| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AssemblyC74_contig_40 | 1 = | 0 (0.000) | 945 (0.900) | 118/248 | 0.0 | 100% | intergenic (–/+180) | –/rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2 | –/Cold shock protein of CSP family |
| ? | AssemblyC74_contig_45 | 1 = | 0 (0.000) | coding (906/906 nt) | rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2 | Integrase, catalytic region | |||||
Only 100 of 947 total aligned reads displayed.
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TGGTGTTTGGTAATTTAGTGATTTTCTAGGGATATGGTTTCTTTTGGACGCAACGGATGAGATGAATCCTTGATTGACTTGGTTGAATTCCATTTCTTTTGGTAGTCCATCTTTTCGTAGGAGTCCGTTTGAATG > AssemblyC74_contig_45/1‑135 | aattattgctagcaatttagagtagttcgttactaattaaggagcaaataaaattattataatattatttgtcaaattaagcgagacaaaactttccatttacgtaactcaaaaaaacttctaaTGGTGTTTGGt > 2:1090360‑M2/125‑135 (MQ=255)aattattgctagcaatttagagtagttcgttactaattaaggagcaaataaaattattataatattatttgtcaaattaagcgagacaaaactttccatttacgtaactcaaaaaaacttctaaTGGTGTTTGGt > 2:2589350‑M2/125‑135 (MQ=255) gttcgttactaattaaggagcaaataaaattattataatattatttgtcaaattaagcgagacaaaactttccatttacgtaactcaaaaaaacttctaaTGGTGTTTGGTAATTTAGTGATTTTCTAGGGatat > 1:842203‑M2/101‑135 (MQ=255) gttagttactaattaaggagcaaataaaattattataatattatttgtcaaattaagcgagacaaatctttccatttacgtaactcaaaaaaacttctaaTGGTGTTTGGTAATTTAGTGATTTTCTAGGGatat < 2:1402735‑M2/35‑1 (MQ=255) gttactaattaaggagcaaataaaattattataatattatttgtcaaattaagcgagacaaaactttccatttacgtaactcaaaaaaacttctaaTGGTGTTTGGTAATTTAGTGATTTTCTAGGGATATGGt > 2:844623‑M2/97‑134 (MQ=255) gttactaattaaggagcaaataaaattattataatattatttgtcaaattaagcgagacaaaactttccatttacgtaactcaaaaaaacttctaaGGGTGGGTGGTAATTTAGTGATTTTCTAGGGATATGGt > 2:2258309‑M2/97‑134 (MQ=255) tactaattaaggagcaaataaaattattataatattatttgtcaaattaagcgagacaaaactttccatttacgtaactcaaaaaaacttctaaTGGTGTTTGGTAATTTAGTGATTTTCTAGGGATATGGTTTc > 2:2497508‑M2/95‑135 (MQ=255) aattaaggagcaaataaaattattataatattatttgtcaaattaagcgagacaaaactttccatttacgtaactcaaaaaaacttctaaTGGTGTTTGGTAATTTAGTGATTTTCTAGGGATATGGTTTCtttt < 1:3589928‑M2/45‑1 (MQ=255) aattaaggagcaaataaaattattataatattatttgtcaaattaagcgagacaaaactttccatttacgtaactcaaaaaaacttctaaTGGTGTTTGGTAATTTAGTGATTTTCTAGGGATATGGTTTCtttt < 1:3420392‑M2/45‑1 (MQ=255) gattaaaataataattattttaatctattatttgtcaaattaagcgagacaaaactttccatttacgtaactcaaaaaaacttctaaTGGTGTTTGGTAATTTAGTGATTTTCTAGGGATATGGTTTCTTTTGGa < 2:3897883‑M2/48‑1 (MQ=255) 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aattaagcgagacaaaactttccatttacgtaactcaaaaaaacttctaaTGGTGTTTGGTAATTTAGTGATTTTCTAGGGATATGGTTTCTTTTGGACGCAACg > 2:659867‑M2/51‑105 (MQ=255) attaagcgagacaaaactttccatttacgtaactcaaaaaaacttctaaTGGTGTTTGGTAATTTAGTGATTTTCTAgg > 1:3541943‑M2/50‑79 (MQ=255) attaagcgagacaaaactttccatttacgtaactcaaaaaaacttctaaTGGTGTTTGGTAATTTAGTGATTTTCTAGGGATATGGTTTCTTTTGGACg < 2:3647834‑M2/50‑1 (MQ=255) attaagcgagacaaaactttccatttacgtaactcaaaaaaacttctaaTGGTGTTTGGTAATTTAGTGATTTTCTAGGGATATGGTTTCTTTTGGACGCAACGGATGAGATGAATCCTTGATTGACTTGGTTGa > 1:3300273‑M2/50‑135 (MQ=255) aagcgagacaaaactttccatttacgtaactcaaaaaaacttctaaTGGTGTTTGGTAATTTAGTGATTTTCTAGGGATATGGTTTCTTTTGGACGCAACGGATGAGATGAATCCTTGATTGACTTGGTTGAAtt < 1:764878‑M2/89‑1 (MQ=255) cgagacaaaactttccatttacgtaactcaaaaaaacttctaaTGGTGTTTGGTAATTTAGTGATTTTCTAGGGATATGGTTTCTTTTGGACGCAACGGATGAGATGAATCCTTGATTGACTTGGTTGAATTCCa > 2:510019‑M2/44‑135 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |