| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | TrimmedAssembly_T66_contig_37 | 1 = | 0 (0.000) | 169 (0.600) | 63/258 | 0.3 | 100% | intergenic (–/+9) | –/rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2 | –/Mobile element protein |
| ? | TrimmedAssembly_T66_contig_8 | = 137664 | 0 (0.000) | intergenic (‑2/–) | rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2/– | Histidinol‑phosphate aminotransferase (EC 2.6.1.9)/– | |||||
Only 100 of 169 total aligned reads displayed.
TCATTAAGCCTTCGAAGTTCACATGGTCATTAGGCAACGTTGGCACACTGATTAATTGCCCCCCCTCGATTTCAGCATGTAGTCCATATTCTGAAAACGTCGGTGCGGACACTAGCACCTGGTCGTTGGTGGCTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > TrimmedAssembly_T66_contig_8/137530‑137664 | tCATTAAGCCTTCGAAGTTCACATGGTCATTAGGCAACGTTGGCACACTGATTAATTGCCCCCCCTCGATTTCAGCATGTAGTCCATATTCTGAAAACGTCGGTGCGGACACTAGCACCTGGTCGTTGGTGGCTAa < 2:786503‑M2/136‑2 (MQ=255)tCATTAAGCCTTCGAAGTTCACATGGTCATTAGGCAACGTTGGCACACTGATTAATTGCCCCCCCTCGATTTCAGCATGTAGTCCATATTCTGAAAACGTCGGTGCGGACACTAGCACCTGGTCGTTGGTGGCTAa < 1:582614‑M2/136‑2 (MQ=255) cATTAAGCCTTCGAATTTCACATGGTCATTAGGCATCGTTGGCACACTGATTAATTGCCCCCCCTCGATTTCAGCATGTAGTCCATATTCTGAAAACGTCGGTGCGGACACTAGCACCTGGTCGTTGGTGGCTAag > 2:278448‑M2/1‑134 (MQ=255) aTTAAGCCTTCGAAGTTCACATGGTCATTAGGCAACGTTGGCACACTGATTAATTGCCCCCCCTCGATTTCAGCATGTAGTCCATATTCTGAAAACGTCGGTGCGGACACTAGCACCTGGTCGTTGGTGGCTAaga < 2:1456806‑M2/136‑4 (MQ=255) aTTAAGCCTTCGAAGTTCACATGGTCATTAGGCAACGTTGGCACACTGATTAATTGCCCCCCCTCGATTTCAGCATGTAGTCCATATTCTGAAAACGTCGGTGCGGACACTAGCACCTGGTCGTTGGTGGCTAaga < 2:1334283‑M2/136‑4 (MQ=255) tAAGCCTTCGAAGTTCACATGGTCATTAGGCAACGTTGGCACACTGATTAATTGCCCCCCCTCGATTTCAGCATGTAGTCCATATTCTGAAAACGTCGGTGCGGACACTAGCACCTGGTCGTTGGTGGCTAagaa < 1:415573‑M2/135‑5 (MQ=255) cTTCGAAGTTCACATGGTCATTAGGCAACGTTGGCACACTGATTAATTGCCCCCCCTCGATTTCAGCATGTAGTCCATATTCTGAAAACGTCGGTGCGGACACTAGCACCTGGTCGTTGGTGGCTAagaacctgtt < 1:853093‑M2/136‑11 (MQ=255) cTTCGAAGTTCACATGGTCATTAGGCAACGTTGGCACACTGATTAATTACCCCCCCTCGATTTCAGCATGTAGTCCATATTCTGAAAACGTCGGTGCGGACACTAGCACCTGGTCGTTGGTGGCTAagaacctgtt < 1:1662947‑M2/136‑11 (MQ=255) aaGTTCACATGGTCATTAGGCAACGTTGGCACACTGATTAATTGCCCCCCCTCGATTTCAGCATGTAGTCCATATTCTGAAAACGTCGGTGCGGACACTAGCACCTGGTCGTTGGTGGCTAagaacctgtttaaaa < 2:54481‑M2/136‑16 (MQ=255) aGTTCACATGGTCATTAGGCAACGTTGGCACACTGATTAATTGCCCCCCCTCGATTTCAGCATGTAGTCCATATTCTGAAAACGTCGGTGCGGACACTAGCACCTGGTCGTTGGTGGCTAagaacctgtttaaaa < 2:526468‑M2/135‑16 (MQ=255) 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aTTAATTGCCCCCCCTCGATTTCAGCATGTAGTCCATATTCTGAAAACGTCGGTGCGGACACTAGCACCTGGTCGTTGGTGGCTAagaacctgtttaaaatctcttgagcagcaatactaaaaaagctaaaatga < 2:614382‑M2/135‑51 (MQ=255) ttAATTGCCCCCCCTCGATTTCAGCATGTAGTCCATATTCTGAAAACGTCGGTGCGGACACTAGCACCTGGTCGTTGGTGGCTAagaacctgtttaaaatctcttgagcagcaatactaaaaaatctaaaatgacc < 1:944621‑M2/136‑53 (MQ=255) ttAATTGCCCCCCCTCGATTTCAGCATGTAGTCCATATTCTGAAAACGTCGGTGCGGACACTAGCACCTGGTCGTTGGTGGCTAagaacctgtttaaaatctcttgagcagcaatactaaaaaagctaaaatgacc < 2:1697154‑M2/136‑53 (MQ=255) ttAATTGCCCCCCCTCGATTTCAGCATGTAGTCCATATTCTGAAAACGTCGGTGCGGACACTAGCACCTGGTCGTTGGTGGCTAagaacctgtttaaaatctcttgagcagcaatactaaaaaagctaaaatgacc < 1:2429038‑M2/136‑53 (MQ=255) tAATTGCCCCCCCTCGATTTCAGCATGTAGTCCATATTCTGAAAACGTCGGTGCGGACACTAGCACCTGGTCGTTGGTGGCTAagaacctgtttaaaatctcttgagcagcaatactaaaaaagctaaaatgacca < 2:1507777‑M2/136‑54 (MQ=255) tAATTGCCCCCCCTCGATTTCAGCATGTAGTCCATATTCTGAAAACGTCGGTGCGGACACTAGCACCTGGTCGTTGGTGGCTAagaacctgtttaaaatctcttgagcagcaatactaaaaaagctaaaatgacca < 1:684115‑M2/136‑54 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TCATTAAGCCTTCGAAGTTCACATGGTCATTAGGCAACGTTGGCACACTGATTAATTGCCCCCCCTCGATTTCAGCATGTAGTCCATATTCTGAAAACGTCGGTGCGGACACTAGCACCTGGTCGTTGGTGGCTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > TrimmedAssembly_T66_contig_8/137530‑137664 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |