 2:80840‑M2/106‑4 (MQ=255) cGATGCGCGGAAATATTTAACTTGAACAAGCGGAAATAAATAGAGCAGCTATTCAGATTATTCTTTATGTTGGGTCTATTAAGGTTATGTTAATTGTAGCTTTgct > 1:80840‑M2/1‑103 (MQ=255) cGATGCGCGGAAATATTTAACTTGAACAAGCGGAAATAAATAGAGCAGCTATTCAGATTATTCTTTATGTTGGGTCTATTAAGGTTATGTTAATTGTAGCTTTGCTATGCTAGTAGTAGATTTTTGATAAATg > 6:248918/1‑133 (MQ=255) gATGCGCGGAAATATTTAACTTGAACAAGCGGAAATAAATAGAGCAGCTATTCAGATTATTCTTTATGTTGGGTCTATTAAGGTTATGTTAATTGTAGCTTTGCTATGCTAGTAGTAGATTTTTGATAAATGTTTTATGGTCACAAAt < 7:97779/148‑1 (MQ=255) tGCGCGGAAATATTTAACTTGAACAAGCGGAAATAAATAGAGCAGCTATTCAGATTATTCTTTATGTTGGGTCTATTAAGGTTATGTTAATTGTAGCTTTGCTATGCTAGTAGTAGATTTTTGATAAATGTTTTATGGTCACAAATg > 4:97898/1‑147 (MQ=255) 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tttAACTTGAACAAGCGGAAATAAATAGAGCAGCTATTCAGATTATTCTTTATGTTGGGTCTATTAAGGTTATGTTAATTGTAGCTTTGCTATGCTAGTAGTAGATTTTTGATAAATGTTTTATGGTCACAAATGAACGTGAGTAAat < 7:16754/148‑1 (MQ=255) tttAACTTGAACAAGCGGAAATAAATAGAGCAGCTATTCAGATTATTCTTTATGTTGGGTCTATTAAGGTTATGTTAATTGTAGCTTTGCTATGCTAGTAGTAGATTTTTGATAAATGTTTTATGGTCACAAATGAACGTGAGTAAat < 8:255839/148‑1 (MQ=255) tttAACTTGAACAAGCGGAAATAAATAGAGCAGCTATTCAGATTATTCTTTATGTTGGGTCTATTAAGGTTATGTTAATTGTAGCTTTGCTATGCTAGTAGTAGATTTTTGATAAATGTTTTATGGTCACAAATGAACGTGAGTAAat < 1:351184/148‑1 (MQ=255) ttAACTTGAACAAGCGGAAATAAATAGAGCAGCTATTCAGATTATTCTTTATGTTGGGTCTATTAAGGTTATGTTAATTGTAGCTTTGCTATGCTAGTAGTAGATTTTTGATAAATGTTTTATGGTCACAAATGAACGTGAGTAAata > 7:123730/1‑148 (MQ=255) aCTTGAACAAGCGGAAATAAATAGAGCAGCTATTCAGATTATTCTTTATGTTGGGTCTATTAAGGGTATGGTAATTGTAGCTTTGCTATGCTAGTAGTAGATTTTTGATAAATGTTTTATGGTCACAAATGAACGTGAGTAAATATg < 4:41427/147‑1 (MQ=255) 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1:318672/145‑1 (MQ=255) atgTTATGTTAATTGTAGCTTTGCTATGCTAGTAGTAGATTTTTGATAAATGTTTTATGGTCACAAATGAACGTGAGTAAATATGTCGCTATCTTTTCCTTTGTTTTTATTCAGTTAATCAGCGTTGGTAAAGTTTTTGCTAACGCAg < 3:30247/146‑1 (MQ=255) aGGTTATGTTAATTGTAGCTTTGCTATGCTAGTAGTAGATTTTTGATAAATGTTTTATGGTCACAAATGAACGTGAGTAAATATGTCGCTATCTTTTCCTTTGTTTTTATTCAGTTAATCAGCGTTGGTAAAGTTTTTGCTAACGCAg < 8:228426/148‑1 (MQ=255) aGGTTATGTTAATTGTAGCTTTGCTATGCTAGTAGTAGATTTTTGATAAATGTTTTATGGTCACAAATGAACGTGAGTAAATATGTCGCTATCTTTTCCTTTGTTTTTATTCAGTTAATCAGCGTTGGTAAAGTTTTTGCTAACGCAg < 4:252815/148‑1 (MQ=255) aGGTTATGTTAATTGTAGCTTTGCTATGCTAGTAGTAGATTTTTGATAAATGTTTTATGGTCACAAATGAACGTGAGTAAATATGTCGCTATCTTTTCCTTTGTTTTTATTCAGTTAATCAGCGTTGGTAAAGTTTTTGCTAACGCAg < 5:247581/148‑1 (MQ=255) gTTATGTTAATTGTAGCTTTGCTATGCTAGTAGTAGATTTTTGATAAATGTTTTATGGTCACAAATGAACGTGAGTAAATATGTCGCTATCTTTTCCTTTGTTTTTATTCAg > 5:346547/1‑112 (MQ=255) tATGTTAATGGTAGCTTTGCTATGCTAGTAGTAGATTTTTGATAAATGTTTTATGGTCACAAATGAACGTGAGTAAATATGTCGCTATCTTTTCCttt > 8:182054/1‑98 (MQ=255) aTGTTAATTGTAGCTTTGCTATGCTAGTAGTAGATTTTTGATAAATGTTTTATGGTCACAAATGAACGTGAGTAAATATGTCGCTATCTTTTCCTTTGTTTTTATTCAGTTAATCAGCGTTGGTAAAGTTTTTGCTAACGCAGATGa < 4:59988/147‑1 (MQ=255) tGTTAATTGTAGCTTTGCTATGCTAGTAGTAGATTTTTGATAAATGTTTTATGGTCACAAATGAACGTGAGTAAATATGTCGCTATCTTTTCCTTTGTTTTTATTCAGTTAATCAGCGTTGGTAAAGTTTTTGCTAACGCAGATGAg < 6:342495/147‑1 (MQ=255) ttAATTGTAGCTTTGCTATGCTAGTAGTAGATTTTTGATAAATGTTTTATGGTCACAAATGAACGTGAGTAAATATGTCGCTATCTTTTCCTTTGTTTTTATTCAGTTAATCATCGTTGGTAAAGTTTTTGCTAACGCAGATGAGTgg < 6:91310/148‑1 (MQ=255) ttAATTGTAGCTTTGCTATGCTAGTAGTAGATTTTTGATAAATGTTTTAGGGTCACAAATGAACGTGAGTAAATATGTCGCTATCTTTTCCTTTGTTTTTATTCAGTTAATCAGCGTTGGTAAAGTTTTTGCTAACGCAGATGAGTgg < 8:316257/148‑1 (MQ=255) tAATTGTAGCTTTGCTATGCTAGTAGTAGATTTTTGATAAATGTTTTATGGTCACAAATGAACGTGAGTAAATATGTCGCTATCTTTTCCTTTGTTTTTATTCAGTTAATCAGCGTTGGTAAAGTTTTTGCTAACGCAGATg > 8:277512/1‑142 (MQ=255) tAATTGTAGCTTTGCTATGCTAGTAGTAGATTTTTGATAAATGTTTTATGGTCACAAATGAACGTGAGTAAATATGTCGCTATCTTTTCCTTTGTTTTTATTCAGTTAATCAGCGTTGGTAAAGTTTTTGCTAACGCAGATGAGTgg < 7:245845/147‑1 (MQ=255) aTTGTAGCTTTGCTATGCTAGTAGTATATTTTTGATAAATGTTTTATGGTCACAAATGAACGTGAGTAAATATGTCGCTATCTTTTCCTTTGTTTTTATTCAGTTAATCAGCGTTGGTAAAGTTTTTGCTAACGCAGATGAGTGGAt < 3:230831/147‑1 (MQ=255) aTTGTAGCTTTGCTATGCTAGTAGTAGATTTTTGATAAATGTTTTATGGTCACAAATGAACGTGAGTAAATATGTCGCTATCTTTTCCTTTGTTTTTATTCAGTTAATCAGCGTTGGTAAAGTTTTTGCTAACGCAGa < 3:282240/138‑1 (MQ=255) aTTGTAGCTTTGCTATGCTAGTAGTAGATTTTTGATAAATGTTTTATGGTCACAAATGAACGTGAGTAAATATGTCGCTATCTTTTCCTTTGTTTTTATTCAGTTAATCAGCGTTGGTAAAGTTTTTGCTAACGCAGa > 4:282240/1‑138 (MQ=255) tGTAGCTTTGCTATGCTAGTAGTAGATTTTTGATAAATGTTTTATGGTCACAAATGAACGTGAGTAAATATGTCGCTATCTTTTCCttt > 1:107951/1‑89 (MQ=255) tGTAGCTTTGCTATGCTAGTAGTAGATTTTTGATAAATGTTTTATGGTCACAAATGAACGTGAGTAAATATGTCGCTATCTTTTCCTTTGTTTTTAt < 8:36357/97‑1 (MQ=255) tgctatgctaGTAGTAGATTTTTGATAAATGTTTTATGGTCACAAATGAACGTGAGTAAATATGTCGCTATCTTTTCCTTTGTTTTTATTCAGTTAATCAGCGTTGGTAAAGTTTTTGCTAACGCAGATGAGTGGATGACAACGttt < 1:231250/147‑1 (MQ=255) | TTTTGACTATTCCCATCGCAGAAAACGACGCATCATCTTTAATCGATGCGCGGAAATATTTAACTTGAACAAGCGGAAATAAATAGAGCAGCTATTCAGATTATTCTTTATGTTGGGTCTATTAAGGTTATGTTAATTGTAGCTTTGCTATGCTAGTAGTAGATTTTTGATAAATGTTTTATGGTCACAAATGAACGTGAGTAAATATGTCGCTATCTTTTCCTTTGTTTTTATTCAGTTAATCAGCGTTGGTAAAGTTTTTGCTAACGCAGATGAGTGGATGACAACGTTT > NC_000913/656367‑656658 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |