| New junction evidence | |||||||||||
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< 2:1626294‑M2/121‑1 (MQ=255) cgcaactATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACt < 1:1409217‑M2/63‑1 (MQ=255) cgcaactATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACt > 2:1409217‑M2/8‑70 (MQ=255) aactATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTCATAATAATGAGTAATGTTGCATATCGCTCTTAAc > 1:2527687‑M2/5‑136 (MQ=255) aactATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTCATAATAATGAGTAATGTTGCATATCGCTCTTAAc > 1:761366‑M2/5‑136 (MQ=255) aactATTAAAGATTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTCATAATAATGAGTAATGTTGCATATCGCTCTTAAc > 1:44349‑M2/5‑136 (MQ=255) tATTAAATTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTCATAATAATGAGTAATGTTGCATATCGCTCTTAACGAc < 2:658579‑M2/135‑1 (MQ=255) tATTAAAGTTTATCATCATCAGCACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTCATAATAATGAGTAATGTTGCATATCGCTCTTAACGAc < 1:2080247‑M2/135‑1 (MQ=255) tATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTCATAATAATGAGTAATGTTGCATATCGCTCTTAACGAc < 1:1903678‑M2/135‑1 (MQ=255) tATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTCATAATAATGAGTAATGTTGCATATCGCTCTTAACGAc < 2:1178763‑M2/135‑1 (MQ=255) tATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTCATAATAATGAGTAATGTTGCATATCGCTCTTAACGAc < 2:351025‑M2/135‑1 (MQ=255) tATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTCATAATAATGAGTAATGTTGCATATCGCTCTTAACGAc < 2:282810‑M2/135‑1 (MQ=255) tATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTCATAATAATGAGTAATGTTGCATATCGCTCTTAACGAc < 2:2000147‑M2/135‑1 (MQ=255) | ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTCATAATAATGAGTAATGTTGCATATCGCTCTTAACGACA > TrimmedAssembly_T66_contig_20/1‑136 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |