| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AM260479 | 3902705 = | 19 (0.710) | 6 (0.250) | 4/186 | 1.9 | 26.1% | coding (1246/1965 nt) | h16_A3629 | Hypothetical protein |
| ? | AM260479 | 3902743 = | 17 (0.710) | coding (1208/1965 nt) | h16_A3629 | Hypothetical protein | |||||
TATGCATCATCGCGGCACGGGCGGCCTCGGTCGGCTCGGCGCCGCCCATGGCCTTCAAGGCCGCGATCATGCGGCTGAAGGCCCAGGTCACGTCGGCCGGGTTACGCTCCAGCGGGTAGCGGTTGAGCACCTCGCCGGCCAGCTCGGCTACTTTCTGGTGCTGGCCGGCGTCGGCGTGGCAGTCGAGCAGGTCGATCCAGTGATCGATGAACTCGCTGGCGGCCATGCCCTGCTGGTGCAGCGCGATGCGCTCGTCCACGTG > AM260479/3902573‑3902834 | ttgccggctgctgtcgcgcagcctgccggccgacgccgcgcacgtggacgagcgcatcgcgctgcaccagcagggcatggccgccagcgagttcatcgatcactggatcgacctgctcgactgccgcgccgacg < 2:486788‑M1/2‑1 (MQ=255)ttgccggctgctgtcgcgcagcctgccggccgacgccgcgcacgtggacgagcgcatcgcgctgcaccagcagggcatggccgccagcgagttcatcgatcactggatcgacctgctcgactgccacgccgacg < 2:304304‑M1/2‑1 (MQ=255) gccggctgctgtcgcgcagcctgccggccgacgccgcgcacgtggacgagcgcatcgcgctgcaccagcagggcatggccgccagcgagttcatcgatcactggatcgacctgctcgactgccacgccgacgc > 1:306929‑M1/131‑133 (MQ=255) cggctgctgtcgcgcagcctgccggccgacgccgcgcacgtggacgagcgcatcgcgctgcaccagcagggcatggccgccagcgagttcatcgatcactggatcgacctgctcgactgccacgccgaCGCCgg > 1:304304‑M1/129‑134 (MQ=255) catcGCGGCACGGGCGGCCTCGGTCGGCTCGGCGCCGCCCATGGCCTTCAAGGCCGCGATCATGCGGCTGAAGGCCCAGGTCACGTCGGCCGGGTTACGCTCCAGCGGGTAGCGGTTGAGCACCTCGCCGGc > 2:866248/1‑132 (MQ=255) ctgtcgcgcagcctgccggccgacgccgcgcacgtggacgagcgcatcgcgctgcaccagcagggcatggccgccagcgagttcatcgatcactggatcgacctgctcgactgccacgccgaCGCCGGCCAGc > 1:1103679‑M1/123‑133 (MQ=255) gCACGGGCGGCCTCGGTCGGCTCGGCGCCGCCCATGGCCTTCAAGGCCGCGATCATGCGGCTGAAGGCCCAGGTCACGTCGGCCGGGTTACGCTCCAGCGGGTAGCGGTTGAGCACCTCGCCGGCCAGCTCGGc > 1:653718/1‑134 (MQ=255) ggctcggcGCCGCCCATGGCCTTCAAGGCCGCGATCATGCGGCTGAAGGCCCAGGTCACGTCGGCCGGGTTACGCTCCAGCGGGTAGCGGTTGAGCACCTCGCCGGCCAGCTCGGCTACTTTCTGGTGCTGGcc < 1:1011580/134‑1 (MQ=255) ccgccCATGGCCTTCAAGGCCGCGATCATGCGGCTGAAGGCCCAGGTCACGTCGGCCGGGTTACGCTCCAGCGGGTAGCGGTTGAGCACCTCGCCGGCCAGCTCGGCTACTTTCTGGTGCTGGCcggcgtcggc < 1:866248/134‑1 (MQ=255) tcgcgctgcaccagcagggcatggccgccagcgagttcatcgatcactggatcgacctgctcgactgccacgccgacgc < 2:822477‑M1/3‑1 (MQ=255) tcgcgctgcaccagcagggcatggccgccagcgagttcatcgatcactggatcgacctgctcgactgccacgccgacgc > 1:822477‑M1/77‑79 (MQ=255) aTCATGCGGCTGAAGGCCCAGGTCACGTCGGCCGGGTTACGCTCCAGCGGGTAGCGGTTGAGCACCTCGCCGGCCAGCTCGGCTACTTTCt < 1:127307/91‑1 (MQ=255) aTCATGCGGCTGAAGGCCCAGGTCACGTCGGCCGGGTTACGCTCCAGCGGGTAGCGGTTGAGCACCTCGCCGGCCAGCTCGGCTACTTTCt > 2:127307/1‑91 (MQ=255) cATGCGGCTGAAGGCCCAGGTCACGTCGGCCGGGTTACGCTCCAGCGGGTAGCGGTTGAGCACCTCGCCGGCCAGCTCGGCTACTTTCTGGTGCTGGCCGGCGTCGGCGTGGCAGTCGAGCAGGTCGATCCAGt > 1:411705/1‑134 (MQ=255) ggccgccagcgagttcatcgatcactggatcgacctgctcgactgccacgccgaCGCCGGCCAGCTCGGCTACTTTCTGGTGCTGGccggcga < 2:1140160‑M1/39‑2 (MQ=255) ggccgccagcgagttcatcgatcactggatcgacctgctcgactgccacgccgaCGCCGGCCAGCTCGGCTACTTTCTGGTGCTGGccggcga > 1:1140160‑M1/55‑92 (MQ=255) gccagcgagttcatcgatcactggatcgacctgctcgactgccacgccgaCGCCGGCCAGCTCGGCTACTTTCTGGTGCTggccggcgagg > 2:146256‑M1/51‑88 (MQ=255) gccagcgagttcatcgatcactggatcgacctgctcgactgccacgccgaCGCCGGCCAGCTCGGCTACTTTCTGGTGCTggccggcgagg < 1:146256‑M1/41‑4 (MQ=255) ccagcgagttcatcgatcactggatcgacctgctcgactgccacgccgaCGCCGGCCAGCTCGGCTACTTTCTGGTGCTGGCCGGCGTCGGCGTGGCAGTCGAGCAGGTCGATCCAGTGATCGATGAACTCGCt < 2:794374‑M1/85‑1 (MQ=255) gCCGGGTTACGCTCCAGCGGGTAGCGGTTGAGCACCTCGCCGGCCAGCTCGGCTACTTTCTGGTGCTGGCCGGCGTCGGCGTGGCAGTCGAGc > 1:402639/1‑93 (MQ=255) gCCGGGTTACGCTCCAGCGGGTAGCGGTTGAGCACCTCGCCGGCCAGCTCGGCTACTTTCTGGTGCTGGCCGGCGTCGGCGTGGCAGTCGAGc < 2:402639/93‑1 (MQ=255) aCGCTCCAGCGGGTAGCGGTTGAGCACCTCGCCGGCCAGCTCGGCTACTTTCTGGTGCTGGCCGGCGTCGGCGTGGCAGTCGAGCAGGTCGATCCAGTGATCGATGAACTCGCTGGCGGCCATGCCCTGCTgg < 2:653718/133‑1 (MQ=255) gggTAGCGGTTGAGCACCTCGCCGGCCAGCTCGGCTACTTTCTGGTGCTGGCCGGCGTCGGCGTGGCAGTCGAGCAGGTCGATCCAGTGATCGATGAACTCGCTGGCGGCCATGCCCTGCTGGTGCAGCGCGAt < 1:539869/134‑1 (MQ=255) ggTAGCGGTTGAGCACCTCGCCGGCCAGCTCGGCTACTTTCTGGTGCTGGCCGGCGTCGGCGTGGCAGTCGAGCAGGTCGATCCAGTGATCGATGAACTCGCTg < 2:284234/104‑1 (MQ=255) ggTAGCGGTTGAGCACCTCGCCGGCCAGCTCGGCTACTTTCTGGTGCTGGCCGGCGTCGGCGTGGCAGTCGAGCAGGTCGATCCAGTGATCGATGAACTCGCTg > 1:284234/1‑104 (MQ=255) ggTAGCGGTTGAGCACCTCGCCGGCCAGCTCGGCTACTTTCTGGTGCTGGCCGGCGTCGGCGTGGCAGTCGAGCAGGTCGATCCAGTGATCGATGAACTCGCTGGCGGCCATGCCCTGCTGGTGCAGCGCGATg > 1:406462/1‑134 (MQ=255) gctcgactgccacgccgaCGCCGGCCAGCTCGGCTACTTTCTGGTGCTGGCCGGCGTCGGCGTGGCAGTCGAGCAGGTCGATCCAGTGATCGATGAACTCGCTGGCGGCCATGCCCTGCTGGTGCAGCGCGATg < 1:147862‑M1/116‑1 (MQ=255) aGCACCTCGCCGGCCAGCTCGGCTACTTTCTGGTGCTGGCCGGCGTCGGCGTGGCAGTCGAGc < 1:283958/63‑1 (MQ=255) aGCACCTCGCCGGCCAGCTCGGCTACTTTCTGGTGCTGGCCGGCGTCGGCGTGGCAGTCGAGc > 2:283958/1‑63 (MQ=255) aCCTCGCCGGCCAGCTCGGCTACTTTCTGGTGCTGGCCGGCGTCGGCGTGGCAGTCGAGCAGGTCGATCCAGTGATCGATGAACTCGCTGGCGGcc < 1:489257/96‑1 (MQ=255) aCCTCGCCGGCCAGCTCGGCTACTTTCTGGTGCTGGCCGGCGTCGGCGTGGCAGTCGAGCAGGTCGATCCAGTGATCGATGAACTCGCTGGCGGcc > 2:489257/1‑96 (MQ=255) aCCTCGCCGGCCAGCTCGGCTACTTTCTGGTGCTGGCCGGCGTCGGCGTGGCAGTCGAGCAGGTCGATCCAGTGATCGATGAACTCGCTGGCGGCCATGCCCTGCTGGTGCAGCGCGATGCGCTCGTCCACGTg > 1:501674/1‑134 (MQ=255) | TATGCATCATCGCGGCACGGGCGGCCTCGGTCGGCTCGGCGCCGCCCATGGCCTTCAAGGCCGCGATCATGCGGCTGAAGGCCCAGGTCACGTCGGCCGGGTTACGCTCCAGCGGGTAGCGGTTGAGCACCTCGCCGGCCAGCTCGGCTACTTTCTGGTGCTGGCCGGCGTCGGCGTGGCAGTCGAGCAGGTCGATCCAGTGATCGATGAACTCGCTGGCGGCCATGCCCTGCTGGTGCAGCGCGATGCGCTCGTCCACGTG > AM260479/3902573‑3902834 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |