| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | TrimmedAssembly_T66_contig_18 | 1 = | 0 (0.000) | 220 (0.730) | 69/260 | 0.2 | 100% | intergenic (–/+69) | –/rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2 | –/hypothetical protein |
| ? | TrimmedAssembly_T66_contig_34 | = 1203 | 0 (0.000) | intergenic (+58/–) | rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2/– | Mobile element protein/– | |||||
Only 100 of 456 total aligned reads displayed.
CAAGATACCTTAAACAACCGGCTACGGCGGTCATTGAACTATCGCTGCCCAGCCGATCTAATGCCTGAACTAGCTTAGCAACTAGACCACTTCTAAGAATAGATTCTTAGTGTTGCACTTGATTTGACAATTGAGG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > TrimmedAssembly_T66_contig_34/1068‑1203 | cAAGATACCTTAAACAACCGGCTACGGCGGTCATTGAACTATCGCTGCCCAGCCGATCTAATGCCTGAACTAGCTTAGCAACTAGACCACTTCTAAGAATAGATTCTTAGTGTTGCACTTGATTTGACAATTGAgg > 2:377204/1‑136 (MQ=255) tACCTTAAACAACCGGCTACGGCGGTCATTGAACTATCGCTGCCCAGCCGATCTAATGCCTGAACTAGCTTAGCAACTAGACCACTTCTAAGAATAGATTCTTAGTGTTGCACTTGATTTGACAATTGAGGgaaaa < 2:2302019‑M2/136‑6 (MQ=255) tACCTTAAACAACCGGCTACGGCGGTCATTGAACTATCGCTGCCCAGCCGATCTAATGCCTGAACTAGCTTAGCAACTAGACCACTTCTAAGAATAGATTCTTAGTGTTGCACTTGATTTGACAATTGAGGgaaaa < 1:56636‑M2/136‑6 (MQ=255) ccTTAAACAACCGGCTACGGCGGTCATTGAACTATCGCTGCCCAGCCGATCTAATGCCTGAACTAGCTTAGCAACTAGACCACTTCTAAGAATAGATTCTTAGTGTTGCACTTGATTTGACAATTGAGGgaaaaat > 1:539595‑M2/1‑129 (MQ=255) ttAAACAACCGGCTACGGCGGTCATTGAACTATCGCTGCCCAGCCGATCTAATGCCTGAACTAGCTTAGCAACTAGACCACTTCTAAGAATAGATTCTTAGTGTTGCACTTGATTTGACAATTGAGGaaaaaaata > 1:370066‑M2/1‑127 (MQ=255) tAAACAACCGGCTACGGCGGTCATTGAACTATCGCTGCCCAGCCGATCTAATGCCTGAACTAGCTTAGCAACTAGACCACTTCTAAGAATAGATTCTTAGTGTTGCACTTGATTTGACAATTGAGGgaaaaattaa < 2:1407124‑M2/136‑11 (MQ=255) tAAACAACCGGCTACGGCGGTCATTGAACTATCGCTGCCCAGCCGATCTAATGCCTGAACTAGCTTAGCAACTAGACCACTTCTAAGAATAGATTCTTAGTGTTGCACTTGAGTTGACAATTGAGGcaaaaaataa < 1:96897‑M2/136‑11 (MQ=255) aaaCAACCGGCTACGGCGGTCATTGAACTATCGCTGCCCAGCCGATCTAATGCCTGAACTAGCTTAGCAACTAGACCACTTCTAAGAATAGATTCTTAGTGTTGCACTTGATTTGACAATTGAGGgaaaaattaaa < 2:1616473‑M2/136‑12 (MQ=255) aaaCAACCGGCTACGGCGGTCATTGAACTATCGCTGCCCAGCCGATCTAATGCCTGAACTAGCTTAGCAACTAGACCACTTCTAAGAATAGATTCTTAGTGTTGCACTTGATTTGACAATTGAGGaaataaataaa < 2:1186525‑M2/136‑12 (MQ=255) aaaCAACCGGCTACGGCGGTCATTGAACTATCGCTGCCCAGCCGATCTAATGCCTGAACTAGCTTAGCAACTAGACCACTTCTAAGAATAGATTCTTAGTGTTGCACTTGATTTGACAATTGAGGaaaaaaataaa > 1:1071947‑M2/1‑125 (MQ=255) aaaCAACCGGCTACGGCGGTCATTGAACTATCGCTGCCCAGCCGATCTAATGCCTGAACTAGCTTAGCAACTAGACCACTTCTAAGAATAGATTCTTAGTGTTGCACTTGATTTGACAATTGAGGaaaaaaataaa < 1:1695481‑M2/136‑12 (MQ=255) aaaCAACCGGCTACGGCGGTCATTGAACTATCGCTGCCCAGCCGATCTAATGCCTGAACTAGCTTAGCAACTAGACCACTTCTAAGAATAGATTCTTAGTGTTGCACTTGATTTGACAATTGAGGaaaaaaataaa < 2:958043‑M2/136‑12 (MQ=255) aacaacCGGCTACGGCGGTCATTGAACTATCGCTGCCCAGCCGATCTAATGCCTGAACTAGCTTAGCAACTAGACCACTTCTAAGAATAGATTCTTAGTGTTGCACTTGATTTGACAATTGAGGaaaaaaataaat < 1:1857041‑M2/136‑13 (MQ=255) aacCGGCTACGGCGGTCATTGAACTATCGCTGCCCAGCCGATCTAATGCCTGAACTAGCTTAGCAACTAGACCACTTCTAAGAATAGATTCTTAGTGTTGCACTTGATTTGACAATTGAGGaaaaaaataaattaa < 2:459081‑M2/136‑16 (MQ=255) gCTACGGCGGTCATTGAACTATCGCTGCCCAGCCGATCTAATGCCTGAACTAGCTTAGCAACTAGACCACTTCTAAGAATAGATTCTTAGTGTTGCACTTGATTTGACAATTGAGGgaaaaattaaaagtcgtgc < 1:1729263‑M2/135‑20 (MQ=255) gCTACGGCGGTCATTGAACTATCGCTGCCCAGCCGATCTAATGCCTGAACTAGCTTAGCAACTAGACCACTTCTAAGAATAGATTCTTAGTGTTGCACTTGATTTGACAATTGAGGaaaaaaataaattaaactaa < 2:684334‑M2/136‑21 (MQ=255) cggcggTCATTGAACTATCGCTGCCCAGCCGATCTAATGCCTGAACTAGCTTAGCAACTAGACCACTTCTAAGAATAGATTCTTAGTGTTGCACTTGATTTGACAATTGAGGaaaaaaataaattaaactaaattt > 1:1526382‑M2/1‑112 (MQ=255) ggTCATTGAACTATCGCTGCCCAGCCGATCTAATGCCTGAACTAGCTTAGCAACTAGACCACTTCTAAGAATAGATTCTTAGTGTTGCACTTGATTTGACAATTGAGGaaaaaaataaattaaactaaatttgtt < 1:100665‑M2/135‑28 (MQ=255) ggTCATTGAACTATCGCTGCCCAGCCGATCTAATGCCTGAACTAGCTTAGCAACTAGACCACTTCTAAGAATAGATTCTTAGTGTTGCACTTGATTTGACAATTGAGGaaaaaaataaattaaactaaatttgtt < 1:410408‑M2/135‑28 (MQ=255) tCATTGAACTATCGCTGCCCAGCCGATCTAATGCCTGAACTAGCTTAGCAACTAGACCACTTCTAAGAATAGATTCTTAGTGTTGCACTTGATTTGACAATTGAGGaaaaaaataaattaaactaaatttgtttc > 1:2008513‑M2/1‑106 (MQ=255) tCATTGAACTATCGCTGCCCAGCCGATCTAATGCCTGAACTAGCTTAGCAACTAGACCACTTCTAAGAATAGATTCTTAGTGTTGCACTTGATTTGACAATTGAGGaaaaaaataaattaaactaaatttgtttc > 1:1234333‑M2/1‑106 (MQ=255) tCATTGAACTATCGCTGCCCAGCCGATCTAATGCCTGAACTAGCTTAGCAACTAGACCACTTCTAAGAATAGATTCTTAGTGTTGCACTTGATTTGACAATTGAGGaaaaaaataaattaaactaaatttgtttc > 1:1204793‑M2/1‑106 (MQ=255) cATTGAACTATCGCTGCCCAGCCGATCTAATGCCTGAACTAGCTTAGCAACTAGACCACTTCTAAGAATAGATTCTTAGTGTTGCACTTGATTTGACAATTGAGGaaaaaaataaattaaactaaatttgtttcaa < 1:73259‑M2/136‑32 (MQ=255) aTTGAACTATCGCTGCCCAGCCGATCTAATGCCTGAACTAGCTTAGCAACTAGACCACTTCTAAGAATAGATTCTTAGTGTTGCACTTGATTTGACAATTGAGGgaaaaattaaaagtcgtgctctcagaatttaa < 1:1180892‑M2/136‑33 (MQ=255) aTTGAACTATCGCTGCCCAGCCGATCTAATGCCTGAACTAGCTTAGCAACTAGACCACTTCTAAGAATAGATTCTTAGTGTTGCACTTGATTTGACAATTGAGGgaaaaattaaaagtcgtgctctcagaatttaa < 2:1828160‑M2/136‑33 (MQ=255) aTTGAACTATCGCTGCCCAGCCGATCTAATGCCTGAACTAGCTTAGCAACTAGACCACTTCTAAGAATAGATTCTTAGTGTTGCACTTGATTTGACAATTGAGGgaaaaattaaaagtcgtgctctcagaatttaa < 1:497467‑M2/136‑33 (MQ=255) ttGAACTATCGCTGCCCAGCCGATCTAATGCCTGAACTAGCTTAGCAACTAGACCACTTCTAAGAATAGATTCTTAGTGTTGCACTTGATTTGACAATTGAGGaaaaaaataaattaaactaaatttgtttcaaat > 2:1670824‑M2/1‑103 (MQ=255) gAACTATCGCTGCCCAGCCGATCTAATGCCTGAACTAGCTTAGCAACTAGACCACTTCTAAGAATAGATTCTTAGTGTTGCACTTGATTTGACAATTGAGGaaaaaaataaattaaactaaatttgtttcaaata < 1:48895‑M2/135‑35 (MQ=255) aTCGCTGCCCAGCCGATCTAATGCCAGAACTAGCTTAGCAACTAGACCACTTCTAAGAATAGATTCTTAGTGTTGCACTTGATTTGACAATTGAGGgaaaaattaaaagtcgtgctctcagaatttaatcctgaaa > 2:2194976‑M2/1‑96 (MQ=255) aTCGCTGCCCAGCCGATCTAAGGCCTGAACTCGCTTAGCAACTAGACCACTTCTAAGAATAGAGTCTTAGTGTTGCACTTGATTTGACAATTGAGGgaaaaattaaaagtcgtgctctcagaatttaatcctgaaa > 2:1489682‑M2/1‑96 (MQ=255) gCTGCCCAGCCGATCTAATGCCTGAACTAGCTTAGCAACTAGACCACTTCTAAGAATAGATTCTTAGTGTTGCACTTGATTTGACAATTGAGGaaaaaaataaattaaactaaatttgtttcaaataacatcatac > 2:189421‑M2/1‑93 (MQ=255) tGCCCAGCCGATCTAATGCCTGAACTAGCTTAGCAACTAGACCACTTCTAAGAATAGATTCTTAGTGTTGCACTTGATTTGACAATTGAGGgaaaaattaaaagtcgtgctctcagaatttaatcctgaaagcacg < 1:1636008‑M2/136‑46 (MQ=255) tGCCCAGCCGATCTAATGCCTGAACTAGCTTAGCAACTAGACCACTTCTAAGAATAGATTCTTAGTGTTGCACTTGATTTGACAATTGAGGaaaaaaataaattaaactaaatttgtttcaaataacatcatacaa < 1:821793‑M2/136‑46 (MQ=255) gCCCAGCCGATCTAATGCCTGAACTAGCTTAGCAACTAGACCACTTCTAAGAATAGATTCTTAGTGTTGCACTTGATTTGACAATTGAGGgaaaaattaaaagtcgtgctctcagaatttaatcctgaaagcacga > 1:1548422‑M2/1‑90 (MQ=255) ccAGCCGATCTAATGCCTGAACTAGCTTAGCAACTAGACCACTTCTAAGAATAGATTCTTAGTGTTGCACTTGATTTGACAATTGAGGaaaaaaataaattaaactaaatttgtttcaaataacatcatacaagg > 1:854403‑M2/1‑88 (MQ=255) cAGCCGATCTAATGCCTGAACTAGCTTAGCAACTAGACCACTTCTAAGAATAGATTCTTAGTGTTGCACTTGATTTGACAATTGAGGgaaaaattaaaagtcgtgctctcagaatttaatcctgaaagcacgactt < 2:1980438‑M2/136‑50 (MQ=255) aGCCGATCTAATGCCTGAACTAGCTTAGCAACTAGACCACTTCTAAGAATAGATTCTTAGTGTTGCACTTGATTTGACAATTGAGGaaaaaaataaattaaactaaatttgtttca > 2:838098‑M2/1‑86 (MQ=255) aTCTAATGCCTGAACTAGCTTAGCAACTAGACCACTTCTAAGAATAGATTCTTAGTGTTGCACTTGATTTGACAATTGAGGgaaaaattaaaagtcgtgctctcagaatttaat < 1:771132‑M2/114‑34 (MQ=255) tAATGCCTGAACTAGCTTAGCAACTAGACCACTTCTAAGAATAGATTCTTAGTGTTGCACTTGATTTGACAATTGAGGgaaaaattaaaagtcgtgctctcagaatttaatcctgaaagcacgacttttaattta < 2:42798‑M2/135‑58 (MQ=255) tAATGCCTGAACTAGCTTAGCAACTAGACCACTTCTAAGAATAGATTCTTAGTGTTGCACTTGATTTGACAATTGAGGgaaaaattaaaagtcgtgctctcagaatttaatcctgaaagcacgacttttaattta < 2:1736069‑M2/135‑58 (MQ=255) tAATGCCTGAACTAGCTTAGCAACTAGACCACTTCTAAGAATAGATTCTTAGTGTTGCACTTGATTTGACAATTGAGGaaaaaaataaattaaactaaatttgtttcaaataacatcatacaagggggattattta < 2:1219903‑M2/136‑59 (MQ=255) aCTAGCTTAGCAACTAGACCACTTCTAAGAATAGATTCTTAGTGTTGCACTTGATTTGACAATTGAGGaaaaaaataaattaaactaaatttgtttcaaataacatcatacaagggggattatttatgctacagtt > 2:2159181‑M2/1‑68 (MQ=255) aCTAGCTTAGCAACTAGACCACTTCTAAGAATAGATTCTTAGTGTTGCACTTGATTTGACAATTGAGGaaaaaaataaattaaactaaatttgtttcaaataacatcatacaagggggattatttatgctacagt > 2:777866‑M2/1‑68 (MQ=255) cTAGCTTAGCAACTAGACCACTTCTAAGAATAGATTCTTAGTGTTGCACTTGATTTGACAATTGAGGgaaaaattaaaagtcgtgctctcagaatttaatcctgaaagcacgacttttaatttaacgcgtgttcaa < 1:684882‑M2/136‑70 (MQ=255) tAGCTTAGCAACTAGACCACTTCTAAGAATAGATTCTTAGTGTTGCACTTGATTTGACAATTGAGGaaaaaaataaattaaactaaatttgtttcaaataacatcatacaagggggattatttatgctacagtttg < 1:1479269‑M2/136‑71 (MQ=255) cTTAGCAACTAGACCAATTCTAAGAATAGATTCTTAGTGTTGCACTTGATTTGACAATTGAGGaaaaaaataaattaaactaaatttgtttcaaataacatcatacaagggggattatttatgctacagtttgaga > 2:285125‑M2/1‑63 (MQ=255) ttAGCAACTAGACCACTTCTAAGAATAGATTCTTAGTGTTGCACTTGATTTGACAATTGAGGgaaaaattaaaagtcgtgctctcagaatttaatcctgaaagcacgacttttaatttaacgcgtgttcaattatc > 1:917458‑M2/1‑62 (MQ=255) ttAGCAACTAGACCACTTCTAAGAATAGATTCTTAGTGTTGCACTTGATTTGACAATTGAGGgaaaaattaaaagtcgtgctctcagaatttaatcctgaaagcacgacttttaatttaacgcgtgttcaattatc > 1:1289529‑M2/1‑62 (MQ=255) ttAGCAACTAGACCACTTCTAAGAATAGATTCTTAGTGTTGCACTTGATTTGACAATTGAGGgaaaaattaaaagtcgtgctctcagaatttaatcctgaaagcacgacttttaatttaacgcgtgttcaattatc > 1:1439421‑M2/1‑62 (MQ=255) ttAGCAACTAGACCACTTCTAAGAATAGATTCTTAGTGTTGCACTTGATTTGACAATTGAGGgaaaaattaaaagtcgtgctctcagaatttaatcctgaaagcacgacttttaatttaacgcgtgttcaattatc > 1:1828160‑M2/1‑62 (MQ=255) ttAGCAACTAGACCACTTCTAAGAATAGATTCTTAGTGTTGCACTTGATTTGACAATTGAGGgaaaaattaaaagtcgtgctctcagaatttaatcctgaaagcacgacttttaatttaacgcgtgttcaattatc > 1:2072367‑M2/1‑62 (MQ=255) ttAGCAACTAGACCACTTCTAAGAATAGATTCTTAGTGTTGCACTTGATTTGACAATTGAGGgaaaaattaaaagtcgtgctctcagaatttaatcctgaaagcacgacttttaatttaacgcgtgttcaattatc > 1:2302019‑M2/1‑62 (MQ=255) ttAGCAACTAGACCACTTCTAAGAATAGATTCTTAGTGTTGCACTTGATTTGACAATTGAGGgaaaaattaaaagtcgtgctctcagaatttaatcctgaaagcacgacttttaatttaacgcgtgttcaatta > 2:441320‑M2/1‑62 (MQ=255) ttAGCAACTAGACCACTTCTAAGAATAGATTCTTAGTGTTGCACTTGATTTGACAATTGAGGgaaaaattaaaagtcgtgctctcagaatttaatcctgaaagcacgacttttaatttaacgcgtgttcaatta > 1:1782970‑M2/1‑62 (MQ=255) ttAGCAACTAGACCACTTCTAAGAATAGATTCTTAGTGTTGCACTTGATTTGACAATTGAGGgaaaaattaaaagtcgtgctctcagaatttaatcctgaaagcacgacttttaatttaacgcgtgttcaatta > 2:1254418‑M2/1‑62 (MQ=255) tAGCAACTAGACCACTTCTAAGAATAGATTCTTAGTGTTGCACTTGATTTGACAATTGAGGgaaaaattaaaagtcgtgctctcagaatttaatcctgaaagcacgacttttaatttaacgcgtgttcaattatcg > 1:2325625‑M2/1‑61 (MQ=255) aGCAACTAGACCACTTCTAAGAATAGATTCTTAGTGTTGCACTTGATTTGACAATTGAGGaaaaaaataaattaaactaaatttgtttcaaataacatcatacaagggggattatttatgctacagtttgagaaat > 2:278512‑M2/1‑60 (MQ=255) aaCTAGACCACTTCTAAGAATAGATTCTTAGTGTTGCACTTGATTTGACAATTGAGGaaaaaaataaattaaactaaatttgtttcaaataacatcatacaagggggattatttatgctacagtttgagaaatt > 2:1001167‑M2/1‑57 (MQ=255) aCTAGACCACTTCTAAGAATAGATTCTTAGTGTTGCACTTGATTTGACAATTGAGGaaaaaaataaattaaactaattttgtttcaaataacatcatacaagggggattatttatgctacagtttgagaaatt < 1:217077‑M2/133‑78 (MQ=255) aCTAGACCACTTCTAAGAATAGATTCTTAGTGTTGCACTTGATTTGACAATTGAGGaaaaaaataaattaaactaaatttgtttcaaataacatcatacaagggggattatttatgctacagtttgagaaattaca < 1:2554811‑M2/136‑81 (MQ=255) aCCACTTCTAAGAATAGATTCTTAGTGTTGCACTTGATTTGACAATTGAGGgaaaaattaaaagtcgtgctctcagaatttaatcctgaaagcacgacttttaatttaacgcgtgttcaattatc < 1:446886‑M2/125‑75 (MQ=255) ccACTTCTAAGAATAGATTCTTAGTGTTGCACTTGATTTGACAATTGAGGgaaaaattaaaagtcgtgctctcagaatttaatcctgaaagcacgacttttaatttaacgcgtgttcaattatcggaccacatag > 2:2315493‑M2/1‑50 (MQ=255) ccACTTCTAAGAATAGATTCTTAGTGTTGCACTTGATTTGACAATTGAGGgaaaaattaaaagtcgtgctctcagaatttaatcctgaaagcacgacttttaatttaacgcgtgttcaattatcggaccacatag > 1:1957949‑M2/1‑50 (MQ=255) ccACTTCTAAGAATAGATTCTTAGTGTTGCACTTGATTTGACAATTGAGGgaaaaattaaaagtcgtgctctcagaatttaatcctgaaagcacgacttttaatttaacgcgtgttcaattatcggaccacatag > 1:224346‑M2/1‑50 (MQ=255) ccACTTCTAAGAATAGATTCTTAGTGTTGCACTTGATTTGACAATTGAGGgaaaaattaaaagtcgtgctctcagaatttaatcctgaaagcacgacttttaatttaacgcgtgttcaattatcggaccacatag < 1:2032309‑M2/135‑86 (MQ=255) ttCTAAGAATAGATTCTTAGTGTTGCACTTGATTTGACAATTGAGGgaaaaattaaaagtcgtgctctcagaatttaatcctgaaagcacgacttttaatttaacgcgtgttcaattatcggaccacatagacgtg > 2:1636008‑M2/1‑46 (MQ=255) ttCTAAGAATAGATTCTTAGTGTTGCACTTGATTTGACAATTGAGGgaaaaattaaaagtcgtgctctcagaatttaatcctgaaagcacgacttttaatttaacgcgtgttcaattatcggaccacatagacgtg > 1:2105539‑M2/1‑46 (MQ=255) tCTAAGAATAGATTCTTAGTGTTGCACTTGATTTGACAATTGAGGaaaaaaataaattaaactaaatttgtttcaaataacatcatacaagggggattatttatgctacagtttgagaaattacaatattccaggt > 1:648638‑M2/1‑45 (MQ=255) cTAAGAATAGATTCTTAGTGTTGCACTTGATTTGACAATTGAGGgaaaaattaaaagtcgtgctctcagaatttaatcctgaaagcacgacttttaatttaacgcgtgttcaattatcggaccacatagacgtgg < 2:2403214‑M2/135‑92 (MQ=255) cTAAGAATAGATTCTTAGTGTTGCACTTGATTTGACAATTGAGGgaaaaattaaaagtcgtgctctcagaatttaatcctgaaagcacgacttttaatttaacgcgtgttcaattatcggaccacatagacgtgg < 2:179376‑M2/135‑92 (MQ=255) cTAAGAATAGATTCTTAGTGTTGCACTTGATTTGACAATTGAGGgaaaaattaaaagtcgtgctctcagaatttaatcctgaaagcacgactattaatttaacgcgtgttcaattatcggaccacatagacgtgg < 1:2192649‑M2/135‑92 (MQ=255) cTAAGAATAGATTCTTAGTGTTGCACTTGATTTGACAATTGAGGaaaaaaataaattaaactaaatttgtttcaaataacatcatacaagggggattatttatgctacagtttgagaaatt > 1:1036973‑M2/1‑44 (MQ=255) tAAGAATAGATTCTTAGTGTTGCACTTGATTTGACAATTGAGGgaaaaattaaaagtcgtgctctcagaatttaatcctgaaagcacgacttttaatttaacgcgtgttcaattatcggaccacatagacgtggtc < 2:2126579‑M2/136‑94 (MQ=255) tAAGAATAGATTCTTAGTGTTGCACTTGATTTGACAATTGAGGaaaaaaataaattaaactaaatttgtttcaaataacatcatacaagggggattatttatgctacagtttgagaaattacaatattccaggtt < 2:583356‑M2/135‑93 (MQ=255) aaGAATAGATTCTTAGTGTTTCACTTGATTTGACAATTGAGGaaaaaaataaattaaactaaatttgtttcaaataacatcatacaagggggattatttatgctacagtttgagaaattacaatattccaggttg < 2:1544079‑M2/135‑94 (MQ=255) aaGAATAGATTCTTAGTGTTGCACTTGATTTGACAATTGAGGgaaaaattaaaagtcgtgctctcagaatttaatcctgaaagcacgacttttaatttaacgcgtgttcaattatcggaccacatagacgtggtcg < 2:2457132‑M2/136‑95 (MQ=255) aGAATAGATTCTTAGTGTTGCACTTGATTTGACAATTGAGGgaaaaattaaaagtcgtgctctcagaatttaatcctgaaagcacgacttttaatttaacgcgtgttcaagtatcggaccacatagacgtggtcgt < 2:1441512‑M2/136‑96 (MQ=255) aGAATAGATTCTTAGTGTTGCACTTGATTTGACAATTGAGGgaaaaattaaaagtcgtgctc > 2:1369317‑M2/1‑41 (MQ=255) aTAGATTCTTAGTGTTGCACTTGATTTGACAATTGAGGaaaaaaataaattaaactaaatttgtttcaaataacatcatacaagggggattatttatgctacagtttgagaaattacaata > 2:1130927‑M2/1‑38 (MQ=255) aTTCTTAGTGTTGCACTTGATTTGACAATTGAGGgaaaaattaaaagtcgtgctctcagaatttaatcctgaaagcacgacttttaatttaacgcgtgttcaattatcggaccacatagacgtggtcgtgaatcag < 1:327995‑M2/136‑103 (MQ=255) ttCTTAGTGTTGCACTTGATTTGACAATTGAGGgaaaaattaaaagtcgtgctctcagaatttaatcctgaaagcacgacttttaatttaacgcgtgttcaattatcggaccacatagacgtggtcgtgaatcagg < 1:1119815‑M2/136‑104 (MQ=255) ttCTTAGTGTTGCACTTGATTTGACAATTGAGGaaaaaaataaattaaactaaatttgtttcaaataacatcatacaagggggattatttatgctacagtttgagaaattacaatattccaggttgccgcaaaaaa < 1:2499074‑M2/136‑104 (MQ=255) tCTTAGTGTTGCACTTGCTTTGACAATTGAGGgaaaaattaaaagtcgtgctctcagaatttaatcctgaaagcacgacttttaatttaacgcgtgttcaattatcggaccacatagacgtggtcgtgaatcaggt > 2:941082‑M2/1‑32 (MQ=255) cTTAGTGTTGCACTTGATTTGACAATTGAGGaaaaaaataaattaaactaaatttgtttcaaataacatcatacaagggggattatttatgctacagtttgagaaattacaatattccaggttgccgcaaaaaaa < 1:240276‑M2/135‑105 (MQ=255) cTTAGTGTTGCACTTGATTTGACAATTGAGGaaaaaaataaattaaactaaatttgtttcaaataacatcatacaagggggattatttatgctacagtttgagaaattacaatattccaggttgccgcaaaaaaa < 2:356033‑M2/135‑105 (MQ=255) tgtTGCACTTGATTTGACAATTGAGGgaaaaattaaaagtcgtgctctcagaatttaatcctgaaagcacgacttttaatttaacgcgtgttcaattatcggaccacatagacgtggtcgtgaatcaggtcgaatg < 1:291525‑M2/136‑111 (MQ=255) tgtTGCACTTGATTTGACAATTGAGGaaaaaaataaattaaactaaatttgtttcaaataacatcatacaagggggattatttatgctacagtttgagaaattacaatattccaggttgccgcaaaaaaagcttg < 1:1354224‑M2/135‑110 (MQ=255) gtTGCACTTGATTTGACAATTGAGGaaaaaaataaattaaactaaatttgtttcaaataacatcatacaagggggattatttatgctacagtttgagaaattacaatattccaggttgccgcaaaaaaagcttgcc > 2:2406391‑M2/1‑25 (MQ=255) cACTTGATTTGACAATTGAGGaaaaaaataaattaaactaaatttgtttcaaataacatcatacaagggggattatttatgctacagtttgagaaattacaatattccaggttgccgcaaaaaaagcttgccaaaa < 1:949376‑M2/136‑116 (MQ=255) cTTGATTTGACAATTGAGGgaaaaattaaaagtcgtgctctcagaatttaatcctgaaagcacgacttttaatttaacgcgtgttcaattatcggaccacatagacgtggtcgtgaatcaggtcgaatggtcggaa < 1:1646158‑M2/136‑118 (MQ=255) ttGATTTGACAATTGAGGgaaaaattaaaagtcgtgctctcagaatttaatcctgaaagcacgacttttaatttaacgcgtgttcaattatc < 1:1325964‑M2/92‑75 (MQ=255) ttGATTTGACAAGTGAGGaaacaaataaattaaactaaatttgtttcaaataacatcatacaagggggattatttatgctacagtttgagaaattacaatattccaggttgccgcaaaaaaagcttgccaaaatat > 2:2037277‑M2/1‑18 (MQ=255) tGATTTGACAATTGAGGaaaaaaataaattaaactaaatttgtttcaaataacatcatacaagggggattatttatgctacagtttgagaaattacaatattccaggttgccgcaaaaaaagcttgccaaaatatc > 2:2546536‑M2/1‑17 (MQ=255) tGATTTGACAATTGAGGaaaaaaataaattaaactaaatttgtttcaaataacatcatacaagggggattatttatgctacagtttgagaaattacaatattccaggttgccgcaaaaaaagcttgccaaaatatc > 2:1857041‑M2/1‑17 (MQ=255) ttGACAATTGAGGaaaaaaataaattaaactaaatttgtttcaaataacatcatacaagggggattatttatgctacagtttgagaaattacaatattccaggttgccgcaaaaaaagcttgccaaaatatctggt < 2:1055403‑M2/136‑124 (MQ=255) cAATTGAGGgaaaaattaaaagtcgtgctctcagaatttaatcctgaaagcacgacttttaatttaacgcgtgttcaattatcggaccacatagacgtggtcgtgaatcaggtcgaatggtcggaaatgagcattt > 1:1407124‑M2/1‑9 (MQ=255) ggaaaaaaataaattaaactaaatttgtttcaaataacatcatacaagggggattatttatgctacagtttgagaaattacaatattccaggttgccgcaaaaaaagcttgccaaaatatctggtggttttaatc > 2:2565197‑M2/1‑2 (MQ=255) ggaaaaaaataaattaaactaaatttgtttcaaataacatcatacaagggggattatttatgctacagtttgagaaattacaatattccaggttgccgcaaaaaaagcttgccaaaatatctggtggttttaatc > 2:532832‑M2/1‑2 (MQ=255) ggaaaaaaataaattaaactaaatttgtttcaaataacatcatacaagggggattatttatgctacagtttgagaaattacaatattccaggttgccgcaaaaaaagcttgccaaaatatctggtggttttaatc > 2:1301561‑M2/1‑2 (MQ=255) ggaaaaaaataaattaaactaaatttgtttcaaataacatcatacaagggggattatttatgctacagtttgagaaattacaatattccaggttgccgcaaaaaaagcttgccaaaatatctggtggttttaatc > 2:1075421‑M2/1‑2 (MQ=255) | CAAGATACCTTAAACAACCGGCTACGGCGGTCATTGAACTATCGCTGCCCAGCCGATCTAATGCCTGAACTAGCTTAGCAACTAGACCACTTCTAAGAATAGATTCTTAGTGTTGCACTTGATTTGACAATTGAGG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > TrimmedAssembly_T66_contig_34/1068‑1203 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |