| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | TrimmedAssembly_T66_contig_21 | = 29409 | 0 (0.000) | 164 (0.590) | 58/260 | 0.9 | 100% | intergenic (‑1/–) | rasttk_feature_annotation_tool=elepa@bvbrc/– | hypothetical protein/– |
| ? | TrimmedAssembly_T66_contig_37 | 1 = | 0 (0.000) | intergenic (–/+9) | –/rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2 | –/Mobile element protein | |||||
Only 100 of 364 total aligned reads displayed.
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCAATACTAAAAAAGCTAAAATGACCATTTGACGACTAGTGTTAAGTTGACGTTCACAATTTTTCCAGAGACGGCGACATTTATCTAACCAACTGAAAGATCGTTCAATA > TrimmedAssembly_T66_contig_37/1‑136 | tattttctgcatcattcattggatttttaatttttaaatctgaattatctttaacaaagtctttgagtttattttgggttctcttactaatctcttctttaaccatttcaatctctaattggttctttttttttAg < 2:2305806‑M2/2‑1 (MQ=255)tattttctgcatcattcattggatttttaatttttaaatctgaattatctttaacaaagtctttgagtttattttgggttctcttactaatctcttctttaaccatttcaatctctaattggttctttttttttAg < 2:735326‑M2/2‑1 (MQ=255) attttctgcatcattcattggatttttaatttttaaatctgaattatctttaacaaagtctttgagtttattttgggttctcttactaatctcttctttatccatttcaatctctaattgtttctttttttttata > 2:261279‑M2/134‑134 (MQ=255) attaagccttcgaagttcacatggtcattaggcaacgttggcacactgattaattgccccccctcgatttcagcatgtagtccatattctgaaaacgtcggtgcggacactagcacctggtcgttggtggctaAGa < 1:116171‑M1/3‑1 (MQ=255) ttcgaagttcacatggtcattaggcaacgttggcacactgattaattgccccccctcgatttcagcatgtagtccatattctgaaaacgtcggtgcggacactagcacctggtcgttggtggctaAGAACCTGttt > 1:1183333‑M1/126‑136 (MQ=255) ttcgaagttcacatggtcattaggcaacgttggcacactgattaattgccccccctcgatttcagcatgtagtccatattctgaaaacgtcggtgcggacactagcacctggtcgttggtggctaAGAACCTGttt > 2:843107‑M1/126‑136 (MQ=255) ttcgaagttcacatggtcattaggcaacgttggcacactgattaattgccccccctcgatttcagcatgtagtccatattctgaaaacgtcggtgcggacactagcacctggtcgttggtggctaAGAACCTGttt > 2:1433319‑M1/126‑136 (MQ=255) atcattcattggatttttaatttttaaatctgaattatctttaacaaagtctttgagtttattttgggttctcttactaatctcttctttaaccatttcaatctctaattggttctttttttttAGAACCTGttt < 1:266233‑M2/11‑1 (MQ=255) aagttcacatggtcattaggcaacgttggcacactgattaattgccccccctcgatttcagcatgtagtccatattctgaaaacgtcggtgcggacactagcacctggtcgttggtggctaAGAACCTGTTTaaaa < 2:1933484‑M1/15‑1 (MQ=255) ttcatttgttttttaatttttaaatcttaattatctttaacaaagtctttgattttattttgggttctcttactaatctcttctttaaccatttcaatctctaattggttctttttttttAGAACCTGTTTAAAAt < 2:869891‑M2/16‑1 (MQ=255) agttcacatggtcattaggcaacgttggcacactgattaattgccccccctcgatttcagcatgtagtccatattctgaaaacgtcggtgcggacactagcacctggtcgttggtggctaAGAACCTGTTTaaaa < 1:164529‑M1/15‑1 (MQ=255) agttcacatggtcattaggcaacgttggcacactgattaattgccccccctcgatttcagcatgtagtccatattctgaaaacgtcggtgcggacactagcacctggtcgttggtggctaAGAACCTGTTTaaaa < 2:376617‑M1/15‑1 (MQ=255) ggatttttaatttttaaatctgaattatctttaacaaagtctttgagtttattttgggttctcttactaatctcttctttaaccatttcaatctctaattggttctttttttttAGAACCTGTTTAAAATCTCTTg > 1:1354099‑M2/115‑136 (MQ=255) ggatttttaatttttaaatctgaattatctttaacaaagtctttgagtttattttgggttctcttactaatctcttctttaaccatttcaatctctaattggttctttttttttAGAACATGTTTAAAATCTCTTg > 2:2503263‑M2/115‑136 (MQ=255) catggtcattaggcaacgttggcacactgattaattgccccccctcgatttcagcatgtagtccatattctgaaaacgtcggtgcggacactagcacctggtcgttggtggctaAGAACCTGTTTAAAATCTCTTg < 2:1353287‑M1/22‑1 (MQ=255) tttttaatttttaaatctgaattatctttaacaaagtctttgagtttattttgggttctcttactaatctcttctttaaccatttcaatctctaattggttctttttttttAGAACCTGTTTAAAATCTCTTGagc < 1:1254865‑M2/25‑1 (MQ=255) ggtcattaggcaacgttggcacactgattaattgccccccctcgatttcagcatgtagtccatattctgaaaacgtcggtgcggacactagcacctggtcgttggtggctaAGAACCTGTTTAAAATCTCTTGagc > 1:912356‑M1/112‑136 (MQ=255) tttaatttttaaatctgaattatctttaacaaagtctttgagtttattttgggttctcttactaatctcttctttaaccatttcaatctctaattggttctttttttttAGAACCTGTTTAAAATCTCTTGagcag < 2:2005514‑M2/27‑1 (MQ=255) taattgccccccctcgatttcagcatgtagtccatattctgaaaacgtcggtgcggacactagcacctggtcgttggtggctaAGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCAATACTAAAAAAGCTAAAAt > 2:1780081‑M1/84‑131 (MQ=255) aattgccccccctcgatttcagcatgtagtccatattctgaaaacgtcggtgcggacactagcacctggtcgttggtggctaAGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCAATACTAAAAAAGCTAAAATGACCAt < 2:1682361‑M1/54‑1 (MQ=255) aattgccccccctcgatttcagcatgtagtccatattctgaaaacgtcggtgcggacactagcacctggtcgttggtggctaAGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCAATACTAAAAAAGCTAAAATGACCAt < 1:591326‑M1/54‑1 (MQ=255) aattgccccccctcgatttcagcatgtagtccatattctgaaaacgtcggtgcggacactagcacctggtcgttggtggctaAGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCAATACTAAAAAAGCTAAAATGACCAt < 1:108852‑M1/54‑1 (MQ=255) 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agtctttgagtttattttgggttctcttactaatctcttctttaaccatttcaatctctaattggttctttttttttAGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCAATACTAAAAAAGCTAAAATGACCATTTgac < 2:1734231‑M2/59‑1 (MQ=255) agtctttgagtttattttgggttctcttactaatctcttctttaaccatttcaatctctaattggttctttttttttAGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCAATACTAAAAAAGCTAAAATGACCATTTgac < 2:1149728‑M2/59‑1 (MQ=255) agtctttgagattattttgggttctcttactaatctcttctttaaccatttcaatctctaactggttctttttttttAGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCAATACTAAAAAAGCTAAAATGACCATTTgac < 1:1766089‑M2/59‑1 (MQ=255) cccccctcgatttcagcatgtagtccatattctgaaaacgtcggtgcggacactagcacctggtcgttggtggctaAGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCAATACTAAAAAAGCTAAAATGACCATTTgac > 2:2411758‑M1/77‑135 (MQ=255) cccccctcgatttcagcatgtagtccatattctgaaaacgtcggtgcggacactagcacctggtcgttggtggctaAGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCAATACTAAAAAAGCTAAAATGACCATTTgac > 1:774072‑M1/77‑135 (MQ=255) cccccctcgatttcagcatgtagtccatattctgaaaacgtcggtgcggacactagcacctggtcgttggtggctaAGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCAATACTAAAAAAGCTAAAATGACCATTTgac > 2:80176‑M1/77‑135 (MQ=255) cccccctcgatttcagcatgtagtccatattctgaaaacgtcggtgcggacactagcacctggtcgttggtggctaAGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCAATACTAAAAAAGCTAAAATGACCATTTgac > 1:2549160‑M1/77‑135 (MQ=255) cccccctcgatttcagcatgtagtccatattctgaaaacgtcggtgcggacactagcacctggtcgttggtggctaAGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCAATACTAAAAAAGCTAAAATGACCATTTgac > 2:1574734‑M1/77‑135 (MQ=255) cccccctcgatttcagcatgtagtccatattctgaaaacgtcggtgcggacactagcacctggtcgttggtggctaAGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCAATACTAAAAAAGCTAAAATGACCATTTgac > 2:164496‑M1/77‑135 (MQ=255) cccccctcgatttcagcatgtagtccatattctgaaaacgtcggtgcggacactagcacctggtcgttggtggctaAGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCAATACTAAAAAAGCTAAAATGACCATTTgac > 1:171965‑M1/77‑135 (MQ=255) cccccctcgatttcagcatgtagtccatattctgaaaacgtcggtgcggacactagcacctggtcgttggtggctaAGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCAATACTAAAAAAGCTAAAATGACCATTTgac > 1:2270730‑M1/77‑135 (MQ=255) cccctcgatttcagcatgtagtccatattctgaaaacgtcggtgcggacactagcacctggtcgttggtggctaAGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCAATACTAAAAAAGCTAAAATGACCATTTgacg < 2:1245698‑M1/60‑1 (MQ=255) ttgagtttattttgggttctcttactaatctcttctttaaccatttcaatctctaattggttctttttttttAGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCAATACTAAAAAAGCTAAAATGACCATTTGACGACTa < 2:59986‑M2/64‑1 (MQ=255) ttgagtttattttgggttctcttactaatctcttctttaaccatttcaatctctaattggttctttttttttAGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCAATACTAAAAAAGCTAAAATGACCATTTGACGACTa < 2:950381‑M2/64‑1 (MQ=255) ttgagtttattttgggttctcttactaatctcttctttaaccatttcaatctctaattggttctttttttttAGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCAATACTAAAAAAGCTAAAATGACCATTTGACGACTa < 1:2414718‑M2/64‑1 (MQ=255) cctcgatttcagcatgtagtccatattctgaaaacgtcggtgcggacactagcacctggtcgttggtggctaAGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCAATACTAAAAAAGCTAAAATGACCATTTGACGACTa < 2:908502‑M1/64‑1 (MQ=255) cctcgatttcagcatgtagtccatattctgaaaacgtcggtgcggacactagcacctggtcgttggtggctaAGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCAATACTAAAAAAGCTAAAATGACCATTTGACGACTa < 2:515970‑M1/64‑1 (MQ=255) cctcgatttcagcatgtagtccatattctgaaaacgtcggtgcggacactagcacctggtcgttggtggctaAGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCAATACTAAAAAAGCTAAAATGACCATTTGACGACTa < 2:443743‑M1/64‑1 (MQ=255) tcgatttcagcatgtagtccatattctgaaaacgtcggtgcggacactagcacctggtcgttggtggctaAGa < 1:365916‑M1/3‑1 (MQ=255) tttgggttctcttactaatctcttctttaaccatgtcaatctctaattggttctttttatttAGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCACTACTAAAAAAGCTAAAATGACCATTTGACGCCTCGTGTTACGtt > 2:179791‑M2/63‑136 (MQ=255) ttgggttctcttactaatctcttctttaaccatttcaatctctaattggttctttttttttAGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCAATACAAAAAAAGCTAAAATGACAATTTGACGACTAGTGTTAAgttt > 2:2446741‑M2/62‑135 (MQ=255) atgtagtccatattctgaaaacgtcggtgcggacactagcacctggtcgttggtggctaAGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCAATACTAAAAAAGCTAAAATGACCATTTGACGACTAGTGTTAAGttgcc > 1:124437‑M1/60‑134 (MQ=255) tactaatctcttctttaaccatttcaatctctaattggttctttttttttAGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCAATACTAAAAAAGCTAAAATGACCATTTGACGACTAGTGTTAAGTTGACGTTCACAAt > 1:482022‑M2/51‑136 (MQ=255) tactaatctcttctttaaccatttcaatctctaattggttcttttttttaAGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCAATACTAAAAAAGCTAAAATGACCATATGACGACTAGTGTTAAGTTGAAGTTCACAAt > 1:2238180‑M2/51‑136 (MQ=255) 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tagctcctggtcgttggtggctaAGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCAATACTAAAAAAGCTAAAATGACCATTTGACGACTAGTGTTAAGTTGACGTTCACAATTTTTCCAGAGACGGCGACATTTATCTa > 2:1045103‑M1/24‑136 (MQ=255) tagcacctggtcgttggtggctaAGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCAATACTAAAAAAGCTAAAATGACCATTTGACGACTAGTGTTAAGTTGACGTTCACAATTTTTCCAGAGACGGCGACATTTATCTa > 2:1981369‑M1/24‑136 (MQ=255) tagcacctggtcgttggtggctaAGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCAATACTAAAAAAGCTAAAATGACCATTTGACGACTAGTGTTAAGTTGACGTTCACAATTTTTCCAGAGACGGCGACATTTATCTa > 2:541355‑M1/24‑136 (MQ=255) ctaattggttctttttttttAGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCAATACTAAAAAAGCTAAAATGACCATTTGACGACTAGTGTTAAGTTGACGTTCACAATTTTTCCAGAGACGGCGACATTTATCTAAcc > 2:2195652‑M2/21‑136 (MQ=255) ctggtcgttggtggctaAGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCAATACTAAAAAAGCTAAAATGACCATTTGACGACTATTGTTAAGTTGACGTTCACAATTTTTCCAGAGACGGCGACATTTATCTAACCa < 1:1919977‑M1/117‑1 (MQ=255) cgttggtggctaAGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCAATACTAAAAAAGCTAAAATGACCATTTGACGACTAGTGTTAAGTTGACGTTCACAATTTTTCCAGAGACGGCGACATTTATCTAACCAACTGaaa < 1:974850‑M1/124‑1 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(MQ=255) cgttggtggctaAGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCAATACTAAAAAAGCTAAAATGACCATTTGACGACTAGTGTTAAGTTGACGTTCACAATTTTTCCAGAGACGGCGACATTTATCTAACCAACTGaaa < 1:1780791‑M1/124‑1 (MQ=255) cgttggtggctaAGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCAATACTAAAAAAGCTAAAATGACCATTTGACGACTAGTGTTAAGTTGACGTTCACAATTTTTCCAGAGACGGCGACATTTATCTAACCAACTGaaa < 1:1836582‑M1/124‑1 (MQ=255) cgttggtggctaAGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCAATACTAAAAAAGCTAAAATGACCATTTGACGACTAGTGTTAAGTTGACGTTCACAATTTTTCCAGAGACGGCGACATTTATCTAACCAACTGaaa < 2:237611‑M1/124‑1 (MQ=255) cgttggtggctaAGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCAATACTAAAAAAGCTAAAATGACCATTTGACGACTAGTGTTAAGTTGACGTTCACAATTTTTCCAGAGACGGCGACATTTATCTAACCAACTGaaa < 2:2341111‑M1/124‑1 (MQ=255) cgttggtggctaAGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCAATACTAAAAAAGCTAAAATGACCATTTGACGACTAGTGTTAAGTTGACGTTCACAATTTTTCCAGAGACGGCGACATTTATCTAACCAACTGaaa < 2:2091168‑M1/124‑1 (MQ=255) cgttggtggctaAGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCAATACTAAAAAAGCTAAAATGACCATTTGACGACTAGTGTTAAGTTGACGTTCACAATTTTTACAGAGACGGCGACATTTATCTAACCAACTGaaa < 1:427791‑M1/124‑1 (MQ=255) ttttttttAGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCAATACTAAAAAAGCTAAAATGACCATTTGACGACTAGTGTTAAGTTGACGTTCACAATTTTTCCAGAGACGGCGACATTTATCTAACCAACTGAAAGATc > 1:2018406‑M2/9‑136 (MQ=255) tttttttAGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCAATACTAAAAAAGCTAAAATGACCATTTGACGACTAGTGTTAAGTTGACGTTCACAATTTTTCCAGAGACGGCGACATTTATCTAACCAACTGAAAGATCg > 1:2513928‑M2/8‑136 (MQ=255) gtggctaAGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCAATACTAAAAAAGCTAAAATGACCATTTGACGACTAGTGTTAAGTTGACGTTCACAATTTTTCCAGAGACGGCGACATTTATCTa > 2:1282617‑M1/8‑120 (MQ=255) ttttttAGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCAATACTAAAAAAGCTAAAATGACCATTTGACGACTAGTGTTAAGTTGACGTTCACAATTTTTCCAGAGACGGCGACATTTATCTAACCAACTGAAAGATCGt > 1:2372121‑M2/7‑136 (MQ=255) aGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCAATACTAAAAAAGCTAAAATGACCATTTGACGACTAGTGTTAAGTTGACGTTCACAATTTTTCCAGAGACGGCGACATTTATCTAACCAACTGAAAGATCGTTCaata < 2:1217892/136‑1 (MQ=255) aGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCAATACTAAAAAAGCTAAAATGACCATTTGACGACTAGTGTTAAGTTGACGTTCACAATTTTTCCAGAGACGGCGACATTTATCTAACCAACTGAAAGATCGTTCaata < 1:1854624/136‑1 (MQ=255) | ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AGAACCTGTTTAAAATCTCTTGAGCAGCAATACTAAAAAAGCTAAAATGACCATTTGACGACTAGTGTTAAGTTGACGTTCACAATTTTTCCAGAGACGGCGACATTTATCTAACCAACTGAAAGATCGTTCAATA > TrimmedAssembly_T66_contig_37/1‑136 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |