New junction evidence | |||||||||||
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seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | AE015451 | = 3914323 | 71 (1.030) | 5 (0.080) | 3/324 | NT | 7.2% | coding (464/702 nt) | PP_3454 | putative transcriptional regulatory protein |
? | AE015451 | = 3914401 | 61 (0.930) | coding (386/702 nt) | PP_3454 | putative transcriptional regulatory protein |
GCAGTTTGGAAATGGCCACGTCAACGGAGCGATCGGTGCCATTGAACTCGATGCCACGCAGCTGTTGCAGGATACGGTCGCGGTTCATCACCTCACCAGCATTGCGCGCCAGCACCACCAGCAGGTTGTACTCACCGCTGGACAGCTCCACCTCCTCGCCGCGCCAACTCACCGTGCGCTCGGCCAGGTCGATACGCAGGCCACCAATCAGGATCAGGTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCGGGCCAGCAGCACGCGTGGCTCACAGGGTTTGGTCACGTAGTCGTCGGCCCCCATTTCCAGGCCTAGCACCTGGTCATGGCTATCGTCGCGGGCCGTCAGCATGAGGATTGGCAGGGTCTGCGACTCCTGGCGCAGCAGCCGGCACAGCTGCAGGCCATCGATGCCCG > AE015451/3914180‑3914620 | gcAGTTTGGAAATGGCCACGTCAACGGAGCGATCGGTGCCATTGAACTCGATGCCACGCAGCTGTTGCAGGATACGGTCGCGGTTCATCACCTCACCAGCATTGCGCGCCAGCACCACCAGCAGGTTGTACTCACCGCTGGACAGCTCCACCTCCTCGCCGCGCCAACTCACCGTGCGCTCGGCCAGGTCGATACGCAGGCCACCAATCAGGATCAGGTCGTTGTCCAGgcg < 1:1016255/232‑1 (MQ=255) tGGAAATGGCCACGTCAACGGAGCGATCGGTGCCATTGAACTCGATGCCACGCAGCTGTTGCAGGATACGGTCGCGGTTCATCACCTCACCAGCATTGCGCGCCAGCACCACCAGCAGGTTGTACTCACCGCTGGACAGCTCCACCTCCTCGCCGCGCCAACTCACCGTGCGCTCGGCCAGGTCGATACGCAGGCCACCAATCAGGATCAGGTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGTTg < 1:59654/236‑1 (MQ=255) ggAAATGGCCACGTCAACGGAGCGATCGGTGCCATTGAACTCGATGCCACGCAGCTGTTGCAGGATACGGTCGCGGTTCATCACCTCACCAGCATTGCGCGCCAGCACCACCAGCAGGTTGTACTCACCGCTGGACAGCTCCACCTCCTCGCCGCGCCAACTCACCGTGCGCTCGGCCAGGTCGATACGCAGGCCACCAATCAGGATCAGGTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGt < 1:858789/233‑1 (MQ=255) aCGTCAACGGAGCGATCGGTGCCATTGAACTCGATGCCACGCAGCTGTTGCAGGATACGGTCGCGGTTCATCACCTCACCAGCATTGCGCGCCCGCACCACCAGCAGGTTGTACTCACCGCTGGACAGCTCCACCTCCTCGCCGCGCCAACTCACCGTGCGCTCGGCCAGGTCGATACGCAGGCCACCAATCAGGATCAGGTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACActgct > 2:1079250/1‑233 (MQ=255) aCGTCAACGGAGCGATCGGTGCCATTGAACTCGATGCCACGCAGCTGTTGCAGGATACGGTCGCGGTTCATCACCTCACCAGCATTGCGCGCCAGCACCACCAGCAGGTTGTACTCACCGCTGGACAGCTCCACCTCCTCGCCGCGCCAACTCACCGTGCGCTCGGCCAGGTCGATACGCAGGCCACCAATCAGGACCAGGTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGt > 2:59654/1‑223 (MQ=255) gAACTCGATGCCACGCAGCTGTTGCAGGATACGGTCGCGGTTCATCACCTCACCAGCATTGCGCGCCAGCACCACCAGCAGGTTGTACTCACCGCTGGACAGCTCCACCTCCTCGCCGCGCCAACTCACCGTGCGCTCGGCCAGGTCGATACGCAGGCCACCAATCAGGATCAGGTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACActg < 1:388803/205‑1 (MQ=255) gAACTCGATGCCACGCAGCTGTTGCAGGATACGGTCGCGGTTCATCACCTCACCAGCATTGCGCGCCAGCACCACCAGCAGGTTGTACTCACCGCTGGACAGCTCCACCTCCTCGCCGCGCCAACTCACCGTGCGCTCGGCCAGGTCGATACGCAGGCCACCAATCAGGATCAGGTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCGGGc < 1:1061580/234‑1 (MQ=255) gATGCCACGCAGCTGTTGCAGGATACGGTCGCGGTTCATCACCTCACCAGCATTGCGCGCCAGCACCACCAGCAGGTTGTACTCACCGCTGGACAGCTCCACCTCCTCGCCGCGCCAACTCACCGTGCGCTCGGCCAGGTCGATACGCAGGCCACCAATCAGGATCAGGTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCTGCGGCgcag > 2:1133152/1‑210 (MQ=255) tGCCACGCAGCTGTTGCAGGATACGGTCGCGGTTCATCACCTCACCAGCATTGCGCGCCAGCACCACCAGCAGGTTGTACTCACCGCTGGACAGCTCCACCTCCTCGCCGCGCCAACTCACCGTGCGCTCGGCCAGGTCGATACGCAGGCCACCAATCAGGATCAGGTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCGGGCCAGCAGCAcg < 1:697300/236‑1 (MQ=255) gCCACGCAGCTGTTGCAGGATACGGTCGCGGTTCATCACCTCACCAGCATTGCGCGCCAGCACCACCAGCAGGATGTACTCACCGCTGGACAGCTCCACCTCCTCGCCGCGCCAACTCACCGTGCGCTCGGCCAGGTCGATACGCAGGCCACCTATCAGCTTCAGGTCGTt < 1:273501‑M2/171‑2 (MQ=255) cACGCAGCTGTTGCAGGATACGGTCGCGGTTCATCACCTCACCAGCATTGCGCGCCAGCACCACCAGCAGGTTGTACTCACCGCTGGACAGCTCCACCTCCTCGCCGCGCCAACTCACCGTGCGCTCGGCCAGGTCGATACGCAGGCCACCAATCAGGATCAGGTCGTtgtcca < 2:1151875‑M2/174‑7 (MQ=255) cACGCAGCTGTTGCAGGATACGGTCGCGGTTCATCACCTCACCAGCATTGCGCGCCAGCACCACCAGCAGGTTGTACTCACCGCTGGACAGCTCCACCTCCTCGCCGCGCCAACTCACCGTGCGCTCGGCCAGGTCGATACGCAGGCCACCAATCAGGATCAGGTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCGGGCCAGCAGCAcg < 2:1118497/233‑1 (MQ=255) cACGCAGCTGTTGCAGGATACGGTCGCGGTTCATCACCTCACCAGCATTGCGCGCCAGCACCACCAGCAGGTTGTACTCACCGCTGGACAGCTCCACCTCCTCGCCGCACCAACTCACCGTGCGCTCGGCCAGGTCGATACGCAGGCCACCAATCAGGATCAGGTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCGGGCCAGCAGCACGCGt > 1:308864/1‑236 (MQ=255) cTGTTGCAGGATACGGTCGCGGTTCATCACCTCACCAGCATTGCGCGCCAGCACCACCAGCAGGTTGTACTCACCGCTGGACAGCTCCACCTCCTCGCCGCGCCAACTCACCGTGCGCTCGGCCAGGTCGATACGCAGGCCACCAATCAGGATCAGGTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACActg < 2:864353/187‑1 (MQ=255) 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cAGCATTGCGCGCCAGCACCACCAGCAGGTTGTACTCACCGCTGGACAGCTCCACCTCCTCGCCGCGCCAACTCACCGTGCGCTCGGCCAGGTCGATACGCAGGCCACCAATCAGGATCAGGTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTgc > 2:1042329/1‑171 (MQ=255) cAGCATTGCGCGCCAGCACCACCAGCAGGTTGTACTCACCGCTGGACAGCTCCACCTCCTCGCCGCGCCAACTCACCGTGCGCTCGGCCAGGTCGATACGCAGGCCACCAATCAGGATCAGGTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCGGGCCAGCCGCACGCGTGGCTCACAGGGTTTGGTCACGTAGTCGTCGGCCGCCATTTc > 1:764583/1‑235 (MQ=255) cAGCATTGCGCGCCAGCACCACCAGCAGGTTGTACTCACCGCTGGACAGCTCCACCTCCTCGCCGCGCCAACTCACCGTGCGCTCGGCCAGGTCGATACGCAGGCCACCAATCAGGATCAGGTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCGGGCCAGCAGCACGCGTGGCTCACAGGGTTTGGTCACGTAGTCGTCGGCCCCCag > 1:32203/1‑231 (MQ=255) ttGCGCGCCAGCACCACCAGCAGGTTGTACTCACCGCTGGACAGCTCCACCTCCTCGCCGCGCCAACTCACCGTGCGCTCGGCCAGGTCGATACGCAGGCCACCAATCAGGATCAGGTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCGGGCCAGCAGCAcg < 2:453214/186‑1 (MQ=255) ttGCGCGCCAGCACCACCAGCAGGTTGTACTCACCGCTGGACAGCTCCACCTCCTCGCCGCGCCAACTCACCGTGCGCTCGGCCAGGTCGATACGCAGGCCACCAATCAGGATCAGGTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCGGGCCAGCAGCACGCGTgg > 2:1205356/1‑191 (MQ=255) tGCGCGCCAGCACCACCAGCAGGTTGTACTCACCGCTGGACAGCTCCACCTCCTCGCCGCGCCAACTCACCGTGCGCTCGGCCAGGTCGATACGCAGGCCACCAATCAGGATCAGGTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCGGGCcagcag > 2:472613/1‑181 (MQ=255) tGCGCGCCAGCACCACCAGCAGGTTGTACTCACCGCTGGACAGCTCCACCTCCTCGCCGCGCCAACTCACCGTGCGCTCGGCCAGGTCGATACGCAGGCCACCAATCAGGATCAGGTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCGGGCcagcag < 1:472616/181‑1 (MQ=255) cgcgcCAGCACCACCAGCAGGTTGTACTCACCGCTGGACAGCTCCACCTCCTCGCCGCGCCAACTCACCGTGCGCTCGGCCAGGTCGATACGCAGGCCACCAATCAGGATCAGGTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCGGGCCAGCAGCACGCGTGGCTCACAGGGTTTGGTCACGTAGTCGTCGGCCCCCATTTCCa > 1:563286/1‑229 (MQ=255) 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(MQ=255) cGCAGGCCACCAATCAGGATCAGGTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCGGGCCAGCAGCACGCGTgg > 2:336269/1‑98 (MQ=255) gCCACCAATCAGGATCAGGTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCGGCGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCGGGCCAGCAGCAcg < 2:334482/88‑1 (MQ=255) ccaccaATCAGGATCAGGTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCGGGCCAGCAGCACGCGTGGCTCACAGGGTTTGGTCACGTAGTCGTCGGCCCCCATTTCCAGGCCTAGCACCTGGTCATGGCTATCGTCGCGGGCCGTCAGCATGAGGATTGGCAGGGTCTGCGACTCCTGGCGCAGCAGCCGGCACAGCTg > 2:829268/1‑224 (MQ=255) ccaccaATCAGGATCAGGTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCGGGCCAGCAGCACGCGTGGCTCACAGGGTTTGGTCACGTAGTCGTCGGCCCCCATTTCCAGGCCTAGCACCTGGTCATGGCTATCGTCGCGGGCCGTCAGCATGAGGATTGGCAGGGTCTGCGACTCCTGGCGCAGCAGCCGGCACAGCTGCAGACCATCGa > 1:544901/1‑235 (MQ=255) ccaccaATCAGGATCAGGTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCGGGCCAGCAGCACGCGGGGCTCACAGGGTTTGGTCACGTAGTCGTCGGCCCCCATTTCCAGGCCTAGCACCTGGTCATGGCTAtcgtc > 1:208483/1‑161 (MQ=255) aaTCAGGATCAGGTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCGGGCCAGCAGCACGCGTGGCTCACAGGGTTTGGTCACGTAGTCGTCGGCCCCCATTTCCAGGCCTAGCACCTGGTCATGGCTATCGTCGCGGGCCGTCAGCATGAGGATTGGCAGGGTCTGCGACTCCTGGCGCAGCAGCCGGCACAGCTGCAGGCCATCGATGCCCg > 1:828570/1‑236 (MQ=255) aggatcaggTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCGGGCCAGCAGCACGCGTGGCTCACAGGGTTTGGTCACGTAGTCGTCGGCCCCCATTTCCAGGCCTAGCACCTGGTCATGGCTATCGTCGCGGGCCGTCAGCATGAGGATTGGc < 2:814992/177‑1 (MQ=255) atcgggTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCGGGCcag > 2:187697/1‑68 (MQ=255) caggTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCGGGCCAGCAGCACGCGTGGCTCACAGGGTTTGGTCACGTAGTCGTCGGCCCCCATTTCCAGGCCTAGCACCTGGTCATGGCTATCGTCGCGGGCCGTCAGCATGAGGATTGGCAGGGGCTGCGACCCCTGgcg > 1:38038/1‑192 (MQ=255) cGTTGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCGGGCCAGCAGCACGCGTGGCTCACAGGGCTTGGTCa > 2:135122/1‑90 (MQ=255) | GCAGTTTGGAAATGGCCACGTCAACGGAGCGATCGGTGCCATTGAACTCGATGCCACGCAGCTGTTGCAGGATACGGTCGCGGTTCATCACCTCACCAGCATTGCGCGCCAGCACCACCAGCAGGTTGTACTCACCGCTGGACAGCTCCACCTCCTCGCCGCGCCAACTCACCGTGCGCTCGGCCAGGTCGATACGCAGGCCACCAATCAGGATCAGGTCGTTGTCCAGGCGCGGTTCGTTGACACTGCTGCGGCGCAGCAGCGTGCGCACCCGGGCCAGCAGCACGCGTGGCTCACAGGGTTTGGTCACGTAGTCGTCGGCCCCCATTTCCAGGCCTAGCACCTGGTCATGGCTATCGTCGCGGGCCGTCAGCATGAGGATTGGCAGGGTCTGCGACTCCTGGCGCAGCAGCCGGCACAGCTGCAGGCCATCGATGCCCG > AE015451/3914180‑3914620 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |