| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AssemblyC74_contig_31 | 1 = | 0 (0.000) | 452 (0.380) +TTTAACAACTAATGTTGTT |
72/216 | 0.2 | 72.8% | intergenic (–/‑269) | –/rasttk_feature_creation_tool=RNA_reps_LSU_rRNA | –/LSU rRNA ## 23S rRNA, large subunit ribosomal RNA |
| ? | AssemblyC74_contig_63 | = 176 | 397 (0.810) | intergenic (+2/‑26) | rasttk_feature_creation_tool=tRNAscan‑SE/rasttk_feature_creation_tool=tRNAscan‑SE | tRNA‑Ala‑TGC/tRNA‑Met‑CAT | |||||
Only 100 of 557 total aligned reads displayed.
AAAATCAAAGATTTTATGGCCGTCCGCCTATTTTGCTTCAGGCTAAACAATTTGTTCAGCTTTCAAATTCAACGCGGTGTTCTCGGTTTGTATTACTTACATTTACTTCAAATATCCAGTTTTCAATGAACAAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < AssemblyC74_contig_31/134‑1‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AATGGAGCCTAGCGGGATCGAACCGCTGACCTCCTGCGTGCAAAGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTAAGGCCCCGTGTTTAAATTTATAAT < AssemblyC74_contig_63/176‑85 ||||||||||||||||||| AATCAAAGATTTTATGGCCGTCCGCCTATTTTGCTTCAGGCTAAACAATTTGTTCAGCTTTCAAATTCAACGCGGTGTTCTCGGTTTGTATTACTTACATTTACTTCAAATATCCAGTTTTCAATGAACAAATTT < 2:203767/135‑1 CAAAGATTTTATGGCCGTCCGCCTATTTTGCTTCAGGCTAAACAATTTGTTCAGCTTTCAAATTCAACGCGGTGTTCTCGGTTTGTATTACTTACATTTACTTCAAATATCCAGTTTTCAATGAACAAATTTAAa > 2:2944640/1‑134 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TACTTCAAATATCCAGTTTTCAATGAACAAATTTAACAACTAATGTTGTTAATGGAGCCTAGCGGGATCGAACCGCTGACCTCCTGCGTGCAAAGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTAAGGCCCCGT‑TTTAAATT > 1:1343382/1‑135 TACTTCAAATATCCAGTTTTCAATGAACAAATTTAACAACTAATGTTGTTAATGGAGCCTAGCGGGATCGAACCGCTGACCTCCTGCGTGCAAAGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTAAG > 1:864674/1‑120 CAAATATCCAGTTTTCAATGAACAAATTTAACAACTAATGTTGTTAATGGAGCCTAGCGGGATCGAACCGCTGACCTCCTGCGTGCAAAGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTAAGGCCCCGT‑TTTAAATTgagag > 2:3187456/1‑130 CAAATATCCAGTTTTCAATGAACAAATTTAACAACTAATGTTGTTAATGGAGCCTAGCGGGATCGAACCGCTGACCTCCTGCGTGCAAAGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTAAGGCCCCGT‑TTTAAATTgagag > 2:3441409/1‑130 CAAATATCCAGTTTTCAATGAACAAATTTAACAACTAATGTTGTTAATGGAGCCTAGCGGGATCGAACCGCTGACCTCCTGCGTGCAAAGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTAAGGCCCCGT‑TTTAAATTgagag > 2:1474530/1‑130 CAAATATCCAGTTTTCAATGAACAAATTTAACAACTAATGTTGTTAATGGAGCCTAGCGGGATCGAACCGCTGACCTCCTGCGTGCAAAGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTAAGGCCCCGT > 2:2528024/1‑122 AAATATCCAGTTTTCAATGAACAAATTTAACAACTAATGTTGTTAATGGAGCCTAGCGGGATCGAACCGCTGACCTCCTGCGTGCAAAGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTAAGGCCCCGT‑TTTAAATTgagagt < 1:1842931/135‑7 AAATATCCAGTTTTCAATGAACAAATTTAACAACTAATGTTGTTAATGGAGCCTAGCGGGATCGAACCGCTGACCTCCTGCGTGCAAAGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTAAGGCCCCGT‑TTTAAATTgagagt < 1:2533937/135‑7 AAATATCCAGTTTTCAATGAACAAATTTAACAACTAATGTTGTTAATGGAGCCTAGCGGGATCGAACCGCTGACCTCCTGCGTGCAAAGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTAAGGCCCCGT‑TTTAAATTgagagt < 1:149208/135‑7 AAATATCCAGTTTTCAATGAACAAATTTAACAACTAATGTTGTTAATGGAGCCTAGCGGGATCGAACCGCTGACCTCCTGCGTGCAAAGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTAAGGCCCCGT‑TTTAAATTgagagt > 1:2365295/1‑129 GTTTTCAATGAACAAATTTAACAACTAATGTTGTTAATGGAGCCTAGCGGGATCGAACCGCTGACCTCCTGCGTGCAAAGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTAAGGCCCCGT‑TTTAA > 2:3476278/1‑117 ||||||||||||||||||| AAAATCAAAGATTTTATGGCCGTCCGCCTATTTTGCTTCAGGCTAAACAATTTGTTCAGCTTTCAAATTCAACGCGGTGTTCTCGGTTTGTATTACTTACATTTACTTCAAATATCCAGTTTTCAATGAACAAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < AssemblyC74_contig_31/134‑1‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AATGGAGCCTAGCGGGATCGAACCGCTGACCTCCTGCGTGCAAAGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTAAGGCCCCGTGTTTAAATTTATAAT < AssemblyC74_contig_63/176‑85 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |