New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | AM260479 | 332818 = | 28 (1.110) | 6 (0.250) | 5/190 | 1.6 | 20.7% | coding (1126/1710 nt) | nagE | Protein‑N(pi)‑phosphohistidine‑sugar phosphotransferase II ABC, N‑acetylglucosamine‑specific |
? | AM260479 | 332850 = | 20 (0.850) | coding (1158/1710 nt) | nagE | Protein‑N(pi)‑phosphohistidine‑sugar phosphotransferase II ABC, N‑acetylglucosamine‑specific |
GCTGTCCAGCCGCGGCTGGCTGGCGATTCCGCTGGGGCTGGCCTATGCGCTGGTCTATTACGGGCTGTTCCGCTTCTTTATCCGCCGCTTCAACCTGCTGACGCCGGGCCGCGATGAAGTGGTGCCCGTGGCGGCCGCCGGCGGTGCCGCGCAGCCGGCCGCGGGCAGCGTGGCGCAACAGTATGTCGAAGCGCTGGGCGGCCCTGCCAACCTGGTCGTGGTCGATGCCTGCACCACGCGTCTGCGGCTGAACGTGGCCGAC > AM260479/332688‑332949 | cttgagccgcggctcggacaccgcgccgatgtcggccacgttcagccgcagacgcgtggtgcaggcatcgaccacgaccaggttggcagggccgcccagcgcttcgacatactgttgcgccacgctgcccGCgg < 2:676213‑M1/4‑1 (MQ=255) ttgagccgcggctcggacaccgcgccgatgtcggccacgttcagccgcagacgcgtggtgcaggcatcgaccacgaccaggttggcagggccgcccagcgcttcgacatactgttgcgccacgctgcccGCGgc < 2:511931‑M1/5‑1 (MQ=255) cTGTCCAGCCGCGGCTGGCTGGCGATTCCGCTGGGGCTGGCCTATGCGCTGGTCTATTACGGGCTGTTCCGCTTCTTTATCCGCCGCTTCAACCTGCTGACGCCGGGCCGCGATGAAGTGGTGCCCGTggcggc > 2:64924/1‑134 (MQ=255) gCCGCGGCTGGCTGGCGATTCCGCTGGGGCTGGCCTATGCGCTGGTCTATTACGGGCTGTTCCGCTTCTTTATCCGCCGCTTCAACCTGCTGACGCCGGGCCGCGATGAAGTGGTGCCCGTGGCGgcccggcgt > 1:71227/1‑128 (MQ=255) gctggcGATTCCGCTGGGGCTGGCCTATGCGCTGGTCTATTACGGGCTGTTCCGCTTCTTTATCCGCCGCTTCAACCTGCTGACGCCGGGCCGCGATGAAGTGGTGCCCGTGGCGGCCGCCGGCGGTGCcgcg > 1:271015/1‑133 (MQ=255) gcGATTCCGCTGGGGCTGGCCTATGCGCTGGTCTATTACGGGCTGTTCCGCTTCTTTATCCGCCGCTTCAACCTGCTGACGCCGGGCCGCGATGAAGTGGTGCCCGTGGCGGCCGCCGGCGGTGCCGCGCAgcc < 2:271015/134‑1 (MQ=255) gCTGGGGCTGGCCTATGCGCTGGTCTATTACGGGCTGTTCCGCTTCTTTATCCGCCGCTTCAACCTGCTGACGCCGGGCCGCGATGAAGTGGTGCCCGTGGCGGCCGCCGGCGGTGCCGCGCAGCCGGCCGCgg < 2:722220/134‑1 (MQ=255) tATGCGCTGGTCTATTACGGGCTGTTCCGCTTCTTTATCCGCCGCTTCAACCTGCTGACGCCGGGCCGCGATGAAGTGGTGCCCGTGGCGGCCGCCGGCGGTGCCGCGCAGCCGGCCGCGGGCAGCGTGgcgc > 1:353352/1‑133 (MQ=255) gcTGGTCTATTACGGGCTGTTCCGCTTCTTTATCCGCCGCTTCAACCTGCTGACGCCGGGCCGCGATGAAGTGGTGCCCGTGGCGGCCGCCGGCGGTGCCGCGCAGCCGGCCGCGGGCAGCGTGGCGCAACAg > 1:511931/1‑133 (MQ=255) cTGGTCTATTACGGGCTGTTCCGCTTCTTTATCCGCCGCTTCAACCTGCTGACGCCGGGCCGCGATGAAGTGGTGCCCGTGGCGGCCGCCGGCGGTGCCGCGCAGCCGGCCGCGGGCAGCGTGgc < 2:622253/125‑1 (MQ=255) cTGGTCTATTACGGGCTGTTCCGCTTCTTTATCCGCCGCTTCAACCTGCTGACGCCGGGCCGCGATGAAGTGGTGCCCGTGGCGGCCGCCGGCGGTGCCGCGCAGCCGGCCGCGGGCAGCGTGgc > 1:622253/1‑125 (MQ=255) cTATTACGGGCTGTTCCGCTTCTTTATCCGCCGCTTCAACCTGCTGACGCCGGGCCGCGATGAAGTGGTGCCCGTggc < 1:605052/78‑1 (MQ=255) cTATTACGGGCTGTTCCGCTTCTTTATCCGCCGCTTCAACCTGCTGACGCCGGGCCGCGATGAAGTGGTGCCCGTggc > 2:605052/1‑78 (MQ=255) tATTACGGGCTGTTCCGCTTCTTTATCCGCCGCTTCAACCTGCTGACGCCGGGCCGCGATGAAGTGGTGCCCGTGGCGGCCGCcggc < 1:41334/87‑1 (MQ=255) tATTACGGGCTGTTCCGCTTCTTTATCCGCCGCTTCAACCTGCTGACGCCGGGCCGCGATGAAGTGGTGCCCGTGGCGGCCGCcggc > 2:41334/1‑87 (MQ=255) tggtgcaggcatcgaccacgaccaggttggcagggccgcccagcgcttcgacatactgttgcgccacgctgcccGCGGCCG‑‑‑GCGGTGCCGcgcagccggcggcc > 2:653549‑M1/75‑100 (MQ=255) tggtgcaggcatcgaccacgaccaggttggcagggccgcccagcgcttcgacatactgttgcgccacgctgcccGCGGCCG‑‑‑GCGGTGCCGcgcagccggcggcc < 1:653549‑M1/30‑5 (MQ=255) aTTACGGGCTGTTCCGCTTCTTTATCCGCCGCTTCAACCTGCTGACGCCGGGCCGCGATGAAGTGGTGCCCGTGGCGGCCGCCGGCGGTGCCGCGCAGCCGGCCGCGGGc > 2:838869/1‑110 (MQ=255) aTTACGGGCTGTTCCGCTTCTTTATCCGCCGCTTCAACCTGCTGACGCCGGGCCGCGATGAAGTGGTGCCCGTGGCGGCCGCCGGCGGTGCCGCGCAGCCGGCCGCGGGc < 1:838869/110‑1 (MQ=255) aTTACGGGCTGTTCCGCTTCTTTATCCGCCGCTTCAACCTGCTGACGCCGGGCCGCGATGAAGTGGTGCCCGTGGCGGCCGCCGGCGGTGCCGCGCAGCCGGCCGCGGGCAGCGTGGCGCAACAGTATGTCg > 1:846544/1‑132 (MQ=255) tgcaggcatcgaccacgaccaggttggcagggccgcccagcgcttcgacatactgttgcgccacgctgcccGCGgccg < 1:401089‑M1/7‑1 (MQ=255) tgcaggcatcgaccacgaccaggttggcagggccgcccagcgcttcgacatactgttgcgccacgctgcccGCGgccg > 2:401089‑M1/72‑78 (MQ=255) ttCCGCTTCTTTATCCGCCGCTTCAACCTGCTGACGCCGGGCCGCGATGAAGTGGTGCCCGTGGCGGCCGCCGGCGGTGCCGCGCAGCCGGCCGCGGGCAGCGTGGCGCAACAGTATGTCGAAGCGCTGggcgg > 1:863247/1‑134 (MQ=255) gCTTCTTTATCCGCCGCTTCAACCTGCTGACGCCGGGCCGCGATGAAGTGGTGCCCGTggc < 2:32932/61‑1 (MQ=255) gCTTCTTTATCCGCCGCTTCAACCTGCTGACGCCGGGCCGCGATGAAGTGGTGCCCGTggc > 1:32932/1‑61 (MQ=255) gCTTCTTTATCCGCCGCTTCAACCTGCTGACGCCGGGCCGCGATGAAGTGGTGCCCGTGGCGGCCGCCGGCGGTGCCGCGCAGCCGGCCGCGGGCAGCGTGGCGCAACAGTATGTCGAAGCGCTGGGCGGCCCt > 2:539919/1‑134 (MQ=255) tCCGCCGCTTCAACCTGCTGACGCCGGGCCGCGATGAAGTGGTGCCCGTGGCGGCCGCCGGCGGTGCCGCGCAGCCGGCCGCGGGCAGCGTGGCGCAACAGTATGTCGAAGCGCTGGGCGGCCCTGCCAACCtg < 2:846544/134‑1 (MQ=255) cgcTTCAACCTGCTGACGCCGGGCCGCGATGAAGTGGTGCCCGTGGCGGCCGCCGGCGGTGCCGCGCAGCCGGCCGCGGGCAGCGTGGCGCAACAGTATGTCGAAGCGCTGGGCGGCCCTGCCAACCtggtcgt < 2:353352/134‑1 (MQ=255) aaCCTGCTGACGCCGGGCCGCGATGAAGTGGTGCCCGTGGCGGCCGCCGGCGGTGCCGCGCAGCCGGCCGCGGGCAGCGTGGCGCAACAGTATGTCGAAGCGCTGGGCGGCCCTGCCAACCTGGTCGTGGTCGa < 2:863247/134‑1 (MQ=255) gggCCGCGATGAAGTGGTGCCCGTGGCGGCCGCCGGCGGTGCCGCGCAGCCGGCCGCGGGCAGCGTGGCGCAACAGTATGTCGAAGCGCTGGGCGGCCCTGCCAACCTGGTCGTGGTCGATGCCTGCACCAcgc < 1:539919/134‑1 (MQ=255) ggCCGCGATGAAGTGGTGCCCGTGGCGGCCGCCGGCGGTGCCGCGCAGCCGGCCGCGGGCAGCGTGGCGCAACAGTATGTCGAAGCGCTGGGCGGCCCTGCCAACCtggtcgt > 2:1033413/1‑113 (MQ=255) ggCCGCGATGAAGTGGTGCCCGTGGCGGCCGCCGGCGGTGCCGCGCAGCCGGCCGCGGGCAGCGTGGCGCAACAGTATGTCGAAGCGCTGGGCGGCCCTGCCAACCtggtcgt < 1:1033413/113‑1 (MQ=255) atactgttgcgccacgctgcccGCGGCCGCCGGCGGTGCCGCGCAgccggccg < 2:876507‑M1/31‑1 (MQ=255) atactgttgcgccacgctgcccGCGGCCGCCGGCGGTGCCGCGCAgccggccg > 1:876507‑M1/23‑53 (MQ=255) tGAAGTGGTGCCCGTGGCGGCCGCCGGCGGTGCCGCGCAGCCGGCCGCGGGCAGCGTGGCGCAACAGTATGTCGAAGCGCTGGGCGGCCCTGCCAACCTGGTCGTGGTCGATGCCTGCACCACGCGTCTGCGGc > 1:286293/1‑134 (MQ=255) gcccGCGGCCGCCGGCGGTGCCGCGCAGCCGGCCGCGGGCAGCGTGGCGCAACAGTATGTCGAAGCGCTGGGCGGCCCTGCCAACCTGGTCGTGGTCGATGCCTGCACCACGCGTCTGCGGCTGAACGTGGcc < 2:610449‑M1/129‑1 (MQ=255) tGGCGGCCGCCGGCGGTGCCGCGCAGCCGGCCGCGGGCAGCGTGGCGCAACAGTATGTCGAAGCGCTGGGCGGCCCTGCCAACCTGGTCGTGGTCGATGCCTGCACCACGCGTCTGCGGCTGAACGTGGCCGa > 2:168191/1‑133 (MQ=255) ccGCGGCCGCCGGCGGTGCCGCGCAGCCGGCCGCGGGCAGCGTGGCGCAACAGTATGTCGAAGCGCTGGGCGGCCCTGCCAACCTGGTCGTGGTCGATGCCTGCACCACGCGTCTGCGGCTGAACGTGGCCGAc > 1:610449‑M1/3‑134 (MQ=255) | GCTGTCCAGCCGCGGCTGGCTGGCGATTCCGCTGGGGCTGGCCTATGCGCTGGTCTATTACGGGCTGTTCCGCTTCTTTATCCGCCGCTTCAACCTGCTGACGCCGGGCCGCGATGAAGTGGTGCCCGTGGCGGCCGCCGGCGGTGCCGCGCAGCCGGCCGCGGGCAGCGTGGCGCAACAGTATGTCGAAGCGCTGGGCGGCCCTGCCAACCTGGTCGTGGTCGATGCCTGCACCACGCGTCTGCGGCTGAACGTGGCCGAC > AM260479/332688‑332949 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |