New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | AE015451 | 2571158 = | 38 (0.760) | 4 (0.080) | 4/322 | NT | 10.2% | coding (1279/1311 nt) | dctA‑III | C4‑dicarboxylate transport protein |
? | AE015451 | 2571261 = | 34 (0.710) | coding (1176/1311 nt) | dctA‑III | C4‑dicarboxylate transport protein |
CACCACTGAGTTGACGACGGTTGATGAGCTGATCACGGTTCGCTCCTGGAAGGGCCGGCGTCATGCCGGCCACGTTCGCTCAGAATTCCTGTTGATGGGCGCTGGGTTGCTTGCGTGGCGTGGGGGCAAAGCCAGGCTTGCCGTCGAGCACGTTCTGCGCACGTTCCAGGTCAATGTCCTTCTCCCAACGGGCAATGGCCACGGTGGCCACGCAGTTGCCGATCAGGTTGGTCAACGCCCGGCCGATACCCATGAACCAGTCCACCGCCAGCACCAGTACCAGGCCAACCACAGGGATCGCCGGTACCGCAGTCAGGGTGGCGGCAAGAATCACCAGTGCCGAGCCTGGGATGCCGTGAGCCCCCTTGGAAGTCACCAGCGACACCAGCAGGATGGTCAGCAGGTCGGTCATTTCCAGTGGCGTG > AE015451/2571047‑2571471 | caccacTGAGTTGACGACGGTTGATGAGCTGATCACGGTTCGCTCCTGGAAGGGCCGGCGTCATGCCGGCCACGTTCGCTCAGAATTCCTGTTGATGGGCGCTGGGTTGCTTGCGTGGCGTGGGGGCAAAGCCAGGCTTGCCGTCGAGCACGTTCTGCGCACGTTCCAGGTCAATGTCCTTCTCCCAACGGGCAATGGCCACGGTGGCCACGCAGTTGCCGTTCAGGTTGGTCaa < 1:896128/235‑1 (MQ=255) acgGTTGATGAGCTGATCACGGTTCGCTCCTGGAAGGGCCGGCGTCATGCCGGCCACGTTCGCTCAGAATTCCTGTTGATGGGCGCTGGGTTGCTTGCGTGGCGTGGGGGCAAAGCCAGGCTTGCCGTCGAGCACGTTCTGCGCACGTTCCAGGTCAATGTCCTTCTCCCAACGGGCAATGGCCACGGTGGCCACGCAGTTGCCGATCAGGTTGGTCAACGCCCGGCCGATAccc > 1:445492/1‑235 (MQ=255) tgatgaGCTGATCACGGTTCGCTCCTGGAAGGGCCGGCGTCATGCCGGCCACGTTCGCTCAGAATTCCTGTTGATGGGCGCTGGGTTGCTTGCGTGGCGTGGGGGCAAAGCCAGGCTTGCCGTCGAGCACGTTCTGCGCACGTTCCAGGGCAATGTCCTTCTCCCAACGGGCAATGGCCACGGTGGCCACGCAGTTGCCg > 1:291066/1‑200 (MQ=255) tgaGCTGATCACGGTTCGCTCCTGGAAGGGCCGGCGTCATGCCGGCCACGTTCGCTCAGAATTCCTGTTGATGGGCGCTGGGTTGCTTGCGTGGCGTGGGGGCAAAGCCAGGCTTGCCGTCGAGCACGTTCTGCGCACGTTCCAGGTCAATGTCCTTCTCCCAACGGGCAATGGCCACGGTGGCCACGCAGTTGCCGATCAGGTTGGTCAACGCCCGGCCGATACCCATGAACCAg < 1:575198/236‑1 (MQ=255) aGCTGATCACGGTTCGCTCCTGGAAGGGCCGGCGTCATGCCGGCCACGTTCGCTCAGAATTCCTGTTGATGGGCGCTGGGTTGCTTGCGTGGCGTGGGGGCAAAGCCAGGCTTGCCGTCGAGCACGTTCTGCGCACGTTCCAGGTCAATGTCCTTCTCCCAACGGGCAATGGCCACGGTGGCCACGCAGTTGCCGATCAGGTTGGTCAAc < 2:739384/210‑1 (MQ=255) cTCCTGGAAGGGCCGGCGTCATGCCGGCCACGTTCGCTCAGAATTCCTGTTGATGGGCGCTGGGTTGCTTGCGTGGCGTGGGGGCAAAGCCAGGCTTGCCGTCGAGCACGTTCTGCGCACGTTCCAGGTCAATGTCCTTCTCCCAACGGGCAATGGCCACGGTGGCCACGCAGTTGCCGATCAGGTTGGTCAACGCCCGGcc > 2:771986/1‑202 (MQ=255) tGGAAGGGCCGGCGTCATGCCGGCCACGTTCGCTCAGAATTCCTGTTGATGGGCGCTGGGTTGCTTGCGTGGCGTGGGGGCAAAGCCAGGCTTGCCGTCGAGCACGTTCTGCGCACGTTCCAGGTCAATGTCCTTCTCCCAACGGGCAATGGCCACGGTGGCCACGCAGTTGCCGATCAGGTTGGTCAACGCCCGGCCGATACCCATGAACCAGTCCACCGCCAGCACCAGTAcc > 1:516608/1‑235 (MQ=255) gAAGGGCCGGCGTCATGCCGGCCACGTTCGCTCAGAATTCCTGTTGATGGGCGCTGGGTTGCTTGCGTGGCGTGGGGGCAAAGCCAGGCTTGCCGTCGAGCACGTTCTGCGCACGTTCCAGGTCAATGTCCTTCTCCCAACGGGCAATGGCCACGGTGGCCACGCAGTTGCCGATCAGGTTGGTCAACGCCCGGCCGATACCCATGAACCAGTCCACCGCCAGCACCAGTACCAg < 1:456497/235‑1 (MQ=255) ggCCGGCGTCGTGCCGGCCACGTTCGATCAGAATCCCTGTTGATGGGCGCTGGGTTGCTTGCGTGGCGTGGGGGCAAAGCCAGGCTTGCCGTCGAGCACGTTCTGCGCACGTTCCAGGTCAATGTCCTTCTCCCAACGGGCAATGGCCACGGTGGCCACGCAGTTGCCGATCAGGTTGGTCAACGCCCGGcc < 2:278516/192‑1 (MQ=255) cGGCGTCATGCCGGCCACGTTCGCTCAGAATTCCTGTTGATGGGCGCTGGGTTGCTTGCGTGGCGTGGGGGCAAAGCCAGGCTTGCCGTCGAGCACGTTCTGCGCACGTTCCAGGTCAATGTCCTTCTCCCAACGGGCAATGGCCACGGTGGCCACGCAGTTGCCGATCAGGTTGGTCAACGCCCGGCCGATACCCATGAACCAGTCCACCGCCAGCACCAGTAccctggctctta > 1:239004/1‑226 (MQ=255) ggCGTCATGCCGGCCACGTTCGCTCAGAATTCCTGTTGATGGGCGCTGGGTTGCTTGCGTGGCGTGGGGGCAAAGCCAGGCTTGCCGTCGAGCACGTTCTGCGCACGTTCCAGGTCAATGTCCTTCTCCCAACGGGCAATGGCCACGGTGGCCACGCAGTTGCCGATCAGGTTg > 2:106710/1‑174 (MQ=255) ggCGTCATGCCGGCCACGTTCGCTCAGAATTCCTGTTGATGGGCGCTGGGTTGCTTGCGTGGCGTGGGGGCAAAGCCAGGCTTGCCGTCGAGCACGTTCTGCGCACGTTCCAGGTCAATGTCCTTCTCCCAACGGGCAATGGCCACGGTGGCCACGCAGTTGCCGATCAGGTTGGGCAACGCCCGGCCGATACCCATGAACCAGTCCACCGCCAGCACCAGTACCAGGCCAAAca > 1:6713/1‑235 (MQ=255) cATGCCGGCCACGTTCGCTCAGAATTCCTGTTGATGGGCGCTGGGTTGCTTGCGTGGCGTGGGGGCAAAGCCAGGCTTGCCGTCGAGCACGTTCTGCGCACGTTCCAGGTCAATGTCCTTCTCCCAACGGGCAATGGCCACGGTGGCCACGCAGTTGCCGATCAGGTTGGTCAACGCCCGGCCGATACCCATGAACCAGTCCACCGCCAGCACCAGTACCAGGCCAACCACAggg < 1:317911/235‑1 (MQ=255) cTCAGAATTCCTGTTGATGGGCGCTGGGTTGCTTGCGTGGCGTGGGGGCAAAGCCAGGCTTGCCGTCGAGCACGTTCTGCGCACGTTCCAGGTCAATGTCCTTCTCCCAACGGGCAATGGCCACGGTGGCCACGCAGTTGCCGATCAGGTTGGTCAACGCCCGGCCGATACCCATGAACCAGTCCACCGCCAGCACCAGTACCAGGCCAACCACAGGGATCGCCGGTACCGCAg < 1:847618/234‑1 (MQ=255) aTTCCTGTTGAGGGGCGCTGGGTTGCTTGCGTGGCGTGGGGGCAAAGCCAGGCTTGCCGTCGAGCACGTTCTGCGCACGTTCCAGGTCAATGTCCTTCTCCCAACGGGCAATGGCCACGGTGGCCACGCAGTTGCCGATCAGGTTGGTCAACGCCCGGcc < 2:35025/160‑1 (MQ=255) tGGGCGCTGGGTTGCTTGCGTGGCGTGGGGGCAAAGCCAGGCTTGCCGTCGAGCACGTTCTGCGCACGTTCCAGGTCAATGTCCTTCTCCCAACGGGCAATGGCCACGGTGGCCACGCAGTTGCCGATCAGGTTGGTCAACGCCCGGCCGATACCCATGAACCAGTCCACCGCCAGCACCAGTACCAGGCCAACCACAGGGATCGCCGGTACCGCAGTCAGGGTGGCGGCAAGAAt > 1:75826/1‑236 (MQ=255) ggTTGCTTGCGCGGCGTGGGGGCAAAGCCAGGCTTGCCGTCGAGCACGTTCTGCGCACGTTCCAGTTCAATGTCCTTCTCCCAACGGGCAATGGCCACGGTGGCCCCGCAGTTGCCGATCAGGTTGGTCAACGCCCGGCCGATACCCATGAACCAGTCCACCGCCAGCACCAGTACCAGGCCAACCACAGGGATCGCCGGTACCGCAGTCAGGGTGGCGGCAAGAATCACCAGt < 1:287259/234‑1 (MQ=255) GCGTGGCGTGGGGGCAAAGCCAGGCTTGCCGTCGAGCACGTTCTGCGCACGTTCCAGGTCAATGTCCTTCTCCCAACGGGCAATGGCCACGGTGGCCACGCAGTTGCCGATCAGGTTGGTCAACGCCCGGCCGATACCCATGAACCAGTCCACCGCCAGc > 2:377680‑M1/1‑160 (MQ=255) GGCGTGGGGGCAAAGCCAGGCTTGCCGTCGAGCACGTTCTGCGCACGTTCCAGGTCAATGTCCTTCTCCCAACGGGCAATGGCCACGGTGGCCACGCAGTTGCCGATCAGGTTGGTCAACGCCCGGCCGATACCCATGAACCAGTCCACCGCCAGCACCAGTACCAGGCCAACCACAGGGATCGCCGGTACCGCAGTCAGGGTggcg > 1:83764‑M1/1‑207 (MQ=255) tggGGGCAAAGCCAGGCTTGCCGTCGAGCACGTTCTGCGCGCGTTCCAGGTCAATGTCCTTCTCCCAACGGGCAATGGCCACGGTGGCCACGCAGTTGCCGATCAGGTTGGTCAACGCCCGGCCGATACCCATGACCCAGTCCACCGCCAGCACCAGTACCAGGCCAACcaca < 1:148251/173‑1 (MQ=255) ggggCAAAGCCAGGCTTGCCGTCGAGCACGTTCTGCGCACGTTCCAGGTCAATGTCCTTCTCCCAACGGGCAATGGCCACGGTGGCCACGCAGTTGCCGATCAGGTTGGTCAACGCCCGGCCGATACCCATGAACCAGTCCACCGCCAGCACCAGTACCAGGCCAACCACAGGGATCGCCGGTACCGCAGTCAGGGTGGCGGCAAGAATCACCAGTGCCGAGCCTGGGATGCCGTg < 1:836613/236‑1 (MQ=255) cAAAGCCAGGCTTGCCGTCGAGCACGTTCTGCGCACGTTCCAGGTCAATGTCCTTCTCCCAACGGGCAATGGCCACGGTGGCCACGCAGTTGCCGATCAGGTTGGTCAACGCCCGGCCGATACCCATGAACCAGTCCACCGCCAGCACCAGTACCAg < 1:841866/157‑1 (MQ=255) cAAAGCCAGGCTTGCCGTCGAGCACGTTCTGCGCACGTTCCAGGTCAATGTCCTTCTCCCAACGGGCAATGGCCACGGTGGCCACGCAGTTGCCGATCAGGTTGGTCAACGCCCGGCCGATACCCATGAACCAGTCCACCGCCAGCACCAGTACCAg > 2:841863/1‑157 (MQ=255) aaaGCCAGGCTTGCCGTCGAGCACGTTCTGCGCACGTTCCAGGTCAATGTCCTTCTCCCAACGGGCAATGGCCACGGTGGCCACGCAGTTGCCGATCAGGTTGGTCAACGCCCGGCCGATACCCATGAACCAGTCCACCGCCAGCACCAGTACCAGGCCAACCACAGGGATCGCCGGTACCGCAGTCAGGGTGGCGGCAAGAATCACCAGTGCCGAGCCTGGGATGCCGTGAGccc < 1:64251/236‑1 (MQ=255) gCTGGCCGTCGAGCATGTTCTGCGCACGTTCCAGGTCAATGTCCTTCTCCCAACGGGCAATGGCCACGGTGGCCACGCAGTTGCCGATCAGGTTGGTCAACGCCCGGCCGATACCCATGAACCAGTCCACCGCCAGCACCAGTACCAGGCCAACCACAGGGATCGCCgg < 2:693399/169‑1 (MQ=255) aaggacattgacctggaacgtgcgcagaacgtgctcgacggcaagcctggctttgcccccacgccacgcaGTTGCCGATCAGGTTGGTCAACGCCCGGc > 1:365229‑M2/71‑99 (MQ=255) aaggacattgacctggaacgtgcgcagaacgtgctcgacggcaagcctggctttgcccccacgccacgcaGTTGCCGATCAGGTTGGTCAACGCCCGGc < 2:365226‑M2/29‑1 (MQ=255) aGCACGTTCTGCGCACGTTCCAGGTCAATGTCCTTCTCCCAACGGGCAATGGCCCCGGTGGCCACGCAGTTGCCGATCAGGTTGGTCAACGCCCGGCCGATCCCCATGAACCAGTCCACCGCCAGCACCAGTACCAGGCCAACCACAGGGATCGCCgg < 1:112511/158‑1 (MQ=255) ctcACGTCCCAGGTCAATGTCCTTCTCCCAACGGGCAATGGCCACGGTGGCCACGCAGTTGCCGATCAGGTTGGTCAACGCCCGGCCGATACCCATGAACCAGTCCACCg < 2:239002/108‑1 (MQ=255) tCAATGTCCTTCTCCCAACGGGCAATGGCCACGGTGGCCACGCAGTTGCCGATCAGGTTGGTCAACGCCCGGCCGATACCCATGAACCAGTCCACCGCCAGCACCAGTACCAGGCCAACCACAGGGATCGCCGGTACCGCAGTCAGGGTGGCGGCAAGAATCACCAGTGCCGAGCCTGGGATGCCGTGAGCCCCCTTGGAAGTCACCAGCGACACCAGCAGGATGGTc > 1:918513/1‑228 (MQ=255) gTCCTTCTCCCAACGGGCAATGGCCACGGTGGCCACGCAGTTGCCGATCAGGTTGGTCAACGCCCGGCCGATACCCATGAACCAGTCCACCGCCAGCACCAGTACCAGTCCAACCACAGGGATCGCCGGTACCGCAGTCATGGTGGCGGCAAGAAGCACCAGTGCCGAGCCTGGGATGCCGTGAGCCCCCtt > 1:118198/1‑192 (MQ=255) gctcgacggcaagcctggctttgcccccacgccacgcaGTTGCCGATCAGGTTGGTCAACGCCCGGCCGATACCCATGAACCAGt < 1:924279‑M2/47‑1 (MQ=255) gctcgacggcaagcctggctttgcccccacgccacgcaGTTGCCGATCAGGTTGGTCAACGCCCGGCCGATACCCATGAACCAGt > 2:924276‑M2/39‑85 (MQ=255) ccTTCTCCCAACGGGCAATGGCCACGGTGGCCACGCAGTTGCCGATCa < 2:317995/48‑1 (MQ=255) ccTTCTCCCAACGGGCAATGGCCACGGTGGCCACGCAGTTGCCGATCa > 1:317998/1‑48 (MQ=255) ccTTCTCCCAACGGGCAATGGCCACGGTGGCCACGCAGTTGCCGATCAGGTTGGTCAACGCCCGGCCGATACCCATGAACCAGTCCACCGCCAGCACCAGTACCAGGCCAACCACAGGGATCGCCGGTACCGCAGTCAGGGTGGCGGCAAGAATCACCAGTGCCGAGCCTGGGATGCCGTGAGCCCCCTTGGAAGTCACCAGCGa > 2:807903/1‑205 (MQ=255) ccTTCTCCCAACGGGCAATGGCCACGGTGGCCACGCAGTTGCCGATCAGGCTGGTCAACGCCCGGCCGATAACCATGAACCAGTCCACCGCCAGCACCAGTACCAgga > 2:184925/1‑107 (MQ=255) cccAACGGGCAATGGCCACGGTGGCCACGCAGTTGCCGATCAGGTTGGTCAACGCCCGGCCGATACCCATGAACCAGTCCACCGCCAGCACCAGTACCAGGCCAACCACAGGGATCGCCGGTACCGCAGTCAGGGTGGCGGCAAGAATCACCAGTGCCGAGCCTGGGATGCCGTGAGCCCCCTTGGAAGTCACCAGCGACACCAGCAGGATGGTCAGCAGGTCGGTCATTTCCAg > 2:636925/1‑235 (MQ=255) gggCAATGGCCACGGTGGCCACGCAGTTGCCGATCAGGTTGGTCAACGCCCGGCCGATACCCATGAACCAGTCCACCGCCAGCACCAGTACCAGGCCAACCACAGGGATCGCCGGTACCGCAGTCAGGGTGGCGGCAAGAATCACCAGTGCCGAGCCTGGGATGCCGTGAGCCCCCTTGGAAGTCACCAGCGACACCAGCAGGATGGTCAGCAGGGCGGTCATTTCCAGTGGCGTg > 1:213947/1‑236 (MQ=255) ggCAATGCCCCCGGTGCCCACGCAGTTGCCGATCAGGTGGGTCAACGCCCGGCCGATACCCATGAACCAGTCCACCGCCAGCACCAGTACCAg < 2:270214/93‑1 (MQ=255) gTGGCCACGCAGTTGCCGATCAGGTTGGTCAACGCCCGGCCGATACCCAt < 2:81528/50‑1 (MQ=255) | CACCACTGAGTTGACGACGGTTGATGAGCTGATCACGGTTCGCTCCTGGAAGGGCCGGCGTCATGCCGGCCACGTTCGCTCAGAATTCCTGTTGATGGGCGCTGGGTTGCTTGCGTGGCGTGGGGGCAAAGCCAGGCTTGCCGTCGAGCACGTTCTGCGCACGTTCCAGGTCAATGTCCTTCTCCCAACGGGCAATGGCCACGGTGGCCACGCAGTTGCCGATCAGGTTGGTCAACGCCCGGCCGATACCCATGAACCAGTCCACCGCCAGCACCAGTACCAGGCCAACCACAGGGATCGCCGGTACCGCAGTCAGGGTGGCGGCAAGAATCACCAGTGCCGAGCCTGGGATGCCGTGAGCCCCCTTGGAAGTCACCAGCGACACCAGCAGGATGGTCAGCAGGTCGGTCATTTCCAGTGGCGTG > AE015451/2571047‑2571471 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |