| New junction evidence | |||||||||||
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Only 100 of 673 total aligned reads displayed.
GTTACCGATTATGTTATGATAATAACGTTTCAAATTCATTTGCATAGTTATTCAACTTCTTAAATAAAGTTGTTGACAAGGAAATGATGAAATGATATTATGTAATAGTTGTGTTAAGCGATTAACGCACGGAATTAGATCTTTGAAAACTGAACAAAGTTTCGACGAATCAAATGTGTAGGGTCTCTTGATTTTGAATCAAGAGCAAAACATTTGCGAAGTCAATTCGCTAGCG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > TrimmedAssembly_T66_contig_17/66504‑66738 | attatgaatattcaaattgatgtgagcatttacattgaatagttattcaaaataatttataaaaagatgttgacagcttgttctgatgatgataaactttaatagttgcgttgaggtaatcaacgaacgatTTAg < 2:250733‑M1/4‑1 (MQ=255) acgttgttgaggcgcacaaagcggttagccgcttgcttccaacgaaaattaattataaaaagttgttgacaagatgttgataacttgatctgatgattaagttgcgttgaggtaatcaacgaacgatTTAGACCtt > 1:618348‑M2/128‑136 (MQ=255) tagtttctgttgtcgcaacggcaaccacgacaaattaatcaagttacttcttaaaaaaagttgttgacaagatattgattaagatgttatgatgattaAGTTGTGTTAAGCGATTAACGCATGGAATTAGATCtt > 1:1781709‑M1/99‑135 (MQ=255) tttctgttgtcgcaacggcaaccacgacaaattaatcaagttacttcttaaaaaaagttgttgacaagatattgattaagatgttatgatgattaAGTTGTGTTAAGCGATTAACGCATGGAATTAGATCTTTGaa < 1:2192423‑M1/41‑1 (MQ=255) 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GTTACCGATTATGTTATGATAATAACGTTTCAAATTCATTTGCATAGTTATTCAACTTCTTAAATAAAGTTGTTGACAAGGAAATGATGAAATGATATTATGTAATAGTTGTGTTAAGCGATTAACGCACGGAATTAGATCTTTGAAAACTGAACAAAGTTTCGACGAATCAAATGTGTAGGGTCTCTTGATTTTGAATCAAGAGCAAAACATTTGCGAAGTCAATTCGCTAGCG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > TrimmedAssembly_T66_contig_17/66504‑66738 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |