New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | TrimmedAssembly_T66_contig_17 | 66638 = | 77 (0.480) | 95 (0.750) +ATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACT |
36/206 | 0.8 | 75.9% | intergenic (+352/–) | rasttk_feature_annotation_tool=elepa@bvbrc/– | hypothetical protein/– |
? | TrimmedAssembly_T66_contig_20 | 1 = | 0 (0.000) | intergenic (–/+632) | –/rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2 | –/Lipoteichoic acid synthase LtaS Type IIa |
Only 100 of 147 total aligned reads displayed.
‑CGCTAGCGAATTGACTTCGCAAATGTTTTGCTCTTGATTCAAAATCAAGAGACCCTACACATTTGATTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGATCTAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < TrimmedAssembly_T66_contig_17/66738‑66638 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTCATAATAATGAGTAATGTTGCATATCGCTCTTAACGAC > TrimmedAssembly_T66_contig_20/1‑135 |||||||||||||||||||||||||||| ttGCTAGCGAATTGACTTCGCAAATGTTTTGCTCTTGATTCAAAATCAAGAGACCCTACACATTTGATTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAA > 1:494999/3‑136 ttGCTAGCGAATTGACTTCGCAAATGTTTTGCTCTTGATTCAAAATCAAGAGACCCTACACATTTGATTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGGTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAA > 2:1368966/3‑136 GCTAGCGAATTGACTTCGCAAATGTTTTGCTCTTGATTCAAAATCAAGAGACCCTACACATTTGATTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGT > 2:953931/1‑136 TAGCGAATTGACTTCGCAAATGTTTTGCTCTTGATTCAAAATCAAGAGACCCTACACATTTGATTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTT < 1:681581/136‑1 ATTGACTTCGCAAATGTTTTGCTCTTGATTCAAAATCAAGAGACCCTACACATTTGATTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCAT < 2:548276/135‑1 ATTGACTTCGCAAATGTTTTGCTCTTGATTCAAAATCAAGAGACCCTACACATTTGATTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCAT < 1:1469861/135‑1 TGACTTCTCAAATGTTTTGCTCTTGATTCAAAATCAAGAGACCCTAAACATTTGATACGTCGAAACATTGTTCAGTTTTCAAAGGTCAAAATCGTTCGTAGATTACCTCAACTCAACTATTAAAGTTTATCATCAT > 1:2443253/1‑136 CTTCGCAAATGTTTTGCTCTTGATTCAAAATCAAGAGACCCTACACATTTGATTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAG < 2:1067963/136‑1 CTTCGCAAATGTTTTGCTCTTGATTCAAAATCAAGAGACCCTACACATTTGATTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAG < 1:2208480/136‑1 CGCAAATGTTTTGCTCTTGATTCAAAATCTAGAGACCCTACACATTTGATTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAAC < 1:1779053/136‑1 CGCAAATGTTTTGCTCTTGATTCAAAATCAAGAGACCCTACACATTTGATTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAAC < 1:105469/136‑1 CGCAAATGTTTTGCTCTTGATTCAAAATCAAGAGACCCTACACATTTGATTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAAC < 2:167519/136‑1 CGCAAATGTTTTGCTCTTGATTCAAAATCAAGAGACCCTACACATTTGATTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAAC < 2:1584987/136‑1 CGCAAATGTTTTGCTCTTGATTCAAAATCAAGAGACCCTACACATTTGATTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAAC < 1:1779072/136‑1 CGCAAATGTTTTGCTCTTGATTCAAAATCAAGAGACCCTACACATTTGATTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAAC < 1:1702497/136‑1 GCAAATGTTTTGCTCTTGATTCAAAATCAAGAGACCCTACACATTTGATTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACA > 1:743356/1‑136 GCAAATGTTTTGCTCTTGATTCAAAATCAAGAGACCCTACACATTTGATTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACA > 1:743349/1‑136 AATGTTTTGCTCTTGATTCAAAATCAAGAGACCCTACACATTTGATTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAA > 1:1307555/1‑134 ATGTTTTGCTCTTGATTCAAAATCAAGAGACCCTACACATTTGATTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCT < 1:1753002/136‑1 ATGTTTTGCTCTTGATTCAAAATCAAGAGACCCTACACATTTGATTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAA > 2:2107746/1‑133 CTCTTGATTCAAAATCAAGAGACCCTACACATTTGATTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCAT < 2:1059261/114‑1 CTCTTGATTCAAAATCAAGAGACCCTACACATTTGATTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCAT > 1:1059261/1‑114 CTCTTGATTCAAAATCAAGAGACCCTACACATTTGATTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAAATATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACA > 1:1576834/1‑135 TCAAAATCAAGAGACCCTACACATTTGATTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTAT > 2:1738649/1‑136 TCAAAATCAAGAGACCCTACACATTTGATTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTGTTTAT > 2:67880/1‑136 ATCAAGAGACCCTACACATTTGATTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATT < 1:792229/136‑1 AAGAGACCCTACACATTTGATTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATT < 1:1777514/136‑1 AAGAGACCCAACACATTTGATTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATT < 1:2172088/136‑1 GACCCTACACATTTGATTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTG < 1:2240720/135‑1 cCACCTTTGATTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTGTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACT < 2:2353705/135‑1 ACACATTTGATTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACT < 2:1582378/136‑1 ACACATTTGATTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACT < 2:1307555/136‑1 ACACATTTGATTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACT < 1:1010452/136‑1 ACACATTTGATTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACT < 2:636680/136‑1 ACACATTTGATTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACT < 2:743356/136‑1 CACATTTGATTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTA < 1:1097159/136‑1 GATTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATG < 2:1706808/136‑1 ATTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGT > 1:184650/1‑136 ATTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGT > 1:185159/1‑136 ATTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGT > 2:1903678/1‑136 ATTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGT > 1:250733/1‑136 ATTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGT > 1:239947/1‑136 ATTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGT > 1:2279456/1‑136 ATTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGT > 1:2222142/1‑136 ATTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCGTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGT > 1:1315778/1‑136 ATTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATAATCATCAGAACAATCTGTCAACATCTTGTTATAAATTCTTTTTAATAACTAGTCAATGT > 2:193513/1‑136 GTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAAT < 2:403932/136‑1 AAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTC > 2:482662/1‑136 AAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTC > 1:842686/1‑136 AAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTC > 1:1954116/1‑136 AAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTC > 2:772917/1‑136 TCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAAT < 1:537826/135‑1 TCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATAT > 2:2239083/1‑136 TCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATAT > 1:1496199/1‑136 AAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTC < 2:1006539/136‑1 TCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTCATA < 2:2103126/134‑1 CTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTCATAAT < 1:2103953/135‑1 CTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTCATAAT < 2:250733/135‑1 AAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTCATAATAAT < 1:550581/136‑1 AAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTCATAATAAT < 1:505432/136‑1 AAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTCATAATAAT > 1:2023151/1‑136 ATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTCATAATAATGA < 2:494999/136‑1 ATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTCATAATAATGA > 2:283293/1‑136 ATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTCATAATAATGA < 1:945992/136‑1 ATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTCATAATAATGA < 1:182407/136‑1 ATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTCATAATAATGA < 1:1975373/136‑1 ATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTCATAATAATGA < 1:2107746/136‑1 TCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTCATAATAATGAGTAAT < 2:2411569/136‑1 GTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCACTTTGAATATTCATAATAATGAGTAATGT > 1:1179138/1‑136 GTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAGTATTCATAATAATGAGTAATGT > 1:1641769/1‑136 GTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTCATAATAATGAGTAATGT > 2:2240008/1‑136 GTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTCATAATAATGAGTAATGT > 2:516669/1‑136 GTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTCATAATAATGAGTAATGT > 1:2011208/1‑136 GTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTCATAATAATGAGTAATGT > 1:1520467/1‑136 GTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTCATAATAATGAGTAATGT > 1:1735883/1‑136 GTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTCATAATAATGAGTAATGT > 1:1133873/1‑136 GTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTCATAATAATGAGTAATGT > 1:143211/1‑136 GTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTCATAATAATGAGTAATGT > 2:2188328/1‑136 GTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTCATAATAATGAGTAATGT > 1:165442/1‑136 GTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTCATAATAATGAGTAATGT > 1:783724/1‑136 GTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAAT > 2:736189/1‑97 GTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTGTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTCATAATAATGAGTAATGT > 2:1010021/1‑136 GTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTATGAATAAATTATTTAGAATAACTAGTCAATGAAACTGCTCACATCAATTGGAATATTCATAATAATGAGTCATGT > 2:1295228/1‑136 TTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTCATAATAATGAGTAATGTT > 1:263774/1‑136 TTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTCATAATAATGAGTAATGTT > 1:1236731/1‑136 TTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTCATAATAATGAGTAATGTT > 1:625450/1‑136 GATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCAACAACAGAACATGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTCATAATAATGAGTAATGTTGC < 1:1562763/136‑1 TACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTCATAATAATGAGTAATGTTGCATA < 2:1626294/136‑1 TACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTCATAATAATGAGTAATGTTGCATA < 2:864858/136‑1 CGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACT > 2:1409217/1‑70 CGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACT < 1:1409217/70‑1 AACTATTAAAGATTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTCATAATAATGAGTAATGTTGCATATCGCTCTTAAC > 1:44349/1‑136 ACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAAAATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTCATAATAATGAGTAATGTTGCACATCGCTATTAACG < 1:620037/136‑1 TATTAAATTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTCATAATAATGAGTAATGTTGCATATCGCTCTTAACGAC < 2:658579/136‑1 TATTAAAGTTTATCATCATCAGCACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTCATAATAATGAGTAATGTTGCATATCGCTCTTAACGAC < 1:2080247/136‑1 TATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTCATAATAATGAGTAATGTTGCATATCGCTCTTAACGAC < 1:1903678/136‑1 TATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTCATAATAATGAGTAATGTTGCATATCGCTCTTAACGAC < 2:1530260/136‑1 TATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTCATAATAATGAGTAATGTTGCATATCGCTCTTAACGAC < 2:351025/136‑1 TATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTCATAATAATGAGTAATGTTGCATATCGCTCTTAACGAC < 2:282810/136‑1 TATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTCATAATAATGAGTAATGTTGCATATCGCTCTTAACGAC < 2:2000147/136‑1 |||||||||||||||||||||||||||| ‑CGCTAGCGAATTGACTTCGCAAATGTTTTGCTCTTGATTCAAAATCAAGAGACCCTACACATTTGATTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGATCTAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < TrimmedAssembly_T66_contig_17/66738‑66638 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTCATAATAATGAGTAATGTTGCATATCGCTCTTAACGAC > TrimmedAssembly_T66_contig_20/1‑135 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |