New junction evidence | |||||||||||
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* | ? | AE015451 | 3940056 = | 81 (0.940) | 5 (0.060) | 4/342 | NT | 6.1% | coding (219/414 nt) | csgF | curli secretion and assembly outer membrane associated component |
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GGCCGCTGACCTCAATGATCGAAATTTCTCCTGTGGCACGATCGGTGACCTTGATGCTCAAGGCCCCGGAATCGTCGATGACGTCGATGAGAAACGCATCGGTCGCCATGCTGCCGGTGTTGCCGTTGCTGATGTTGTCCAGCAACTGCGACAACATCCGCGACTCCAGCTGGTTGCTGAAGCGCTCAAGGGCCGTGGTGCCAGTAAAGGCCGAGGCACGGTCCTTGAGGTCCGGGTCGTCGTAGTCGTTCTGCGCCTGGGCGTTGTTCAGCAGCCAGGTGCCGTTCAACGGGTTGCCGCCAAAGGCCGGGTTGACCGGGGTGTACACCAGCTCGGTGGCCTGGGCAGCACAGGCGCTGGCCAGCAGGCAGGCGGCAATGCAACGTGGAATGCGGTGGTTCATAGCTCGTCCCTCTCCAAGTCGGTGGTGTCCTGTAGCAGGCGTTGCAGCTTGCGTTGA > AE015451/3939872‑3940331 | ggCCGCTGACCTCAATGATCGAAATTTCTCCTGTGGCACGATCGGTGACCTTGATGCTCAAGGCCCCGGAATCGTCGATGACGTCGATGAGAAACGCATCGGTCGCCATGCTGCCGGTGTTGCCGTTGCTGATGTTGTCCAGCAACTGCGACAACATCCGCGACTCCAGCTGGTTGCTGAAGCGCTCAAGGGCCGTGGTGCCAGTAAAGGCCGAGGCACGGTCCTTGAGGTCCgg > 1:1019590/1‑235 (MQ=255) gCACGATCGGTGACCTTGATGCTCAAGGCCCCGGAATCGTCGATGACGTCGATGAGAAACGCATCGGTCGCCATGCTGCCGGTGTTGCCGTTGCTGATGTTGTCCAGCAACTGCGACAACATCCGCGACTCCAGCTGGTTGCTGAAGCGCTCAAGGGCCGTGGTGCCAGTAAAGGCCGAGGCACGGTCCTTGAGGTcc < 2:524745/198‑1 (MQ=255) 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cGAGGCACGGTCCTTGAGGTCCGGGTCGTCGTAGTCGTTCTGCGCCTGGGCGTTGTTCAGCAGCCAGGGGCCGTTCAACGGGTTGCCGCCAAAGGCCGGGTTGACCGGGGGGTACACCAGCTCGGCGGCCTGGGCAGCACAGGCGCTGGCCAGCAGGCAGGCGGCAATGCAACGTGGAATGCGGCGGTTCAGAGCGCGTCCCTCTCCa > 1:238422/1‑208 (MQ=255) aGGCACGGTCCTTGAGGTCCGGGTCGTCGTAGTCGTTCTGCGCCTGGGCGTTGTTCAGCAGCCAGGTGCCGTTCAACGGGTTGCCGCCAAAGGCCGGGTTGACCGGGGTGTACACCAGCTCGGTGGCCTGGGCAGCACAGGCGCTGGCCAGCAGGCAGGCGGCAATGCAACGTGGAATGCGGTGGTTCATAGCTCg < 2:981582/196‑1 (MQ=255) gCACGGTCCTTGAGGTCCGGGTCGTCGTAGTCGTTCTGCGCCTGGGCGTTGTTCAGCAGCCAGGTGCCGTTCAACGGGTTGCCGCCAAAGGCCGGGTTGACTGGGGTGTACACCAGCTCGGTGGCCTGGGCAGCACAGGCGCTGGCCAGCAGGCAGGCGGCAATGCAACGTGGAATGCGGTGGTTCATAGCTCGTCCCTCTCCAAGTCGGTGGTGTCCTGTAGCAGGCGTTGCAg > 1:547445/1‑235 (MQ=255) cacggcccttgagGTCCGGGTCGTCGTAGTCGTTCTGCGCCTGGGCGTTGTTCAGCAGCCAGGTGCCGTTCAACGGGTTGCCGCCAAAGGCCGGGTTGACCGGGGTGTACACCAGCTCGGTGGCCTGGGCAGCACAGGCGCTGGCCAGCAGGCAGGCGGCAATGCAACGTGGAATGCGGTGGTTCATAGCTCGTCCCTCTCCAAGTCGGTGGTGTCCt > 1:898996‑M2/14‑218 (MQ=255) 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1:218053/1‑236 (MQ=255) cACGGTCCTTGAGGTCCGGGTCGTCGTAGTCGTTCTGCGCCTGGGCGTTGTTCAGCAGCCAGGTGCCGTTCAACGGGTTGCCGCCAAAGGCCGGGTTGACCGGGGTGTACACCAGCTCGGTGGCCCGGgcagca > 2:258788/1‑134 (MQ=255) aCGGTCCTTGAGGTCCGGGTCGTCGTAGTCGTTCTGCGCCTGGGCGTTGTCCAGCAGCCAGGTGCCGTTCAACGGGTTGCCGCCAAAGGCCGGGTTGACCGGGGTGTACACCAGCTCGGTGGCCTGGGCAGCACAGGCGCTGGCCAGCAGGCAGGCGGCAATGCAACGTGGAAt > 1:833395/1‑174 (MQ=255) aCGGTCCTTGAGGTCCGGGTCGTCGTAGTCGTTCTGCGCCTGGGCGTTGTCCAGCAGCCAGGTGCCGTTCAACGGGTTGCCGCCAAAGGCCGGGTTGACCGGGGTGTACACCAGCTCGGTGGCCTGGGCAGCACAGGCGCTGGCCAGCAGGCAGGCGGCAATGCAACGTGGAAt < 2:833393/174‑1 (MQ=255) gTCCTTGAGGGCCGGGGCGTCGTAGGCGTTCTGCGCCTGGGCGTTGGTCAGCAGCCAGGTGCCGTTCAACGGGTTGCCGCCAAAGGCCGGGTTGACCGGGGTGTACACCAGCTCGGTGGCCTGGGCAGCACAGGCGCTGGCCAGCAGGCAGGCGGCAATGCAACGTGGAAt < 2:33374/171‑1 (MQ=255) tCCTTGAGGTCCGGGTCGTCGTAGTCGTTCTGCGCCTGGGCGTTGTTCAGCAGCCAGGTGCCGTTCAACGGGTTGCCGCCAAAGGCCGGGTTGACCGGGGTGTACACCAGCTCGGTGGCCTGGGCAGCACAGGCGCTGGCcagcag < 2:554001/146‑1 (MQ=255) ccttgagGTCCGGGTCGTCGTAGTCGTTCTGCGCCTGGGCGTTGTTCAGCAGCCAGGTGCCGTTCAACGGGTTGCCGCCAAAGGCCGGGTTGACCGGGGTGTACACCAGCTCGGTGGCCTGGGCAGCACAGGCGCTGGCCAGCAGGCAGGCGGCAATGCAACGTGGAATGCGGTGGTTCATAGCTCGTCCCTCCCCAAGTCggt > 2:93764‑M2/8‑204 (MQ=255) ttgagGTCCGGGTCGTCGTAGTCGTTCTGCGCCTGGGCGTTGTTCAGCAGCCAGGTGCCGTTCAACGGGTTGCCGCCAAAGGCCGGGTTGACCGGGGTGTACACCAGCTCGGTGGCCTGGGCAGCACAGGCGCTGGCCAGCAGGCAGGCGGCAATGCAACGTGGAATGCGGTGGTTCATAGCTCGTCCCTCTCCAAGTCGGTGGTGTCCTGTAGCAGGCGTTGCAGCTTGCGTTGa > 1:1189640‑M2/6‑236 (MQ=255) gagGTCCGGGTCGTCGTAGTCGTTCTGCGCCTGGGCGTTGTTCAGCAGCGAGGTGCCGTTCAACGGGTTGCCGCCAAAGGCCGGGTTGACCGGGGTGTACACCAGCTCGGTGGCCTGGGCAGCACAGGCGCTGGCCAGCAGGCAGGCGGCAATGCAACGTGGAATGCGGTGGTTCATAGCTCGTCCCTCTCCAAGTCg < 2:450357‑M2/195‑1 (MQ=255) gagGTCCGGGTCGTCGTAGTCGGTCTGCGCCTGGGCGTTGTTCAGCAGCCAGGTGCCGTTCAACGGGTTGCCGCCAAAGGCCGGGTTGa < 2:461880‑M2/86‑1 (MQ=255) | GGCCGCTGACCTCAATGATCGAAATTTCTCCTGTGGCACGATCGGTGACCTTGATGCTCAAGGCCCCGGAATCGTCGATGACGTCGATGAGAAACGCATCGGTCGCCATGCTGCCGGTGTTGCCGTTGCTGATGTTGTCCAGCAACTGCGACAACATCCGCGACTCCAGCTGGTTGCTGAAGCGCTCAAGGGCCGTGGTGCCAGTAAAGGCCGAGGCACGGTCCTTGAGGTCCGGGTCGTCGTAGTCGTTCTGCGCCTGGGCGTTGTTCAGCAGCCAGGTGCCGTTCAACGGGTTGCCGCCAAAGGCCGGGTTGACCGGGGTGTACACCAGCTCGGTGGCCTGGGCAGCACAGGCGCTGGCCAGCAGGCAGGCGGCAATGCAACGTGGAATGCGGTGGTTCATAGCTCGTCCCTCTCCAAGTCGGTGGTGTCCTGTAGCAGGCGTTGCAGCTTGCGTTGA > AE015451/3939872‑3940331 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |