| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AM260479 | = 3384911 | 31 (1.160) | 4 (0.160) | 4/200 | 2.0 | 12.5% | coding (409/1086 nt) | trmU | tRNA (5‑methylaminomethyl‑2‑thiouridylate)‑methyltransferase |
| ? | AM260479 | = 3384940 | 27 (1.080) | coding (380/1086 nt) | trmU | tRNA (5‑methylaminomethyl‑2‑thiouridylate)‑methyltransferase | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CGCGACAGCTGCGCCTGGTTCAGCCGGTGCAGGAAGTAGCTCTGGTCCTTGGTATGGTCGAGCGCCTTGAGCAGCTCGAACCGGCCGGCCGCGTTCTGCCGCACACGCGCATAGTGGCCGGTGGCGATGGTTTCCGCGCCCAGCGACATGGCATGGTCGAGGAAGGCCTTGAACTTGATCTCGGCATTGCACAGCACGTCGGGGTTGGGCGTGCGCCCGGCGGAGTATTCGCGCAGGAAGTCGGCAA > AM260479/3384826‑3385072 | cgcgACAGCTGCGCCTGGTTCAGCCGGTGCAGGAAGTAGCTCTGGTCCTTGGTATGGTCGAGCGCCTTGAGCAGCTCGAACCGGCCGGCCGCGTTCTGCCGCACACGCGCATAGTGGCCGGTGGCGATGGTTTc > 2:488024/1‑134 (MQ=255) gcgACAGCTGCGCCTGGTTCAGCCGGTGCAGGAAGTAGCTCTGGTCCTTGGTATGGTCGAGCGCCTTGAGCAGCTCGAACCGGCCGGCCGCGTTCTGCCGCACACGCGCATAGTGGCCGGTGGCGATGGTTTcc > 2:883220/1‑134 (MQ=255) cTGCGCCTGGTTCAGCCGGTGCAGGAAGTAGCTCTGGTCCTTGGTATGGTCGAGCGCCTTGAGCAGCTCGAACCGGCCGGCCGCGTTCTGCCGCACACGCGCATAGTGGCCGGTGGCGATGGTTTCCGCGCCCa < 2:522432/134‑1 (MQ=255) gcgcCTGGTTCAGCCGGTGCAGGAAGTAGCTCTGGTCCTTGGTATGGTCGAGCGCCTTGAGCAGCTCGAACCGGCCGGCCGCGTTCTGCCGCACACGCGCATAGTGGCCGGTGGCGATGGTTTCCGCGCCCAGc > 2:939648/1‑134 (MQ=255) gcCTGGTTCAGCCGGTGCAGGAAGTAGCTCTGGTCCTTGGTATGGTCGAGCGCCTTGAGCAGCTCGAACCGGCCGGCCGCGTTCTGCCGCACACGCGCATAGTGGCCGGTGGCGATGGTTTCCGCGCCCAGCGa > 1:308790/1‑134 (MQ=255) gTTCAGCCGGTGCAGGAAGTAGCTCTGGTCCTTGGTATGGTCGAGCGCCTTGAGCAGCTCGAACCGGCCGGCCGCGTTCTGCCGCACACGCGCATAGTGGCCGGTGGCGATGGTTTCCGCGCCCAGCGAcat < 2:599162/132‑1 (MQ=255) ggTGCAGGAAGTAGCTCTGGTCCTTGGTATGGTCGAGCGCCTTGAGCAGCTCGAACCGGCCGGCCGCGTTCTGCCGCACACGCGCATAGTGGCCGGTGGCGATGGTTTCCGCGCCCAGCGACATGGCATGGTc > 2:480523/1‑133 (MQ=255) ggTGCAGGAAGTAGCTCTGGTCCTTGGTATGGTCGAGCGCCTTGAGCAGCTCGAACCGGCCGGCCGCGTTCTGCCGCACACGCGCATAGTGGCCGGTGGCGATGGTTTCCGCGCCCAGCGACATGGCATGGTCg < 2:75569/134‑1 (MQ=255) ggTGCAGGAAGTAGCTCTGGTCCTTGGTATGGTCGAGCGCCTTGAGCAGCTCGAACCGGCCGGCCGCGTTCTGCCGCACACGCGCATAGTGGCCGGTGGCGATGGTTTCCGCGCCCAGCGACATGGCATGGTCg < 1:572824/134‑1 (MQ=255) ggTGCAGGAAGTAGCTCTGGTCCTTGGTATGGTCGAGCGCCTTGAGCAGCTCGAACCGGCCGGCCGCGTTCTGCCGCACACGCGCATAGTGGCCGGTGGCGATGGTTTCCGCGCCCAGCGACATGGCATGGTCg < 2:1002771/134‑1 (MQ=255) ggAAGTAGCTCTGGTCCTTGGTATGGTCGAGCGCCTTGAGCAGCTCGAACCGGCCGGCCGCGTTCTGCCGCACACGCGCATAGTGGCCGGTGGCGATGGTTTCCGCGCCCAGCGACATGGCATGGTCGAGGaa > 1:155914/1‑133 (MQ=255) ggAAGTAGCTCTGGTCCTTGGTATGGTCGAGCGCCTTGAGCAGCTCGAACCGGCCGGCCGCGTTCTGCCGCACACGCGCATAGTGGCCGGTGGCGATGGTTTCCGCGCCCAGCGACATGGCATGGTCGAGGaa < 2:155914/133‑1 (MQ=255) ggAAGTAGCTCTGGTCCTTGGTATGGTCGAGCGCCTTGAGCAGCTCGAACCGGCCGGCCGCGTTCTGCCGCACACGCGCATAGTGGCCGGTGGCGATGGTTTCCGCGCCCAGCGACATGGCATGGTCGAGGAAg > 1:1018662/1‑134 (MQ=255) ctGGTCCTTGGTATGGTCGAGCGCCTTGAGCAGCTCGAACCGGCCGGCCGCGTTCTGCCGCACACGCGCATAGTGGCCGGTGGCGATGGTTTCCGCGCCCAGCGAcat > 2:269092/1‑108 (MQ=255) ctGGTCCTTGGTATGGTCGAGCGCCTTGAGCAGCTCGAACCGGCCGGCCGCGTTCTGCCGCACACGCGCATAGTGGCCGGTGGCGATGGTTTCCGCGCCCAGCGAcat < 1:269092/108‑1 (MQ=255) gTCCTTGGTATGGTCGAGCGCCTTGAGCAGCTCGAACCGGCCGGCCGCGTTCTGCCGCACACGCGCATAGTGGCCGGTGGCGATGGTTTCCGCGCCCAGCGACATGGCATGGTCGAGGAAGGCCTTGAACTTg < 1:488024/133‑1 (MQ=255) ttGGTATGGTCGAGCGCCTTGAGCAGCTCGAACCGGCCGGCCGCGTTCTGCCGCACACGCGCATAGTGGCCGGTGGCGATGGTTTCCGCGCCCAGCGACATGGCATGGTCGAGGAAGGCCTTGAACTTGAtctc > 2:732285/1‑134 (MQ=255) ggTATGGTCGAGCGCCTTGAGCAGCTCGAACCGGCCGGCCGCGTTCTGCCGCACACGCGCATAGTGGCCGGTGGCGATGGTTTCCGCGCCCAGCGACATGGCATGGTCGAGGAAGGCCTTGAACTTGAtctc < 2:848385/132‑1 (MQ=255) gAGCGCCTTGAGCAGCTCGAACCGGCCGGCCGCGTTCTGCCGCACACGCGCATAGTGGCCGGTGGCGATGGTTTCCGCGCCCa > 2:395112/1‑83 (MQ=255) gAGCGCCTTGAGCAGCTCGAACCGGCCGGCCGCGTTCTGCCGCACACGCGCATAGTGGCCGGTGGCGATGGTTTCCGCGCCCa < 1:395112/83‑1 (MQ=255) ttGAGCAGCTCGAACCGGCCGGCCGCGTTCTGCCGCACACGCGCATAGTGGCCGGTGGCGATGGTTTCcg < 2:391855/70‑1 (MQ=255) ttGAGCAGCTCGAACCGGCCGGCCGCGTTCTGCCGCACACGCGCATAGTGGCCGGTGGCGATGGTTTCcg > 1:391855/1‑70 (MQ=255) ttGAGCAGCTCGAACCGGCCGGCCGCGTTCTGCCGCACACGCGCATAGTGGCCGGTGGCGATGGTTTCCGCGCCCAGCGACATGGCATGGTCGAGGAAGGCCTTGAACTTGATCTCGGCATTGCACAGCACGTc > 2:552710/1‑134 (MQ=255) ggccggccGCGTTCTGCCGCACACGCGCATAGTGGCCGGTGGCGATGGTTTCCGCGCCCAGCGACATGGCATGGTCGAGGAAGGCCTTGAACTTGATCTCGGCATTGCACAGCACGTCGGGGTTGGGCGTgcgc < 2:308790/134‑1 (MQ=255) ggccgCGTTCTGCCGCACACGCGCATAGTggccggttcgagctgctcaaggcgctcgaccatacc > 1:484925‑M2/1‑29 (MQ=255) ggccgCGTTCTGCCGCACACGCGCATAGTggccggttcgagctgctcaaggcgctcgaccatacc < 2:484925‑M2/65‑37 (MQ=255) ccgCGTTCTGCCGCACACGCGCATAGTggccggttcgagctgctcaaggcgctcgaccataccaa < 2:728760‑M2/65‑39 (MQ=255) ccgCGTTCTGCCGCACACGCGCATAGTggccggttcgagctgctcaaggcgctcgaccataccaa > 1:728760‑M2/1‑27 (MQ=255) cacGCGCATAGTGGCCGGTGGCGATGGTTTCCGCGCCCAGCGACATGGCATGGTCGAGGAAGGCCTTGAACTTGATCTCGGCATTGCACAGCACGTCGGGGTTGGGCGTGCGCCCGGCGGAGTATTCGCGCAgg < 1:883220/134‑1 (MQ=255) gcATAGTGGCCGGTGGCGATGGTTTCCGCGCCCAGCGACATGGCATGGTCGAGGAAGGCCTTGAACTTGATCTCGGCATTGCACAGCACGTCGGGGTTGGGCGTGCGCCCGGCGGAGTATTCGCGCAGGAAGTc < 2:812488/134‑1 (MQ=255) gTGGCCGGTGGCGATGGTTTCCGCGCCCAGCGACATGGCATGGTCGAGGAAGGCCTTGAACTTGATCTCGGCATTGCACAGCACGTCGGGGTTGGGCGTGCGCCCGGCGGAGTATTCGCGCAGGAAGTCGGCaa < 2:1018662/134‑1 (MQ=255) | CGCGACAGCTGCGCCTGGTTCAGCCGGTGCAGGAAGTAGCTCTGGTCCTTGGTATGGTCGAGCGCCTTGAGCAGCTCGAACCGGCCGGCCGCGTTCTGCCGCACACGCGCATAGTGGCCGGTGGCGATGGTTTCCGCGCCCAGCGACATGGCATGGTCGAGGAAGGCCTTGAACTTGATCTCGGCATTGCACAGCACGTCGGGGTTGGGCGTGCGCCCGGCGGAGTATTCGCGCAGGAAGTCGGCAA > AM260479/3384826‑3385072 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |