| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AE015451 | 3718735 = | 64 (0.930) | 7 (0.110) | 6/320 | NT | 10.8% | coding (666/774 nt) | paaF | enoyl‑CoA hydratase‑isomerase |
| ? | AE015451 | 3718802 = | 55 (0.850) | coding (599/774 nt) | paaF | enoyl‑CoA hydratase‑isomerase | |||||
GCCGTATTGAAGCTGTTCAGCTGCTCGGGGCGGTTCAATGAAAGGAAGGCAACGCCGTCCTCGATGGAAAACAGGATGTGCTGGAAAGTCATGACAGACTCGCTCCGTCAGTCGAGAGAATGAAGTTCAGCGCCCTTGGAAGCGGGCCTGGCGCTTTTCCTGGAAGGCGCGGATGCCTTCATCGCGGTCGGCGGTGCCCGCCAGCAGGGTGAAGGCATGGCGCTCGAAGCGCAGGCCGCTGGCCAGGTCGGTATCACCGGCCTTCAGTAACGCCTCCTTGGCCAGGCGCACAGCCAGCGGCGCTTTGGCGGCGATGCTGCGGGCAACCTGCATGGCGCGTTCTACGGTGAGTTCGGGCTGGGTGATTTCGCTGACCAGGCCGGCCTGCTGGGCGCGGAGGGCAGTGATGGCTTCCCCCGTCAGCACCATCTGCATGGCCAACGGCTTACCGACGGCACGT > AE015451/3718501‑3718960 | gCCGTATTGAAGCTGTTCAGCTGCTCGGGGCGGTTCAATGAAAGGAAGGCAACGCCGTCCTCGATGGAAAACAGGATGTGCTGGAAAGTCATGACAGACTCGCTCCGTCAGTCGAGAGAATGAAGTTCAGCGCCCTTGGAAGCGGGCCTGGCGCTTTTCCTGGAAGGCGCGGATGCCTTCATCGCGGTCGGCGGTGCCCGCCAGCAGGGTGAAGGCATGGCGCTCGAAGCGCAgg > 1:526004/1‑235 (MQ=255) accgacgcccgtttcggccagccggaaatcaaccttggcatcatccccggtgctggcggcacccagcgcctgttacgtgccgtcggtaagccgttggccatgcagatggtgctgacgggggaagccatcactgccctccgcgcccagcaggccggcctggtcagcgaaatcacccagcccgaactcaccgtagaacgcgccatgcaggttgcccgcagcatcgccgccaaagcgcc > 1:794228‑M1/234‑236 (MQ=255) aTTGAAGCTGTTCAGCTGCTCGGGGCGGTTCAATGAAAGGAAGGCAACGCCGTCCTCGATGGAAAACAGGATGTGCTGGAAAGTCATGACAGACTCGCTCCGTCAGTCGAGAGAATGAAGTTCAGCGCCCTTGGAAGCGGGCCTGGCGCTTTTCCTGGAAGGCGCGGATGCCTTCATCGCGGTCGGCGGTGCCCGCCAGCAGGGTGAAGGCATGGCGCTCGAAGCGCAGGCCGCTg < 1:640985/236‑1 (MQ=255) ttGAAGCTGTTCAGCTGCTCGGGGCGGTTCAATGAAAGGAAGGCAACGCCGTCCTCGATGGAAAACAGGATGTGCTGGAAAGTCATGACAGACTCGCTCCGTCAGTCGAGAGAATGAAGTTCAGCGCCCTTGGAAGCGGGCCTGGCGCTTTTCCTGGAAGGCGCGGATGCCTTCATCGCGGTCGGCGGTGCCCGCCAGCAGGGTGAAGGCATGGCGCTCGAAGCGCAGGCCGCt < 2:543477/234‑1 (MQ=255) tGAAGCTGTTCAGCTGCTCGGGGCGGTTCAATGAAAGGAAGGCAACGCCGTCCTCGATGGAAAACAGGATGTGCTGGAAAGTCATGACAGACTCGCTCCGTCAGTCGAGAGAATGAAGTTCAGCGCCCTTGGAAGCGGGCCTGGCGCTTTTCCTGGAAGGCGCGGATGCCTTCATCGCGGTCGGCGGTGCCCGCCAGCAGGGTGAAGGCATGGCGCTCGAAGCGCAGGCCGCt > 2:1134668/1‑233 (MQ=255) gcccgtttcggccagccggaaatcaaccttggcatcatccccggtgctggcggcacccagcgcctgttacgtgccgtcggtaagccgttggccatgcagatggtgctgacgggggaagccatcactgccctccgcgcccagcaggccggcctggtcagcgaaatcacccagcccgaactcaccgtagaacgcgccatgcaggttgcccgcagcatcgccgccaaagcGCCGCTg > 2:753938‑M1/228‑234 (MQ=255) gTTCAGCTGCTCGGGGCGGTTCAATGAAAGGAAGGCAACGCCGTCCTCGATGGAAAACAGGATGTGCTGGAAAGTCATGACAGACTCGCTCCGTCAGTCGAGAGAATGAAGTTCAGCGCCCTTGGAAGCGGGCCTGGCGCTTTTCCTGGAAGGCGCGGATGCCTTCATCGCGGTCGGCGGTGCCCGCCAGCAGGGTGAAGGCATGGCGCTCGAAGCGCAGGCCGCTGGCCAGGTCg > 1:1065796/1‑236 (MQ=255) gTTCAGCTGCTCGGGGCGGTTCAATGAAAGGAAGGCAACGCCGTCCTCGATGGAAAACAGGATGTGCTGGAAAGTCATGACAGACTCGCTCCGTCAGTCGAGAGAATGAAGTTCAGCGCCCTTGGAAGCGGGCCTGGCGCTTTTCCTGGAAGGCGCGGATGCCTTCATCGCGGTCGGCGGTGCCCGCCAGCAGGGTGAAGGCATGGCGCTCGAAGCGCAGGCCGCTGGCCAGGTCg > 1:1161267/1‑236 (MQ=255) 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tGCCCGCCAGCAGGGTGAAGGCATGGCGCTCGAAGCGCAGGCCGCTGGCCAGGTCGGTATCACCGGCCTTCAGTAACGCCTCCTTGGCCAGGCGCACAGCCAGCGGCGCTTTGGCGGCGATGCTGCGGGCAACCTGCATGGCGCGTTCTACGGTGAGTTCGGGCTGGGTGATTTCGCTGACCAGGCCGGCCTGCTGGGCGCGGAGGGCAGTGATGGCTTCCCCCGTCAGCACCATc < 1:980221/236‑1 (MQ=255) cccGCCAGCAGGGTGAAGGCATGGCGCTCGAAGCGCAGGCCGCTGGCCAGGTCGGTa < 2:236454/57‑1 (MQ=255) atgcaggttgcccgcagcatcgccgccaaagcGCCGCTGGCCAGGTCGGTATCACCGGCCTTCAGTAACGCCTCCTTGGCCAGGCGCACAGCCAGCGGCGCTTTGGCGGCGATGCTGCGGGCAACCTGCATGGCGCGTTCTACGGTGAGtt < 1:1183390‑M1/119‑1 (MQ=255) atgcaggttgcccgcagcatcgccgccaaagcGCCGCTGGCCAGGTCGGTATCACCGGCCTTCAGTAACGCCTCCTTGGCCAGGCGCACAGCCAGCGGCGCTTTGGCGGCGATGCTGCGGGCAACCTGCATGGCGCGTTCTACGGTGAGTTCGGGCTGGGTGATTTCGCTGACCa < 1:1223322‑M1/143‑1 (MQ=255) gcaggttgcccgcagcatcgccgccaaagcGCCGCTGGCCAGGTCGGTATCACCGGCCTTCAGTAACGCCGCCtt < 2:196396‑M1/45‑1 (MQ=255) cagGGTGAAGGCATGGCGCTCGAAGCGCAGGCCGCTGGCCAGGTCGGTATCACCGGCCTTCAGTAACGCCTCCTTGGCCAGGCGCACAGCCAGCGGCGCTTTGGCGGCGATGCTGCGGGCAACCTGCATGGCGCGTTCTACGGTGAGTTCGGGCTGGGTGATTTCg > 2:1170446/1‑166 (MQ=255) ggTGAAGGCATGGCGCTCGAAGCGCAGGCCGCTGGCCAGGTCGGTATCa < 1:1271153/49‑1 (MQ=255) ggTGAAGGCATGGCGCTCGAAGCGCAGGCCGCTGGCCAGGTCGGTATCa > 2:1271150/1‑49 (MQ=255) gTGAAGGCATGGCGCTCGAAGCGCAGGCCGCTGGCCAGGTCGGTATCACCGGCCTTCAGTAACGCCTCCTTGGCCAGGCGCACAGCCAGCGGCGCTTTGGCGGCGATGCTGCGGGCAACCTGCATGGCGCGTTCTACGGTGAGTTCGGGCTGGGTGATTTCGCTGACCAgg < 2:970076/171‑1 (MQ=255) aGGCATGGCGCTCGAAGCGCAGGCCGCTGGCCAGGTCGGTATCACCGGCCTTCAGTAACGCCTCCTTGGCCAGGCGCACAGCCAGCGGCGCTTTGGCGGCGATGCTGCGGGCAACCTGCATGGCGCGTTCTACGGTGAGTTCGGGCTGGGTGATTTCGCTGACCAGGCAGGCct > 1:1130727/1‑174 (MQ=255) ggCATGGGGCTCGAAGCGCAGGCCGCTGGCCAGGTCGGGATCACCGGCCTTCAGTAACGCCTCCTTGGCCAGGCGCACAGCCAGCGGCGCTTTGGCGGCGATGCTGCGGGCAACCTGCATGGCGCGTTCTACGGTGAGTTCGGGCTGGGTGATTTCGCTGACCAGGCCGGCCTGCTGGGCGCGGAGGGCAGTGATGGCTTCCCCCGTCAGc < 2:1240435/211‑1 (MQ=255) gCATGGCGCTCGAAGCGCAGGCCGCTGGCCAGGTCGGTATCACCGGCCTTCAGTAACGCCTCCTTGGCCAGGCGCACAGCCAGCGGCGCTTTGgcggcgc > 2:24790/1‑99 (MQ=255) aTGGCGCTCGAAGCGCAGGCCGCTGGCCAGGTCGGTATCACCGGCCTTCAGTAACGCCTCCTTGGCCAGGCGCACAGCCAGCGGCGCTTTGGCGGCGATGCTGCGGGCAACCTGCATGGCGCGTTCTACGGTGAGTTCGGGCTGGGTGATTTCGCTGACCAGGCCGGCCTGCTGGGCGCGGAGGGCAGTGATGGCTTCCCCCGTCAGCACCa > 1:766059/1‑212 (MQ=255) tGGCGCTCGAAGCGCAGGCCGCTGGCCAGGTCGGTATCACCGGCCTTCCGTAACGCCTCCTTGGCCAGGCGCACAGCCAGCGGCGCTTTGGCGGCGATGCTGCGGGCAACCTGCATGGCGCGTTCTACGGTGAGTTCGGGCTGGGTGATTTCGCTGACCAGGCCGGCCTGCTGGGCGGGGAgg > 2:993250/1‑183 (MQ=255) cgcTCGAAGCGCAGGCCGCTGGCCAGGTCGGTATCACCGGCCTTCAGTAACGCCTCCTTGGCCAGGCGCACAGCCAGCGGCGCTTTGGCGGCGATGCTGCGGGCAACCTGCATGGCGCGTTCTACGGTGAGTTCGGGCTGGGTGATTTCGCTGACCAGGCCGGCCTGCTGGGCGCGGAGGGCAGTGATGGCTTCCCCCGTCAGCACCATCt < 1:1067980/211‑1 (MQ=255) tcgccgccaaagcGCCGCTGGCCAGGTCGGTATCACCGGCCTTCAGTAACGCCTCCTTGGCCAGGCGCACAGCCAGCGGCGCTTTGGCGGCGATGCTGCGGGCAACCTGCATGGCGCGTTCTACGGTGAGTTCGGGCTGGGTGATTTCGCTGACCAGGCCGGCCTGCTGGGCGCGGAGGGCAGTGATGGCTTCCCCCGTCAGCACCATCTGCAt > 2:1223319‑M1/14‑214 (MQ=255) gcTCGAAGCGCAGGCCGCTGGCCAGGTCGGTATCACCGGCCTTCAGTAACGCCTCCTTGGCCAGGCGCACAGCCAGCGGCGCTTTGgcggcg > 2:81189/1‑92 (MQ=255) gcTCGAAGCGCAGGCCGCTGGCCAGGTCGGTATCACCGGCCTTCAGTAACGCCTCCTTGGCCAGGCGCACAGCCAGCGGCGCTTTGGCGGCGATGCTGCGGGCAACCTGCATGGCGCGTTCTACGGTGAGTTCGGGCTGGGTGAttt > 2:909885/1‑147 (MQ=255) aGCGCAGGCCGCTGGCCAGGTCGGTATCACCGGCCTTCAGTAACGCCTCCTTGGCCAGGCGCACAGCCAGCGGCGCTTTGGCGGCGATGCTGCGGGCAACCTGCATGGCGCGTTCTACGGTGAGTTCGGGCTGGGTGATTTCGCTGACCAGGCCGGCCTGCTGGGCGCGGAGGGCAGTGATGGCTTCCCCCGTCAGCACCATCTGCATGGCCAACGGCTTACCGACGGCACGt < 2:859462/233‑1 (MQ=255) | GCCGTATTGAAGCTGTTCAGCTGCTCGGGGCGGTTCAATGAAAGGAAGGCAACGCCGTCCTCGATGGAAAACAGGATGTGCTGGAAAGTCATGACAGACTCGCTCCGTCAGTCGAGAGAATGAAGTTCAGCGCCCTTGGAAGCGGGCCTGGCGCTTTTCCTGGAAGGCGCGGATGCCTTCATCGCGGTCGGCGGTGCCCGCCAGCAGGGTGAAGGCATGGCGCTCGAAGCGCAGGCCGCTGGCCAGGTCGGTATCACCGGCCTTCAGTAACGCCTCCTTGGCCAGGCGCACAGCCAGCGGCGCTTTGGCGGCGATGCTGCGGGCAACCTGCATGGCGCGTTCTACGGTGAGTTCGGGCTGGGTGATTTCGCTGACCAGGCCGGCCTGCTGGGCGCGGAGGGCAGTGATGGCTTCCCCCGTCAGCACCATCTGCATGGCCAACGGCTTACCGACGGCACGT > AE015451/3718501‑3718960 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |