New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | AM260479 | 1864240 = | 21 (0.790) | 9 (0.520) | 4/136 | 1.4 | 45.4% | intergenic (+776/‑280) | h16_A1704/h16_A1706 | transcriptional regulator, LysR‑family/putative peptidase, S08A subfamily |
? | AM260479 | = 1864309 | 8 (0.460) | intergenic (+845/‑211) | h16_A1704/h16_A1706 | transcriptional regulator, LysR‑family/putative peptidase, S08A subfamily |
GCGCGACCGGTTCCCGTGAAATGCGGAAAATTTTCCATCAGATCAAGAACGAACGGACAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < AM260479/1864402‑1864240 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cagctctcagctctcagctctcagctctcagctctcAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCGAAGTCTAGGATGCGAAGTGGCAAACTTCATGCGGACTGCGTGCGAAATGACAC < AM260479/1864309‑1864186 GCGCGACCGGTTCCCGTGAAATGCGGAAAATTTTCCATCAGATCAAGAACGAACGGACAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCT < 2:1006945/134‑1 cCCGGTTCCCGTGAACTGCGGAAAATTTTCCATCACATCAAGAACGAACCCACACCTCTCAGCTCTCAGCTCTCATCTCTCTGCTCTCAGCTCTCTGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCT < 1:745181/133‑1 ATGCGGAAAATTTTCCATCAGATCAAGAACGAACGGACAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTC > 1:436942/1‑134 TCAGATCAAGAACGAACGGACAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAACTCTCAGCTCTCGGCTCTCAGCCCTCAGCTCT > 1:155478/1‑132 TCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCT < 2:37324/50‑1 CTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGC < 2:801540/92‑1 GCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTtgaa > 2:731408/1‑117 GCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCGAA < 1:731408/121‑1 CTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAG < 1:1086195/56‑1 TCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCT > 1:37324/1‑50 CTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCGCAGTCTAGGATGCGAAGTGGCAAAC > 1:294301/1‑134 CTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCACTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCGAAGCCTAGGACGCGAAGCGGCAAAC > 2:133766/1‑134 TCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAG < 2:116970/67‑1 CTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAG > 2:1086195/1‑56 CTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCGAA > 1:801540/1‑92 TCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAG > 1:116970/1‑67 AGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCGAAGTCTAGGATGCGAAGTGGCAAACTTCATGCGGACTGCGTGCGAAATGACAC < 1:133766/131‑1 GCGCGACCGGTTCCCGTGAAATGCGGAAAATTTTCCATCAGATCAAGAACGAACGGACAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < AM260479/1864402‑1864240 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cagctctcagctctcagctctcagctctcagctctcAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCAGCTCTCGAAGTCTAGGATGCGAAGTGGCAAACTTCATGCGGACTGCGTGCGAAATGACAC < AM260479/1864309‑1864186 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |