New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | AE015451 | 5441018 = | 68 (0.990) | 3 (0.050) | 3/322 | NT | 4.3% | coding (1566/1653 nt) | PP_4780 | putative Acyl‑CoA dehydrogenase |
? | AE015451 | 5441085 = | 69 (1.060) | coding (1499/1653 nt) | PP_4780 | putative Acyl‑CoA dehydrogenase | |||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
CATCTTGCCTGCCTTCTTGGTTAAATACACCCCCATTGATCGGTGTTGGGTTCATTCGCGGGCAAGCCCGCTGCTACAGGGGCCAGGCAGGCGTAGCCCTTGTGACCAATGCCATCACATTTACACCTCGCGGCAGCGCCCCGTACACCCGGCCACCACCGGCCAAGCGGCTGCCGATAAACGCATCACTGACGTCTGCATTCCCGGCCTCCAGCAGCAGCTTGGCCTGCAACGCCAGGGCAATATCCTCGGTCAGTTGCCGCGCGCGGTACTGCATGTCACCGGTGTCGGCAAACGCCCCCTTGAGGTTGCCGATATGCGCCGCCAGGCGCGGGTCGCCATGCCCGTCACCCAGTTCGACAAACAGTGCATCGAGTACGCCCGGCTCCTTGGACAAGGCCCGCAGCACATCCAGGCACTGCACGTTGCCCGAGCCCTCCCAGGTCGA > AE015451/5440858‑5441305 | cATCTTGCCTGCCTTCTTGGTTAAATACACCCCCATTGATCGGTGTTGGGTTCATTCGCGGGCAAGCCCGCTGCTACAGGGGCCAGGCAGGCGTAGCCCTTGTGACCAATGCCATCACATTTACACCTCGCGGCAGCGCCCCGTACACCCGGCCACCACCGGCCAAGCGGCTGCCGATAAACGCATCACTGACGTCTGCATTCCCGGCCTCCAGCAGCAGCTTGGCCTGCAACg < 1:939999/234‑1 (MQ=255) aTACACCCCCATTGATCGGTGTTGGGTTCATTCGCGGGCAAGCCCGCTGCTACAGGGGCCAGGCAGGCGTAGCCCTTGTGACCAATGCCATCACATTTACACCTCGCGGCAGCGCCCCGTACACCCGGCCACCACCGGCCAAGCGGCTGCCGATAAACGCATCACTGACGTCTGCATTCCCGGCCTCCAGCAGCAGCTTGGCCTGCAACGCCAGGGCAATATCCTCGGTCAGTTGc > 1:774518/1‑236 (MQ=255) cacCCCCATTGATCGGTGTTGGGTTCATTCGCGGGCAAGCCCGCTGCTACAGGGGCCAGGCAGGCGTAGCCCTTGTGACCAATGCCATCACATTTACACCTCGCGGCAGCGCCCCGTACACCCGGCCACCACCGGCCAAGCGGCTGCCGATAAACGCATCACTGACGTCTGCATTCCCGGCCTCCAGCAGCAGCTTGGCCTGCAACGCCAGGGCAATATCCTCGGTCAGTTGCcgc < 1:1013701/236‑1 (MQ=255) ccATTGATCGGTGTTGGGTTCATTCGCGGGCAAGCCCGCTGCTACAGGGGCCAGGCAGGCGTAGCCCTTGTGACCAATGCCATCACATTTACACCTCGCGGCAGCGCCCCGTACACCCGGCCACCACCGGCCAAGCGGCTGCCGATAAACGCATCACTGACGTCTGCATTCCCGGCCTCCAGCAGCAGCTTGGCCTGCAACGCCAGGGCAATATCCTCGGTCAGTTGCcgcgcgcg < 1:550996/236‑1 (MQ=255) cATTGATCGGTGTTGGGTTCATTCGCGGGCAAGCCCGCTGCTACAGGGGCCAGGCAGGCGTAGCCCTTGTGACCAATGCCATCACATTTACACCTCGCGGCAGCGCCCCGTACACCCGGCCACCACCGGCCAAGCGGCTGCCGATAAACGCATCACTGACGTCTGCATTCCCGGCCTCCAGCAGCAGCTTGGCCTGCAACGCCAGGGCAATATCCTCGGt > 1:1050642/1‑220 (MQ=255) gATCGGGGTTGGGTTCATTCGCGGGCAAGCCCGCTGCTACAGGGGCCAGGCAGGCGTAGCCCTTGTGACCAATGCCATCACATTTACACCTCGCGGCAGCGCCCCGTACACCCGGCCACCACCGGCCAAGCGGCTGCCGATAAACGCATCACTGACGTCTGCATTCCCGGCCTCCAGCAGCAGCTTGGCCTGCAACGCCAGGGCAATATCCTc < 2:1154596/213‑1 (MQ=255) ggTGTTGGGTTCATTCGCGGGCAAGCCCGCTGCTACAGGGGCCAGGCAGGCGTAGCCCTTGTGACCAATGCCATCACATTTACACCTCGCGGCAGCGCCCCGTACACCCGGCCACCACCGGCCAAGCGGCTGCCGATAAACGCATCACTGACGTCTGCATTCCCGGCCTCCAGCAGCAGCTTGGCCTGCAACGCCAGGGCAATATCCTCGGTCAGTTGCcgcgcgcg < 1:388104/227‑1 (MQ=255) tgtTGGGTTCATTCGCGGGCAAGCCCGCTGCTACAGGGGCCAGGCAGGCGTAGCCCTTGTGACCAATGCCATCACATTTACACCTCGCGGCAGCGCCCCGTACACCCGGCCACCACCGGCCAAGCGGCTGCCGATAAACGCATCACTGACGTCTGCATTCCCGGCCTCCAGCAGCAGCTTGGCCTGCAACGCCAGGGCAATATCCTCGCTCAGTTGCcgcg > 2:744250/1‑221 (MQ=255) tGGGTTCATTCGCGGGCAAGCCCGCTGCTACAGGGGCCAGGCAGGCGTAGCCCTTGTGACCAATGCCATCACATTTACACCTCGCGGCAGCGCCCCGTACACCCGGCCACCACCGTCCAAGCGGCTGCCGATAAACGCATCACTGACGTCTGCATTCCCGGCCTCCAGCAGCAGCTTGGCCTGCAACg > 1:384180/1‑188 (MQ=255) tCATTCGCGGGCAAGCCCGCTGCTACAGGGGCCAGGCAGGCGTAGCCCTTGTGACCAATGCCATCACATTTACACCTCGCGGCAGCGCCCCGTACACCCGGCCACCACCGGCCAAGCGGCTGCCGATAAACGCATCACTGACGTCTGCATTCCCGGCCTCCAGCAGCAGCTTGGCCTGCAACGCCAGGGCAATATCCTCGGTCAGTTGCCGCGCGCGGTACTGCATGTCACCGgt > 1:1189401/1‑235 (MQ=255) cgcgGGCAAGCCCGCTGCTACAGGGGCCAGGCAGGCGTAGCCCTTGTGACCAATGCCATCACATTTACACCTCGCGGCAGCGCCCCGTACACCCGGCCACCACCGGCCAAGCGGCTGCCGATAAACGCATCACTGACGTCTGCATTCCCGGCCTCCAGCAGCAGCTTGGCCTGCAACGc > 2:1015532/1‑179 (MQ=255) cgcgGGCAAGCCCGCTGCTACAGGGGCCAGGCAGGCGTAGCCCTTGTGACCAATGCCATCACATTTACACCTCGCGGCAGCGCCCCGTACACCCGGCCACCACCGGCCAAGCGGCTGCCGATAAACGCATCACTGACGTCTGCATTCCCGGCCTCCAGCAGCAGCTTGGCCTGCAACGc < 1:1015535/179‑1 (MQ=255) cgcgGGCAAGCCCGCTGCTACAGGGGCCAGGCAGGCGTAGCCCTTGTGACCAATGCCATCACATTTACACCTCGCGGCAGCGCCCCGTACACCCGGCCACCACCGGCCAAGCGGCTGCCGATAAACGCATCACTGACGTCTGCATTCCCGGCCTCCAGCAGCAGCTTGGCCTGCAACGCCCGGGCAATATCCTCGGTCAGTTGCCGCGCGCGGTACTGCATGTCACCGGTGTCgg > 1:767016/1‑235 (MQ=255) cgcgGGCAAGCCCGCTGCTACAGGGGCCAGGCAGGCGTAGCCCTTGTGACCAATGCCATCACATTTACACCTCGCGGCAGCGCCCCGTACACCCGGCCACCACCGGCCAAGCGGCTGCCGATAAACGCATCACTGACGTCTGCATTCCCGGCCTCCAGCAGCAGCTTGGCCTGCAACGCCAGGGCAATATCCTCGGTCAGTTGCCGCGCGCGGTACTGCATGTCACCg > 2:911312/1‑228 (MQ=255) 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(MQ=255) gACCAATGCCATCACATTTACACCTCGCGGCAGCGCCCCGTACACCCGGCCACCACCGGCCAAGCGGCTGCCGATAAACGCATCACTGACGTCTGCATTCCCGGCCTCCAGCAGCAGCTTGGCCTGCAACGCCAGGGCAATATCCTCGGTCAGTTGCCGCGCGCGGTACTGCATGTCACCGGTGTCGGCAAACGCCCCCTTGAGGTTGCCGATATGCGCCGCCAGGCGCGGGTCGc > 1:140481/1‑236 (MQ=255) aaTGCCATCACATTTACACCTCGCGGCAGCGCCCCGTACACCCGGCCACCACCGGCCAAGCGGCTGCCGATAAACGCATCACTGACGTCTGCATTCCCGGCCTCCAGCAGCAGCTTGGCCTGCAACGCCAGGGCAATATCCTCGGTCAGTTGCCGCGCGCGGTACTGCATGTCACCGGTGTCGGCAAACGCCCCCTTGAGGTTGCCGATATGCGCCGCCAGGCGCGGGTCGCCATg < 1:646301/236‑1 (MQ=255) tGCCATCACATTTACACCTCGCGGCAGCGCCCCGTACACCCGGCCACCACCGGCCAAGCGGCTGCCGATAAACGCATCACTGACGTCTGCATTCCCGGCCTCCAGCAGCAGCTTGGCCTGCAACGCCAGGGCAATATCCTCGGTCAGTTGCCGCGCGCGGTACTGCATGTCACCGGTGTCGGCaaa > 2:788006/1‑186 (MQ=255) cgCCATCACACTTACACCTCGCGGCAGCGCCCCGTCCACCCGGCCACCACCGGCCAAGCGGCTGCCGATAAACGCATCACTGACGTCTGCATTCCCGGCCTCCAGCAGCAGCTTGGCCTGCAACGCCAGGGCAATATCCTCGGTCAGTTGCCGCGCGCGGTACTGCATGTCACCGGTGTCGGCAAACGCCCCCTTGAGGTTGCCGATATGCgccgcc < 1:143281/216‑1 (MQ=255) 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gATAAACGCATCACTGACGTCTGCATTCCCGGCCTCCAGCAGCAGCTTGGCCTGCAACGCCAGGGCAATATCCTCGGTCAGTTGCCGCGCGCGGTACTGCATGTCACCGGTGTCgg < 2:198560/116‑1 (MQ=255) aTAAACGCATCACTGACGTCTGCATTCCCGGCCTCCAGCAGCAGCTTGGCCTGCAACGCCAGGGCAATATCCTCGGTCAGTTGCCGCGCGCGGTACTGCATGTCACCGGTGTCGGCAAACGCCCCCTTGAGGTTGCCGATATGCGCCGCCAGGCGCGGGTCGCCATGCCCGTc < 2:1050639/173‑1 (MQ=255) aCGCATCACTGACGTCTGCATTCCCGGCCTCCAGCAGCAGCTTGGCCTGCAACGCCAGGGCAATATCCTCGGTCAGTTGCCGCGCGCGGTACTGCATGTCACCGGTGTCGGCAAACGCCCCCTTGAGGTTGCCGATATGCGCCGCCAGGCGCGGGTCg < 2:836899/158‑1 (MQ=255) aCGCATCACTGACGTCTGCATTCCCGGCCTCCAGCAGCAGCTTGGCCTGCAACGCCAGGGCAATATCCTCGGTCAGTTGCCGCGCGCGGTACTGCATGTCACCGGTGTCGGCAAACGCCCCCTTGAGGTTGCCGATATGCGCCGCCAGGCGCGGGTCGCCATGCCCGTCACCCAGTTCGACAAACAGTGCATCGAGTACGCCCGGCTCCTTGGACAAGGCCCGCAGCACATCCAgg < 1:752700/236‑1 (MQ=255) cGCATCACTGCCGTCTGCATTCCCGGCCTCCAGCAGCAGCTTGGCCTGCAACGCCAGGGCAATATCCTCGGTCAGTTGCCGCGCGCGGTACTGCATGTCACCGGTGTCGGCAAACGCCCCCTTGAGGTTCCCGATATGCGCCGCCAGGCGCGGGTCGCCATGCCCGTCACCCAGTTCGACAAACAGTGCATCGAGTACGCCCGGCTCCTTGGACAAGGCCCg < 2:643634/222‑1 (MQ=255) cGTCTGCATTCCCGGCCTCCAGCAGCAGCTTGGCCTGCAACGCCAGGGCAATATCCTCGGTCAGTTGCCGCGCGCGGTACTGCATGTCACCGGTGTCGGCAAACGCCCCCTTGAGGTTGCCGATATGCGCCGCCAGGCGCGGGTCGCCATGCCCGTCACCCAGTTCGACAAACAGTGCATCGAGTACGCCCGGCt < 2:590884/195‑1 (MQ=255) tCTGCATTCCCGGCCTCCAGCAGCAGCTTGGCCTGCAACGCCAGGGCAATATCCTCGGTCAGTTGCCGCGCGCGGTACTGCATGTCACCGGTGTCGGCAAACGCCCCCTTGAGGTTGCCGATATGCGCCGCCAGGCGCGGGTCGCCATGCCCGTCACCCAGTTCGACaaa > 1:809510/1‑170 (MQ=255) gCATTCCCGGCCTCCAGCAGCAGCTTGGCCTGCAACGCCAGGGCAATATCCTCGGTCAGTTGCCGCGCGCGGTACTGCATGTCACCGGTGTCGGCAAACGCCCCCTTGAGGTTGCCGATATGCGCCGCCAGGCGCGGGTCGCCATGCCCGTCACCCAGTTCGACAAACAGTGCATCGAGTACGCCCGGCTCCGTGGACAAgg > 1:127013/1‑202 (MQ=255) cATTCCCGGCCTCCAGCAGCAGCTTGGCCTGCAACGCCAGGGCAATATCCTCGGTCAGTTGCCGCGCGCGGTACTGCATGTCACCGGTGTCGGCAAACGCCCCCTTGAGGTTGCCGATATGCGCCGCCAGGCGCGGGTCGCCACGCCCGTCACCCAGTTCGACAAACAGTGCATCGAGTACGCCCGGCTCCTTGGACAAGGCCCGCAGCACATCCAGGCACTGCACGTTGCCCGa < 1:905422/235‑1 (MQ=255) aTTCCCGGCCTCCAGCAGCAGCTTGGCCTGCAACGCCAGGGCAATATCCTCGGTCAGTTGCCGCGCGCGGTACTGCATGTCACCGGTGTCGGCAAACGCCCCCTTGAGGTTGCCGATATGCGCCGCCAGGCGCGGGTCGCCATGCCCGTCACCCAGTTCGACAAACAGTGCATCGAGTACGCCCGGCTCCTTGGACAAGGCCCGCAGCACATCCAGGCACTGCACGTTGCCCGa > 2:790203/1‑234 (MQ=255) ccGGCCTCCAGCAGCAGCTTGGCCTGCAACGCCAGGGCAATATCCTCGGTCAGTTGCCGCGCGCGGTACTGCATGTCACCGGTGTCGGCAAACGCCCCCTTGAGGTTGCCGATATGCGCCGCCAGGCGCGGGTCGCCATGCCCGTCACCCAGTTCGACAAACAGTGCATCGAGTACGCCCGGCTCCTTg < 1:699751/189‑1 (MQ=255) cGGCCTCCAGCAGCAGCTTGGCCTGCAACGCCAGGGCAATATCCTCGGTCAGTTGCCGCGCGCGGTACTGCATGTCCCCGGTGTCGGCAAACGCCCCCTTGAGGTTGCCGATATGCGCCGCCAGGCGCGGGTCGCCATg < 2:216924/139‑1 (MQ=255) cGGCCTCCAGCAGCAGCTTGGCCTGCAACGCCAGGGCAATATCCTCGGTCAGTTGCCGCGCGCGGTACTGCATGTCACCGGTGTCGGCCAACGCCCCCTTGAGGCTGCCGatc > 2:290543/1‑112 (MQ=255) cagcagcagCTTGGCCTGCAACGCCAGGGCAATATCCTCGGTCAGTTGCCGCGCGCGGTACTGCATGTCACCGGTGTCGGCAAACGCCCCCTTGAGGTTGCCGATATGCGCCGCCAGGCGCGGGTCGCCATGCCCGTCACCCAGTTCGACAAACAGTGCATCGAGTACGCCCGGCTCCTTGGACAAGGCCCGCAGCACATCCAGGCACTGCACGTTGCCCGAGCCCTCCCAGGTc > 1:180059/1‑235 (MQ=255) agcagcagcTTGGCCTGCAACGCCAGGGCAATATCCTCGGTCAGTTGCCGCGCGCGGTACTGCATGTCACCGGTGTCGGCAAACGCCCCCTTGAGGTTGCCGATATGCGCCGCCAGGCGCGGGTCGCCATGCCCGTCACCCAGTTCGACAAACAGTGCATCGAGTACGCCCGGCTCCTTGGACAAGGCCCGCAGCACATCCAGGCACTGCACGTTGCCCGAGCCCTCCCAGGTCGa > 1:1206754/1‑236 (MQ=255) cagcagcTTGGCCTGCAACGCCAGGGCAATATCCTCGGTCAGTTGCCGCGCGCGGTACTGCATGTCACCGGTGTCGGCAAACGCCCCCTTGAGGTTGCCGATATGCGCCGCCAGGCGCGGGTCGCCATGCCCGTCACCCAGTTCGACAAACAGTGCATCGAGTACGCCCGGCTCCTTGGACAAgg < 2:140481/185‑1 (MQ=255) cttggccTGCAACGCCAGGGCAATATCCTCGGTCAGTTGCCGCGCGCGGTACTGCATGTCACCGGTGTCGGCAAACGCCCCCTTGAGGTTGCCGATATGCGCCGCCAGGCGCGGGTCGCCATGCCCGTCACCCAGTTCGACa > 2:942257‑M2/8‑142 (MQ=255) ttggccTGCAACGCCAGGGCAATATCCTCGGTCAGTTGCCGCGCGCGGTACTGCATGTCACCGGTGTCGGCAAACGCCCCCTTGAGGTTGCCGATATGCGCCGCCAGGCGCGGGTCGCCATGCCCGTCACCCAGTTCGACAAACAGTGCATCGAGTACGCCCGGCTCCTTGGACAAGGCCCGCAGCACATCCAGGCACTGCACGTTGCCCGAGCCCt < 1:788009‑M2/211‑1 (MQ=255) | CATCTTGCCTGCCTTCTTGGTTAAATACACCCCCATTGATCGGTGTTGGGTTCATTCGCGGGCAAGCCCGCTGCTACAGGGGCCAGGCAGGCGTAGCCCTTGTGACCAATGCCATCACATTTACACCTCGCGGCAGCGCCCCGTACACCCGGCCACCACCGGCCAAGCGGCTGCCGATAAACGCATCACTGACGTCTGCATTCCCGGCCTCCAGCAGCAGCTTGGCCTGCAACGCCAGGGCAATATCCTCGGTCAGTTGCCGCGCGCGGTACTGCATGTCACCGGTGTCGGCAAACGCCCCCTTGAGGTTGCCGATATGCGCCGCCAGGCGCGGGTCGCCATGCCCGTCACCCAGTTCGACAAACAGTGCATCGAGTACGCCCGGCTCCTTGGACAAGGCCCGCAGCACATCCAGGCACTGCACGTTGCCCGAGCCCTCCCAGGTCGA > AE015451/5440858‑5441305 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |