| New junction evidence | |||||||||||
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| * | ? | TrimmedAssembly_T66_contig_13 | 1 = | 0 (0.000) | 129 (0.580) | 56/254 | 0.7 | 71.1% | intergenic (–/‑320) | –/rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2 | –/hypothetical protein |
| ? | TrimmedAssembly_T66_contig_17 | 66634 = | 105 (0.580) | intergenic (+348/–) | rasttk_feature_annotation_tool=elepa@bvbrc/– | hypothetical protein/– | |||||
Only 100 of 556 total aligned reads displayed.
GAGGCGTTACCGATTATGTTATGATAATAACGTTTCAAATTCATTTGCATAGTTATTCAACTTCTTAAATAAAGTTGTTGACAAGGAAATGATGAAATGATATTATGTAATAGTTGTGTTAAGCGATTAACGCACGGAATTAGATCTTTGAAAACTGAACAAAGTTTCGACGAATCAAATGTGTAGGGTCTCTTGATTTTGAATCAAGAGCAAAACATTTGCGAAGTCAATTCGCTAGCG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > TrimmedAssembly_T66_contig_17/66499‑66738 | gAGGCGTTACCGATTATGTTATGATAATAACGTTTCAAATTCATTTGCATAGTTATTCAACTTCTTAAATAAAGTTGTTGACAAGGAAATGATGAAATGATATTATGTAATAGTTGTGTTAAGCGATTAACGCACg > 1:1993923/1‑136 (MQ=255) ggCGTTACCGATTATGTTATGATAATAACGTTTCAAATTCATTTGCATAGTTATTCAACTTCTTAAATAAAGTTGTTGACAAGGAAATGATGAAATGATATTATGTAATAGTTGTGTTAAGCGATTAACGCACGGa > 2:2646726/1‑136 (MQ=255) aagatagtttctgttgtcgcaacggcaactatgacaaattaatcaagttacttcttaaaaaaagttgttgacaagatattgattaagatgttatgatgattaagctgtgttaagcgattaacacacGGAATTAGa > 2:469678‑M2/127‑135 (MQ=255) cGATTATGTTATGATAATAACGTTTCAAATTCATTTGCATAGTTATTCAACTTCTTAAATAAAGTTGTTGACAAGGAAATGATGAAATGATATTATGTAATAGTTGTGTTAAGCGATTAACGCACGGAATTAGa > 1:2736057/1‑134 (MQ=255) 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aaccacgacaaattaatcaagttacttcttaaaaaaagttgttgacaagatattgattaagatgttatgatgattaagttgtgttaagcgattaacgcatGGAATTAGATCTTTGAAAACTGAACAAAGTTTcgac < 1:2035754‑M1/36‑1 (MQ=255) actatgacaaattaatcaagttacttcttaaaaaaagttgttgacaagatattgattaagatgttatgatgattaagctgtgttaagcgattaacacacGGAATTAGATCTTTGAAAACTGAACAAAGTTTcgacg < 1:2320022‑M2/37‑1 (MQ=255) aaaTTCATTTGCATAGTTATTCAACTTCTTAAATAAAGTTGTTGACAAGGAAATGATGAAATGATATTATGTAATAGTTGTGTTAAGCGATTAACGCACGGAATTAGATCTTTGAAAACTGAACAAAGTTTcgacg > 1:2675838/1‑136 (MQ=255) aaaTTCATTTGCATAGTTATTCAACTTCTTAAATAAAGTTGTTGACAAGGAAATGATGAAATGATATTATGTAATAGTTGTGTTAAGCGATTAACGCACGGAATTAGATCTTTGAAAACTGAACAAAGTTTcgacg > 2:2590/1‑136 (MQ=255) aaaTTCATTTGCATAGTTATTCAACTTCTTAAATAAAGTTGTTGACAAGGAAATGATGAAATGATATTATGTAATAGTTGTGTTAAGCGATTAACGCACGGAATTAGATCTTTGAAAACTGAACAAAGTTTcgacg > 1:1033844/1‑136 (MQ=255) aaaTTCATTTGCATAGTTATTCAACTTCTTAAATAAAGTTGTTGACAAGGAAATGATGAAATGATATTATGTAATAGTTGTGTTAAGCGATTAACGCACGGAATTAGATCTTTGAAAACTGAACAAAGTTTcgacg < 1:166809/136‑1 (MQ=255) tatgacaaattaatcaagttacttcttaaaaaaagttgttgacaagatattgattaagatgttatgatgattaagctgtgttaagcgattaacacacGGAATTAGATCTTTGAAAACTGAACAAAGTTTCGACGaa < 1:611418‑M2/39‑1 (MQ=255) cacgacaaattaatcaagttacttcttaaaaaaagttgttgaaaagatattgattaagatgttatgatgattaagtagtgttaagcgattaacgcatGGAATTAGATCTTTGAAAACTGAACAAAGTTTCGACGaa > 2:1325979‑M1/98‑136 (MQ=255) aTTCATTTGCATAGTTATTCAACTTCTTAAATAAAGTTGTTGACAAGGAAATGATGAAATGATATTATGTAATAGTTGTGTTAAGCGATTAACGCACGGAATTAGATCTTTGAAAACTGAACAAAGTTTCGACGaa < 2:2684337/136‑1 (MQ=255) aTTCATTTGCATAGTTATTCAACTTCTTAAATAAAGTTGTTGACAAGGAAATGATGAAATGATATTATGTAATAGTTGTGTTAAGCGATTAACGCACGGAATTAGATCTTTGAAAACTGAACAAAGTTTCGACGaa < 2:1993923/136‑1 (MQ=255) ttCATTTGCATAGTTATTCAACTTCTTAAATAAAGTTGTTGACAATGAAATGATGAAATGATATTATGTAATAGTTGTGTTAAGCGATTAACGCACGGAATTAGATCTTTGAAAACTGAACAAAGTTTCGACGAAt < 2:923395/136‑1 (MQ=255) ttCATTTGCATAGTTATTCAACTTCTTAAATAAAGTTGTTGACAAGGAAATGATGAAATGATATTATGTAATAGTTGTGTTAAGCGATTAACGCACGGAATTAGATCTTTGAAAACTGAACAAAGTTTCGACGAAt < 2:2169794/136‑1 (MQ=255) ttCATTTGCATAGTTATTCAACTTCTTAAATAAAGTTGTTGACAAGGAAATGATGAAATGATATTATGTAATAGTTGTGTTAAGCGATTAACGCACGGAATTAGATCTTTGAAAACTGAACAAAGTTTCGACGAAt < 2:1626109/136‑1 (MQ=255) ttCATTTGCATAGTTATTCAACTTCTTAAATAAAGTTGTTGACAAGGAAATGATGAAATGATATTATGTAATAGTTGTGTTAAGCGATTAACGCACGGAATTAGATCTTTGAAAACTGAACAAAGTTTCGACGAAt < 1:149450/136‑1 (MQ=255) atgacaaattaatcaagttacttcttaaaaaaagttgttgacaagatattgattaagatgttatgatgattaagctgtgttaagcgtttaacacacGGAATTAGATCTTTGATAACTGAACAAAGTTTCGACGAAt < 1:1106769‑M2/40‑1 (MQ=255) atgacaaattaatcaagttacttcttaaaaaaagttgttgacaagatattgattaagatgttatgatgattaagctgtgttaagcgattaacacacGGAATTAGATCTTTGAAAACTGAACAAAGTTTCGACGAAt < 1:2645815‑M2/40‑1 (MQ=255) acgacaaattaatcaagttacttcttaaaaaaagttgttgacaagatattgattaagatgttatgatgattaagttgtgttaagcgattaacgcatGGAATTAGATCTTTGAAAACTGAACAAAGTTTCGACGAAt > 1:1361699‑M1/97‑136 (MQ=255) acgacaaattaatcaagttacttcttaaaaaaagttgttgacaagatattgattaagatgttatgatgattaagttgtgttaagcgattaacgcatGGAATTAGATCTTTGAAAACTGAACAAAGTTTCGACGAAt > 1:874595‑M1/97‑136 (MQ=255) gacaaattaatcaacttacatcttaaaacaagttgttcacaagatatagattaagatgttatgatgattaagctgtgttaagcgattaacacacGGAATTAGATCTTTGAAAACTGAACAAAGTTACGACGAATCa < 2:1931167‑M2/42‑1 (MQ=255) cATTTGCCTAGTTATTCAACTTCTTAAAGACAGTTGTTGACAAGGACATGATGAAATGATATTATGTAATAGTTGTGTTAAGCGATTAACGCACGGAATTAGCTCTTTGAAAACTGAACAAAGTTTCGACGAAt < 2:129423/134‑1 (MQ=255) aattaatcaagttacttcttaaaaaaagttgttgacaagatattgattaagatgttatgatgattaagttgtgttaagcgattaacgcatGGAATTAGATCTTTGAAAACTGAACAAAGTTTCGACGAATCAAAtg > 1:1812720‑M1/91‑136 (MQ=255) aattaatcaagttacttcttaaaaaaagttgttgacaagatattgattaagatgttatgatgattaagttgtgttaagcgattaacgcatGGAATTAGATCTTTGAAAACTGAACAAAGTTTCGACGAATCAAAtg < 2:298278‑M1/46‑1 (MQ=255) cttcttAAATAAAGTTGTTGACAAGGAAATGATGAAATGATATTATGTAATAGTTGTGTTAAGCGATTAACGCACGGAATTAGATCTTTGAAAACTGAACAAAGTTTCGACGAATCAAATGTGTAGGGTCTCTTGa > 2:1733191/1‑136 (MQ=255) taaataaaGTTGTTGACAAGGAAATGATGAAATGATATTATGTAATAGTTGTGTTAAGCGATTAACGCACGGAATTAGATCTTTGAAAACTGAACAAAGTTTCGACGAATCAAATGTGTAGGGTCTCTTGATTTTg > 2:424304/1‑136 (MQ=255) 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acacacgGAATTAGATCTTTGAAAACTGAACAAAGTTTCGACGAATCAAATGTGTAGGGTCTCTTGATTTTGAATCAAGAGCAAAACATTTGCGAAGTCAATTCGCTAGCaaataaattttagtacaacattaaat > 2:862029‑M1/4‑110 (MQ=255) acacacgGAATTAGATCTTTGAAAACTGAACAAAGTTTCGACGAATCAAATGTGTAGGGTCTCTTGATTTTGAATCAAGAGCAAAACATTTGCGAAGTCAATTCGCTAGCaaataaattttagtacaacattaaat > 1:498991‑M1/4‑110 (MQ=255) acacacgGAATTAGATCTTTGAAAACTGAACAAAGTTTCGACGAATCAAATGTGTAGGGTCTCTTGATTTTGAATCAAGAGCAAAACATTTGCGAAGTCAATTCGCTAGCaaataaattttagtacaacattaaat < 2:107983‑M1/133‑27 (MQ=255) acacacgGAATTAGATCTTTGAAAACTGAACAAAGTTTCGACGAATCAAATGTGTAGGGTCTCTTGATTTTGAATCAAGAGCAAAACATTTGCGAAGTCAATTCGCTAGCaaataaattttagtacaacattaaat > 2:1253751‑M1/4‑110 (MQ=255) acacacgGAATTAGATCTTTGAAAACTGAACAAAGTTTCGACGAATCAAATGTGTAGGGTCTCTTGATTTTGAATCAAGAGCAAAACATTTGCGAAGTCAATTCGCTAGCaaataaattttagtacaacattaaat > 2:2460505‑M1/4‑110 (MQ=255) acacacgGAATTAGATCTTTGAAAACTGAACAAAGTTTCGACGAATCAAATGTGTAGGGTCTCTTGATTTTGAATCAAGAGCAAAACATTTGCGAAGTCAATTCGCTAGCaaataaattttagtacaacattaaat > 2:330058‑M1/4‑110 (MQ=255) acacacgGAATTAGATCTTTGAAAACTGAACAAAGTTTCGACGAATCAAATGTGTAGGGTCTCTTGATTTTGAATCAAGAGCAAAACATTTGCGAAGTCAATTCGCTAGCaaataaattttagtacaacattaaat < 2:2295564‑M1/133‑27 (MQ=255) aCGCATGGAATTAGATCTTTGAAAACTGAACAAAGTTTCGACGAATCAAATGTGTAGGGTCTCTTGATTTTGAATCAAGAGCAAAACATTTGCGAAGTCAATTCGCTAGCaaataaattttagtacaatattaaat < 2:1881733‑M1/136‑27 (MQ=255) aCGCATGGAATTAGATCTTTGAAAACTGAACAAAGTTTCGACGAATCAAATGTGTAGGGTCTCTTGATTTTGAATCAAGAGCAAAACATTTGCGAAGTCAATTCGCTAGCaaataaattttagtacaatattaaat < 2:2801366‑M1/136‑27 (MQ=255) aCGCACGGAATTAGATCTTTGAAAACTGAACACAGTTTCGACGAATCAAATGTGTAGGGTCTCTTGATTTTGAATCAAGAGCAAAACATTTGCGAAGTCAATTCGCTAGCgaataaattttagtacaacattaaat < 2:1827120‑M1/136‑27 (MQ=255) aCGCACGGAATTAGATCTTTGAAAACTGAACAAAGTTTCGACGAATCAAATGTGTAGGGTCTCTTGATTTTGAATCAAGAGCAAAACATTTGCGAAGTCAATTCGCTAGCgaataaattttagtacaacattaaat < 2:2408923‑M1/136‑27 (MQ=255) | GAGGCGTTACCGATTATGTTATGATAATAACGTTTCAAATTCATTTGCATAGTTATTCAACTTCTTAAATAAAGTTGTTGACAAGGAAATGATGAAATGATATTATGTAATAGTTGTGTTAAGCGATTAACGCACGGAATTAGATCTTTGAAAACTGAACAAAGTTTCGACGAATCAAATGTGTAGGGTCTCTTGATTTTGAATCAAGAGCAAAACATTTGCGAAGTCAATTCGCTAGCG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > TrimmedAssembly_T66_contig_17/66499‑66738 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |