| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | TrimmedAssembly_T66_contig_37 | 1 = | 0 (0.000) | 169 (0.600) | 63/258 | 0.3 | 100% | intergenic (–/+9) | –/rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2 | –/Mobile element protein |
| ? | TrimmedAssembly_T66_contig_8 | = 137664 | 0 (0.000) | intergenic (‑2/–) | rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2/– | Histidinol‑phosphate aminotransferase (EC 2.6.1.9)/– | |||||
Only 100 of 169 total aligned reads displayed.
AACGATCTTTCAGTTGGTTAGATAAATGTCGCCGTCTCTGGAAAAATTGTGAACGTCAACTTAACACTAGTCGTCAAATGGTCATTTTAGCTTTTTTAGTATTGCTGCTCAAGAGATTTTAAACAGGTTCT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < TrimmedAssembly_T66_contig_37/131‑1‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TAGCCACCAACGACCAGGTGCTAGTGTCCGCACCGACGTTTTCAGAATATGGACTACATGCTGAAATCGAGGGGGGGCAATTAATCAGTGTGCCAACGTTGCCTAATGACCATGTGAACTTCGAAGGCTTAATGA < TrimmedAssembly_T66_contig_8/137664‑137530 AACGATCTTTCTGTTGGTTAGATAAATGTCGCCGTCTCTGGAAAAATTGTGAACGTCAACTTAACACTAGTCGTCAAATGGTCATTTTAGCTTTTTTAGTATTGCTGCTCAAGAGATTTTAAACAGGTTCTTAGCC < 1:1287714/136‑1AACGATCTTTCAGTTGGTTAGATAAATGTCGCCGTCTCTGGAAAAATTGTGAACGTCAACTTAACACTAGTCGTCAAATGGTCATTTTAGCTTTTTTAGTATTGCTGCTCAAGAGATTTTAAACAGGTTCTTAGCC > 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TTCTTAGCCACCAACGACCAGGTGCTAGTGTCCGCACCGACGTTTTCAGAATATGGACTACATGCTGAAATCGAGGGGGGGCAATTAATCAGTGTGCCAACGTTGCCTAATGACCATGTGAACTTCGAAGGCTTA < 1:415573/135‑1 TCTTAGCCACCAACGACCAGGTGCTAGTGTCCGCACCGACGTTTTCAGAATATGGACTACATGCTGAAATCGAGGGGGGGCAATTAATCAGTGTGCCAACGTTGCCTAATGACCATGTGAACTTCGAAGGCTTAAT < 2:1334283/136‑1 TCTTAGCCACCAACGACCAGGTGCTAGTGTCCGCACCGACGTTTTCAGAATATGGACTACATGCTGAAATCGAGGGGGGGCAATTAATCAGTGTGCCAACGTTGCCTAATGACCATGTGAACTTCGAAGGCTTAAT < 2:1456806/136‑1 CTTAGCCACCAACGACCAGGTGCTAGTGTCCGCACCGACGTTTTCAGAATATGGACTACATGCTGAAATCGAGGGGGGGCAATTAATCAGTGTGCCAACGATGCCTAATGACCATGTGAAATTCGAAGGCTTAATG > 2:278448/1‑136 TTAGCCACCAACGACCAGGTGCTAGTGTCCGCACCGACGTTTTCAGAATATGGACTACATGCTGAAATCGAGGGGGGGCAATTAATCAGTGTGCCAACGTTGCCTAATGACCATGTGAACTTCGAAGGCTTAATGA < 1:582614/136‑1 TTAGCCACCAACGACCAGGTGCTAGTGTCCGCACCGACGTTTTCAGAATATGGACTACATGCTGAAATCGAGGGGGGGCAATTAATCAGTGTGCCAACGTTGCCTAATGACCATGTGAACTTCGAAGGCTTAATGA < 2:786503/136‑1 AACGATCTTTCAGTTGGTTAGATAAATGTCGCCGTCTCTGGAAAAATTGTGAACGTCAACTTAACACTAGTCGTCAAATGGTCATTTTAGCTTTTTTAGTATTGCTGCTCAAGAGATTTTAAACAGGTTCT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < TrimmedAssembly_T66_contig_37/131‑1‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TAGCCACCAACGACCAGGTGCTAGTGTCCGCACCGACGTTTTCAGAATATGGACTACATGCTGAAATCGAGGGGGGGCAATTAATCAGTGTGCCAACGTTGCCTAATGACCATGTGAACTTCGAAGGCTTAATGA < TrimmedAssembly_T66_contig_8/137664‑137530 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |