| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | TrimmedAssembly_T66_contig_35 | 1 = | 0 (0.000) | intergenic (–/‑99) | –/rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2 | –/Mobile element protein | |||||
Only 100 of 271 total aligned reads displayed.
ATGCAGCTAATAATCACTTTCATTCATAGACTCCCCCAAGTCTGATGAATGGGGTTCATCAAAGCCCCCACTTTGATGTTTCCTACTCCTTGACCACTACATCCGCTGATGTGGTGGCTTTTTTATTGCCG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > TrimmedAssembly_T66_contig_14/90903‑91033‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGCGAATTTACAATTGAAATGCAACACAAAGTAAAAAAATAAACCCATACCGGGTAGAATATGTTTAACGACCAAATCAAACAATTCGAGGTATCCGGTATGAGCTATAAACATCTTACTATAAAAGAACGTGAA > TrimmedAssembly_T66_contig_35/1‑135 ATGCAGCTAATAATCACTTTCATTCATAGACTCCCCCAAGTCTGATGAATGGGGTTCATCAAAGCCCCCACTTTGATGTTTCCTACTCCTTGACCACTACATCCGCTGATGTGGTGGCTTTTTTATTGCCGGGCGA < 2:1399202/136‑1 AATAATCACTTTCATTCATAGACTCCCCCAAGTCTGATGAATGGGGTTCATCAAAGCCCCCACTTTGATGTTTCCTACTCCTTGACCACTACATCCGCTGATGTGGTGGCTTTTTTATTGCCGGGCGAATTTACAA > 2:929299/1‑136 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ATGCAGCTAATAATCACTTTCATTCATAGACTCCCCCAAGTCTGATGAATGGGGTTCATCAAAGCCCCCACTTTGATGTTTCCTACTCCTTGACCACTACATCCGCTGATGTGGTGGCTTTTTTATTGCCG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > TrimmedAssembly_T66_contig_14/90903‑91033‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGCGAATTTACAATTGAAATGCAACACAAAGTAAAAAAATAAACCCATACCGGGTAGAATATGTTTAACGACCAAATCAAACAATTCGAGGTATCCGGTATGAGCTATAAACATCTTACTATAAAAGAACGTGAA > TrimmedAssembly_T66_contig_35/1‑135 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |